事情的另外一面是官方的高度重视和迅速行动。据新华网2003年5月13日消息：孙志刚被故意伤害致死案发生后，中央和广东省委领导高度重视。中央政治局常委、政法委书记罗干，中央政治局委员、书记处书记、国务委员、公安部长周永康，中央政治局委员、广东省委书记张德江多次作出重要批示，明确指示要坚决依法彻查此案。近日广东省委常委召开专门会议，听取了孙志刚一案侦查情况的汇报并进行研究，要求坚决彻查此案，依法严惩凶手，维护法律尊严，维护公民合法权益，还孙志刚及其亲属一个公道。公安部对此案进行了专题研究并派出工作组到广东帮助指导查办此案。广东省、广州市迅速成立由政法委、纪检、监察、检察、公安、民政、卫生部门组成的联合调查组，全面开展调查工作。省、市政法公安机关也迅速成立联合专案组，全力开展案件侦破工作。目前已基本查清此案，缉捕了全部疑凶，涉及单位和有关人员的责任已基本查清。据公安机关披露，省、市联合专案组抽调精兵强将，全力开展侦查和追捕工作，共组织8个追捕小组分赴河南、陕西、湖南、四川、山西、贵州等省开展缉捕工作。至5月12日止，先后抓获李文星、李海婴、张明君、李龙生、周利伟、何家红等8名涉嫌殴打孙志刚的犯罪嫌疑人；涉嫌指使殴打孙志刚的广州收容人员救治站护工乔燕琴、吕二鹏、乔志军、胡金艳、刘全有也已抓捕归案。同时，检察机关已对涉嫌渎职犯罪的有关人员立案侦查，目前，收容救治站的负责人、当晚值班医生彭红军和当晚值班护士曾伟林已被逮捕，天河区公安分局黄村街派出所民警李耀辉等已被刑事拘留。广东省委还要求以此案为鉴，举一反三，在全省政法系统监管场所、民政部门管辖的收容遣送站、卫生部门管辖的收容救治站进行全面检查，整改问题，开展深入教育，严肃法纪，坚决落实领导责任制，避免类似事件再次发生。
广州市中级人民法院6月5日至6月6日公开审理乔燕琴、李海婴、钟辽国等故意伤害原广州市达奇服装公司职员孙志刚致死案，于9日作出一审判决。以故意伤害罪判处被告人乔燕琴死刑，剥夺政治权利终身；判处被告人李海婴死刑，缓期2年执行，剥夺政治权利终身；判处被告人钟辽国无期徒刑，剥夺政治权利终身；判处被告人周利伟、张明君、吕二鹏有期徒刑15年，剥夺政治权利5年；判处被告人李龙生有期徒刑12年，剥夺政治权利4年；判处被告人韦延良、何家红、李文星、乔志军、胡金艳有期徒刑3年至10年。同日，孙志刚案涉及的原广州市公安局天河分局黄村街派出所民警李耀辉，原广州市脑科医院江村住院部副主任张耀辉，原广州市收容人员救治站负责人彭红军，医生任浩强，护士邹丽萍、曾伟林等6人，以玩忽职守罪，被广州市天河区人民法院和白云区人民法院分别判处有期徒刑2年至3年。
但违宪调查并没有成为现实，2003年6月18日国务院第12次常务会议通过并发布了《城市生活无着的流浪乞讨人员救助管理办法》（以下简称《救助办法》），此规定自2003年8月1日起施行，而收容制度也随之寿终正寝。与收容制度相比，救助办法及其实施细则明确了自身“对在城市生活无着的流浪、乞讨人员（以下简称流浪乞讨人员）实行救助，保障其基本生活权益，完善社会救助制度”的宗旨，而且全部废弃了原制度中可能侵害被收容者（被救助者）的内容，更对救助工作的工作规范提出了相当具体的要求。至此，流浪乞讨人员的权益保护得到了高度的重视。中国政法大学法学院院长马怀德教授认为，《救助办法》对受助人的实体权利作了详尽、细致、周到的规定，涉及受助对象的人身权、财产权等各方面及受助过程的各环节。
主要体现在四个方面：
第一，获得救助的权利。城市中的流浪乞讨人员只要符合“生活无着”这一条件，就有获取国家和政府救助的权利。这一权利包括：（1）在救助期间有获取基本生活条件的权利。《救助办法》第七条规定，受助人员有权获取符合食品卫生要求的食物及符合基本条件的住处。（2）在救助期间有获取健康保障的权利。《救助办法》第七条规定，受助人员在救助站内突发急病的，有权获取及时送医院救助的权利。（3）免费获取救助的权利。《救助办法》第十条规定，救助站不得向受助人员、其亲属或者所在单位收取费用，不得以任何借口组织受助人员从事生产劳动。（4）获取妥善安置的权利。《救助办法》第七条规定，对没有交通费的受助人员，在返回其住所或者所在单位的，有免费获取乘车凭证的权利；第十一条规定，受助的残疾人、未成年人、老年人有获取照顾的权利，对无家可归的，由其所在地的人民政府妥善安置。
第二，人身自由权不受限制。人身自由权是人身权中最根本的权利。《救助办法》取消了强制功能，把救助完全变成了一种自愿行为，实行来去自由的开放式管理。只要符合救助的条件，都可以救助。救助站必须提供及时的救助。第十一条规定，救助站应当劝导受助人返回其住所地或者所在单位，不得限制受助人员离开救助站。
第三，人格尊严不受侵犯。受助人员在受助期间其人格权得到尊重与保护。《救助办法》第八条规定，受助人员应按性别分室居住，女性受助人员应由女性工作人员管理；第十四条规定的救助站工作人员之“八不准”中，绝大部分是规定不准侵犯受助人员人格尊严的，如：不准打骂、体罚、虐待受助人员；不准使用受助人员为工作人员干私活；不准调戏妇女等。
第四，现有的财产不受剥夺。《救助办法》第九条规定，救助站应当保障受助人在站内的人身安全和随身携带物品的安全；第十四条规定，救助站工作人员不准敲诈、勒索、侵吞受助人员的财物等。
在现代法治国家，程序在限制行政权力和保护公民权益方面的作用已愈来愈受到重视。马教授说，《救助办法》的进步意义还体现在对行政程序的重视，对受助人程序上的权利给予了充分的保护。受助人员在程序方面的权利首先表现在：第一，提出请求的权利。根据《救助办法》第六条规定，向救助站求助的流浪乞讨人员可以向救助站提出求助需求，救助站必须作出答复，对属于救助对象的必须及时提供救助，不得拒绝；对不属于救助对象的，应当说明理由。第二，获得正当的说明理由的权利。如上所说，对于不属于救助对象的，救助站应当对求助人说明理由。如何说明理由，是口头说明还是书面说明还需进一步细化。马教授认为，以后应由民政部门作出规定：在正当的合理的时间内，以书面形式作出说明理由的答复。第三，获取告知的权利。《救助办法》第五条规定，公安机关和其他有关行政机关的工作人员在执行职务时发现流浪乞讨人员的，应当告知其向救助站求助；对其中的残疾人、未成年人、老年人和行动不便的其他人员，还应当引导、护送。
另一位著名法学专家贺卫方教授认为，就法规本身来讲至少有三点值得称道：第一，新法规的执法主体发生了变化。《救助办法》第四条规定，“县级以上人民政府民政部门负责流浪乞讨人员的救助工作，并对救助站进行指导、监督。”该办法以民政部门作为执法的主体，公安部门基本淡出了救助管理领域，公安部门作为行政强制机关过多介入对城市生活无着的流浪和乞讨人员的救助会使这部法规治安管理的色彩过重，而民政部门作为执法主体，无疑加强了法规的社会福利与救济的意义，体现的是政府对社会贫弱者的责任。第二，法规对救助对象进行了严格的限制，该办法第一条就明确规定了城市生活无着的流浪乞讨人员是基本的救助对象，保障其基本的生活权益是救助的目标，也就是说，“三证”不全不能成为收容遣送的条件，更不能成为限制人身自由的理由，这对保障城市外来务工人员的基本权益无疑是一个很大的进步。第三，新法规中对救助站和救助站工作人员的禁止性规定较多，如第十条：“救助站不得向受助人员、其亲属或者所在单位收取费用，不得以任何借口组织受助人员从事生产劳动。”第十一条：“救助站应当劝导受助人员返回其住所地或者所在单位，不得限制受助人员离开救助站……”以及救助站要为受助人员提供食宿、医疗救助和交通费用，要保证受助人员在站内的人身安全和随身携带物品的安全，维护站内秩序等。这些规定都对救助站及其工作人员的权力进行了严格的规范与限制，显示了该办法的政府福利救助性质，而非治安管理的性质。
孙志刚事件的意义是重大的。有评论者指出，孙志刚案如此引起社会各方和政府的关注，不仅仅在于孙志刚本人的冤死。