清华大学法学院院长王晨光说，任何一个国家的法制发展史都不会是一帆风顺的，都要有很多这种里程碑式的案例出现，我们面临的不仅仅是孙志刚案件，还有一系列类似的案件。如果我们脚踏实地一个问题一个问题去解决，最终会推动我们制度上更大的变化，推动宪政和人权观念的深入人心。孙志刚案折射出的还有更深层次的制度意义。天则经济研究所所长盛洪认为，个案背后反映的正是制度问题，一个制度错了会出现成千上万个这样的个案。孙志刚案反映了我国现在其实存在着一种对一批中华人民共和国公民不公正的治理结构，包括收容遣送制度、劳动教养制度，也包括对警察权力界定的问题。警察的权力有时大到让人觉得害怕，一个社会赖以保证安全的机制反而变成了侵害社会的机制，这是很可怕的。而为什么这样一些所谓的制度办法能够堂而皇之地出台，这一系列的问题都值得我们去思考。北京市律师协会宪法与人权专业委员会主任吴革说，孙志刚事件的深层原因还不是收容遣送制度，而是中国长期以来在二元社会制度这个大背景下，对外出务工者缺乏公民权利保障的制度。据统计，到2002年，我国外出务工经商者有1.5亿到2亿，如果每一个人都有一个四口之家的话，就涉及6亿到8亿人口，这就是处在社会最底层的人口。中国未来现代化的发展，必须面对的最大社会现实也就是这6亿～8亿人。如果他们的公民权利改善了，他们的生活条件改善了，那么中国才谈得上未来。孙志刚案件已经一审结束了，但是这种现象还不可能马上杜绝，随着中国经济的发展，中国城市化进程的加快，我们必须逐步打破城市的壁垒，这样中国的公民权利状况才会有一个根本上的改变。
然而在救助办法实施之后，有关的争议并没有结束。以下是蒋正之先生一篇发表在2003年10月21日《青年时报》的题为《救助制度暴露出自身的缺陷》评论文章，在当时对救助办法的众多议论中颇有代表性：
《城市生活无着的流浪乞讨人员救助管理办法》已经正式实施近3个月，救助管理站运作的情况怎样呢？《中国青年报》的记者日前来到了北京市朝阳区流浪乞讨人员救助管理站，发现这里管理规范、运转有序，但同时也出现了不少让救助站“头痛”的问题。（据10月20日《中国青年报》）
除记者发现的问题外，笔者还从报道中发现另外一些问题。试分述之——据报道，8月中旬，民警护送来一名20多岁的流浪男子，在站里住了两天，救助站给他买了去广东的车票，并把他送到火车站。“可前几天这小伙子又被送来了，听民警说他根本就没离开北京，车票可能也被他卖了。”@记者报道这个男子显然意在说明救助站遇上了无赖式的受助者。但笔者注意到救助站为这个男子购买了火车票，这显然是不符合规定的。因为根据《救助管理办法》第七条第五款规定，“对没有交通费返回其常驻户口所在地、住所地或者所在单位的，提供乘车凭证。”《救助管理办法实施细则》第十一条规定：“受助人员返回常驻户口所在地、住所地或者所在单位时没有交通费的，由救助站发给乘车（船）凭证，铁道、公路、水运等运输单位验证后准予搭乘相应的公共交通工具。”也就是说，救助站提供的应该是“乘车凭证”，而不是为受助者购买车票。“乘车凭证”不需要花钱，而买车票却需要财政埋单。
救助站为什么要为受助者买车票？是因为不知道规定吗？不太可能，报道中也提到救助站的日子“过得紧巴巴”。据笔者推测，最大的可能是“乘车凭证”不管用。《根据救助管理办法》及其《实施细则》，交通部门也有配合救助站救助的义务，但交通方面似乎并不买这个账。要知道，运输单位，包括国有运输单位和非国有运输单位，都是企业，而不是慈善机构，他们的服务都是要收费的，“乘车凭证”凭什么可以免费乘车？所以政府提供“乘车凭证”其实就是把救助的一部分义务转嫁给了企业，这种规定本身就是不合理的。
另据报道，“与被救助人员的家人或当地政府联系，也是让救助站最头痛的事情。”一个聋哑儿童被送到救助站，工作人员好不容易了解到孩子是贵阳人，并先后与贵阳方面7个单位联系，可得到的消息都是查无此人。“被救助者大部分都来自贫困地区的农村，获得他们的真实家庭住址已经是一件非常不容易的事情。但当我们好不容易联系到被救助者所在乡的乡政府，请他们到北京领人时，对方不是回答向领导汇报后再回复，就是回答领导正在研究。更有甚者，一听是救助站的电话，一句话不说就把电话挂了。”@对方为何不愿意接回被救助的人，其实很好解释：一来，需要花费大量的人力和财力；二来，接回后怎么办？搞不好，被接回的人还要出去流浪乞讨，难道要一次又一次地去接吗？所以，你救助站爱怎么办就怎么办，反正我不管！
从报道中可以看出，受助者受助的时间超过规定的一般期限即10天的大有人在，有的已经达到两个月以上，而且没有去处。尽管《实施细则》规定，“因特殊情况需要延长的，报上级民政主管部门备案”，但问题在于此所谓“特殊情况”很可能成为“普遍情况”，长此以往，长期滞留在救助站的人将越来越多。
笔者在《救助管理办法》实施前，就曾撰文提出上述问题很可能出现，而且在现有的制度框架下很难得到解决。
也就是说，上述种种问题暴露出了救助制度本身存在的缺陷。要想从根本上解决这些问题，就只能调整救助的总体思路，重新设计救助制度：一，变“临时性”为不设期限，实行就地救助。这样，既不用为期限到了人不走或“没人来接”而发愁，也不用为之买车票。二，适当降低救助的生活标准，利用救助杠杆调节求助的人数。救助站只保证基本的生活条件，吃住可以“苦”一些，让那些有其他生路的人不愿意来到这里或不愿意长期留在这里。
随着救助办法的推行，有关的质疑主要集中在以下方面，第一，新办法的规定就救助功能本身而言，是否基本合理、能够落实？第二，新办法对社会治安和市容管理产生了不利影响，怎样才能弥补？
特别是，对治安状况的忧心，引发许多市民对收容制度的“怀念”。2006年5月8日，医学专家钟南山院士在广州街头被抢手提电脑，警方出动百余警察在10天后神速破案。钟南山院士接受记者采访时说：治安状况严峻和目前没有有效管理无业游民直接相关，在收容制度存在的时候，尽管有不该收容的人被收容了，但一下子否定和废除收容制度，他有不同看法。钟南山院士呼吁收容游民的说法一出，又一次引起了激烈争议。钟南山认为，广州治安之所以不容乐观，直接原因之一是警力不足，“广州、深圳这些城市，外来人口太多了”。其次是广州的街道居委会还没有成为广州治安的有效补充，“无业游民”不能有效地被群众监控。他还感叹：“为什么打击了半天，（抢劫）还不少，问题的核心就在于对这些人有没有恰如其分的、刑事上的处理。我感觉处理得太轻了，所以这些人能够这么猖狂！”他还提出，广州治安状况和目前没有有效管理无业游民直接相关：“偷窃与抢劫的人，和城市流浪人员只有一水之隔。”由此，他进一步认为：在收容制度存在的时候，“尽管有不该收容的人被收容了，但一下子否定和废除收容制度，我有不同看法。”他认为，当时的收容制度还是比较有效地管理了流动人口，自从废除后，广州至今还没有找到更有效的管理方式。根据自己朴素的判断，钟南山提出了不同于其他学者的观点：“在设计法律制度方面，我们应以什么人为本？就是应以好人为本，而不是以坏人为本，对敌人的宽容就是对人民的残酷。”他呼吁用严厉的措施来改善广州治安。
不过，曾参与向全国人大建议废止收容制度的许志永博士，则认为这样的观点是荒谬的，人们不能因为碰到一些治安困局，就想到用粗暴的老方法，就想恢复收容制度。“以大量伤害无辜者为代价来管理社会的时代已经过去，也应该过去。”许志永这样评价3年前的那场收容制度废止事件。他分析，为何在收容制度废止后，北京、上海没有出现治安恶化的问题，而一些城市出现了？每个城市都应该探索出一种尽可能不伤害好人而达到良好管理的方式。司法部预防犯罪研究所研究员吴宗宪教授也认为，重典只能解一时“对正义的饥渴”，而无助于社会的长治久安。
在孙志刚事件过去四年之后，我们已经看到这一悲剧事件留下的长远影响。争议恐怕仍然会持续，但我们已经可以开始总结过去并提出一连串的问题。例如，为何从字面上看，不缺乏救助目的，甚至有慈善意味的收容制度会成为一种“恶法”，怎样评价收容制度的历史作用；制度变迁在中国如何成为可能；制订社会政策的过程中怎样体现社会正义和对公民基本权利的保护，而“碎片化”的社会政策能否实现正义和保障的目的；社会管理能否祛除伤害普通人的做法，救助办法是否也要承受“治安”、“市容”等不能承受之重……
而对于希望将理论用之于政策分析的人士来说，这个事件也给我们提供了一个理论的使用场所。例如，假如孙志刚不是一个大学毕业生，事情将会怎样？