方孝孺的确是死了，而且死得还很惨烈。
明成祖朱棣像，明代宫廷画师绘。值得一提的是，见诸于杂史的记述是，当朱棣要方孝孺写诏书时，方孝孺便疾书四个大字：“燕贼篡位”，然后掷笔于地。朱棣威胁说要诛灭方孝孺的九族，可是方孝孺冷淡地说：“十族不惧，况九族乎？”结果方孝孺的确是被灭了十族（就是在原来法定的九族之外又加上他的学生与朋友算作第十族），被杀约计八百七十余口，入狱及充军流放者达数千；而且方孝孺本人也是被最残酷的极刑——凌迟处死的（也就是一刀一刀被生生剐死的，说到真实的具体场景肯定会令今人毛骨悚然）。而且还据说当方孝孺对朱棣骂声不绝时，朱棣于是命人将方孝孺的嘴巴割开直至耳根部分，此时方孝孺尽管已经骂不出声音，可是鲜血不断地从他口中喷溅，怒目相向朱棣……而且还据说朱棣是当着方孝孺的面残忍地处死了他的很多亲人和朋友的，结果方孝孺仍然强忍悲痛，始终不屈；当他的胞弟方孝友临刑时，孝孺泪如雨下，而孝友却从容吟诗道：“阿兄何必泪潸潸，取义成仁在此间。华表柱头千载后，旅魂依旧回家山。”为此，明代钱士升作《皇明表忠记》如是记录道：“孝孺十族之诛，有以激之也。愈激愈杀，愈杀愈激，至于断舌碎骨，湛宗燔墓而不顾。”
这几段史实虽然不见于正史的记录，可是它却获得了深入后世人心的感染力，据明万历年间一位名叫周晖的学者在其《金陵琐事》记载：“成祖杀方孝孺，令人食其肉。食肉一块，银一两。有吏之仆，食肉得银。归家说其事，吏闻之大怒，喝仆一声，激裂其脑而死。义哉，吏也。惜不得其姓名，乡里顾孝直谈。”大意也就是说人们为方孝孺的忠勇精神所感染，自有明见。尤其这里也给朱棣通过暴力手段夺取政权下了一个铁的定论——“燕贼篡位”！也因此，后世史家才将忠正不屈、明彰史德（从很大程度上可以这样认为）的方孝孺推上一个至尊的地位，其中最有代表性的言论莫过于明末清初大思想家、史学家黄宗羲在其《明儒学案》中对方孝孺的赞叹：
先生禀绝世之资，慨焉以斯文自任，会文明启运，千载一时。深维上天所以生我之意，与古圣贤之所讲求，直欲排洪荒而开二帝，去杂霸而见三王。又推其余以淑来祀、伊、周、孔、孟合为一人……既而时命不偶，遂以九死成就一个“是”，完天下万世之责。其扶持世教，信乎，不愧千秋正学者也。考先生在当时已称程、朱复出，后之人反以一死抹过先生一片苦心，谓节义与理学是两事。出此者入彼，至不得与扬雄、吴草芦论次并称……先生之忠，至矣，而十族与殉，无乃伤于激乎？余曰：先生只自办一死。其激而及十族，十族各办其一死耳。普天之下，莫非王土，十族众乎？而不当死乎？惟先生平日学问，断断乎臣尽忠，子尽孝，一本于良心之所固有者。
现代的历史学家如胡适就曾经这样评价道：“方孝孺是杀身殉道的了不起的人物”，郭沫若也说：“骨鲠千秋方孝孺”。鲁迅先生在《为了忘却的纪念》中为了纪念自己的好友烈士柔石，就曾将他与其同乡方孝孺相提并论：“他（柔石）的家乡，是台州的宁海，这只要一看他那台州式的硬气就知道，而且颇有点迂，有时会令我忽而想到方孝孺，觉得好像也有些这模样的。”
有的人好像还不太明确为什么要讲求历史的真实性以及它的重要性，让我们看一下那个《明太宗（就是朱棣）实录》中关于方孝孺的一段记载就清楚了：“时有执方孝孺来献，上指烟焰处谓方孝孺曰：‘今日使幼君自焚者，皆汝辈所为也，汝死有余辜。’方孝孺稽首折哀乞怜，遂命收之……丁丑，执奸恶齐泰、黄子澄、方孝孺等至阙下，上数其罪，咸伏其辜，磔戮于市。”如此扭曲事实的记录，却仍然堂而皇之地名曰“实录”，如果我们的历史都是这样写成的，那我们的民族文化将会是多么可怜、可悲、可叹啊！
当然，真实的历史也不是我们一眼就可以看清的，许多历史都需要我们用心地判别其真实性，然而“公道自在人心”，有很多历史却是不容我们轻率怀疑的，就像这里方孝孺可能并没有写下“燕贼篡位”四字，可是他的行为本身却已经充分地体现出了这四个字所能传达出的全部精神意义及内涵。