方孝孺是浙江宁海人，出生于元至正十七年（1357年），按照《明史·方孝孺传》中的记载说：“孝孺幼警敏，双眸炯炯，读书日盈寸，乡人目为‘小韩子’。”总之就是说他打小就很聪明，气质非凡，号为小韩愈。后来他又从学于当时的学问大家宋濂，学问更加精进，加上人品也很出众，乃至受到了朱元璋的高度赏识，有一次方孝孺因被家族犯罪连累有了牢狱之灾，可是案宗一传到朱元璋那里，“太祖见其名，释之”。朱元璋有意重用他，曾经就有一次对“皇太孙”朱允炆说：“此庄士，当老其才”，意思说等到方孝孺积累到一定年龄时就可堪大用。先是“蜀献王闻其贤，聘为世子师”，后来“及惠帝即位，召为翰林侍讲。明年迁侍讲学士，国家大政事辄咨之”。
方孝孺之名是天下皆知的，“靖难之役”发生后，燕王朱棣的主要谋士姚广孝就对朱棣说：“城下之日，彼必不降，幸勿杀之。杀孝孺，天下读书种子绝矣。”（“读书种子”，语出宋代周密《齐东野语·书种文种》：“山谷（黄庭坚）云：四民皆坐世业士大夫子弟能知忠、信、孝、友，斯可矣，然不可令读书种子断绝。”一般专指读书特别多、影响非常大，且能在文化上承先启后的读书人）朱棣自然也知道舆论的分量，因此他登上皇位之后并没有加害方孝孺，而是想收买他。可是被暂时拘押在监狱中的方孝孺却始终坚持自己的气节，任谁来劝降都没用。后来，新皇帝朱棣亲自召见他，可是方孝孺根本不买他的账，“召至，悲恸声彻殿陛”，也就是说他以悲愤、激烈的哭诉声来追念旧皇帝、否定新皇帝。但是，朱棣还是耐下心来和方孝孺有了下面一段对话：
成祖降榻，劳曰：“先生毋自苦，予欲法周公辅成王耳。”孝孺曰：“成王安在？”成祖曰：“彼自焚死。”孝孺曰：“何不立成王之子？”成祖曰：“国赖长君。”孝孺曰：“何不立成王之弟？”成祖曰：“此朕家事。”
大意是这样的，朱棣屈尊下榻慰劳方孝孺说：“先生怎么想不通呢，何苦给自己找罪受呢，我不过只是效法先贤周公辅佐周成王的榜样罢了。”方孝孺问：“那么你所说的现今的成王呢？”朱棣说：“他想不通自焚了。”方孝孺又说：“那你又为什么自己当皇帝而不立成王的儿子当皇帝呢？”朱棣说：“国家需要年长的皇帝，小皇帝不合适。”方孝孺又说：“那你怎么不立成王的弟弟呢？”结果朱棣就急了，说：“这是我的家事，你管得着吗？”
可是朱棣还不死心，他需要有人来承认自己新皇帝身份的合法性，尤其像方孝孺这样的知名之士，而且他还是旧政权中很有政治影响力的人物。在封建时代，因为儒家思想是正统思想，是社会主流的意识形态，所以一切都要讲求名正言顺才能从根本上说得过去；否则如果是名不正言不顺的事情，那么人们就不会认同了。这个时候，朱棣就想让方孝孺起到一个自己认为好的模范带头作用，也就是说想让他发表一点声明来确立拥护新皇帝的政治立场。而朱棣采取的形式就是想命方孝孺（替自己）草拟一道诏书，向全天下阐明新皇帝的公正道义和合法性。朱棣“顾左右授（方孝孺）笔札”，并且还兼带威逼和利诱地说：“诏天下，非先生草不可。”
然而，方孝孺就是不写，“孺投笔于地，且哭且骂曰：‘死即死耳，诏不可草。’”结果朱棣看方孝孺如此顽固不化，如此不可救药，忍无可忍就暴露出来自己的凶残本性，“成祖怒，命磔诸市”，总之就是用当时最残忍的手段加以杀害。而“孝孺慨然就死，作绝命词曰：‘天降乱离兮，孰知其由；奸臣得计兮，谋国用犹。忠臣发愤兮，血泪交流；以此殉君兮，抑又何求？鸣呼哀哉兮，庶不我尤！’”
时年方孝孺虚岁四十六。