林基路被押入第四监狱，关在5号牢房，同号的还有马殊、高登榜、曹建培、陈谷音和段进启。
一进5号牢房，林基路就对大家说：“我们进监狱了。我们都是共产党员，我们要有组织，也要有个头呀！组织起来才有力量。”他穿着靴子，背着手来回走着。
大家你一言我一语的讨论着，都说我们六个人就算一个小组吧。他们一致同意林基路为党小组长。
“我们随时准备过堂和被分开，所以还要有个副组长。”林基路提议由高登榜担任副组长，大家都同意。高登榜党龄长，年龄也大。“假使我过堂不能回来，就由高登榜负责。只要有两个人在一起，也要推选一人负责。”
如何向敌人斗争呢？林基路说：“第一，要盛世才公开审判，为什么关押我们，我们是盛世才邀请来的，在新疆有功无过。第二，在任何情况下，我们都要求盛世才集体送我们返回延安，个人单独出狱就是叛变行为。第三，我们要在监狱中表现出共产党人的革命气节，宁愿牺牲个人而不能有害于党的利益。”
大家说，我们在新疆的一切言论、行动都是符合统战原则的，是光明正大的，这一条必须坚持。要争取公审，如果采取密审坚决反对，如果能争取到公审，就要像季米特洛夫那样，揭露敌人的阴谋，控诉敌人的罪恶，不怕牺牲自己的生命与敌人斗争。大家也估计到敌人不会公审，如果真的密审，使用刑讯，就要用生命来维护党的利益，死不屈服。林基路提出的三条实际上成为六个人的公约。
一天吃早饭时，林基路搛菜的两根木筷断了。他笑了笑，说：“我们广东人认为，吃饭断了筷子是最不吉利的！”大家听了都笑了起来，有的说：“哎呀，迷信，迷信！”这虽是林基路看到狱中生活单调，讲出来逗笑的，但也从一个细节说明林基路意识到狱中斗争的艰苦与险恶。就在这一天，林基路吟成了著名的《囚徒歌》。他的笔被剥夺了，只好踱步沉思，在俯首或仰首间长啸或低吟，终于吟出了激昂慷慨的诗。大家听了都说好，要求写出来。他们找到一些废纸，但是没有笔，怎么写？先用烟囱里的烟黑，不行；当时牢房里有熏大小便臭气的土香，把它点燃了又用水熄灭，拿香骨炭来写，也不行；最后还是设法找到半截铅笔，才写成了。
囚徒，新的囚徒，
坚定信念，贞守立场；
砍头枪毙，告老还乡，
严刑拷打，便饭家常。
掷我们的头颅，
奠筑自由的金字塔；
洒我们的鲜血，
染成红旗，万载飘扬！
同号的陈谷音毕业于上海音乐学院，对声乐、器乐、作曲、指挥造诣都很深。他在学生时代就参加革命的文艺活动，1938年秋由中共中央派来新疆工作，在省立师范学校任音乐教师。他用悲壮的音符为这首诗谱了曲。一声长啸，千古回音。此后，出自5号牢房的歌声，除熟悉的《国际歌》外，增添了不平常的《囚徒歌》。这首歌是火，能点燃，能温暖，能照耀，通过多方设法，传遍了整个监狱。
每当夜深，林基路被狂吠的狗叫声惊醒时，往往想起也被囚禁了的爱人和孩子。一弯淡月忧郁如梦，平和恬然，静静地悄悄地走来，无言地望着男牢和女牢。林基路又以爱人和其他被囚禁的女同志的心情写了《思夫曲》。这首《思夫曲》也由陈谷音谱曲，传到女牢，被女战友唱起来。
怀念那笼中的猛虎，
是我梦里的人儿；
苍天为我叫月儿缺圆，
夜色荒芜；
草木为我在窗外含愁，
长夜悲哭！
高挺着胸脯，
迈开结实的脚步；
跟我可爱的人儿，
踏上斗争征途！
黎明就在眼前，
黑暗已到尽头！
1943年3月10日，即重庆的“新疆审判团”到达迪化的这一天，林基路被押往第二监狱。盛世才及其特务为了制造所谓“四一二共产党阴谋暴动案”，先逮捕了由新疆学院毕业后，在省民政厅任职的乔国仁，在乔国仁受刑昏迷的时候，把事前伪造好的“供词”拿来，强行按上乔国仁的指印，栽赃陷害毛泽民、林基路等，然后株连在新疆的所有共产党员以及进步人士。1943年1月盛世才精心筹划的有各机关和学校头头参加的“公审大会”上，乔国仁掠开伤痕累累的胸膛，当众揭穿了盛世才刑讯逼供，诬陷中国共产党的真相，揭穿了这次“公审”的鬼把戏。盛世才在激怒之下，下令处死了乔国仁。乔国仁多才多艺，演戏、画画、木刻、打球样样在行，新疆学院校刊《新芒》的各期封面都是他设计的。他向往革命，对教务长林基路最倾心，他是林基路培养的一个突出代表。
林基路被带到候审室，突闻隔壁传来熟悉的声音，正在大声疾呼，抗议盛世才的暴行。知道是同乡战友马殊，便要求出去小便，路过刑讯室窗口时用台山话说了一声“好”。马殊听到乡音，知道是林基路在鼓舞他。
刑讯室正面横匾上挂着盛世才的手谕“刑死勿论”，两边摆着各种沾满血渍的刑具。在这里，不知有多少人惨死在刑具之下。特务要林基路供出“共产党阴谋暴动案”的经过。林基路不禁怒火中烧，霍然挺身，愤慨指出栽赃陷害只能进一步暴露盛世才的丑恶嘴脸，决不能玷污光明磊落的共产党。独权者多的是淫威，特务大使酷刑，先是针刺指尖，接着又把他按在“老虎凳”上。他双腿被铁杠压住，胸膛被平板扣紧，在惨烈的疼痛中一次次昏死过去，一次次被水浇醒。他清醒时，见到扣压在胸膛的平板上有一行用指甲划写的字：“一九四三年三月十一日小马受刑致死。”他知道“小马”就是马殊，也用指甲在这行字的后面划上了“小林”二字。林基路和他的同乡战友在生命的关键时刻，意志淬火，光华四溅。
林基路被拖回牢房，隔壁的马殊唱台山木鱼歌同他联系。林基路听见，自编木鱼回唱：
指尖刺烂心如铁，虎凳见诗添小林，
严刑当做家常饭，烈火焚烧见赤金。
台山木鱼歌，敌人听不懂。此后，马殊趁狱卒酒醉的机会，从其衫袋拿过一支铅笔。他在被窝里将铅笔咬开，取出铅芯分成两截，一截留下自己用，一截藏在厕所，唱台山木鱼歌通知林基路去取。他俩通过厕所交换字条，互相鼓励，并肩战斗。林基路4月27日给马殊的字条写着文天祥的诗句“留取丹心照汗青”。马殊回条写着《囚徒歌》的诗句：“洒我们的鲜血，染成红旗，万载飘扬！”
林基路和马殊被分隔的更远，林基路在西边16号大牢，马殊在北边30号的单人牢。他俩联系困难了，但林基路还是设法传递给马殊六个字“独立自主，自力更生”。这是他给马殊的最后一次字条。
1943年9月27日，月黑风高。公安处长李英奇，以及富宝廉和几名刽子手来到第二监狱，与监狱长张思信执行盛世才发自重庆的杀人电令。他们把陈潭秋、毛泽民、林基路分别带进刑讯室，用绳勒死，又趁夜把尸体用汽车拉到六道湾，埋在荒芜的山坡上。
四野一片深沉的黑色。黎明前黑茫茫的大地旷野，充满了出奇的寂静，但是黎明的到来毕竟不可抗拒。看，从那苍茫的遥远的地平线深处，从那东方的群山背后，已经闪现出一道微茫的白色曦光，那正是新的黎明即将喷薄。
新疆监狱的共产党员1946年获释返回延安。在中央党校追悼新疆死难烈士会上，王韵雪、朱旦华、陈茵素等女同志吟唱《思夫曲》。歌声透出浓浓的悲情，透出永无止息的遥想和怀念。这歌声和陈潭秋、毛泽民、林基路等的名字曾一起在新疆的天空中飞翔。《囚徒歌》和《思夫曲》穿透时间的烟云，直至今天仍像虹一样地亮在人们的心上，温暖而亮丽。
胡杨是新疆大漠中的奇迹。这种树“活上一千年不死，死了一千年不倒，倒下一千年不朽”。陈潭秋、毛泽民、林基路等所代表的正直、朴素、真诚和献身精神具有不灭的价值和意义，就像大漠中的胡杨，不死、不倒、不朽。他们具有远大理想而又积极行动，其正大弘毅的人格对我们这个民族来说有着永恒的意义。