仁宗嘉祐六年（1061），王安石由三司度支判官而知制诰，此时又有《上时政书》，指出“方今朝廷之位，未可谓能得贤才；政事所施，未可谓能合法度。官乱于上，民贫于下，风俗日以薄，财力日以困穷；而陛下高居深拱，未尝有询考讲求之意，此臣所以为陛下计而不能无慨然者也。夫因循苟且，逸豫而无为，可以侥幸一时，而不可以旷日持久。”并提出：“有为之时，莫急于今日。”这是他继《上仁宗皇帝言事书》之后的又一次慨然进言，但与前者一样，照例未受到仁宗的注意。
英宗即位后，王安石虽先后任直集贤院、知制诰、纠察在京刑狱等朝官，但因议事与朝廷和大臣们每不合，故郁闷失意。《宋史·本传》载其两事：
“有少年得斗鹑（善斗之鹌鹑鸟），其侪（chái，同辈）求之不与，恃（靠着）与之昵（亲近）辄持去，少年追杀之。开封（开封府）当此人死，安石驳曰：‘按律，公取、窃取皆为盗。此不与而彼携以去，是盗也；追而杀之，是捕盗也，虽死当勿论。’遂劾府司。府官不伏，事下审刑、大理，皆以府断为是。诏放（免）安石罪，当诣阁门谢。安石曰：‘我无罪。’不肯谢。”
“时有诏舍人院无得申请除改文字，安石争之曰：审如是（如果真是这样），则舍人不得复行其职，而一听大臣所为，自非大臣欲倾侧而为私，则立法不当如此。今大臣之弱者不敢为陛下守法，而强者挟上旨（挟持皇上的旨意）以造令（伪造法令），谏官、御史无敢逆其意者，臣实惧焉。”
这两件事，前者表现了王安石独特的思维方式、判案理念及其不服输的斗争精神，后者则借诏令限制舍人院履行职责而直斥权臣“弄法”。正因王安石敢于抗上，“语皆侵执政，由是益之与忤。”王安石因说话冒犯当权者，当权者更加有意和他过不去。这不能不使王安石感到愤愤然，而他在朝廷又处于孤掌难鸣的境地，他的改革设想也都成了水中月，镜中花。
此后数年，王安石因丁母忧而退居江宁，从事著述和讲学活动，终英宗之世，朝廷屡召不起。可以说整个英宗朝是王安石一生中度过的一个相当郁闷的时期，同时也可以说，他退居江宁数年，也是他等待机会，以便大展宏图的准备时期。果然，冬天一过，春天即来。治平四年（1067），英宗去世，神宗即位，王安石终于迎来了自己政治上的黄金时期。