冯云山被拜上帝会会众营救出狱后，1848年冬往广东寻找洪秀全。1849年7月，两人重返紫荆山。这时，广西到处发生天地会领导的群众反抗斗争。而清方在这里的统治力量又很薄弱。巡抚郑祖琛“专事慈柔，工于粉饰”。州县逢迎其意，味敷衍。提督闵正凤也是“专讲应酬，于纪律运筹无所知”。在有利的形势下，拜上帝会的力量迅速发展起来，以紫荆山为中心，东由平南、藤县，西至贵县，北起武宣、象州，南迄陆川、博白，以及广东的信宜、高州、清远等地，都有它的组织。拜上帝会的基本群众是汉、壮、瑶等族的农民，还有矿工、手工业者、挑夫、小贩以及无业游民等。此外，还有些农村知识分子和家境富裕而社会地位较低的人也参加进来。拜上帝会在发展和斗争中，形成了以洪秀全为首的领导核心，成员有冯云山、杨秀清、萧朝贵、韦昌辉和石达开。
拜上帝会经过积极的酝酿和准备，起义的条件已经成熟。1850年春夏间，洪秀全要求各地会众到金田村“团营”，整编队伍。在获得消息后，各地会众扶老携幼，1万多人陆续到金田会合，途中不断与拦阻的清军、团练发生战斗。
金田团营前后，会众根据“同食同穿”的精神，“将田产屋宇变卖，易为现金，而将切所有缴纳于公库，全体衣食俱由公款开支，律平均”。这种制度是适应战争需要而采取的项重要措施，在起义初期，对于保持起义队伍的团结和纪律，发扬艰苦战斗的精神，起了定的作用。
清廷得到广西到处起事的消息，颇为重视，先后将闵正凤、郑祖琛革职，调固原提督向荣为广西提督，起用前云贵总督林则徐为钦差大臣兼署广西巡抚，赴桂主持军务。
1850年11月，林则徐行至广东普宁县途次病故，清廷改派前两江总督李星沅为饮差大臣。
拜上帝会会众到金田团营后，按军事编制建立了支队伍，与清军展开战斗。12月底，在平南县思旺击溃清军。1851年1月1日，在金田附近的蔡村江大败清军，杀副将伊克坦布。这两次胜仗，稳定了金田的形势。
从金田起义到定都天京1850年1月11日（道光十年十月初十日）是洪秀全38岁生日。洪秀全率众在金田宣布起义，建号太平天国。气势磅礴的太平天国农民战争从此开始了。
金田起义后，洪秀全随即颁布军纪条：遵条命；别男行女行；秋毫莫犯；公心和傩（睦），各遵头目约束；同心合力，不得临阵退缩。这条军纪，对加强太平军的团结和战斗力，赢得广大群众的拥护，争取战争的不断胜利，起了重要的保证作用。
在这之前，清政府对拜上帝会的情况并不了解，认为是“乌合之众”，把主要力量用来镇压天地会起义。钦差大臣李星沅奉命进入广西时，金田起义已经爆发，才发现太平军“实为群贼之尤”，不得不据实上报，并主张“聚集精兵，全国攻剿”。他把从广西、广东、云南、贵州、湖北、福建调集的军队万多人派往桂平，广西提督向荣亲至前线指挥。
5月，李星沅在武宣病死。清政府派大学士、钦差大臣赛尚阿赴广西督办军务，命广州副都统乌兰泰为帮办，并调蒙古都统巴清德等协同指挥军队，对太平军进行围攻。
太平军撤离东乡，辗转进至平南。8月，在平南宫村击溃向荣部队，取得了大胜利。于是乘胜前进，举攻克了永安州（今蒙山县）。这是太平天国金田起义以来占领的第座城市。
在永安，太平军进行休整补充，并颁行了天历，制订各种制度。1851年12月17日，洪秀全颁布封王诏令：杨秀清为东王，萧朝贵为西王，冯云山为南王，韦昌辉为北王，石达开为翼王。太平天国的中央政权组织初步形成，这对于加强领导、发展队伍具有重要意义。诏令还规定，西王以下各王俱受东王节制。杨秀清实际上掌握了太平天国的军政大权。
太平军在永安停留了半年多的时间。清军3万多人陆续开到永安，包围了州城。
由于城中粮、盐、弹药都很缺乏，1852年4月5日深夜，太平军突围北上。太平军北上途中，所向披靡，直逼桂林城下。桂林是广西省会，清军负隅顽抗。太平军专攻个月，未能攻克，于是转进全州。6月3日，太平军攻克全州。在攻打全州时，冯云山不幸中炮，身负重伤，不久于蓑衣渡去世，使太平天国失去了位优秀的领导人和组织者。
太平军撤离全州后，即以广西入湖南，于6月12日攻克道州。8月17日，太平军进克湖南重镇郴州。在道州与郴州，天地会及劳动群众参加起义队伍的，为数很多。太平军至此已约有10万人。
在郴州，洪秀全、杨秀清派萧朝贵率军从间道疾行北上，于9月11日直逼湖南省城长沙。次日，萧朝贵在攻城时不幸中炮负伤，随后去世。11月30日，洪秀全、杨秀清放弃攻打长沙的行动，移营转进。12月，攻克益阳，轻取岳州，获得大量军火、船只，数千船民、纤夫踊跃加入起义队伍，组织水营。从此，太平军有了支庞大的水师，这对于后来进军长江中下游起了重要作用。
1852年底，太平军由岳州进入湖北。水陆两路，沿江而下，连克湖北重镇汉阳、汉口，围攻武昌。1853年1月12日，太平军攻克武昌城。清湖北巡抚常大淳等败死。
武昌是长江中游的政治、军事重镇，湖北省会。太平军第次攻占座省城，影响很大。清朝统治者大为震惊，加紧进行战争部署，将钦差大臣、署湖广总督徐广缙革职拿问，命署湖北提督向荣为钦差大臣专办两湖军务，以两江总督陆建瀛为钦差大臣防守安徽、江苏，以署河南巡抚琦善为钦差大臣驻防河南，妄图堵截太平军，挽回节节败退的危局。
太平军在武昌停留了将近月。1853年2月，洪秀全、杨秀清放弃武昌，统率大军，水陆并进，浩浩荡荡，蔽江东下，以摧枯拉朽之势，连克江西江、安徽安庆、芜湖、和州等地。3月8日，太平军兵临南京城下，水陆连营，“直望无际”，“既众且整”，使南京城里的敌人“望之夺气”。3月19日，太平军攻破南京外城，斩两江总督陆建瀛等。20日，攻克内城，杀江宁将军祥厚等，完全占领了南京。太平天国把南京改称天京，正式建立了与清王朝对峙的政权。
3月31日，罗大纲等率军攻克江南重镇镇江；4月1日，林凤祥、李开芳（均壮族）率军攻克江北重镇扬州，肃清了天京外围的残敌。
太平天国从金田起义后，仅仅经过两年多的战斗，席卷了广西、湖南、湖北、江西、安徽、江苏省，最后定都南京，取得了伟大的胜利。
清政府的疯狂反扑1850年2月，道光帝死去，其子奕讠宁继位，次年改元咸丰。太平军的巨大胜利，引起了清政府的极端恐慌，咸丰帝急忙采取对策，以挽救危机。
清廷因旗兵、绿营兵屡战屡败，便采取过去镇压川楚白莲教起义的办法，在1853年初命令长江南北各省在籍官绅协助地方当局举办团练。团练是种地主武装，分“乡勇”和“团勇”两种形式。随营打仗，由官府发给口粮的是乡勇；地主筑堡防守，由地方自筹口粮的是团勇。1853年1月至3月间，在湖南、安徽等10个省，咸丰帝先后任命了43个团练大臣。曾国藩建立的湘军就是在这种情况下发展起来的。
湘军在组织上，以湖南地主豪绅和封建文人作为骨干，以同乡、同学、宗族、亲友、师生等封建关系作为纽带，结成牢固的内部联系，建立严格的封建个人隶属关系，以各级将领为中心，先设官，然后由官召兵，统领自选营官，营官自选哨官，哨官自选什长，什长自选兵丁。由是自兵丁起，各人对其上级，“皆如子弟之视其父兄”，各级官弁层层相依，整个湘军只服从曾国藩人，纠正了绿营散漫的弊病，也开创了中国近代军阀军队的先例。在思想上，湘军以程朱理学作为精神支柱，以维护封建的纲常名教相标榜，官员常以封建卫道者自居，兵丁多为山野农民，被灌输忠义思想，成为清廷的武装工具。在军事上，购买洋枪、洋炮，并设置船厂，制造战船，装备自己。这样，曾国藩及其湘军就成为太平天国最凶残的敌人和最主要的对手。
清政府为了筹集军饷，千方百计地榨取人民。除了扩大捐纳，卖官鬻爵和广开捐输，勒索商民报效，以及对国赋采取附征和漕粮勒折浮收等外，主要的措施是设厘金、发票钞、行大钱。
厘金是种工商税，分为两种：种是行商的货物通过税，称为行厘，又称活厘；种是坐贾的商品交易税，称为坐厘，又称板厘。按价征收，值百抽，百分之为厘，故称为“厘金”。1853年10月，帮办江北大营军务大臣雷以讠咸在扬州附近的仙女庙、邵伯埭等镇设厘金所开征，充作军饷，半年后即征收钱2万串。第年，厘金制推行到许多地区，清廷令各省仿行，至50年代末已遍及全国，成为清末固定的税收制度，直至民国期间，即1931年方始裁撤。清政府通过厘金，每年搜括到数以千万两的白银。厘金不仅对工商业者和劳动人民是种沉重的经济勒索，而且严重阻碍商品经济和近代资本主义工商业的发展。
清政府还于1853年发票钞，行大钱。票是指“户部官票”，以银两为单位，又名“银票”，票面载有银两数，分1两、2两、3两、5两、10两、50两等。钞是指“大清宝钞”，以钱文为单位，又名“钱票”，票面载有制钱数，分500文、1000文、1500文……，直至百千文等，规定官票银两抵钱2000文，宝钞2000文抵银1两，全国通行。至1860年止，清政府共发行官票、宝钞合银2330余万两。与此同时，还铸造劣质铜、铁大钱，铜大钱分当、当十、当十、当百、当百、当千6种；铁大钱分当、当、当十，3种。至1861年止，仅户、工两部铸造的大钱共合银826万余两。由于清廷滥发票钞，滥铸大钱，引起了“百物腾贵”和货币贬值。1858—1859年间，十铜大钱每枚仅制钱文，人民深受其害。
太平军北伐、西征太平天国除在天京严密设防外，1853年5月又分兵北伐和西征，对清政府统治区实行了大规模的主动出击。
北伐的总目标是直捣清朝的都城北京。1853年5月8日，林凤祥、李开芳等率军约万数千人，自扬州出发，开始了北伐进军。北伐军在浦口上岸，经安徽北上，路连破州县，6月入河南，在归德（今商丘）毙伤清军3000余人。北伐军沿黄河南岸西进，攻省城开封，不克。于是在汜水、巩县之间渡过黄河，7月进围怀庆（今沁阳）。清政府派直隶总督讷尔经额为钦差大臣，调集北方兵力约2万人防堵。北伐军在这里同清军展开了激烈的争夺战，围攻将近两个月，未能攻克。9月，北伐军遂撤围，入山西，复经河南入直隶，克军事重镇临氵名关，讷尔经额军被击溃。10月，进占深州。咸丰皇帝命惠亲王绵愉和科尔沁郡王僧格林沁调集军队阻挡北伐军。京中官绅逃迁者3万多户，情况极为混乱。北伐军乘虚东进，前锋直抵杨柳青，进逼天津。清军决运河堤放水，北伐军进攻天津受阻，屯据静海、独流。时届隆冬，北伐军粮尽衣缺，于1854年2月南撤，5月转据东光县连镇待援。天京派出的援军，曾到达山东境内，不幸在临清失败。北伐军听到援军北上的消息，由李开芳分兵自连镇南下接应，被清军位于山东高唐州。北伐军被截断在两地，处境更为困难。连镇被清军合围，林凤祥及太平军将士同敌人英勇战斗，坚持至1855年3月粮尽失守。林凤祥受伤被俘，在北京惨遭杀害。连镇陷落后，扼守高唐州的北伐军由李开芳率领南下，突围至茌平县冯官屯。清军引运河水灌冯官屯，北伐军屡次突围都未能成功。5月31日，李开芳就俘，北伐最后失败。
太平军在北伐的同时，还派兵西征。西征的战略目的在于确保天京，夺取安庆、江、武昌这大军事据点，控制长江中游，发展在南中国的势力。
1853年6月，胡以晃、赖汉英、曾天养等率太平军溯江西上。西征军进展极为顺利，当月即攻克安庆，进围南昌。9月，撤南昌之围，攻下江。此后，西征军分为两支。
支由胡以晃等率领，以安庆为基地，经略皖北。1854年1月，攻克皖北重镇庐州（今合肥），安徽巡抚江忠源投水自杀。太平军占领安徽的广大地区，成为西征军的运输要道，也是太平天国的主要给养地，在军事上、经济上直是举足轻重的战略要地。
另支由韦俊等率领，自江沿江西上，1853年10月再克汉口、汉阳，因兵力不足，退守黄州。曾天养率部来援，于1854年2月在黄州大败清军，湖广总督吴文镕投水而死。西征军乘胜克汉口、汉阳，6月再克武昌。
西征军在湖北获得辉煌胜利后，攻入湖南，遇到了曾国藩湘军的顽抗。1854年2月，湘军倾巢出动，曾国藩发表了《讨粤匪檄》。在这篇檄文里，他攻击太平天国农民战争是“荼毒生灵”，“举中国数千年礼义人伦诗书典则，旦扫地荡尽。此岂独我大清之奇变，乃开辟以来名教之奇变，我孔子、孟子之所痛哭于原”，接着号召“凡读书识字者，又乌可袖手安坐，不思为之所也”，以动员切反对势力起来镇压太平天国。
进入湖南的太平军于4月再占岳州，大败湘军，并乘胜进占湘潭，钳制长沙。太平军同湘军水陆激战7天，伤亡很大。5月，湘潭沦陷，太平军突围走靖港。这时，靖港的太平军几乎全歼湘军水师。曾国藩羞怒交加，投水寻死，被随从救起。太平军在靖港的胜利，并没挽回湘潭失败所造成的局势，被迫放弃钳制长沙消灭湘军的计划，从而给曾国藩以喘息的机会。曾国藩用了将近3个月的时间，重造战船，准备反扑。7月湘军重新出动，攻陷岳州。
这年10月，湘军和湖北兵勇反扑武汉。太平军迎击，战斗整天，武昌、汉阳相继失守，停泊在汉水的大批船只也被湘军焚毁。1855年1月，湘军进逼江。这时，太平军在西征战场上处于严重不利地位，曾国藩的气焰极为嚣张，叫嚷要“肃清江面，直捣金陵”。
面对这个局势，太平天国领导人决定先集中力量打击西线湘军。1855年1月，由石达开为统帅，率大军西援。西征援军到达湖口后，用诱敌深入、以少胜多的灵活战术，在湖口和江两次战役中痛歼湘军水师，使敌军“辎重丧失，不复成军”。曾国藩率残兵败将逃往南昌。太平军乘胜西进，2月底占汉阳，4月第次克复武昌。这年年底，太平军向江西进军，至翌年3月间，在短短的个月中，江西13府中的7府1州50余县，都落入太平军手中。曾国藩困守的南昌，处于太平军的包围之中，“呼救无人”，“魂梦屡惊”。
在江西大捷的同时，太平天国领导集团又在天京外围组织了场激烈的破围战。
这场战斗，是从保卫镇江开始的。清军于1855年围困镇江，吴如孝坚守待援。1856年2月，燕王秦日纲奉命自上游赴援。4月，吴如孝与秦日纲内外夹击，大败清军。太平军随即乘胜渡江，大败江北大营统帅托明阿军，连克扬州、浦口，江北大营120余座营垒纷纷溃散。6月，太平军又回师镇江，大破清营十座，江苏巡抚吉尔杭阿自杀。太平军又乘胜攻破江南大营，向荣率残军逃至丹阳毙命。太平军击溃江北、江南大营，解除了威胁天京3年之久的军事压力，取得了又个辉煌的胜利。
太平天国通过3年多激烈的军事斗争，在长江中下游，取得了重大成就，控制了从武昌到镇江长江沿岸的城镇，安徽、江西、湖北东部以及江苏的部分地区都为太平天国所掌握。
《天朝田亩制度》
太平天国定都天京后，颁布了《天朝田亩制度》。
《天朝田亩制度》的基本内容，是根据“凡天下田，天下人同耕”的原则，把每亩土地按每年产量的多少，分为上、中、下级等，然后好田坏田互相搭配，好坏各半，按人口平均分配。凡16岁以上的男女每人得到份同等数量的土地，15岁以下的减半。
同时，还提出“丰荒相通”、以丰赈荒的调剂办法。
除了解决土地问题之外，《天朝田亩制度》还对农副业生产和分配等问题，做了系列具体规定。生产和分配，都由农村政权的基层组织“两”来实行管理，每25户为“两”。分得土地的农民，都要参加农副业生产劳动。“凡天下，树墙下以桑。凡妇，蚕绩缝衣裳。凡天下，每家母鸡、母彘，无失其时”。“凡十家中，陶冶木石等匠，俱用伍长及伍卒为之，农隙治事”。
在分配问题上，规定每“两”生产的农副业产品，“除足其十家每人所食可接新谷外，余则归国库。凡麦、豆、苎麻、布帛、鸡犬各物及银钱亦然”。25家中婚丧等事所需要的银钱粮食，都由每“两”所设的国库开支。鳏寡孤独、疾病残废等丧失劳动能力的人，都由国库供养。
太平天国的领导们希望通过这样的方案，建立“有田同耕，有饭同食，有衣同穿，有钱同使，无处不均匀，无人不饱暖”的理想社会。
《天朝田亩制度》所提出的平分土地方案，是农民阶级对地主土地所有制的否定。
但是，《天朝田亩制度》所规定的分配土地和“通天下皆式”的社会经济生活方案，是要在小生产的基础上废除私有制和平均切社会财富，以求人人平等，是农民的绝对平均主义思想。这种方案不可能使社会生产力向前发展，相反，它将使社会生产力停滞在分散的小农经济的水平上，把农业和家庭手工业相结合的自给自足的自然经济理想化、固定化。因此，它又具有违反社会发展规律的落后性。这个文件还规定天王的高度集权，官员的世袭制等，都表现了封建的等级关系。
天足和女状元太平天国实行解放妇女的革命政策。洪秀全在革命初期就宣传“天下多女子尽是姊妹之群”，提倡男女平等。金田起义后，太平军中男女并肩作战，“男将女将尽持刀”“同心放胆同杀妖”。
在太平天国革命势力所到之处，大批妇女踊跃参军参战。著名的“天朝女杰”苏娘，就是金田起义后参加太平军的。苏娘是广东省灵山县个贫苦农民的女儿，很小就失去了父母，后来参加农民起义军并和天地会首领苏结婚。不久，丈夫被清政府杀害，但她毫不退缩，踏着丈夫的血迹继续战斗。太平天国起义后，苏娘便带领2000多人跟随太平军转战南北，直打到天京。
在太平军里，还出现了许多年老的妇女。梁立泰《家册》记载，梁立泰的母亲胡大妹，年过半百，同儿媳道从老家桂平县白河氵于来到金田村入营，随军作战，到天京后被封为后军女军帅。妇女参加革命，给太平天国增添了新的力量。起义初期，女军人数近3000人，打到天京时就增加到40个军，达10万人之多。在太平军女军中，设有女总制、女监军、女军师以及女族长等官职。
这支生龙活虎、能骑善战的女军，同男军样，“当腰横长刀，短窄袖衣服，骑马能怒驰，黄巾成其足”，驰骋疆场，冲锋陷阵，屡建功劳。1852年9月太平军攻打长沙时，指挥作战的西王萧朝贵突然中炮牺牲，敌人乘机发起猛攻。在这关键时刻，只见营中员女将纵马向前，挥戈上阵，英勇顽强地继续指挥战斗。要问这名女将是谁？她就是洪秀全的妹妹、萧朝贵的妻子洪宣娇。洪宣娇带领男兵女兵，不顾敌人的炮火，突破层层封锁，插入敌营，杀得敌人胆战心惊，狼狈逃跑。洪宣娇英勇作战的事迹鼓舞着广大的妇女，当时流传着首歌谣：“妇女跟着洪宣娇，会打火枪会耍刀”。
太平天国的妇女在战场上是杀敌的英雄，在生产中是劳动的能手。在天京城里，妇女也按军事编制组成“女营”，有组织有领导地从事集体劳动。身强力壮的妇女担负着守城任务，白天挖战壕，晚上巡逻放哨；会刺绣的妇女分配到“绣锦营”，从事手工业劳动；其余的妇女担负着运土、送竹签、割麦、割稻等任务。
太平天国的妇女不仅能武，还能文，同男子样接受教育、参加考试。太平天国于1853年曾设了女科考试，洪宣娇亲任主考官。第个考中“女状元”的是南京女子傅善祥。这位饱受辛酸的妇女，生下来就跟着哥嫂度日。18岁那年丈夫死去，婆婆几次要把她卖给别人。后来她好不容易冲出虎口参加太平军。洪秀全非常重视女状元，任傅善祥为“女丞相”。当时有“文有傅善祥，武有洪宣娇”之说。傅善祥除了批答文件、管理营中机要外，后来还负责婚礼工作。
太平天国的婚姻制度也是种新的创举。1954年在浙江绍兴发现两份太平天国时期的结婚证书——“合挥”，上面登记着结婚人的姓名、年岁、籍贯等项目，上面盖有龙凤图章。从这张“合挥”可以看出，太平天国的婚姻制度不仅严肃认真，而且证明太平天国废除了买卖婚姻，建立了男女自由结合的新婚制。
随着革命的深入，妇女缠足的恶习也被禁止。妇女缠足是自代以来封建统治阶级残害妇女的种公开刑罚，脚要小，只有把骨头果断才行。真是“小脚双，眼泪缸”。太平天国禁止缠足，使广大妇女从这种痛苦中解放出来。
“亚罗号事件”
英国继第次鸦片战争，于1856年10月借口“亚罗”号事件又向中国发动了第次鸦片战争。
“亚罗”号是中国船。船的主人叫苏亚成。他曾经在香港购买过张登记证，因为期满，所以没有挂英国国旗。10月8日，亚罗号从厦门开往广州，停泊在黄埔。广东水师千总梁定国接到份报告，说有几名海盗藏在这条船上，逮捕了船上12名中国水手。
这时，英国驻广东领事巴夏礼蛮横无理地加以干涉，硬说“亚罗”号是英国船，中国人上船捕人是违反了中英条约。并且说广东水师曾扯下船上悬挂的英国国旗，这是对英国的侮辱。广东水师在中国船上捕人，完全是中国的内政，根本与英国毫无关系。英国人之所以这样制造事端，是为了寻找块踏脚石，发动侵略战争。为此目的，巴夏礼在英国公使包令的指使下，向清政府提出了“有礼貌地送还被捕水手；书面道歉；担保以后尊敬英国国旗”等无理要求，限令48小时答复。同时，巴夏礼亲自到包令那里接受指示，决定借此机会向清政府发动武装进攻。
英舰炮轰广州1856年10月23日，3艘英舰由西马糜各里上将率领，溯珠江边开炮边前进，驻守在猎德、中流沙炮台的守兵并非毫无还击之力，只因奉叶名琛“敌船入内，不可放炮还击”之令，在英舰炮击声中，被迫撤离。
英军不战而占广州城外各炮台，但并未达到胁迫叶名琛就范的目的，乃于26日扬言，即日将炮击广州城。26日起的天之内，英舰炮以及已被英军占领的海珠炮台的炮火，集中袭击叶名琛的衙署。28日，火烧临近督署的靖海门外带。29日，叶名琛从总督衙署撤至内城的巡抚衙门办公。英舰面以更密集的炮火集中轰击督署，面以部分兵力登岸攻扑广州外城，巴夏礼声称“定破此城”。广大清军忍无可忍，奋起抗击，展开了英舰炮击广州以来的第场激战。抚标中军参将凌芳亲自发射火枪，击毙英军多名，在鏖战中不幸中弹伤重而死，成为第次鸦片战争中壮烈殉国的第位清军将领。驻守城东万寿宫带的乡勇，以长枪与登岸英军搏斗，毙敌数人。在爱国官兵和乡勇的激励下，叶名琛也传令“杀敌名，赏百金”。英军入新城者不满百人，伤亡已近30，在军民奋起抗击下，不敢久留，有几个人在总督衙门转了圈，就匆匆退回船上。
10月30日至11月4日，炮击与谈判并举，英方想以炮火为后盾，在谈判桌上捞到好处，但并没有如愿。11月6日晨，英舰炮击东定炮台，清军水师23只战船驶近敌舰，炮战半个多小时，炮台守军也发炮还击，共毙敌百余名。
许多清军爱国官兵在困难条件下，主动袭击英军，打了不少胜仗：12月1日，千总苏海率领35艘战船，在虎洋大败英军，叶名琛立即奖励官兵们1250元大洋，以表彰他们的功绩。3日，群英军从广州城东的河上登岸，千总邓安邦率东莞勇奋力抵御，激战两小时，毙伤敌数十名，英军狼狈遁逃回船。同时，壮勇也埋伏在英军途经的两旁空屋，从窗户里施放冷枪，直打得英军晕头转向。1857年1月4日，清军出动了300多只沙船，向英国舰船发起猛烈进攻。路约有100只配备大炮的大小沙船的船队，在临近英舰时炮弹齐发，到江水涨潮时，这支船队安全撤至小河中。另路约200只沙船的船队，连同从小河驶来的另20多只沙船，当接近英舰时，集中向英舰开炮。经小时的河上炮战，清军沙船才撤回到小河中。英方也不得不惊呼：“中国人打仗，向无如此大胆，其战法亦较前为胜。”西马糜各里恼羞成怒，派军队纵火焚烧了广州附近几千家民房，但是这支纵火队在走近城墙时，突然遭到射击，死伤15人，给英国侵略军以应得的惩罚。清军和乡勇还每于深夜驾小艇袭击英军据点，从江上、陆上，广泛开展袭扰战。
敌酋西马糜各里已经“饱受数以百计的中国舢板的袭扰”和“火船以及其他设计巧妙而又凶险的兵器的攻击”，只得于1月下旬，将入侵的英舰撤出珠江内河，退往虎门口外的大黄氵窖炮台带待援。
1857年春，“亚罗”号事件的消息传到伦敦。英国政府立即召开内阁会议，强行通过了扩大侵略战争的提案，并且任命额尔金为全权大使，率支侵略军前来中国。同时还向法、美、沙俄政府发出照会，提议联合出兵。
法国政府如获至宝，早在“亚罗号”事件之前，法国天主教神甫马赖在1853年非法潜入广西西林县，借传教为名，勾结官府，包庇教徒，行凶作恶，激起民愤。1856年2月西林县新任知县张鸣凤将马赖等不法教徒等26人逮捕，并将马赖及教徒人处死，这就是“马神甫事件”。法国政府接到英国照会，借“马神甫事件”，打起“为保护圣教而战”的幌子，任命葛罗为全权大使，并派支侵略军队开往中国。美、俄两国认为这是个不可失的机会，也派出了全权大使，同英、法密切配合，从中渔利。1857年秋，英、法、美、俄国强盗会集在香港，阴谋策划“联合行动”。
大沽口战役1859年6月，英法联军以重兵集结在大沽口外。负责登陆作战指挥的是英军舰队司令贺布，英国投入的舰艇和兵力均占联军总数的绝大多数，是这次进攻作战的主凶。
法国则是伙同制订作战计划、密切协同作战的帮凶。法国特使布尔布隆在给法国外交大臣的封信中直言不讳：“旦冲突发生，我们的旗帜就应该和英国的旗帜在起飘扬。”
由钦差大臣僧格林沁统指挥的前线清军总兵力共计约2万名，除了驻屯在山海关作为机动的5000名外，驻守在大沽南北各炮台的第线守军约4000名，各种口径的火炮共60门。可见，这次临战前的防御部署，较之上年，大有改观，做好了在海口、在炮台、在陆上还击英法联军的准备。
联军企图打通海口通道的活动在前几天已经开始，而双方展开激战则是在6月25日。下午1时30分，贺布向联军下达了攻击令，炮火攻击的主要目标是大沽南北各炮台。贺布本人则在旗舰行鸟鸟号上指挥作战。他们前几天用望远镜窥看炮台情况，只见火炮都用草席盖着，也不见守军踪影，满以为清军并无戒备，可以和上年样，举摧毁，从容登陆，兵临京津。殊不知僧格林沁预有准备，尤其注意伪装隐蔽，在炮台白天不见旗帜，夜间不闻更鼓，守军却于暗处，无时不在密切注视敌军动静，故虽处于守势，却掌握了作战的主动权，以逸待劳、后发制人，任凭联军放炮试探，守军并不还击。25日，联军舰炮以密集的炮火，企图举摧毁我炮台时，僧格林沁见还击时机已到，遂令迅速撤除火炮上的掩盖草帘，按前已精确计算过的距离，各炮台的火炮向英法战舰猛烈还击，很快就压住了舰炮的火力。据参战联军目击者记载：“炮艇刚开始攻击第道障碍物，炮台的炮眼就顿时全打开了，这支小小的舰队遂遭到打得准且又打得猛的炮火的袭击。过不会，有好几艘船就被打得不能动了，人员在炮火下也越打越少，”旗舰行鸟鸟号的舰长拉桑被弹片击中而毙命，舰队司令贺布也受了伤。炮击战持续到下午5时，参战的英法舰艇全被击伤，炮艇茶隼号和庇护号被清军的炮火击中沉没，有的舰艇在滩头搁浅，成为死目标，无法撤出战斗。
在这场激烈的大沽炮战中，直隶提督史荣椿率部坚守南岸中炮台，指挥以炮火还击，击沉敌舰，忽腹部中弹，仍指挥部众，大呼杀贼而死。大沽协副将龙汝元守北岸前炮台，亲自点火发炮还击，因胸部中弹，牺牲在炮台上。清军这两位高级将领，以前曾奉命与太平军作过战，但最后在反侵略战争中，血洒海疆，为国捐躯，不愧是舍生取义的英雄。此战还有都司、千总、把总等武官与兵弁32人阵亡，以小的代价，换取了巨大胜利。
7月间，英法公使以及他们的残舰败兵，终于灰溜溜地南逃了。
中英中法《天津条约》
1857年10月，额尔金和葛罗率舰到达香港。12月，英法联军5600余人在珠江口集结。美国公使列威廉和俄国公使普提雅廷也到达香港，与英、法合谋侵华。24、27日，额尔金、葛罗列叶名琛等发出通牒，第次通牒限48小时内让出广州城。叶名琛忠实执行清政府“息兵为要”的方针，不事战守。28日，英法联军炮击广州，并登陆攻城。都统来存、千总邓安邦等率兵顽强抵御，次日失守。叶名琛被俘，被解往印度加尔各答，1859年病死于由所。广州将军穆克德讷、广东巡抚柏贵投降；柏贵在以巴夏礼为首的“联军委员会”的监督下继续担任原职，供敌驱使。侵略军占领广州期间，当地人民在佛山镇成立团练局，集合数万人，经常武装攻城，使城中敌人胆战心惊。香港、澳门爱国同胞也纷纷罢工罢业，以示抗议。
英国联军根据其本国政府在出兵时的指示，要和北京直接打交道，以迫使清政府就范，决定北上，进攻大沽。1858年4月，英、法、俄、美国公使率舰陆续来到大沽口外，分别照会清政府，提出侵略条款，要求指派全权大臣进行谈判。俄、美的照会还表示愿意充当“调停人”。清政府派直隶总督谭廷襄为钦差大臣到大沽谈判，英、法竟蛮横地限令天内答复其要求，否则即诉诸动力。5月20日，英、法军舰闯入白河，炮轰大沽炮台。守台将士英勇还击，然而谭廷襄等人毫无斗志，争相西逃，大沽失陷。英法联军溯白河北上，26日，侵入天津城郊，并扬言要进攻北京。清政府慌忙另派大学士桂良、吏部尚书花沙纳为钦差大臣赶往天津议和。
6月初，谈判开始。英国代表骄横要挟，俄、美公使则扮演“调停人”角色，从中渔利。俄使普提雅廷施展奸诈手段，诱逼清政府于6月12日首先签订了中俄《天津条约》，攫取了沿海通商、内地传教、领事裁判权和片面最惠国待遇等系列特权；并且还特别规定，两国派员查勘“以前未经订明边界”，“务将边界清理补入此次和约之内”，为沙俄进步侵占中国领土埋下伏笔。美使列卫廉于6月18日逼签了中美《天津条约》，也攫取了许多特权。
6月26日、27日，中英《天津条约》、中法《天津条约》分别签字。主要内容有：①公使常驻北京；②增开牛庄（后改营口）、登州（后改烟台）、台湾（后定为台南）、淡水、潮州（后改汕头）、琼州、汉口、江、南京、镇江为通商口岸；③英、法等国人可往内地游历、通商、自由传教；④外国商船可在长江各口岸往来；⑤修改税则，减轻商船吨税；⑥对英赔款银400万两，对法赔款银200万两。11月，桂良等在上海又同英、法、美国分别签订了《通商章程善后条约》，规定：①鸦片贸易合法化；②中国海关由英国人“帮办税务”；③海关对进出口货物照时价值百抽征税；④洋货运销内地，只纳按价值2.5%的子口税外，免征切内地税。《天津条约》和《通商章程善后条约》的签订，进步破坏了中国的主权，加深了中国社会的半殖民地化。
中英中法《北京条约》
英法联军大沽战败的消息传到欧洲，英、法统治阶级内部片战争喧嚣。他们叫嚷要对中国“实行大规模的报复”，“攻打中国沿海各地，占领京城，将皇帝逐出皇宫”，借以“教训中国人”，让英国人“成为中国人的主人”。1860年2月，英、法两国政府分别再度任命额尔金和葛罗为全权代表，率领英军18000余人，法军约7000人，船舰200余艘，来华扩大侵略战争。4月，英法联军占领舟山。5月、6月，英军占大连，法军占烟台，封锁渤海湾。俄使伊格纳季耶夫和美使华若翰也于7月赶到渤海湾，再次以“调停人”为名，配合英、法行动。
清政府在大沽获胜后，幻想就此与英、法罢兵言和。当英、法舰队逼临大沽海口时，咸丰皇帝还谕示僧格林沁、恒福“不可贪功挑衅”，“总须以抚局为要”，并派恒福与英、法使者谈判。僧格林沁认为北塘左右皆系盐滩，敌军“登岸不易”；即使越过盐滩，“北塘后路现有马队各营，该夷亦不能直抄炮台之后”，因而专守大沽，尽弃北塘防务。伊格纳季耶夫向英法联军提供了北塘未设防的情报。
8月1日，英、法军舰30多艘，由“俄夷引路，占据北塘”。12月，侵略军大举向新河、军粮城发动进攻。僧格林沁所部蒙古骑兵英勇冲锋反击，在侵略军猛烈炮火轰击下，“精锐耗竭”。14日，塘沽失陷。21日，联军水陆协同，进攻大沽北岸炮台。守台清军在直隶提督乐善指挥下，英勇抗击。战斗直到晚上，炮台终于失守，乐善和爱国官兵全部壮烈牺牲。驻守南岸炮台的僧格林沁，在咸丰皇帝“以国家依赖之身，与丑夷拼命，太不值矣”的谕示下，于当晚将防守官兵全部撤走。大沽陷落。侵略军长驱直入，24日占领天津。清政府急派桂良等到天津议和。在谈判中，英、法提出，须全部接受《天津条约》外，还要求增开天津为通商口岸、增加赔款以及各带兵千人进京换约等。清政府坚持先退兵，并不许带兵进京换约，谈判破裂。俄使伊格纳季耶夫竭力煽动英法联军“尽快进入通州，不使僧王有在这个城市设防的时间。”9月初，英法联军从天津向北京进犯。清政府再派怡亲王载垣、兵部尚书穆荫为钦差大臣，到通州议和。由于双方争执不下，谈判再次破裂。
9月18日，英法联军进攻张家湾，清军顽强抵抗，伤亡很大，通州陷落。21日，清军与敌军在里桥激战，“奋不顾身，齐声大呼杀贼，进如山倒”。主帅僧格林沁等撤队反奔，致使全军动摇，而遭败绩。22日，咸丰皇帝带领后妃和批官员仓皇逃往热河（今河北承德），留下其弟恭亲王奕讠斤负责议和。伊格纳季耶夫又向英、法提供了有关情报和北京平面图。10月初，侵略军占领圆明园。这座经营了150多年，综合中西建筑艺术成就，聚集了今艺术珍品和历代图书典籍，世界上少有的壮丽宫殿和园林，在惨遭侵略军大肆抢掠后，又被纵火焚毁。13日，英法联军占领安定门，控制了北京城。
英法联军扬言还要炮轰北京城，捣毁皇宫。奕讠斤乞请俄国公使从中斡旋。俄使伊格纳季耶夫提出解决俄中边界作为他调解的先决条件，然后对弈讠斤说，中国“必须立刻同意联军的切要求”。奕讠斤在英、法武力逼迫和俄国恫吓挟制下，于10月24日、25日分别与额尔金、葛罗交换了《天津条约》批准书，并签订了中英、中法《北京条约》。
中英、中法《北京条约》不仅承认《天津条约》完全有效，而且又规定：①增开天津为商埠；②准许英、法招募华工出国；③割让龙司，归英属香港界内；④退还以前没收的天主教堂资产，法方还擅自在中文约本上增加：“并任法国传教士在各省租买田地，建造自便”；⑤赔偿英、法军费各增至800万两，恤金英国50万两，法国20万两。
经过第次鸦片战争和《天津条约》、《北京条约》的签订，中国丧失了更多的主权，中国社会半殖民地地位进步加深，中国人民的苦难更加深重了。
中俄《瑷珲条约》
鸦片战争以后，沙俄加紧向我国东北和西北边疆大肆进行以掠夺领土为中心的侵略扩张活动。
1850年8月，沙俄侵占我国黑龙江口的重镇庙街，并以沙皇的名字把庙街更为尼古拉耶夫斯克。至1853年底，沙俄侵略势力已经扩张到了兴衮河和黑龙江下游两岸以及口外整个中国领海，并侵占了库页岛。
沙俄侵占了庙街和库页岛等地后，继续入侵我国黑龙江流域。1854年1月，沙皇尼古拉世批准了俄国东西伯利亚总督穆拉维约夫提出的“武装航行黑龙江”计划。
1858年5月，乘英法联军进犯天津、威胁北京之际，穆拉维约夫率领兵船多艘驶至瑷珲，向清朝黑龙江将军奕山提出俄方拟定的条约草案，宣称以黑龙江为边界，黑龙江以北的中国领土归属俄国，如果不从，俄国将联合英国对华作战。奕山辩驳说，中俄边界在格尔必齐河和外兴安岭，早经中俄《尼布楚条约》明文规定，从无更改，只有乌第河未经定界，有待议定。双方交涉时，俄国兵船鸣枪放炮，以武力相威胁。5月28日，奕山被迫签订了不平等的中俄《瑷珲条约》。条约的主要内容为：黑龙江以北、外兴安岭以南60多万平方公里的中国领土划归俄国，仅在瑷珲对岸精奇里江（今俄国结雅河）以南的小块地区仍保留中国方面的永久居住和管辖权；乌苏里江以东的中国领土划为中俄“共管”；原属中国内河的黑龙江和乌苏里江，此后只准中、俄两国船只往来，别国不得航行。清政府没有批准《瑷珲条约》，并对奕山等人予以处分。沙俄无视条约是非法的，竟把瑷珲北岸的海兰泡改名为“报喜城”（布拉戈维申斯克）。沙皇亚历山大世特颁嘉奖，晋封穆拉维约夫为阿穆尔（黑龙江）斯基伯爵。
中俄《北京条约》和《勘分西北界约记》
1860年10月底，俄国公使伊格纳季耶夫自称“调停有功”，并以帮助镇压太平军为诱饵，向奕讠斤提交了份新的中俄条约草案和俄国单方面绘制的东部边界地图，逼迫奕讠斤“字不能更易”地接受，否则“兵端不难屡兴”。11月14日，奕讠斤被迫签订了不平等的中俄《北京条约》。
中俄《北京条约》除迫使清政府确认《瑷珲条约》外，还规定：（）乌苏里江以东地区40余万平方公里的中国领土割让给俄国，惟“遇有中国人住之处及中国人所占渔猎之地，俄国均不得占，仍准中国人照常渔猎”。（）中俄西部未定边界，“此后应顺山岭、大河之流及现在中国常驻卡伦等处，及1728年（即雍正年）所立沙宾达巴哈之界牌末处起，往西直至斋桑湖，自此往西顺天山之特穆尔图淖尔（伊塞克湖），南至浩罕边界为界”。（）俄国取得在库伦（今蒙古国乌兰巴托）、张家口、喀什噶尔等地免税贸易、设立领事并享有领事裁判权。通过中俄《北京条约》，沙俄不仅把《瑷珲条约》规定划为中俄“共管”的乌苏里江以东的中国领土强行割占，而且又为割占中国西部领土制造了“根据”。条约还为俄扩大对华商品输出和进步侵略新疆、蒙古地区创造了有利条件。沙俄还把条约签订前年由它单方面绘制的边界地图，当作条约附图强加给中国，清政府拒绝签字。
1861年6月，中俄双方代表签订了《勘分东界约记》。这次勘界，实际上仅勘分了兴凯湖以南的陆界，并没有勘分乌苏里江和黑龙江的水界，只是在这张比例小于百万分之的地图上画了条红线，表示两国以这两条江为界，它既不表明也不可能表明边界线在江中的确切位置。在勘界和立界牌中，俄方力图多占中国领土。勘界立牌后，又不断蚕食我方土地，搬移界牌，肆行侵占。
自1862年8月起，清朝勘界大臣明谊和沙俄政府全权代表巴布科夫、扎哈罗夫等，在塔尔巴哈台（今新疆塔城）开始勘分西北边界的谈判。中国的西部疆界原在巴勒喀什池（今俄国巴尔喀什湖）。自18世纪初叶起，沙俄不断进窥该地以东以南地区。通过中俄《北京条约》，沙俄强行规定中俄西段边界的走向，把清朝设在境内城镇附近的常驻卡伦指为分界标志，把中国的内湖斋桑泊和特穆尔图淖尔（今俄国伊塞克湖）指为界湖。
随后，俄国出兵强占中国境内山隘、要津，垒石立界，制造既成事实。在谈判过程中，俄方代表态度蛮横，硬要中方接受其划界方案，并多次出动军队袭击博罗的吉尔等卡伦，甚至扬言攻取喀什噶尔和伊犁。明谊严正拒绝俄方方案，谈判中断。
1864年10月，在塔城重开谈判。俄国派兵威逼塔城卡外，巴布科夫坚持中国必须按照俄国的分界议单划界，“若不照此办理，稍有更改，我们立即起程回国，只好派兵强占”。负责总理衙门的奕讠斤再指令明谊妥协让步，惟恐如不接受俄方议单，“将兵连祸结，必致更难收拾”。10月7日，明谊签订勘界议定书中俄《勘分西北界约记》。具体划定了从沙宾达巴哈山口（今俄境）起至浩罕边界为止的中俄西段边界。据此，沙俄割占了巴尔喀什湖以东以南，包括斋桑湖、特穆尔图淖尔在内的计约44万多平方公里的中国领土。
沙俄是第次鸦片战争最大的获利者。它通过《瑷珲条约》、《北京条约》和系列的勘界条约，侵占了我国144万多平方公里的领土。
“借师助剿”方针的提出第次鸦片战争期间，中国社会矛盾出现了复杂的局面。方面英法联军进犯津、京，清政府逃往热河；另方面太平天国仍然雄踞长江中下游，北方的捻军也异常活跃，构成了对清王朝的巨大威胁。清政府始终把太平天国和捻军看成是心腹之患，外国侵略只是“肘腋之忧”。第次鸦片战争结束，外国侵略者认识到应当扶植清政府作为他们压迫和奴役中国人民的工具，而太平天国则是他们侵略中国的障碍，因此表示愿意出兵帮助清政府镇压太平天国。法国侵华军全权代表葛罗在中法《北京条约》签订周后，就向奕讠斤表示“愿为中国攻剿发逆”。俄国公使伊格纳切夫也在中俄《北京条约》签订的当日，即1860年11月14日，以及19、21日次向奕讠斤表示要送枪炮给中国，并教会中国铸造枪炮，协助清军进攻江南太平军。后来，英、美两国也表示愿意支持清政府。
但是清朝统治阶级内部对于“助剿”的看法还不致。
清政府在《北京条约》签订后，就“借师助剿”问题，征询在北京的奕讠斤和地方上有关督抚的意见。江苏巡抚薛焕、两江总督曾国藩等先后在1860年12月及1861年1月奏报，表示拥护。
当时，负责北京议和的奕讠斤、桂良和文祥看到《北京条约》签订后，英法联军撤退，并不想推翻清王朝的统治，而是要清政府履行条约，成为更加驯服的工具。他们认为外国侵略者不过是“肢体之患”，而太平天国、捻军等农民起义才是“心腹之害”。他们主张对外国侵略者应当保持“和好”，“可以信义笼络”，并且向咸丰帝建议：“今日之御夷，譬如蜀之待吴，蜀与吴，仇敌也，而诸葛亮秉政，仍遣使通好，约共讨魏。”要咸丰帝像蜀国联吴抗魏那样，联合外国侵略者共同镇压太平天国运动。
不久，总理衙门成立，奕讠斤等人担任总理大臣，他们在1861年7月7日再次奏请咸丰帝，“自臣等笼络英法以来，目前尚称安静，似可就而且匿我，若不亟乘此时，卧薪尝胆，中外同心，以灭贼为志，诚恐机会失，则贼情愈张”。“中外同心，以灭贼为志”的“借师助剿”方针，就此确立；并且得到地方实力派的赞成和支持。但是奕讠斤等派人当时尚未掌握清政府的实权，因此这方针未能作为项政策得到贯彻执行。
当时清政府的实权是掌握在随咸丰帝逃往热河的另派人手中。这派人以协办大学士、户部尚书肃顺，怡亲王载垣和郑亲王端华为首。他们同奕讠斤等人在坚决镇压太平天国运动、维护封建统治这点上没有两样，但对于外国侵略者还心存疑忌，并且骄傲自大，仍以天朝自居，极端守旧，主张排外。他们对咸丰帝的影响很大，奕讠斤等人曾再奏请咸丰帝回北京，以削弱他们的影响，但肃顺等人却极力劝阻。
咸丰十年月十日（公历8月22日），咸丰帝奕讠宁死于热河。
临终，奕讠宁宣布以他唯的儿子载淳为太子，继承皇位，令载垣、端华、肃顺等人为赞襄政务大臣，辅佐幼帝，主持朝政。此举引起了奕讠斤及东宫太后慈安和西宫太后慈禧的不满，于是奕讠斤与两宫太后合谋，准备发动政变，将大臣逐出权力中心。
10月，咸丰帝灵柩由热河启程运往北京。两宫太后携同幼帝载淳，间道而进，11月1日先期到达北京。这时，奕讠斤在京已经作好政变的准备。两宫太后及小皇帝抵京，政变立即进入实质性阶段，而肃顺等人还拥着灵柩在返京途中。同日，宫中颁下御旨，将大臣中的载垣、肃顺、端华解职，其余人退出军机处，令恭亲王奕讠斤的同各部大臣讨论两宫太后垂帘听政礼仪。载垣不知这是对方早已安排下的步骤，出面阻止奕讠斤入宫议事，内廷下谕将载垣革职拿问。随后，又下道谕旨，将载垣、肃顺、端华革职下狱，严行议罪。当夜，支人马在密云逮捕了护送咸丰灵柩的肃顺等人。随后，下令赐死载垣、端华，将肃顺“斩立决”。其余诸人律革职或革职发配。
11月3日，两宫皇太后在养心殿东暖阁垂帘听政，恭亲王奕讠斤以议政王身份主持朝政，政变宣告成功。因这年是农历辛酉年，历史上也称为“辛酉政变”。原拟次年使用的祺祥年号，在政变后，改拟为“同治”，意为两宫太后共同治理国家。
从此中外反动势力相互勾结，开始了全面镇压太平天国的运动。
天国内讧太平天国定都天京后，颁布、实行了系列制度和政策，进行了北伐、西征和天京城外的破围战。到1856年上半年，除北伐战争失败外，太平军在湖北、江西、安徽等战场都取得了很大胜利，又在扬州打垮了江北大营，在镇江和天京击溃了江南大营，从而达到了军事上的全盛时期。但是，军事上的胜利，并不意味着政权的巩固，相反，起义队伍中的各种矛盾和弱点越来越明显地暴露出来了。
建都天京后，太平天国领袖们的思想作风发生了变化。起义初期那种“敝衣草履，徒步相从”的朴素的思想作风多被抛弃，代之而起的则是对权利名位和奢侈生活的追求。太平军进入南京后，立即大兴土木，把两江总督衙门扩建为天王府，拆毁了大批民房，动用了成千上万的男女工劳力，“半载方成，穷极壮丽”，旋因大火烧毁。1854年又在原址复建，周围十余里，宫殿林苑，“金碧辉煌”，“侈丽无匹”。东王府的修建也是“穷极工巧，聘心悦目”。至如冠履服饰、仪卫舆马等，都备极奢华。此外，天王还不断选取民间秀女入宫。
太平天国领袖们之间的关系逐渐疏远，原来“寝食必俱，情同骨肉”，变为“彼此暌隔，猜忌日生”，宗派色彩日益明显。
杨秀清有出色的政治和军事才能，太平天国起义前期能够取得那样巨大的发展，是和他的领导分不开的。但是，随着起义的发展和个人权势的上升，杨秀清骄傲专横的倾向日益严重地表现出来。1856年8、9月间，江南大营被打垮，天京被包围的形势暂时解除，杨秀清乘机进步扩大个人权势，“逼天王到东王府封其万岁”。洪秀全虽然答应了杨秀清的要求，但立即密令在江西督师的韦昌辉、在湖北督师的石达开迅速返回天京。
接到洪秀全的密令后，韦昌辉立即率领心腹部队3000多人于9月1日深夜赶到天京，包围了东王府，次晨将杨秀清及其眷属杀死。接着天京城内发生混战，太平天国优秀将领和战士2万多人死亡。经过这场屠杀，韦昌辉控制了天京，独揽军政大权，在天京造成恐怖局面。
9月中旬，石达开从湖北赶到天京。他回到天京后，责备韦昌辉不该滥杀。韦昌辉又企图杀死石达开。石达开闻讯后连夜逃往安庆，他在天京的家老小全部被韦昌辉杀害。于是石达开调集在安徽的部队，进驻宁国附近，要求洪秀全惩办韦昌辉。韦昌辉的屠杀和专擅横暴，激起了天京广大将士的愤怒。洪秀全接受将士们的要求，于11月初杀死了韦昌辉及其心腹200多人，结束了韦昌辉对天京历时约2个月的恐怖统治。
11月底，石达开回到天京。洪秀全命他提理政务，“合朝欢悦”。但是，洪秀全经杨韦事件之后，对石达开也存有疑忌，所以封他自己的长兄洪仁发为安王、次兄洪仁达为福王，以牵制石达开。石达开被迫于1857年6月离开天京，率部独立作战。他的这行动，使太平军的兵力大大分散和削弱，便利了敌人的进攻。
石达开率兵从安庆出发，起初在江西、浙江、福建等省活动，屡战不利。从1859年起，转战于湖南、广西、湖北、川、云南、贵州等省，多次击败清军，对这些地区的群众起义有定的推动作用。但是，他脱离天京后，毕竟是孤军作战，没有建立根据地，粮食、武器等补给困难，部队的战斗力日益削弱，军心逐渐涣散，分离、叛降的情况不断出现。
1863年5月，石达开在川大渡江紫打地（安顺场）陷入清军包围，屡战失利，伤亡惨重，部队只剩下7000余人，粮食断绝。石达开走投无路，自带5岁的儿子石定忠、宰辅曾仕和等入清营，希望以停止最后的抵抗来换取保全残部。这显然是不切实际的幻想。
他的余部2000余人被清军于夜之间屠杀净尽，其余已经遣散的陆续被杀害。石达开本人被解赴成都凌迟处死，“临刑之际，神色怡然”，“辞气不卑不亢，不作摇尾乞怜之语”。
李秀成、陈玉成力挽危局天京变乱使太平天国的大好形势急剧逆转，但此时，各地的反清斗争还在发展。第次鸦片战争正在进行，中外反动势力尚未完全勾结，清廷对湘军仍有猜忌，曾国藩亦未曾获得更大的权力，这些客观情况对太平天国来说，均属有利条件，使洪秀全得以作出各种努力，挽救危局。
1859年4月，洪秀全的族弟洪仁玕来到天京，立即受到重用。5月间，洪仁玕被封为干王，总理全国政事。接着在6月和12月先后封陈玉成为英王，李秀成为忠王。
1858年8月上旬，陈玉成与李秀成及各路将领在安徽枞阳镇（今桐城县西南）举行军事会议，决定联合作战，共解天京之围。会后，陈玉成率部于8月23日攻克庐州，9月25日在滁州乌衣镇与李秀成部会师，合击江北大营德兴阿和胜保的军队，歼灭4000余人。26日，又在江浦小店（今永宁镇）歼灭江南大营援军5000人，进军浦口，再次击溃江北大营，清军“死于浦口万余人”，并于9月底攻占江浦、天长。10月间，占领扬州、合，恢复了天京与江北的交通，稳定了天京的形势。
正当太平军进攻江北大营并乘机肃清江北敌军时，湘军主力李续宾部乘机攻陷皖北、太湖、潜山、桐城、舒城等地，进犯太平军的重要据点庐州的河镇。洪秀全命令陈玉成、李秀成率部救援，1858年11月7日，陈玉成率军到达庐江县西面的白石山和河镇南面的金牛镇，切断李续宾的后路。同时，命令庐州守将吴如孝会合捻军南下，截击自舒城出犯的敌援军。李秀成也率部赶来，屯兵于白石山作为后援。11月14日，陈、李大军夹攻李续宾大营，15日，湘军反扑，陈玉成诱敌人入包围圈、陈、李大军汇合从河镇出击的吴定规部，将李续宾所部团团围住，经过激烈战斗，全歼李续宾、曾国华（曾国藩弟）等文武官员400余人和湘军6000人。
河大捷后，围攻安庆的湘军仓惶逃走，陈玉成、李秀成乘胜进兵，收复了桐城、潜山、太湖等地，皖北复归太平军所有。当年12月，李世贤在皖南宁国湾沚镇大破清军；杨辅清在江西占领景德镇，屡败清军。天京上游局势暂时得到稳定，基本上扭转了领导集团分裂后的军事危机。但从总的形势来看，战略防御的地位并未根本改变。
1858年下半年，太平军浦口、河战役的胜利，使革命形势有了好转，并迫使清政府无力再建立江北大营，在1859年3月明令将它撤销。但是江南大营加紧围困天京，东线形势复趋恶化。西线曾国藩湘军自河战败后，仍坚持夺取安庆的计划。1859年10月22日，韦俊又献池州降敌，翌年4月，湘军进犯安庆。
1860年1月，太平军在芜湖召集会议，洪仁玕与李秀成定计，联合各军，采用佯攻杭州，调虎离山，然后粉碎江南大营的作战方案。洪秀全批准了这方案。2月，李秀成、李世贤率军分别由皖南直趋浙江，两军于29日占领安吉，3月5日占长兴后，又分为，李世贤攻湖州；李秀成军则冒充敌军旗帜号衣，沿莫干山东麓，自妙的、武康进袭杭州。3月11日，李秀成所率精兵进抵杭州城下，19日，攻占杭州。苏杭是江南的粮饷基地，江南大营不得不分兵1.3万余人前往救援，清军援兵在23日方才到达杭州城外。
李秀成大军便在24日夜撤离杭州，由小路急返天京。4月8日，在安徽建平（今郎溪）召开军事会议，商定解救天京之围的详细计划。此时，陈玉成已经率部自皖西经庐州、全椒进攻滁州，正在全椒带活动，等待时机进援天京。4月底，太平军李秀成、陈玉成、李世贤、杨辅清、刘官芳等路大军10余万人齐集天京城外。5月2日，猛攻江南大营，城内守军也分头出击，6日，彻底摧毁江南大营，大营中所存饷银数十万两及军火局的枪炮、火药、铅子等均为太平军所获，击溃清军3万余人，天京解围。
围歼江南大营后，洪秀全于1860年5月间在天京召开军事会议，批准了洪仁玕提出的先取苏、杭，然后挥师沿江西上，分南北两路进攻武汉，以救安庆的计划。
1860年5月15日，李秀成率军东进，当日攻克句容，19日占领丹阳，江南大营帮办军务张国木梁落水而死。接着连克常州、无锡，钦差大臣和春在浒墅关自杀。天京城外江南大营的营垒长壕，均被太平军荡平。自此，清政府再也无法恢复江南大营。清军从丹阳、常州带溃逃时，抢劫烧杀，退至苏州后，又在繁盛的阊门、金门之外纵火焚烧昼夜，以期阻止太平军。清军的野蛮行径激起了当地人民义愤，6月初，当李秀成大军压境时，苏州人民积极配合，使太平军于6月2日顺利地占领苏州，同时又占领江阴。稍后，又在当月攻克昆山、太仓、嘉定、青浦等地，7月1日占领松江，大军直至上海近郊，建立了以苏州为首府的苏福省。
此时，陈玉成也率部渡江，先后进攻扬州、全椒。7月下旬南下，自天京经宜兴攻入浙江，连克安吉、于潜、临安、余杭、富阳等地，8月初进抵杭州卖鱼桥。后因上游情况紧急，陈玉成于8月9日自余杭带撤去。
《资政新篇》
1859年4月，洪仁皚从香港来到天京。金田起义后，洪仁皚迫于清军缉捕，于1852年避居香港。他在香港亲自接触到些西方资本主义的文化，又因与外国传教士往来较多，所受基督教的影响也较深。他到天京后不久，被封为干王，总理太平天国朝政。
洪仁皚向洪秀全提出了个统筹全局的方案——《资政新篇》。在政治方面，他主张立政的关键，“惟在乎设法用人之得其当”。所谓“设法”，就是制定法律、制度。他指出立法的重要性，认为英国之所以成为当时“最强之邦，由法善也”。他反对“结党联盟”，针对当时存在分散、离心的倾向，强调要“自大至小，由上而下，权归于”。
在经济方面，洪仁皚主张效法西方资本主义，发展近代交通运输事业，包括兴建铁路公路、修浚河道、行驶轮船、兴办邮政等；发展金融事业，包括兴办银行、发行纸币、推广保险等。他还主张奖励民间开矿、制造火轮车轮船及其他“器皿技艺”。
在思想文化、风俗习惯方面，他主张设学馆、医院，建跛盲聋哑院、鳏寡孤独院、礼拜堂、育婴堂，禁庙宇寺观，革阴阳煞，除流堕民，禁溺婴及买卖人口和使用奴婢，严禁鸦片入口。他还批判了那种“不务实学，专事服文”的学风，在《戒浮文巧言喻》中，主张“文以纪实”、“言贵从心”，提倡“切实明透，使人目了然”的浅明文体。
在外交方面，洪仁皚主张同资本主义国家自由通商，进行文化交流，但外人不得干涉太平天国的内政和“国法”。
洪仁皚的这些建议，具有鲜明的资本主义色彩，符合当时中国社会发展的客观要求，比起农民中原有的平均主义理想，这是个大进步。他不仅重视中外文化交流和吸收外国先进的科学技术，而且主张采用西方资本主义国家的若干有关政策。他在“向西方学习”这点上，超过了同时代的些地主阶级知识分子。但《资政新篇》除洪秀全表示大多赞同外，在太平军内部没有引起积极反应，也没有实行过。
第次西征太平军破江南大营，东下苏杭，占领苏南、浙西许多州县，而此时英法联军又再次扩大侵略战争，进攻大沽，京津岌岌可危。清廷为了挽回江南败局，于1860年6月8日任命曾国藩署理两江总督，8月10日，改为实授，并任命他为钦差大臣，督办江南军务，节制大江南北水陆各军，湘军的势力自此急剧扩大。曾国藩军政大权在握，调集湘军及清军约8万人加紧围攻安庆，天京上游形势紧张。安庆是天京的西北屏障，太平军必守的战略据点。
1860年9月，洪秀全召集陈玉成、李秀成等在天京会商，决定仍按5月间天京会议所定计划，由陈、李分兵南北两路同时西上，另增李世贤、杨辅清两军在长江南岸配合，并规定南北两路军于1861年4月在武昌会师，迫使湘军救援湖北，以解安庆之围。这防御性的进攻，就是第次西征。
陈玉成率领的北路军，于1860年9月30日，自天京渡江北上，向安徽进发。10月，在皖北与捻军联合，声势大振，号称10万。于是，暂不向西，南进庐州、桐城，试图顺道解安庆之围。11月下旬，在桐城挂车河带为多隆阿、李续宜所部清军战败，只得引兵到庐江整顿，决意继续西征，奔袭武汉。1861年3月，攻克霍山，越过大别山，挺进湖北，17日克蕲水（今浠水），18日占领黄州（今黄冈），离武汉仅150余里。当时黄州以西清军十分空虚，湖北巡抚胡林翼正帮助曾国藩围攻安庆，得到消息以后，急得吐血。此时，英国侵华舰队司令阿伯，参赞巴夏礼，带领舰队到达汉口，筹划按照《北京条约》的规定进行开市事宜。英国侵略者为了维护侵华利益，出面干涉和阻挠太平军向汉口进军。
巴夏礼到黄州会见陈玉成，以保护武汉商务为名，要太平军远离该埠，以避免与英国发生冲突。陈玉成受到英国侵略者的阻止，又因李秀成未能如期赶到会战，便停止进攻武汉，率领大军北上攻克麻城、德安、随州等城。这时，安庆十分危急，陈玉成派赖文光等留守黄州，等待李秀成，自己在4月22日率军万余人驰救安庆。
李秀成率领的南路军于1860年10月下旬从安徽太平（今当涂）出发，11月16日方才到达芜湖，经繁昌、南陵、石埭等地，于12月1日攻破黟县羊栈岭，离曾国藩老巢祁门大营仅80里，曾国藩因兵力单薄，惊恐万状，写下遗嘱，准备自杀。但李秀成不了解敌情，以为敌人屯驻大军，反而绕道浙江，使曾国藩绝处逢生。李秀成直至1861年2月才率部攻入江西，6月进至湖北，鄂南起义群众纷纷响应，参军者多达30万人。6月15日，攻克黄州对岸的武昌县（今鄂城）。此时，北岸陈玉成已在4月下旬东返救援安庆，只留下赖文光驻守黄州。与李秀成配合西进的李世贤部也在4月下旬于江西乐平被左宗棠战败，回军浙江。杨辅清