在我国，尽快建立科学、规范的政府间财政转移支付制度已经成为普遍的共识。但是，我们在从事现实的制度设计时，还必须考虑到我国的具体国情，揭示出制约转移支付制度建设的各种因素，寻求解决的有效办法和措施，在制度建设的过程中把先进性和可操作性有机地结合起来。
目前，我国正在从计划经济体制向市场经济体制转变，在这样的客观条件下，建立规范、完善的财政转移支付制度将面临以下制约因素：
1.较大的地区间社会经济发展水平差异，以及由此产生的公共支出水平的悬殊差异
我国东南沿海发达地区与中西部地区之间的财政支出总体水平和公共支出水平相差悬殊，如果把公共支出负担企业化的因素考虑在内，那么，这方面的实际差距会更大。由于经济实力的差距难以在短期内消除，实现公共服务水平的地区均衡也将有一个较长的过程，期望所有的差距在一朝一夕就能通过实施均等化转移支付予以填平补齐的想法是不现实的，政府间转移支付的目标和方式都应服从这个事实。
2.明显的二元经济结构
二元经济结构是指在国民经济中，现代部门与传统部门并存，表现在产业结构的发展中，农业发展还处在较落后的情况下，出现了现代工业部门，作为发展中国家，面临着现代经济成长的压力，又存在着庞大的传统经济部门。现代西方经济理论认为在二元经济条件下，现代部门提供物质设施，并与传统部门分享，从而实现扩张效应。现代部门为其自身建立的基础设施，能够被传统部门以边际成本甚至更低的代价使用。而在中国的二元经济结构中，不仅由于现代经济部门发展不足，影响了向传统经济部门提供公共服务的能力，而且由于商品市场和要素市场的不发达，以及户籍制度的限制，使农民与城市居民之间的界限尤为明显。这一界限往往限制了传统经济部门的农民享受现代工业部门创造的公共服务的物质基础。我国目前的公共消费除国防等具有均等化意义外，多数公共服务尤其是福利性色彩较浓的项目是很少包括广大农民在内的，因此在我国要真正实现全社会范围内公共服务水平的均等化的目标，其基础是非常薄弱的。
3.强烈的地方既得利益刚性
地方政府的既得利益一直是财政体制改革中难以逾越的障碍。一定的行政区划决定了地方政府行为的活动空间。在我国，地方政府通常都具有较强的为本地居民谋利益的思想意识和价值观念，而且，地方政府往往比中央政府更直接地承受着本地区经济发展、解决就业和谋求居民福祉极大化的巨大压力，从而迫使地方行政官员必须更多地关注本地区社会经济的发展。地方政府官员出于追求政绩评价指标最优化和横向利益攀比的原因，更加强了维护既得利益的动机。我国前期改革中的财政包干体制使地方政府既得利益刚性得到增强，而目前转移支付制度的双轨制特征很大程度上又是由于维护各级地方政府呈刚性的既得利益的必然结果。地方政府的既得利益刚性使得中央政府在实行纵向均衡时，很少有回旋的余地；在实行横向均衡时更为困难，因为建立科学规范的转移支付，必将改变原有的财政利益分配格局，使某些富裕地区地方政府利益受损，进而受到抵触。但是由于地方政府既得利益刚性现象中还内含着发展经济的内在积极性，因此在建立政府间转移支付制度时，必须适度保护地方政府发展经济的积极性，对地方的既得利益在短期内难以进行大幅度的调整。
4.政府间事权划分不够清晰
政府间事权划分、财权与事权相对称是建立分级财政体制和建立转移支付制度的逻辑起点。反过来讲，政府间转移支付制度作为在合理划分各级政府间事权与财权、支出与收入的基础上调节各级政府间财政能力纵向与横向均衡的财力调节机制，又是分级财政体制的重要组成部分，是财权划分与事权划分相结合的有机体。事权划分以及随后的标准支出需求的确定，是实施均衡拨款的依据。因此，分级财政体制所规定的政府间的职权、事权和财权税权的划分是否合理，各级政府的事权与财权是否统一，是否遵循公平与效率的原则和标准，将直接影响和制约转移支付制度的建立和完善。
目前，我国政府间的职责和事权划分不够明确和清晰，在许多事务上互相推诿，缺位与越位并存；财权（收入权）划分上，由于地方税收立法权缺位，缺乏真正的主题税种和收入来源转而求助于收费、集资、摊派等非规范收入；有些地方并未真正地分税，而是仍沿用旧体制下的分配关系；政府财政预算体制尚不统一，预算外、制度外收入占较大比重等等。可见，分税制财政体制不规范，政府间事权划分不清晰等问题的存在，为准确界定公共收支的规模和服务水平、合理测算各地标准财政收入和支出能力以确定转移支付的范围和规模，增加了难度。
5.统计数字不完整和不准确
规范的转移支付制度在测算转移支付数量时，大都采用因素法，以避免过多的人为因素对制度设计的扭曲。选择有关因素并把它们量化，必须以相关的数据为基础。目前，政府财政统计不健全，在基础性数据的完整性、准确性、代表性等方面都存在着缺陷，造成因素法在执行中未知因素太多，操作难以规范。如对边远欠发达地区的差异等特殊因素难以确定；对一些既无统一支出标准，又难以建立回归模型的支出项目如专款专项支出等，无法准确计算，只能主观地依靠经验数据或实际支出数视同标准支出数；标准收入的测算方面，增值税、营业税和农业特产税等税基还没有一个科学、规范、准确的确定办法等，因此加大了规范转移支付制度方案设计的难度。
这些制约因素和困难的存在表明，我国政府间转移支付制度的规范和完善还需要一个渐进的过程，并且将是一个艰巨和长期的改革任务。