财政转移支付作为协调政府间财政分配关系的基本手段，其目标是实现各地区间社会公共服务水平的基本一致性。在发达市场经济国家，实行转移支付的目标是为了实现财政纵向及横向平衡，实现这两个平衡并不意味着转移支付要达到地区经济发展的均等，也不意味着要达到全国人均财政收入水平的均等，而是要使不同地区经济的居民都享有大体相同的社会服务内容和相似的服务效果。由此可见，尽管世界各国财政转移支付制度要确保政府许多政策目标的实现，但转移支付制度最重要的目标就是要保证全国各地公共服务水平的均等化。各国中央政府对地方政府的转移支付都是力图通过提供大体均等的社会公共服务，来维护国家的统一和稳定，有效配置资源，提供公平竞争的环境，弥补市场机制的缺陷。
1.完善现行转移支付制度的政策目标
从我国的国情来讲，我国社会经济发展表现为地区之间的极不均衡状态，对此，中央已把实施西部大开发，实现各地区均衡协调发展确定为实现新世纪经济发展战略目标的重大举措。缩小中西部地区与东部地区的差距，除了依靠中西部地区自身的资源优势和艰苦奋斗之外，还需给予其必要的政策扶持和资金支持，财政转移支付制度就是其中的一个重要方面。为了维护国家长治久安、社会稳定，促进国民经济持续、健康、协调发展，要充分发挥财政转移支付制度的作用，加快中西部地区基础设施的建设和资源开发，缩小同沿海发达地区的差距，实现各地区、各民族的共同繁荣。
（1）远期目标：全国各地公共服务水平的均等化
借鉴国际经验，结合我国国情，我国转移支付制度的最终目标应当定位于全国各地公共服务水平的均等化上。这个最终目标可具体表述为：完善社会主义市场经济体制下的分税制财政管理体制，理顺中央与地方的财政关系，增强中央宏观调控能力，抑制地区间社会经济的不平衡发展，实现全国范围内各级政府提供公共服务能力的均等化，使全国各地的居民都能享有同等的就业、就学、就医、交通等方面的机会和服务。
（2）近期目标：实现财政的纵向平衡，减小各地区之间的横向不平衡
但是就我国目前的经济状况而言，这样的最终目标在短期内还难以实现，在各地区经济发展、财政收入极不平衡的条件下，转移支付制度的近期目标只能定位在实现财政的纵向平衡（各地财政自身的收支平衡）和减小各地区之间的横向不平衡上。
这是因为，一方面，由于主体税种上划，地方政府收入受到制约，全国有不少地区尤其是中西部地区，单纯依靠自身的固定收入不可能实现纵向平衡。这种不平衡的原因：一是由于自然的、历史的条件差异，造成经济不发达，财政收入不稳定，增长幅度小，自给能力低；二是由于支出刚性强，财政供养人口多，人均财力水平低，工资性支出比重大，社会事业性基础建设欠账多，财政承受能力弱。因此，所形成的收支缺口除了依靠地方政府努力增收节支来缩小以外，上级政府的财政转移支付是确保地方政府正常行使职能的重要经济来源。
另一方面，我国东部沿海同西部边远地区经济状况差异很大，各种基础设施的条件大相径庭，社会公共服务水平高低悬殊。据估计，我国东部沿海最好的和西部最差的地区之间公共服务的成本高低相差竟有10倍之巨，而且这种差距在可以预见的未来还有扩大的趋势。目前，提出实现社会公共服务水平在全国范围的均等化是不现实的，而如何尽快通过科学、合理、规范的财政转移支付，解决贫困地区由于客观因素所造成的纵、横向财政不平衡的突出矛盾，缩小地区间的差距，促进区域经济的均衡发展，是我们最迫切需要研究的问题。因此，当前转移支付的重点应用于：能源、交通、通讯、环保等基础产业和基础设施建设，学校、卫生等公益事业，就业培训、医疗保健等社会保障事业。
2.财政转移支付制度基本模式的选择
根据国际上现有的经验，政府间转移支付的基本模式有两种，即单一的自上而下的纵向财政平衡和以纵向为主、纵横交错的财政平衡。
第一种模式是单一的自上而下的纵向财政平衡——单一纵向模式。它是上级政府通过特定的财政管理体制把各地区所创造的财力数量不等地集中起来，再根据各地区财政收支平衡状况和实施宏观调控政策的需要，将集中起来的部分财政收入数量不等地分配给各地区，以此来实现各地区间财力配置的相对均衡。实际上，我国长期以来就是通过这种方式实施政府转移支付的，而且，目前世界上多数国家的政府间转移支付也都是采取这种方式进行的。我国与其他国家的区别在于，我国以往实行的单一纵向转移支付制度缺乏必要的法律规范，透明度较低，稳定性较差，随意性较大；而许多较先进的国家，包括美国、日本、加拿大等，则是把这种转移支付通过法律形式规范化了，因而稳定性较强，透明度较高，随意性的余地很小。
第二种模式是纵向为主、纵横交错的财政平衡——纵横交错模式。它是对于政府间的转移支付，中央不仅统一立法，并且直接通过特定手段进行纵向的转移支付，但又同时负责组织各地区之间直接的转移支付。其中，纵向转移支付侧重于解决纵向非均衡问题和实现国家的宏观调控政策目标；而横向转移支付侧重解决横向非均衡问题，主要用于解决经济落后地区公共财政开支不足的问题。联邦德国二战后实行的转移支付制度是这种模式的典型代表，并且取得了较好的实践效果。
这两种模式各有利弊，单一纵向模式操作简便，具有稳定性和透明度，但对下级政府强制色彩较浓；纵横交错模式，由于地方政府参与了转移支付过程，体现了地区间的相互支援关系，有利于鞭策后进，鼓励先进，但操作较复杂。两种模式相比较，后一种模式似乎优点更多一些。因为前者在操作上比较简便易行，完全以上级政府为主导，但强制性色彩较浓，透明度或多或少地受到影响。后者在中央政府的主持下，对部分转移支付的实施，吸收地方政府直接参与，且由做出贡献的地方政府按依法计算的结果向接受援助的地方政府直接划拨财政资金，增加了地区之间相互支援的友谊，使做出贡献的地区产生一种荣誉感，对接受援助的地区也会产生鞭策效果。
那么，我国究竟选择哪一种模式更为合适呢？从今后发展趋势看，我国应采取纵向为主、纵横交错的转移支付制度。这一模式更符合我国单一财政体系和地区间发展不平衡的现实，既可以实现国家宏观的调控政策目标，又可以解决经济落后地区公共财政开支不足的问题，还有助于解决各地区经济发展不平衡所带来的各地财政地位不同的问题，体现了地区间的相互支援关系，有利于鞭策后进，鼓励先进。
采取纵向平衡为主、纵横交错的模式，首先，可以减轻中央政府的压力。我国这些年来，平衡地区差异采取的是富裕地区向中央上缴，贫困地区由中央给补助的办法，结果是富裕地区千方百计要求实行各种形式的包干，尽量减少上缴额，而贫困地区则不断提出要求增加补助。这两方面的压力，全部集中到中央财政身上，这也是造成中央财政占全国财政收入比重不断下降的重要原因。如果采用兄弟地区互助模式，即通过财政状况好的地区和财政状况差的地区之间的横向转移，以平衡地方的公共服务能力，从而可以形成一个制约机制，使双方的矛盾互相抵消，这样就大大减轻了中央财政的压力。
同时，面对面的直接交流也有利于各地在平等协商、讨论的过程中加强理解、互相学习，不断提高财政管理的水平。其次，横向转移便于提高转移支付制度的透明度，将富裕地区的贡献及贫困地区得到的援助都摆在明处，从而促进地区之间的团结协作，鞭策贫困地区尽快走上经济高速发展之路。而且地区间一旦形成财政收入的授受关系，双方办理财力的转移，每年度都可迅速、准确地划转结清资金，执行起来简便易行。最后，这种转移支付模式较为便捷明了。均等化转移支付采取横向方式，专项补助或特殊补助采取纵向方式，二者分别达到不同的政策目标，分工明确，便于操作。
但现阶段，根据我国国情，鉴于我国一直采用单一纵向转移支付形式，并有一定的实践经验，与此同时，转移支付目前应着重解决纵向非均衡问题，因此，可以在总结经验的基础上，将单一纵向的转移支付制度法制化、弹性化，增加透明度，减少随意性，逐步健全单一纵向的转移支付制度。而纵横交错的转移支付制度，与完善的分级财政管理体制一样，都应是比较长期的目标。
3.完善转移支付制度的基本原则
我国是一个多民族、人口众多、地理复杂和地区贫富差距较大的发展中国家，我国的国情要求我们在建立转移支付制度时，必须遵循科学的基本原则，只有这样，才能实现上述目标。
（1）科学性原则
对任何一种制度而言，制度本身的科学性是决定这种制度能否生存的前提条件。因此，我国政府间转移支付制度在总体结构、数量规模、操作程序、支付方式、计算方法、机构设置等各方面都要参考国外成功经验并结合我国实际情况认真研究、仔细权衡、精心设计，力求科学、合理，并易于操作。
（2）法制化原则
新的转移支付制度不同于以往一些做法的一个突出特点，应体现在它高度的法制约束性和法制保障性，这也是现代转移支付制度本身不可或缺的重要内涵。由于过去许多规章制度都有任意被改变的情况，因此，我国在建立转移支付制度时，要特别强调法制化原则，运用立法手段来保证这一制度的运作，将其包含的数额确定，支付形式、方式，监督管理及预算、决算都以法律的形式确定下来，做到有法可依，有法必依。
（3）规范化原则
规范化是任何一种制度体系的内在要求。我国以往财政体制下的转移支付之所以没能形成一套完整的体系，一个重要原因就在于其规定和做法杂乱无序，很不规范，因此，新的转移支付制度从形式到内容都要符合规范化要求。转移支付形式规范主要有两大类，即一般转移支付和专项转移支付，其中，前者要按规定选择测算因素、设计公式，然后按因素和公式计算，克服人为的行政干预，力求做到公平、公正、客观；后者是主要用于基础设施建设的，应根据各项基础设施在国家政策中的重要性、规模大小、影响范围等因素，确定中央财政直接负担（补助）的比例。
（4）公正性原则
公正性原则即在核算测定转移支付资金来源和使用时，从制度上保证对不同地区一视同仁，不搞偏袒或歧视，要根据全国各地实际情况和统一考虑的客观因素，公正地测算出每个地方提供基本公共服务所需财力和授受转移支付的数额，不受人为因素干扰。
（5）透明性原则
新的转移支付制度必须改变过去那些决策主观、操作模糊的做法，在转移支付总体安排和各类补助的因素测算、公式设计、标准核实以及支付的各个环节都要坚持公开、透明。中央政府应向全国公布转移支付公式，使每个地区能对其财政总收入（包括转移支付）做出比较准确的估计，以利于其制定预算，并便于互相监督。
（6）配套性原则
在我国目前的财政状况下，中央政府的转移支付能力有限，需要受援的地区很多，客观上要求将转移支付资金用在关键之处，以提高效率。同时，不能只注重财力的援助，而忽视对落后地区的制度改善和创新，若制度变革不到位，即使投入庞大的物力和资金，仍不会达到缩小地区差距的预期。另外，要把转移支付制度与优先在中西部地区安排资源开发和基础设施建设项目、理顺资源性产品价格体系、变地区倾斜政策为产业倾斜政策等有机地结合起来。