日本是实行地方自治制度的单一制国家，行政机构分为中央、都道府县和市町村三级。与此相对应有三级财政：中央财政为第一级，47个都道府县为第二级，3253个市町村为第三级。各级政府都有独立的财政预算。第二次世界大战（简称二战）之后，日本建立了地方自治制度，改变了二战前中央对地方的直接管理和领导体制，财政体制也随之调整，实行了财政立法权集中、执行权分散，财政收入集中、支出使用相对分散的模式。
1.政府间事权与支出划分
日本各级政府的事权严格限制在公共事务方面，民间事务由企业和个人决策，政府不直接干预。在中央与地方之间的事权划分上，地方政府承担的职责较多，有“大地方政府”型地方财政体制之称，使其明显区别于欧美国家的地方财政体制。
日本事权与支出责任划分有以下三种情况：
（1）中央政府的固有事权及支出责任
它包括国防、外交、货币发行、邮政、物价指数控制、司法等，这些均系关系国家全局或与所有地方利益有关的事务。
（2）地方政府的固有事权及支出责任
它包括社会福利、卫生保健、教育、治安、基础设施建设等，这些是属于与当地居民生活密切相关的事务。
（3）中央政府与地方政府的共有事权及支出责任
日本《地方财政法》列举了一些由地方履行、但涉及中央与各级政府相互利害关系或仅影响中央政府利益的事务，其相应的支出责任及所需经费，应由中央政府全部或部分负担，这就形成了政府共有事权及支出责任。它具体包括以下几个方面：
①按照政令规定，必须由地方各级政府或地方政府下属机构办理的，并涉及中央与地方利益的业务，需要由中央主动承担其经费的全部或部分开支，主要包括：义务教育，困难补助，预防疾病，卫生防疫，妇幼保健，残疾人医疗保护，职业学校和残疾人职业培训学校，农业合作社监督与指导，农作物品种改良，保护森林，调整渔业关系，特定区域综合开发计划，土地利用规划等20多项。
②为适应国民经济发展，必须由地方各级政府或地方政府下属机构按既定综合计划进行的，并以法律或政令形式加以规定的土地工程及其他建设项目所需经费，应由中央全额或部分负担其开支，主要包括：新建或改建各种交通、航运设施，新建或改建重要的农林水产设施，城市规划的重点项目，官办住宅建设，社会福利和儿童福利设施，土地开垦与改良，失业救助等。
③必须由地方各级政府或地方政府下属机构办理的，并属法律或政令规定办理的救灾业务中，按照地方税法或拨付地方税法的规定难以得到足够财源，以满足财政支出需要的业务，主要包括：救灾，灾后交通、航运、港口等设施修复，灾后农林水产业设施修复，灾后城市设施修复，灾后官办住宅修复，灾后学校修复，灾后社会福利设施和卫生保健设施修复，灾后社会土地改良和开垦设施修复等。
④涉及国家利害关系的业务所需经费，主要包括：国会议员选举，国家从事的统计和调查，外国人登记，药品检验，鸦片取缔，健康保健、合同工健康保险，卫生福利年金保险，国民年金，劳动事故补偿保险，儿童抚养津贴等。
日本《地方财政法》还规定，地方各级政府办理的，但没有处理权限的业务所需经费，除法律或法令规定以外，中央不能采取措施让地方各级政府负担其经费，例如，警察厅、防卫厅所需经费，设置国家机构所需经费，司法、刑法部门所需经费，国家教育、研究设施所需经费等。此规定的目的是保护地方财政免受来自中央的不合理负担。
日本的《地方自治法》也为都道府县和市町村政府之间职责的划分规定了原则。都道府县应承担以下责任：与全都道府县利益相关的事务，在管理上要求全都道府县统一的事务，需要与多个市町村联络和协调的事务，工作范围超出市町村政府能高效率处理的事务。市町村政府则应承担除了适合于都道府县政府承担之外地方政策和行政管理事务方面的责任。
从日本的财政支出规模看，中央小于地方。1984年，中央财政支出占财政支出的比重为38.4%，地方财政支出占财政支出的比重为61.6%，1986年两个比重分别为38.2%、61.8%。
2.政府间税收权限和税种划分
日本在政府间税收权限的划分上实行中央集权制。
日本共有57个税种，其中，属于中央管理的有25个，属于都道府县管理的有15个，属于市町村管理的有17个。日本基本上不实行共享税或同税源分别征收的办法，分税的特征较为明显。
属于中央的税种有：个人所得税、法人税（公司税）、遗产税、赠与税、酒税、消费税、汽油税、烟草税、机动车吨位税、印花税、注册登记税、土地税、石油天然气税、有价证券交易税、航空燃料税、电力开发促进税、货币发行税、关税等。其中，个人所得税和法人税是中央政府的主体税种，1990年这两个税种的收入占中央税收收入的比重分别为41.6%和31.4%，合计所占比重高达73%，1994年该两税收入合计所占比重为62.4%。
属于都道府县的税种有：居民税、事业税、汽车税、不动产购置税、都道府县烟草税、高尔夫注册税、特别地方消费税、矿区税、固定资产税、狩猎登记税、汽车购置税、轻油交易税等。其中，居民税、事业税是都道府县的主体税种，1992年这两个税种分别占都道府县税收收入的33.1%和38.4%，合计为71.5%。
属于市町村的税种有：市町村居民税、不动产税、轻型机动车税、市町村烟草税、矿产品税、特别土地占有税、（温泉）入浴税、事业所税、都市计划税、国民健康保险税、宅地开发税等。其中，市町村居民税和不动产税是市町村的主体税种，1990年这两个税种分别占市町村税收收入的49.4%和33.4%，合计为82.8%；1992年分别为51.6%和36.4%，合计为88%。
日本税法规定了各级地方政府可征收的税种和标准税率。如果没有特殊财政需要，各地方政府均应使用标准税率，但法律准许两项重要的例外情况：一是地方政府可在一定范围内修改某些税种的税率。二是地方政府通过地方立法可开征新的税种，例如，有11个都道府县开征了燃料税，一些市町村开征了广告税、文化遗产观赏税等税种。虽然开征新税必须由自治省批准，但是只要这些新税种从全国税制和国民经济角度看设计合理，即可获得批准。
在日本的税收收入结构中，中央税收占的比重很大，大约占税收总额的2/3，地方税收约占1/3.这样，单靠地方税收远不能满足地方政府的支出需要。地方税收与地方政府支出之间的差额由中央政府的转移支付来弥补，具体形式包括地方交付税、地方让与税、国库支出金等等。
3.政府间财政转移支付制度
日本中央政府财权财力在握，凡是征收范围广、影响到全国利益的税种，都划为中央税，由中央征收管理的税收占全国税收总收入的2/3左右。但是许多公共事务却又主要依靠地方去办，财政资金也主要由地方去具体使用，地方财政支出占全国财政总支出的2/3左右，财政间的纵向不平衡十分明显。协调财权财力相对集中与事权和财力使用相对分散这一矛盾的办法，便是规范的转移支付制度。其主要手段是设置地方交付税、地方让与税和国库支出金。其中，地方交付税和国库支出金最为重要，占了从中央向地方转移支付的90%。中央政府对地方政府的转移支付占地方财政收入的50%左右，形成了“中央财政筹款，地方财政花钱”的财政运行机制的显著特点。
（1）地方交付税
地方交付税是指中央政府以支持地方政府公平合理地履行其公共职责为目的，将一定比例的所得税、法人税、酒税、消费税和烟草税分配给地方政府使用的一种法律制度。严格地说，地方交付税不是一种税收，而是一种无条件拨款，属于一般性补助，其用途由地方政府自主决定，中央政府不附加条件，也不限定资金用途。地方交付税的目的是通过弥补地方政府的财政收入不足，平衡地方政府的财政能力和地区间提供公共服务能力的差异。地方交付税在整个国税收入中占25%左右，占地方实际收入的20%以上，贫困地方得到的地方交付税比例更高，达30%以上。
地方交付税的规模为：所得税、法人税、酒税收入的32%；消费税收入的24%和烟草税收入的25%。每一年度交付税总额的确定办法是：先按规定的比例计算出交付税的预计收入合计额，然后加上以前年度未分配下去的交付税结余额，或者扣除以前年度的交付税超分配额。
交付税分为普通交付税和特别交付税两种。其中，普通交付税占交付税总额的94%，特别交付税占6%。两者的目的是相同的，但后者是在前者算定以后发生的灾害、欠收等特殊情况下提供的补充性财源。
普通交付税是地方交付税制度的中心内容，它是依据各个地方政府的标准财政支出和标准财政收入之间的差额来进行分配的。确定普通交付税的公式为：
普通交付税额=财源不足额=标准财政支出额——标准财政收入额
标准财政支出是指以合理测定各地方政府的财政支出为目的，根据法定因素测算的各级财政支出。标准财政支出额则是每个行政项目，如消防、警察、教育等所必需的费用之和。每个行政项目费用按一个标准公式计算：
行政项目费用=测定单位×单位费用×修正系数
计算步骤如下：
①确定能够反映每个行政项目资金需要的测定单位。例如，教育费以学校数、教职员数，消防费以居民人口，道路费以道路长度和面积，警务费以警察署数和警务服务的居民人口等为测定单位。
②决定每个测定单位的单位费用。这主要根据都道府县和市町村的标准规划，参考地方预决算来决定。例如，一个标准规划的县级政府拥有170万人口，面积6500平方公里；一个标准规划的市级政府拥有10万人口，面积160平方公里。
③按测定单位的数额和单位费用计算标准财政支出需要额。
④用修正系数调整标准财政支出。这主要是考虑各地方政府的人口规模、人口密度、都市化程度、气候条件等存在一定差异，为保证计算的支出需要合理、妥当，需要对已计算出的标准财政支出需要额乘上修正系数进行调整。
这种系数调整有种类调整、阶段调整、密度调整、形态调整、气候调整、财政能力调整、数值急增或骤减调整等。
标准财政收入是以测定各地方政府的财政收入为目的，根据法定因素测算的各地方财政收入。标准财政收入额须按照各地方政府地方税的预测收入或征税能力计算，但地方税收入预测值并不等于标准财政收入，而只是将其中的一部分作为标准财政收入。这一部分具体到都道府县为80%，市町村为75%。这项规定主要考虑到可能存在未计入标准财政需要额内的其他财政需要。据此，则：
标准财政收入额=标准税收收入的80%（都道府县级）/75%（市町村级）
在计算出各地方政府标准财政支出额和标准财政收入额之后，如果前者小于后者，就不再向该地方政府支付普通交付税。反之，对于那些标准财政支出额大于标准财政收入额的地区，中央政府就应支付普通交付税，以弥补财政缺口。目前，在日本的47个都道府县中，只有东京都和大阪府未接受这种交付税。普通交付税在平衡地方财力方面的效果是十分明显的。在1989年的财政年度中，47个都道府县中财政能力指数（基本财政收入与基本支出需求的比例），最高的依次是东京都、大阪府、爱知县和神奈川县。最低的一组是高知县、岛根县、青森县和秋田县。富裕的县没有得到中央的交付税拨款，而落后的县得到较多的人均交付税。
（2）国库支出金
国库支出金，又称国库补助金。它是中央政府对地方政府的有条件（专项）拨款，即地方政府必须接受中央政府关于使用这类拨款的各种既定条件才能得到这种拨款，否则，即使款已拨出，中央政府也会要求其退还所有或部分拨款。国库支出金的基本目的是保证全国各地公共服务水平和质量的大致均衡，它主要用于帮助地方政府兴建基础设施和发展义务教育，这两项拨款约占国库支出金总额的60%。此外，还用于儿童福利补贴、老年人福利补贴、救灾补助、土地改良、动物保护等方面。国库支出金的数额很大，1992年已达128863亿日元。它在地方财政收入中所占的比例在15%～20%左右。
国库支出金按支出的性质划分可分为三种：国库负担金、国库委托金和国库补助金。在地方承办的事务中，有些关系到国家的整体利益，需要国家制定统一标准，由国家负担其全部或部分经费，国家为此拨付的资金就称为国库负担金，如义务教育费、生活保护费等。有些事务本应由国家承办，但发生在地方，委托给地方办理，国家为弥补地方政府支出中的这部分经费开支，拨付给地方的国库支出金就是国库委托金，如国会议员竞选费、自卫队驻扎费等。在地方兴办的事务中，有些是国家鼓励地方自办的事务，如地方的某项基础设施建设，中央认为有利于整体经济发展，因此给予补贴，这种国家出于行政上的需要，根据自身判断而拨给地方的国库支出金就是国库补助金。
国库支出金的绝大部分是配套补助，即受补助项目要在中央、都道府县、市町村三级政府之间按一定比例分摊其成本费用。其中，中央补助的比例按项目的重要性、规模大小、受益范围加以确定。一般地说，对于中央政府有意重点发展的项目、项目效用在地区间外溢程度较大的项目以及因项目规模较大而可能过度地增加地方财政负担的，中央补助的比例就比较高；对于本身就属于地方职能的项目，中央补助的比例就比较低。国库支付金由中央财政部门负责提供资金，由各专业部（如交通部、教育部等）具体负责分配并监督实施。中央对一些主要项目的补助比例。
（3）地方让与税
地方让与税是中央政府把作为国税征收的特定税种的收入按照一定的标准转让给地方的一种税，包括消费让与税、汽油让与税、地方公路让与税、机动车吨位税、航空燃料让与税、特别吨位让与税等6种。在让与税中，消费让与税占的比重最大。每个地方政府所得的让与税的数额由其辖区内的人口和职工人数决定。中央政府规定了这些让与税的具体用途，如地方公路让与税、汽油让与税、机动车吨位税是作为道路修筑和维修经费的财源而转让给地方政府的，转让金额完全根据道路的总长度和面积等客观标准来确定；航空燃料税是为了维修机场和有关设施、控制飞机噪音等而转让给与机场有关的地方公共团体的一部分财源；特别吨位让与税是转让给征收地点即港口所在地的市町村的。由此可见，地方让与税基本上是一种有条件转移支付。
地方让与税虽然在地方财政收入中占的比例很小，但在实际运用中却发挥着很大的作用。它不仅能从税制上保证中央将一部分税收稳定地用于如道路等基础设施建设，而且也具有诱导地方政府增加基础设施建设投资的作用。