1994年的分税制财政体制改革，不是像“分类分成”和“总额分成”那样，始终是在旧体制框架内的一种过渡性、临时性的变革，而是我国财政体制变迁中一次历史性的、根本性的改革。这次改革对我国财政体制的创新、财政体制的进步、正确处理中央与地方财政分配关系、社会主义市场经济体制的形成、中国财政活动与世界接轨等方面都有着重要的意义。从10多年的运行实践，显现出较为良好的效果。
1.财政收入稳定增长机制已逐步建立
现行财政管理体制初步理顺了中央与地方的分配关系，调动了各级政府理财的积极性，建立了财政收入稳定增长机制。1994年分税制改革之前，财政分配关系大都是用“包干”的方式处理，中央财政收入基本上是一个被包死的数，不能随经济的增长而增长。现行的分税制财政管理体制按税种明确划分了中央与地方之间的税源，并分设国税与地税两套税收征管机构，分征分管，增强了各级政府当家理财、自收自支、自求平衡的责任和压力，充分调动了各级政府的理财积极性，各地普遍加强了税收征管，初步改变了以往随意减免税的状况，税收流失有所控制，使财政收入保持了持续稳定的增长态势。
据统计，全国财政收入由1994年的5218.1亿元增加到2004年的26744.23亿元，年均增加2152.6亿元，年均增速为20%。其中，中央财政收入由2906.5亿元增加到14503.1亿元，年均增加1159亿元，年均增速为19.6%；地方财政收入由2311.6亿元增加到12241.13亿元，年均增加992.9亿元，年均增速20.3%。财政收入占GDP的比重也由1993年的12.6%提高到2004年的19.5%，年均提升0.63个百分点。
2.增强了中央财政宏观调控能力
1994年分税制改革之前，中央财政收入占国家财政收入的比重不时地在20%～40%之间徘徊，中央财政的主导地位受到了严重的影响。现行财政管理体制，将维护国家权益和实施宏观调控所必需的大宗、稳定、充沛的税种划为中央税或中央与地方共享税，分设税务机构，并通过其他各种措施逐步扩大中央财政收入的增量，建立了保证中央财政收入稳定增长的财力初次分配机制。
自1994年以后，作为反映中央财力增长的相对指标——中央财政收入占全部财政收入的比重逐年提高。中央财政收入占全国财政收入的比重由1993年的22.0%提高到2004年的54.2%，提高了32.2个百分点，逐步改变了包干体制下中央财政支出依靠地方上解的局面，形成了中央财力占主导地位的分配格局。这不仅有利于中央政府强化对地方政府行为的控制与调节，还为强化中央财政的宏观调控能力和中央财政搞好对地方财政的转移支付提供了有利的条件，对保证中央支出需要、调节地区之间的财力差距都起到了积极作用。
3.促进了资源优化配置和产业结构调整
实行分税制后，调整了中央和地方之间的收入分配格局。现行分税制体制将来自工业产品的增值税的大部分和消费税的全部均划归中央，这在很大程度上限制了地方盲目发展税多利大产业的倾向，从而为解决市场封锁和地方保护主义问题提供了较好的条件。过去一直难以解决的争上小酒厂、小烟厂、小棉纺厂等重复建设状况，也得到了有效的控制。同时，现行分税制体制把同农业有关的税种和来自第三产业的税种划归地方（如营业税等），从而激发了地方发展农林牧副渔业和第三产业的积极性，加大了这方面的资金投入。
实行分税制后，地方政府的经济行为和投资行为已发生了一些积极变化，各地普遍根据分税制后的财源结构和本地区的实际情况，寻找新的经济增长点，积极培植新的财源，并纷纷将投资重点转向了农业、基础产业、服务业和地方的优势、特色产业。分税制在引导地方政府经济行为和投资行为的合理化、促进资源优化配置和产业结构合理调整等方面的作用已初步显现。
4.实行分税制后，我国产业结构发生了显著变化：
（1）第一、二、三产业增加值在GDP中的比例关系由1993年的8.1：67.7：24.2改变为2003年的3.9：68.4：27.7，其变化趋势基本符合世界范围内产业结构的演变规律，即第一产业的比重下降，第二产业和第三产业比重相应上升，各产业内部结构也得到优化。
（2）工业持续快速增长，工业化水平进一步提高，轻重工业比重由20世纪80年代“轻工业优先”的局面转变为“重工业带动”的趋势。
（3）服务业得到长足发展，电信、金融保险、房地产、文化体育、科技综合服务等附加值较高的新兴产业发展迅速。
5.促进了财政资金供给范围合理调整和财政支出结构优化
现行财政管理体制初步理顺了政府间的责、权、利关系，在政府间初步建立了各司其职、各负其责、各得其利的约束机制和费用分担与利益共享机制。税种、税源按财政管理体制划定的标准分属中央政府或地方政府，各级财政预算的财力来源、规模约束明显增强，自收自支、自求平衡的责任明显加重。因此，现行分税制财政管理体制强化了对地方财政的预算约束，提高了地方坚持财政平衡、注重收支管理的主动性和自主性。另外，也促使各级政府尤其是财政经济能力相对较弱的地方政府的财政支出范围和重点向刚性较强的公共产品领域集中，在一定程度上促进了社会经济资源配置结构的优化和财政资源配置效益的提高，有力地促进了政府财政经济行为的转变。从宏观角度看，分税制的上述基本导向都是与市场经济体制的内在要求相适应的，政策效果已经并将继续显现出来。
6.协调了地区经济的平衡发展
分税制财政体制实行后，建立了转移支付制度。我国转移支付制度在当初制定时虽然还不十分合理和科学，但它毕竟是一种比较规范的、世界各国通行的制度，而且不断地改进，使其逐步纳入规范化轨道。1995年选择了一些客观性与政策性的因素，采用相对规范的办法，对部分地区实施了有限的转移支付，从而向调节地区差异、实现地区之间“财政均等化”目标迈出了重要的第一步。
1996年的转移支付制度，改进了客观性转移支付的计算办法，以“标准收入”替代“财力”因素，标准收入的测算范围扩大到增值税、营业税、农业特产税、资源税和土地使用税；改进了标准收入的测算方法，尽量采用“经济税基×平均有效税率”的规范化方法；建立了收入增长激励机制，调整了财政供养人员的奖惩力度；调整了政策性转移支付中“财力”指标口径，采用了“标准收入+体制补助（或——体制上解）+税收返还”的标准财力概念。
通过改进，我国的转移支付制度日益向规范、公平、有效和透明的方向发展。通过转移支付制度，中央财政向地方拨付的资金力度越来越大，2004年中央对地方的税收返还和转移支付合计10177亿元，比1994年的2390亿元增加7787亿元，中央对地方补助占地方支出总额的49.7%。中央财政转移支付的力度不断加大，有力地促进了地区经济的发展，特别是对西部大开发和振兴老工业基地发挥着重要的作用，从而促进了我国地区经济的协调发展。