在肯定分税制财政体制取得巨大成功的同时，也必须清醒地认识到，这次改革仅仅是朝着理顺政府间财政关系的方向所采取的一个步骤，这一制度本身还依然保留着诸多不规范之处。在传统的计划经济体制向社会主义市场经济体制转轨的过程中，这一体制的某些“先天不足”和操作“偏差”，日益成为制约政府间财政关系的重要因素。本节着重从政府间事权、财权和转移支付等方面进行分析、归纳。
1.事权：划分不清
1994年的分税制财政管理体制改革是在当时中央与地方事权划分基础上进行的，在分税制改革方案中，对中央政府和地方政府的事权划分基本上未作重新调整，而是继续延用原有的模式。中央政府与地方政府之间的事权和支出范围的划分尚存在着许多不规范之处。
（1）支出责任划分不清晰
支出责任划分不清晰，即事权归属太笼统，不详细，没有做到细化，具体执行起来有些事不知该由谁去办。
一是一些本应完全由中央承担的支出责任，却被推给了地方。例如，地方驻军补贴、三峡移民等。在分税制支出划分中，军费是由中央承担的，地方驻军的补贴理应归中央支出，但事实上中央推给了地方。三峡移民费用也同样是这样。
二是一些完全应由中央承担的支出，却让地方政府承担了一部分。例如，外交事务是中央的事权，但目前外国领导人到我国某些地区访问，当地政府往往需要承担一部分接待费。还有一些中央财政负担的支出，随着物价上涨等因素，原来核定的经费出现缺口，于是有些增加的部分实际上也由地方财政负担了。这在军队休干所、统计、气象、地震、劳改劳教、抚恤、口岸建设等领域都存在类似的问题。
三是完全属于地方的支出责任，中央却承担了一部分。这主要集中在中央的专款上，中央有些部门以宏观调控为名，对一些本应按事权划分由地方负责的事务，却要求中央财政安排专款给地方以实现调控的目标。例如，地方行政事业单位人员工资等属于这种情况。
四是中央与地方部分支出责任划分不清，执行中经常出现交叉、错位现象。例如，我国养老保险应由地方政府管理，但实际执行中中央政府却承担了大部分支出责任。中央政府和地方政府支出责任不清晰，是目前事权划分中一个主要的问题，给财政的可持续发展留下了不少隐患。
（2）存在越俎代庖的现象
自20世纪80年代以来，我国的财政体制改革取得了很大的进展和丰硕的成绩，但不足之处是把重点放到了“分钱”上，而不是“分权”上。因而对事权的划分考虑得少，不论是1994年的分税制财政体制改革还是2002年的所得税体制改革，基本上没有涉及到事权划分问题，依然沿用旧体制中的老办法来规范中央与地方的支出责任。分税制财政体制实施以来，中央与地方的事权划分仍然延续了传统的行政管理和计划经济体制的习惯做法。这主要表现在，中央政府对地方干预过多，越俎代庖的事情时有发生，经常出现“中央点菜、地方买单”的现象。上一级政府在出台政策时往往没有完全考虑下一级政府的承受能力，有些政策很大程度上是站在部门角度出台，下一级对上一级政府完全缺乏制约权，只有处在被动拿钱的地位。这种做法明显违背了分税制中关于事权的规定。而且，这样做在实际中也很难行得通，富裕的地方虽然照办了，但不情愿，困难的地方因无财力无法兑现。地方政府为了贯彻落实中央的政策，只要在有可能的情况下，也是尽力去兑现中央的各项政策的，但结果是加大了财政赤字。
（3）事权划分缺乏明确的法制界定
1994年实行分税制时，因公共财政框架还没有建立而缺乏明确的标准，仅仅是把省级以下政府作为一个整体与中央对应起来，没能按照公共财政理论的要求确定中央政府和地方政府的事权和支出范围，从而也就达不到像西方市场经济国家那样的法制化。虽然在宪法上也明确了中央政府与地方政府的事权，但却很笼统，没有制定详细的法规，执行起来实际上还是无法可依，存在着很大的随意性。造成实际上各级政府间并没有明显区别，除了少数事权如外交、国防等专属中央政府外，地方政府拥有的事权几乎全是中央政府的事权翻版，从而呈现出“上下对口，职责同构”的特征。
事权划分上的“缺陷”，产生着不少负面的影响：
一是中央政府和地方政府在事权上（即财政支出上）相互推诿，使一些应该办的事得不到应有的重视，甚至处在两不管的空白地带，影响了党和国家事业的发展。
二是出现了中央政府财政支出上“缺位”、“越位”和“错位”现象。
三是加大了地方财政的支出压力，特别是“中央出政策，地方出票子”，使地方财政陷于被动的地位，财政赤字不断加大。
四是支出随意性大，无法律约束，甚至寅吃卯粮，造成财政支出管理紊乱的状态。
2.财权：划分不科学
我国目前财权分割的状况是1994年分税制改革时形成的。当时，将维护国家利益、实施宏观调控所必需的税种划分为中央税，将同经济发展直接相关的主要税种划分为中央与地方共享税，将适合地方征管的税种划分为地方税，通过分设国税和地税两套税务管理机构，为我国政府间财力划分奠定了基本框架。但是，过多地保留了既得利益，具有明显的过渡性质，致使分税制改革难以实现政府间财力划分的合理化和规范化。
（1）税收权限仍过于集中
一是税收立法权过于集中。建国以来，我国的税收立法权全部集中在中央，地方没有税收立法权，只有一部分地方税税收行政法规的部分制定权，这种税权划分格局与分税制存在着矛盾。
二是税收政策制定权过于集中。目前，中国的税制微调政策措施几乎完全出自中央政府，地方政府只是在个别税种或税目上的具有有限的税额及税率的决定权，而且这些权力在中央制定的有关税收法规中都有明确规定，地方政府在实际操作中不得超越中央政府的限制。
（2）税种划分存在不合理之处
从我国实行分税制到2002年，对企业所得税的划分，仍然沿用包干体制下按照企业隶属关系在各级政府间划分税收收入的办法，营业税（部分）和资源税按所属区域实行分成划分税种的办法，个人所得税划为地方税种。这些税种及收入的划分办法，不符合市场经济的最终发展方向。
一是1994年分税制改革后，对企业所得税按行政隶属关系进行划分，仍带有包干体制的色彩，不符合政企分离的原则。随着改革开放的深入，企业重组、合资、联营以及股份制等跨所有制、跨地区的企业组织形式不断涌现，这种按行政隶属关系划分企业所得税收入的做法已经越来越不适应形势的发展需要。2002年，将企业所得税列为共享税后，由于加大了共享税在全部税种中所占的比重，使得我国现行财政管理体制具有很明显的税种分成的特征。在一些西方发达国家，设置共享税的主要用意是部分消除或缓解各级政府间纵向和横向财政失衡问题。
二是个人所得税在我国税制改革后的一段时期里也被划作地方税种，但在市场经济条件下，从各个方面来看，它都应该是或主要是中央税。在市场机制充分发挥作用的情况下，劳动力是一种可以充分自由流动的要素，个人所得税制度由中央政府制定，税收收入也基本划归中央政府所有，可以在最大程度上保持税收的公平，充分发挥其调节收入分配和稳定经济的作用。在我国个人收入水平从总体上看还不高的情况下，个人所得税在税收总额中所占比例不大，其作用也有限，把它作为地方税种有一定的合理性。但随着经济的发展，人们收入水平的不断提高，个人所得税必定会有较快的增长，再加上劳动力流动性增大，个人所得税在调节收入分配和“自动稳定器”方面的作用逐渐增强。因此，从发展的角度以及市场经济国家的通常做法来看，都不宜把个人所得税完全划为地方性税种。2002年虽然实行了所得税增量在中央和地方之间分享的办法，但也不是国际上通行的规范的所得税分享的制度模式。
三是我国的分税制若按税种划分，属共享收入的税种只有增值税、资源税和证券交易税，但实际上，包括营业税、企业所得税甚至个人所得税在内的许多地方税种都成了共享税。例如，企业所得税中的中央企业、地方银行和外资银行及非银行金融企业的所得税，以及营业税和城建税中铁道部门、各银行总行、各保险总公司集中缴纳的部分，个人所得税中的储蓄存款利息税等，都是中央收入。
（3）省以下地方分税制度尚不规范
1994年的分税制改革主要涉及中央政府与省（自治区、直辖市）一级地方政府财政关系的调整，省级以下的财政体制未做大的变动，仍保留着一些不完善之处：
一是新旧体制并存，政府间事权划分和相应的支出划分没有大的变动，基本维持原体制下形成的格局，少数地方仍然延续原“总额分成”、“增长分成”或“递增上解”体制。
二是与中央同地方的共享税范围比较，省以下政府间共享税的范围大大扩展了，省级、市级政府在中央集中一部分财力的基础上，又对共享收入和地方固定收入进行了分成，即又对县、乡财力再次进行了集中。
（4）地方税体系不健全
分税制以来，地方税收体系中所存在的税制结构不合理、主体税种不突出等问题，一直未能很好地得以解决。地方税主体税种缺位，规模过小，难以满足地方政府支出的需要。实行的分税制虽然划归地方的税种不少，但大都是税源分散，征收成本高、难度大，收入弹性低的税种，加大了地方财政对中央返还收入和上级补助的依赖程度，使地方财政平衡的难度加大。某些地方税种的改革还不到位，对房产、土地、车船的征税，仍实行内外有别的两套税法，税制不统一；原有的一些地方税种改革迟迟没有进行，如土地使用税、房产税、车船税、城市维护建设税等。
3.转移支付：制度不规范
目前，我国财政转移支付包括税收返还、原体制补助或上解、财力性转移支付补助、专项转移支付补助和年终结算补助或上解等多种形式，这种混合型财政转移支付制度，是新旧财政体制转轨时期的产物，经过多年的实践证明，该项制度体系在促进地方经济发展、强化宏观调控等方面发挥了一定的作用，但与构建规范、稳定、科学的政府间财政转移支付制度相比，尚存诸多不足之处。
（1）政策目标模糊，定位不准确
一般而言，财政转移支付的根本目标应该是“以公平为主，兼顾效率”，即在实现地方政府公共服务能力大体均衡的基础上，努力提高财政收支的效率。由于我国的财政转移支付体系是伴随着财政管理体制的演变而逐步发展起来的，所以在总体目标和具体政策定位上都不够清晰和准确。目前，我国转移支付总量中有近50%的补助是用于效率优先的，背离了“均等化”目标的初衷。
税收返还、原体制补助等转移支付形式，包含了原体制中的不合理因素，过多地照顾了各地区既得利益，难以体现中央政府的施政目标。规模庞大的专项补助，几乎遍及政府支出的所有项目，例如，基本建设资金、企业挖潜改造资金、科技三项费用、支援农业生产支出、文教科卫等事业费支出、抚恤和社会救济费、社会保障补助支出、行政支出、公检法支出、政策性补贴支出、支援不发达地区支出和其他专款支出等方面，横向调节功能微弱，政策目标效应不够明显。
（2）形式繁多复杂，结构不尽合理
转移支付的合理结构应该根据中央政府政策目标的优先次序进行确定。据此，世界上大多数国家都建立了两种类型的财政转移支付，即均等化财政转移支付和专项转移支付。相比之下，在我国，中央对地方多达6种形式的转移支付体系，除了过渡期财政转移支付真正属于均等化以外，其他5种形式都属于非均等化财政转移支付。由于多数转移支付项目固化为体制内“基数”，多数专项体现为“部门”利益，科学化、规范化、民主化程度低。并且各类转移支付补助各自为政，缺乏应有的统一与协调，难以很好地发挥政策效应。
（3）缺乏法律支撑和保障，法律约束、监督机制不够健全
一是相关的法律法规体系建设滞后。我国现行的政府间财政转移支付制度的依据主要是政府规章，没有专门的法律法规，缺乏法律的权威性和统一性，客观上降低了财政转移支付制度决策和运作的民主性和规范性。
二是在资金使用上，还没有建立一套有效的审计监督体系，对资金能否做到专款专用等信息还不能及时、准确、全面的掌握，对违反补助使用规定的地方政府也没有相应的惩罚措施。
（4）省级以下转移支付不规范、不完善
虽然现行的省级以下政府间转移支付对于缓解基层政府财政困难，缩小省内的地区差距，调动基层政府发展经济、增收节支的积极性起到了积极的作用，但与发达国家的规范化、法制化的转移支付制度相比，存在着许多不足之处。主要是一些地区至今尚未出台一个类似于中央对地方的以公式为基础的转移支付办法，一些地区仍然沿袭过去财政包干体制的做法。有的地区虽然采用了公式化的转移支付办法，但在因素选择、公式设计、数据选取和具体测算上还存在诸多问题，有待进一步完善。