北京城里，登机没几年的魏忠贤，又被自己的枕边人客巴巴，按照毒害明熹宗的模式，给毒杀身亡，魏忠贤是个太监自然是膝下无子，但传位最有可能的是他的侄子内阁辅臣魏良卿，陈一龙早已安排供词，指魏良卿弑君，找了锦衣卫将他打入诏狱，而原本以为放弃了皇后尊荣，可以与陈一龙长相厮守的客氏，也被列入弑君共谋，被内侍拉到浣衣局杖打至死，朝廷中有些官员担心与魏党交好受到清算，便连夜乘船逃到皮岛，投靠排湾军，仲坤贤也并非来者不拒，他也先经过国策论对，在按照该员所职司之单位如户、吏、礼、兵、刑、工等所属单位，针对该部行政执行提出论点，按应对表现好坏，叙以参谋军职，避免部分阉党无赖进入排湾军中，这次还得到了一员名将洪承畴的投靠，而吕豪则戏称这是五权分立中的考试院，帝国科举制度的启蒙。
这时，仲坤贤派往後金的探子回报，後金已经取得红夷大炮的制作方法，甚至更使用脱蜡法，让炮身更坚固，并改夷为衣，称之为红衣大炮，避免夷狄这个忌讳，又称“佑军护国大将军”现已铸造六十尊并增设神机营做为火炮单位，仲坤贤担心不已，八旗骑兵机动力强，如果大批骑兵冲锋，自己的神兵营还只是手动步枪，虽比明、金两国使用的火绳枪来的先进许多，但还是需要打一发；拉一发，几波射击完，敌军骑兵前面几波牺牲後，大概也能突进我军阵地，再加上红衣大炮的威力，後金国力实在不容小觑，目前我军的半自动步枪却还没研发出来。
仲坤贤召集了所有的军官，把得到得军情，说了一遍，询问诸将有何良策？只见众将面面相觑，也说不出个所以然，仲坤贤便决定在平壤设立第一所排湾帝国陆军军官学校，自己亲任校长，吕豪任总教官，将陆军地面作战的战法沿革、运用纳入课程中，但只讲述到原本清末的小站练兵，引进西式的军事教育，及一次世界大战的壕沟战，後面的现代化立体三度空间的协同作战，像战斗直升机、空军支援地面炸射等，则不讲授，因为目前并没有这些武器，而且避免这些明代军官以为在听神话故事。
课程中主要分为:基础教育、政治作战、军事作战、参谋作业、领导统御等。
政治作战:强调以强盛中华为中心思想，避免历代军人即军阀的陋习。
其次以思想工作配合心理战、群众战等战法，藉由宣传，
敌後渗透等手段，达到政治上所需之目标。
军事作战:针对攻击战、防御战、遭遇战、追击战、转进战，以及攻
击、防御中的内外线作战转换等、转进战中的佯攻等，各
种战术运用。
参谋作业:人事业务_晋升、战场任命，敌俘收容运用，战损兵力补充，
奖惩作业，各部队建制员额管理，阵亡官兵处理
等作业。
情报判断_军事情报蒐集方法，情资汇整与来源判定，各地
气候、地形、潮汐、水文之勘测、纪录。
作战计画_依据情报判断，按照任务、状况、分析、比较、
结论拟定一个至数个作战方案，提供指挥官下达
决心。
後勤计画_平时针对军需物资补给作业。
战时则依情报判断与作战计画，选定补给点，弹
药补给点，作战物资的补充与管控。
排湾军的军制虽已按现代化军制编成，但单位名称还延袭旧制，此次也全面改为军、师、旅、营、连、排、班，主官也以长字置於单位後方，如营长、师长等，而非主官职的参谋则以职务在前以官字置於後，如情报官、作战官等，而亦有对应军阶为下士、中士、上士、三、二、一等士官长、少尉、中尉、上尉、少校、中校、上校、少将、中将、上将、大将、元帅，废除品级的制度，接着又制定排湾帝国陆海军刑法，修颁排湾帝国军战时军律、连坐法，又制定一套帝国军轮调制度，使兵不专将；将不专兵，避免兵为将有；拥兵自重的军阀思想，以至於形成某某家军势力，诸侯藩王没有自己军队，驻军皆由中央换防，诸王有行政之权，没有军政权，军权在派驻将领手上，两年即行轮调一次，排湾军军制至此更臻完备。
仲坤贤与吕豪课外闲暇之余，便聚集讨论研制新式兵器，藉以大幅提升排湾军军力，仲坤贤由宪兵镇**中，想出了一个步兵作战阵行，他命工匠用钢质铸造了如现今镇暴部队用的大盾牌，由单兵行军时背负并配备一杆长枪，进入战斗位置时，将盾牌脚架拉开架设用以防止火绳枪射击，人员则蹲坐於盾牌内部双手紧握长枪，长枪则固定於盾牌上方成四十五度角斜放，抵挡骑兵冲锋，仲坤贤称此为“阻击阵”，盾与盾之间的缝隙，可作为枪眼，让步枪兵居中射击，又可以形成掩护，最主要的是那杆长枪还有另外一个用途，就是将火yao制作成手榴弹模式的杀伤弹并系於枪头，点火後，由盾牌兵像钓鱼时抛甩鱼竿一般将杀伤弹抛出。
吕豪道:「学长，我们想了这些奇怪的武器与战术，或许能应付亚洲邻近诸国和陈一龙，但西方列强呢？他们是否已进入工业时代了，我们为甚麽不遣使，派往当地掌握最新的科技，我们是军官又不是科学家，蒸汽机原理我大概知道，但你要我指导我们兵工研究所的工匠，我也说不出来」。
仲坤贤拍腿大乐道:「对啊！我怎没想到，而且还可以找传教士将一些科技导入，省得我们绞尽脑汁想这些我们不在行的科技工程，我们只要在他们现行的阶段，灌输未来科技的观念，其它的让他们去伤脑筋」。
仲坤贤开放了日本与朝鲜的港口，与世界各国贸易，惟独不开放手动步枪技术交流与贩售，严格管制制作的过程与工匠，不让资料与技术外流，他知道手动步枪比其他各国早了近百年，就算西方进入了燧发式步枪时期，仍然和他的手动步枪有着一段差距，但在火炮上已有大幅进展，万历年间明朝就以由葡萄牙习得佛朗基炮的制造方法，当时大多还是使用臼炮，仲坤贤与吕豪也以臼炮为蓝本，告诉工匠迫击炮的原理，没多久也研发出迫击炮，只是无法像现代迫炮能调整角度精准射击，但在携带轻便上占了极大优势，并装配到连级单位使用，能有效杀伤掩体後方的敌军，也可用於攻城。
仲坤贤也延请了葡萄牙传教士罗伯特，担任兵工研究所的所长，引进西方兵器及军事科技。
经过强化科技的政策下，仲坤贤的排湾义勇军几乎已全面配备手动步枪，为了减轻士兵负担，尤其须背负钢盾，便将步兵全数改为迷彩服强调隐避功能，但是骑兵仍然穿戴重甲，使用步枪射击，进入冲锋後，便以步枪的刺刀刺杀敌军，整个作战模式因为手动步枪产生，已朝向分散隐蔽的小部队战斗发展，不强调冷兵器时期大部队列阵冲杀的传统战法，防御战中也开始运用壕沟战，让後金的红衣大炮除了攻城战外，其它的作战没办法发扬火力到极致，丧失红衣大炮的优势。
仲坤贤便命祖大寿率第一军开赴铁山城驻防，并在原来碉堡间挖掘壕沟，互为通连，并构筑红夷大炮阵地，炮火指向鸭绿江沿岸一线的开阔地，後金军上岸时，便可对其火力射击，期能让後金军尚未接敌，便已损失殆尽。