仲坤贤率平倭军进入了御室町，百姓跪伏两旁迎接，到了御所前，吕豪与後水尾、明正两位天皇站在御所外迎接，仲坤贤见到了两位倭寇天皇，便下马行鞠躬礼，以示尊重，而向来不躬身回礼的天皇，也弯下了腰向仲坤贤回礼，倭寇朝官与百姓见仲坤贤毫无胜利者骄矜之态，心中对仲坤贤的敌意也降低不少。
後水尾天皇道:「承蒙将军千里跋涉，率天朝大军助敝国平定幕府动乱」。
仲坤贤道:「贵国自关白丰臣秀吉以来，便时有犯我中华之意图，而浪人武士又袭扰我东南诸省达两百年之久，我天朝为修邦邻交好之谊，并无并吞贵国之意，遣一军替贵国扫荡叛逆，安定两国…」。
後水尾天皇羞赧道:「承蒙天朝恩德，至使我未成亡国之君，唉！天恩难报，我将立旨告诫後世，永不犯中华上邦」。後水尾天皇对仲坤贤的自称中，也不敢称朕。
吕豪与仲坤贤便在京都御所接受天皇宴请，并达成设立理藩司协议，协助日本防御，事实上也是间接管理国政，之後陆续废除了武士阶级待遇、贱民制度、推广汉姓、鼓励通婚等政策，随着天皇下嫁，之後又废除了天皇制度，仿汉朝时期中日关系，降为“亲排湾倭王”慢慢的这些倭寇逐渐成为中华帝国的一部分，当然，封藩及废除武士制度引起了许多大名不满，起兵反叛，但基於人数上的悬殊，旋即被留守的平倭军剿灭，又重新设藩，於是各大名再也不敢反抗，以免被剥去藩主。
当时明正天皇还小，还是个十四、五岁小姑娘，国事皆由後水尾天皇摄政，便提议将天皇下嫁给仲坤贤，仲坤贤却以家中已有正室，不敢委屈天皇为由拒绝，但却将耿仲明推荐给後水尾天皇，耿仲明也不拒绝，甚至还感谢仲坤贤帮他找的这起婚事，之後两人便在京都的神社大婚。
大婚後整个京都还沉浸在欢乐的气氛，吕豪便跑来找了仲坤贤。
吕豪道：「学长，我们的事甚麽时候才要搞啊？你不想替大哥报仇吗？你想在这倭寇京都待多久？」。
仲坤贤道:「先稳定我们初期的根据地，谋定而後动，你还记得军校教的自动步枪机械原理吗？」。
吕豪不解道:「还记得一些，你问这干嘛？」。
仲坤贤道:「你想想如果现代的步枪在这时期出现会如何？我去过京都附近各室町的铁匠铺看过，他们已经可以做出火枪了，如果他们能做出步枪，你说会如何」。
吕豪大喜道:「对啊！我怎就没想到」。
仲坤贤道:「战车、飞机我们不懂，但步枪总还行吧！先说子弹部分，弹头以铜包铅，弹壳以黄铜包覆弹头，再以底火接以弹壳，里面装填火yao，是不是这样？这些连黑道的小混混都做的出来」。
吕豪笑道:「对啊！我居然不如一个小混混」。
仲坤贤道:「枪身结构中最重要的就是那板机组，怎麽连动，可以连续撞及底火，捉壳勾将弹壳抛出，弹夹的弹簧将下一发子弹送上，枪机做动将子弹上膛，周而复始，这不就是自动步枪了吗？但是枪管与药室要能密合，子弹射的才远，枪管还要有膛线，让子弹旋转，这样才能稳定弹道，增加准确性」。
吕豪笑道:「对啊！居然这麽简单，学长那还不快去做」。
仲坤贤道:「对啊！用说的很简单，怎麽做？他们的工业水准能做的出来吗？」。
吕豪又道:「那就叫後水尾把全国铁匠找过来，弄个兵工厂搞看看，重赏之下必有勇夫，我们把原理告诉他们，让他们去做看看」。
仲坤贤喜道:「你怎麽现在又变的聪明啦！」。
吕豪又道:「学长，但我觉得另外一件事更重要」。
仲坤贤不解问道:「还有甚麽事？比这重要」。
吕豪道:「我们的建国大业啊！你不赶紧进行，底下的将士是为谁而战？功奖由何而来，皇上，快请受本将一拜」。说完便作势跪拜。
仲坤贤笑道:「你少来这套，我问你你要在哪登基？我们连自己的地盘都没有」。
吕豪道:「学长，你之前不是说伐日一方面是为了免除後患，一方面是为了获取资源吗？现在倭寇已定，就借他们的荻城当作战时陪都就好啦！他敢不答应吗？等兵工厂自动步枪造出来後，我们就可以回师朝鲜，为大哥报仇，最主要的是，一代圣君怎可以住这倭寇的小城楼，好歹要住紫禁城嘛」。
仲坤贤笑道:「好吧！准卿所奏」。
吕豪也笑着回答:「谢皇上恩典」。两人下去後，便分头进行。
日本各地铁匠大部分被召来荻城，工兵卫也盖了一间大型兵工厂，容纳这些铁匠，仲坤贤将自动步枪原理告诉铁匠们，并画了图示，要他们研究并仿制，成功後，将论功行赏，於是这些铁匠便拼命赶制。
仲坤贤心想，这火枪还没进化到单发点放的步枪，自己就已经研究连发速射的自动步枪，没办法，军校学的就是自动步枪，不过他当调查官时候也有用过左轮手枪，那可以先拨击槌在扣板机击发，他也将这原理告诉铁匠们，让他们同时研发，没多久果真就做出第一把单发点放的步枪，仲坤贤命大多数铁匠开始生产单发步枪及子弹，只留了一部分人研究自动步枪。
耿仲明看到仲坤贤的动作，知道不久应该就要打回朝鲜铁山城，便急急忙忙赶来找仲坤贤。
耿仲明道:「大帅，我知道你快率军打回铁山城，我想请缨上阵，请大帅允准」。
仲坤贤笑道:「老耿，你现在是倭国国君夫，怎可亲犯险地，而且你走了谁替我镇守这倭国，各地动乱随之而起，你必须坐镇倭国，替我军後勤补给能不致中断而努力，尤其是那荻城兵工厂，你要帮我固守好」。
耿仲明道:「可是毛帅待我们如何？你是知道的，所以我要替他报仇」。
仲坤贤安慰道:「老耿，你能镇守倭国，完成我军的後勤输送，便是立了大功，便也等於报了毛帅之仇，谁去征伐又有甚麽差别？」。
耿仲明听完仲坤贤解释後，只好遵从仲坤贤军令，返回京都镇守，在回师的过程中，耿仲明主导了整个後勤辎重部分，让仲坤贤没有後顾之忧，能够专心讨伐。