六尊红夷大炮运至耿仲明阵地後方，完成炮阵地构工、火炮架设，仲坤贤一声令下，六炮齐发，轮番轰击，荻城大门连门带檐，化作尘土，烟消云散，开了个大口，仲坤贤冲锋旗号升起，伴随着冲锋号，耿仲明一看，大喝:杀！带着部队一马当先由突破口窜入，进行阵内战，这是以肉身相搏的战斗，所谓狭路相逢勇者胜，凭藉的就是战技与勇气，时至二十一世纪，先进科技、长程飞弹决定胜负的年代，各国地面战斗部队仍少不了刺枪这门训练，只要是步兵还是主战的兵种，这门训练就不太可能消失。
仲坤贤看到耿仲明一马当先突入，虽说欣赏他的勇气，但身为一军一旅的高级军官，这种斩将擎旗的工作就不应该去做，毕竟那是偏裨将校的责任，指挥官负全军成败之责，又岂能亲身犯险，置自己的部队於危殆之中，成立军校的念头又强烈涌起。
仲坤贤正担心耿仲明在城内的状况时，最高层的天守阁，伸出一面白旗，不断挥舞，一会，耿仲明的传令奔跑过来，开心的大喊:大帅，毛利家领主自尽，荻城已被我军夺下，请大帅入城。
进城後，仲坤贤命令工兵所官兵将大门尽快修缮，并准备各项防御工事，并在城的外围搭建简易的阻绝设施及营寨，毕竟一个荻城是无法容纳九万人的大军，全军由攻击转为防御，对荻城进行巩固与整顿，防止倭寇对我逆袭，警戒部队也派出巡逻，斥候更在远处搜寻倭寇其他军队动态。
仲坤贤已接到毛文龙被斩的消息，仲坤贤非常难过，毕竟来到明朝後，还没遇到吕豪前，毛文龙可以说是他最亲近的长官与朋友，於是他将部队在荻城广场及城旁的空地列队，先向毛利家领主英勇的武士精神致敬，并予以厚葬，此举成功的拢络尚武的倭寇武士及百姓，让平倭军的进入，不至於引起太大反弹，并於城下町张贴告示，表示平倭军与民秋毫无犯，避免平民大量流失。
再来则要求各总兵呈报最英勇的将士，已所为单位，评选一人，站在城楼二楼的露台上，接受全军的行礼致敬，并由耿仲明及各镇总兵，再由当中依据战伤、战功、勇猛或其他事蹟评选二人，将长州藩划为两处，封藩给二人，顿时三军雷动，兴奋不已，往後的作战中平倭军各个奋勇争先，就是为了能够封藩，尤其是对先前的倭寇降军更为诱人。这麽做有两个好处，第一是能激励士气，第二是能降低藩主的军事能力，就如同汉朝的推恩另一样，只是推恩令是逐步消减，而仲坤贤的封藩则是一次就达到这样的目的。
仲坤贤接着宣布毛文龙被斩的消息，令全军默哀悼念，并要求全军左臂绑上白麻，为毛文龙带孝，这平倭军三分之一是毛文龙旧部，因此悲伤不已。
次日，各地的探子回报，德川家光通令各藩，即日出兵朝鸟取城进发，鸟取藩大名家池田氏负责统筹规划各藩军集结，後勤辎重补给，德川家光亲任总指挥。
仲坤贤先找来了耿仲明，对他是既鼓励又告诫，要求他尔後不可在冒然冲锋，除非是敌军突入，要不然就是非主官职，不然就要依律论罪。
耿仲明知道仲坤贤也是为自己着想，感谢的道:「谢大帅指导，末将遵令」。
仲坤贤笑笑的拍了拍他的肩膀:「老耿，开会的时候，再来这套，现在我们是朋友，少给我在那帅不帅的」。两人开怀大笑，也把彼此的关系拉近，原本尚可喜随父从军，出身行伍，耿仲明、孔有德皆为矿工、海盗，三人为毛文龙麾下参将、总兵，人称“辽东三矿夫”虽是朋友，亦有竞争关系，原本清初时三人降清後皆被封王，又称“清初三顺王”但如今历史改写，仲坤贤便想将两人拢络至身边。
仲坤贤在荻城召集各级总兵官，针对德川家光的围攻，进行作战会议，此次作战目的在於吸引倭寇大军，以利吕豪奇袭队夺取京都，由於荻城与京都御所相距不远，因此随後仲坤贤信中也要求吕豪登陆後，必须在一日内拿下京都御所，否则倭军回援，将使吕豪立於危险之地，并告之等下一封信到达，即是发起攻击之时，届时，荻城将设法与倭军战况陷入胶着，使敌不易抽调援军驰援。
而荻城防御战中仍以红夷炮压制攻城敌军，两火龙卫火枪兵先於木栅工事後方射击，敌军接近木栅时，由弓弩兵接替射击，火枪兵撤入内城，进行第二波射击，後勤科准备物资足够支应半个月，另外战马只有五千匹，由第一军第二镇第二卫装配成骑兵，担任预备队及反冲即时担任侧翼突击。
又过了两日，探马回报各地援军推展缓慢，德川家光目前只推进到歧阜城，所率兵力也仅八千人而已，预计还要两天时间才能到达鸟取藩境内。
仲坤贤得到消息後，经过内心分析，决定要改变战术，化被动为主动，於是他召集了投降倭军，找了几个歧阜、鸟取、广岛出生的武士，熟悉当地地形，做为向导，引领铁骑卫埋伏到歧阜通往鸟取的道路，袭杀征夷大将军德川家光，许诺成功後，分封歧阜、鸟取、广岛三处藩地给他们依锦还乡，而自己则留下一镇兵力留守荻城，亲率大军夺取鸟取城。
战术的改变也牵动了倭军，原本四国驰援的藩兵，得到消息後，全部转向，配合九州的援军攻击荻城，而本州中国地区的藩兵则拼命向鸟取城前进，企图救援，而仲坤贤弟二封信这时也发出去给吕豪。
鸟取城守军闭门坚守，仲坤贤指挥各镇将鸟取城形成包围，这时敢来的藩兵多则六、七千，少则五、六百，对平倭军围城的六万大军而言，这些只是小股的袭扰兵力，不痛不养，加上未经统合，一触及溃。在中国的会战，动辄十万百万，而在日本两、三万人的会战，已属大型会战，所以各地藩兵进入鸟取地区，就像一颗绿豆丢到了一锅红豆里面，瞬间即被掩埋。
包围战的第二天，两处捷报传来，在歧阜的德川加光见鸟取被围，便转身欲回江户，不料，铁骑卫的倭寇降卒舍不得到手鸭子飞了，便说服卫总兵官尾随追击，将德川家光斩於马下，第二个捷报是吕豪，他在登陆後，只花了十一个小时便攻入京都御所，控制了明正女天皇与太上皇後水尾天皇，其他各藩皆投鼠忌器，不敢妄动。於是仲坤贤解除鸟取城包围，率平倭军向北而去，准备进入京都御所与吕豪会合。