仲坤贤率领的平倭军才刚踏上日本国土，而铁山城小朝廷里，则因收到袁崇焕恭请圣上校阅关宁锦部队的摺子，让群臣议论纷纷，有主张应该前往，以立崇祯君威，亦可使魏阉知道民心所向，也有主张崇祯贵为皇帝，不可亲赴险地，若为魏阉奸计，恐生危害。最後还是由讨逆元帅毛文龙做出决定，要求袁崇焕等总兵赴铁山城面圣觐见。
鸭绿江北岸兵马浩荡，一面大旗上书“大明辽东巡抚袁”，北明朝廷在鸭绿江以南各堡军士逐堡回报，毛文龙不禁诧异，锦州虽距铁山不远，但一出锦州即属後金的范围，这袁崇焕怎不怕後金突袭，竟浩浩荡荡的率军前来朝圣，於是通令各堡放行，让袁部在铁山城外紮营安顿，此举让袁崇焕非常不满，上奏崇祯说毛文龙专擅无上，令爱国志士心寒。
毛文龙见奏章後，也深感对袁崇焕过意不去，便轻车简从，亲赴袁营致歉，一进大营袁崇焕笑着接待，但迎入帐中後，毛文龙即被事先埋伏的刀排手架住，随即数十名军士，拥上来将其綑绑。
毛文龙挣扎着大怒道:「袁蛮子，何以此奸计害我？你食君之禄却被魏阉收买，你枉读圣贤书，你对得起先皇对你的知遇之恩吗？」。
袁崇焕也大怒道:「住嘴，袁某势必剿灭阉党，不负皇恩，但在此之前，必先清君侧，以免圣上遭奸臣所控」。
毛文龙又道:「我何奸之有，我扫荡辽东，对後金诸多牵制，如无本部袭扰後金，关宁锦防线又如何构筑，先不论当今圣上拜我为讨逆大元帅一职，就说先皇，也任我为平辽总兵官，你区区巡抚怎敢绑我？」。
袁崇焕道:「你恃功专擅便是奸臣，乱臣贼子人人得而诛之，何来官衔大小之论，我乃清君侧，为国除害」。
毛文龙大怒:「我半生戎马，只为平贼，如今拼死保住大明国祚血脉，你却来绑我？」。
袁崇焕道:「好，我便细数你所犯之罪」。
袁崇焕便拿出预先拟好的诏书读诵:「毛文龙枉受国恩，受先帝赐封平辽总兵官，却不思进取，擅自册立，紊乱朝刚，论数其罪:
其一、擅立。
其二、专权。
其三、结党。
其四、营私。
其五、挟天子令诸侯。
其六、谋大逆。
说罢，便朝铁山城跪拜，命刀斧手对毛文龙斩首。
毛文龙兀自大骂:「奸贼，用此奸计，你下场定当比我凄惨十倍」。
可怜毛文龙还是命丧袁崇焕刀下，仲坤贤与吕豪皆知历史上袁崇焕升任蓟辽督师後，会赴皮岛以尚方宝剑斩杀毛文龙，但自魏忠贤篡明後，历史已经更改，不料毛文龙仍未逃过此劫。
袁崇焕见毛文龙已除，便要军士高挂其首级，大喊:奸贼以除，请皇上出城接受参拜。
铁山城守城将士见状大惊，连忙通报，不久崇祯便率着文武百官上城观看，不觉诧然，这时百官又对或战、或和争论不休，崇祯一时之间也拿不定主意，这时一旁的王承恩才进言。
王承恩道:「皇上，如今之际，应速决断」。
崇祯旁徨的问道:「王承恩眼下该当如何？」。
王承恩道:「皇上，是袁崇焕辅佐，还是毛文龙辅佐，对皇上而言并无不同，两人皆是你的臣下子民，只是袁崇焕误会了毛帅罢了，如今，你拒绝袁崇焕，将损失关宁锦这数万大军，甚至要与之开战，恕老奴直言，此举殊为不智」。
崇祯又问道:「那毛文龙之事又当如何？」。
王承恩道:「皇上，你就当作袁崇焕误杀了毛文龙，两人皆为国家栋梁，你对袁崇焕训诫一番，以为警惕，再对毛帅厚葬，宣布国丧三日，以示荣宠，如此也可拢络毛帅旧部，免除兵变」。
崇祯沉吟了半晌，无奈的说:「好吧！如今之际也只能如此了」。於是下令开城门，让袁重焕的部队入城，城下袁军听到入城的圣旨，皆大呼万岁，声震云霄。
整个北明小朝廷至此已重新洗牌，袁崇焕执掌大权，虽因误斩袁崇焕遭崇祯告诫训斥而官任原职，但实际上也无惩处，三个月後，仍然接任招讨大元帅，总理剿灭魏阉事宜，吴襄升任官宁锦总督，负责抗金抗魏的两线作战，而大小军务政务军需由袁崇焕副署，才算作数，这也让崇祯感觉自己是魁儡皇帝，开始对袁崇焕产生不满。
消息传到北京大魏朝廷里，群臣上奏:称大明气数已尽，上天授明祚禅於大魏，崇祯伪政权上不顺於天；下不应於人，呈请圣上派一上将率百万雄师，踏破山海关。魏忠贤遂决意夺取山海关，免去北边威胁，再针对各地起义军进行围剿，於是任命陈一龙调集鲁、皖、江浙之地卫所兵三十万，发兵进剿。
明代卫所兵至明末，几已无用，浮报吃饷、老弱充数，素质低下，所以戚继光矫倭寇，皆不用卫所，挑选剽悍之民，进行训练，而自成一军，就是名震东瀛的戚家军，但陈一龙自军校毕业，即在宪兵调查组任职，基层班、排、连、营长，指挥职主官职务，也是为了升迁，才短暂接任一年，取得资历後，便送礼请托调至轻松单位，因此，对於统兵御将，并不熟悉。
三十万大军已是老弱残兵，在加上将帅无能，因此大军开出北京城，已有不少军士脱逃，还有军官纵兵扰民，劫财劫色，军纪涣散，让百姓苦不堪言，所以才有:贼如扫；兵如刮；官如剃的谚语，意思是说遇到盗贼家中财物像被扫把扫空，遇到官兵家中财物像被刮刀刮过，遇到官吏那就像剃刀一样，所过处一丝不剩，更夸张的还有修屍匠这种职业产生，官兵剿不了贼，便杀百姓领奖，修屍匠可以把女屍伪装，改为男屍，让官兵前去领赏。
陈一龙大军还未见到山海关，准备进入一片石地区时，左右副将纷纷建议陈一龙将部队按中、前、左、右、後五军陈列，对中军形成保护，但陈一龙不予采纳，他认为山海关的守军不过五万人，守关有余，出击则不足，坚持以长蛇阵进入山海关前紮营，手下诸将都知道吴山桂有勇有谋，为此担心不已，结果果不其然，当陈一龙的中军进入一片石，两侧出现轰隆马蹄声，如滚雷般由远至近夹杂着大量尘烟，接着黄色战旗飘扬，中间写着斗大的吴字，陈一龙还搞不清楚状况，左右副将已拔刀大喊:保护大将军。
两股吴军铁骑左右奔袭而来，马上的骑兵手上斩刀，朝着魏军手起刀落，有如劈菜斩瓜般容易，如入无人之地，三十万大军随即乱成一团，军官的叫喊，也止不住大军如潮水般的溃逃，两军还未正面交锋，战争已经结束，吴三桂以两万关宁铁骑大破三十万魏军，声名大噪，陈一龙则在诸将的奋力拼杀保护下，逃回北京城。