美国每年大约报告4万例沙门氏菌感染病例。但实际的感染人数可能要多20倍以上，因为许多轻型病人未能确诊。由于动物性食品常常容易受到沙门氏菌的污染，应注意不要食用生的或半生的鸡蛋、禽肉或畜肉；不要饮用生的、未经巴氏杀菌的牛奶或其他奶制品；水果蔬菜等农产品食用前应彻底清洗；未经加热烹制的肉类食品应与水果、蔬菜、熟食和其他直接入口的食品分开存放。另外，接触动物的粪便后应及时洗手。因爬行动物携带沙门氏菌的可能性最大，接触后应立即洗手。
2.大肠杆菌
1886年Escherich从粪便中发现了大肠杆菌。在相当长的一段时间内，一直被当作正常肠道菌群的组成部分，认为是非致病菌。直到20世纪中叶，才认识到一些特殊血清型的大肠杆菌对人和动物有病原性，尤其对婴儿和幼畜（禽），常引起严重腹泻和败血症，它是一种普通的原核生物，是人类和大多数温血动物肠道中的正常菌群。但也有某些血清型的大肠杆菌可引起不同症状的腹泻，根据不同的生物学特性将致病性大肠杆菌分为5类：致病性大肠杆菌（EPEC）、肠产毒性大肠杆菌（ETEC）、肠侵袭性大肠杆菌（EIEC）、肠出血性大肠杆菌（EHEC）、肠黏附性大肠杆菌（EAEC）。
大肠杆菌为革兰阴性短杆菌，大小0.5微米×（1～3）微米。周身鞭毛，能运动，无芽孢。能发酵多种糖类产酸、产气，是人和动物肠道中的正常栖居菌，婴儿出生后即随哺乳进入肠道，与人终身相伴，其代谢活动能抑制肠道内分解蛋白质的微生物生长，减少蛋白质分解产物对人体的危害，还能合成维生素B和维生素K，以及有杀菌作用的大肠杆菌素。正常栖居条件下不致病。但若进入胆囊、膀胱等处可引起炎症。在肠道中大量繁殖，几占粪便干重的1/3。兼性厌氧菌。在环境卫生不良的情况下，常随粪便散布在周围环境中。若在水和食品中检出此菌，可认为是被粪便污染的指标，从而可能有肠道病原菌的存在。因此，大肠菌群数（或大肠菌值）常作为饮水和食物（或药物）的卫生学标准。
大肠杆菌侵入人体一些部位时，可引起感染，如腹膜炎、胆囊炎、膀胱炎及腹泻等。人在感染大肠杆菌后的症状为胃痛、呕吐、腹泻和发热。感染可能是致命性的，尤其是对孩子及老人。
该菌对热的抵抗力较其他肠道杆菌强，55℃经60分钟或60℃加热15分钟仍有部分细菌存活。在自然界的水中可存活数周至数月，在温度较低的粪便中存活更久。胆盐、煌绿等对大肠杆菌有抑制作用。对磺胺类、链霉素、氯霉素等敏感，但易耐药，是由带有R因子的质粒转移而获得的。
大肠杆菌O157∶H7是大肠杆菌的其中一个类型，即肠出血性大肠杆菌（EHEC），该种病菌常见于牛等温血动物的肠内。这一型的大肠杆菌会释放一种强烈的毒素，并可能导致肠管出现严重症状，造成肠出血，约有10%可发展成肾出血。主要症状是突发性腹痛，并危及肝、肾。在小儿中常导致溶血性尿毒综合征，威胁生命。1996年在日本发生大规模EHEC流行，大肠杆菌O157∶H7食物中毒9451人，死亡12人，是由一所小学学生食用白萝卜芽引起的，以后通过粪便感染、交叉感染。此病迅速扩展至全日本，全世界都受到震惊。许多食物都可引起发此病，如生的或半生的肉、奶、汉堡包、果汁、发酵肠、酸奶、蔬菜等。
目前针对这种毒素尚无有效的治理方法，主要预防措施是不吃生食，若食物的所有部分均加热至75℃，便可消灭大肠杆菌O157∶H7；因此，碎牛肉及汉堡等应彻底煮至75℃达2~3分钟，直至煮熟的肉完全转为褐色，而肉汁亦变得清澈再食用。如有需要保留吃剩的熟食，应该加以冷藏，并尽快食用，而变质的食物应该弃掉。
3.肉毒梭菌
肉毒梭状芽孢杆菌，简称肉毒梭菌，在自然界分布广泛，土壤、霉变干草、畜禽粪便中均存在，可引起严重的毒素型食物中毒。新疆西北部察不查尔县的锡伯族人，每年春天常因吃自制的米糊糊而死去，这是因为其中暗藏了大量肉毒梭菌。
肉毒梭菌是革兰阳性的产芽孢细菌，其芽孢卵圆形，位于菌体的次极端或中央，芽孢大于菌体的横径，所以生芽孢的细菌呈梭状，有鞭毛、能运动、无荚膜。适宜的生长温度为35℃左右，属中温性。肉毒梭菌产生的毒素称为肉毒毒素，根据抗原性差别而将肉毒梭菌分为A、B、C1、C2、D、E、F、G等8个菌型。肉毒毒素不耐热，在80℃加热30分钟、100℃加热1分钟可被破坏。外毒素在蛋白酶（特别是胰蛋白酶）活化后才能呈现较强毒，但两者相互作用时间愈长，毒性反而降低。
肉毒梭菌中毒症是由于摄食含有肉毒梭菌外毒素的饲料而引起的急性中毒性疾病，其临床特征为运动神经和延脑麻痹。病原为革兰氏阳性肉毒梭菌。引起中毒的食物包括蔬菜、鱼类、豆类、乳类等含蛋白质的食物。1958年以来所报道的肉毒梭菌引起的食物中毒主要是A型和B型，1965年才有E型中毒的报道。肉毒梭菌中毒属于毒素型中毒。其毒素与神经有较强亲和力，经肠道吸收后作用于颅脑神经核和外周神经，即肌肉接头处及植物神经末梢，毒素能阻止乙酰碱的释放，导致肌肉麻痹和神经功能不全。大约在进食污染毒素的食物24小时以内发生中毒症状，也有两三天后才发生的，这主要与进食毒素的量有关。
我国引起肉毒梭菌中毒的食物主要为民间自制的发酵豆制品，如臭豆腐、豆酱、面酱、豆豉等，少数是因为吃熟肉制品引起的。吃了这类食品，会出现恶心呕吐，接着疲乏、头痛、头晕、视力模糊、复视；喉黏膜发干，感到喉部紧缩，继而吞咽和说话困难；肌肉虚弱无力，直至危及生命。因此，不合卫生标准或过期肉食罐头和肉制品不能吃。肉毒梭菌的芽孢在中性条件下需要加热煮沸8小时才能被杀死，其生命力极强，应高度警惕。
4.金黄色葡萄球菌
葡萄球菌广泛分布于自然界，如空气、水、土壤、饲料和一些物品上，还常见于人和动物的皮肤及与外界相通的腔道中。葡萄球菌中，腐生葡萄球菌数量最多，一般不致病。表皮葡萄球菌致病较弱，金黄色葡萄球菌致病力最强，可产生肠毒素、杀白血球素、溶血素等毒素，引起食物中毒的是肠毒素。
金黄色葡萄球菌为革兰阳性球菌，呈葡萄串状排列，无芽孢，无鞭毛，不能运动。适宜生长温度为35℃～37℃，但在0℃～47℃都可以生长。菌体不耐热，60℃的温度下，30分钟即可被杀死，但在冷藏环境中不易死亡。目前已经确认的至少有A、B、C1、C2、C3、D、E和F这8个型。A型肠毒素引起的食物中毒最多，B型次之，C型较少。该毒素的抗热力很强，煮沸1～1.5小时仍保持其毒力，也不受胰蛋白酶影响。120℃的温度下，20分钟还不能完全破坏。其抗原成分是耐热性蛋白质和多糖。因此，当其污染食品以后，用普通的烹调方法不能避免中毒。金黄色葡萄球菌的感染源一般来自有患化脓性炎症病人或带菌者。适宜该菌繁殖并产生毒素的食品，由于各国气候条件和饮食习惯不同而有差异。我国常引起中毒的食品除乳及乳制品外，还有腌制的肉、鸡、蛋等食品以及含有淀粉的食品。由牛乳引起的食物中毒比较多，虽然牛乳在食用前一般经过煮沸，但是毒素不能被破坏，如煮沸前污染严重并已经产生毒素，仍可引起食物中毒。
金黄色葡萄球菌引起毒素型食物中毒，主要症状为急性胃肠炎症状，这是由于肠毒素进入人体消化道后被吸收进血液，刺激中枢神经而发生的。潜伏期为几十分钟到几小时。病程仅几小时即可恢复。
防止金黄色葡萄球菌中毒，除一般的注意事项外，要特别注意食品从业人员的个人卫生和操作卫生。凡患有疥疮、化脓性疾病及上呼吸道炎症者，应禁止其从事直接接触食品的加工和供应工作，因为这些患者有可能是金黄色葡萄球菌产毒菌株的带菌者，经他们的手和喷嚏可污染食品而引起中毒。
5.副溶血性弧菌
副溶血性弧菌广泛存在于海水中，在含食盐浓度3％～3.5％的培养基中生长良好，故又称致病性嗜盐菌。在沿海地区的夏秋季节，常因食用大量被此菌污染的海产品，引起爆发性食物中毒。在非沿海地区，食用此菌污染的腌菜、腌鱼、腌肉等也常有中毒事件发生。
副溶血弧菌是革兰氏阴性多形态杆菌或稍弯曲弧菌。本菌嗜盐畏酸，在无盐培养基上，不能生长，3%～6%食盐水繁殖迅速，每8～9分钟为1周期，低于0.5%或高于8%盐水中停止生长。在食醋中1～3分钟即死亡，56℃加热5～10分钟灭活，在1%盐酸中5分钟死亡。
本病经食物传播，主要的食物是海产品或盐腌渍品，常见者为蟹类、乌贼、海蜇、鱼、黄泥螺等，其次为蛋品、肉类或蔬菜。进食肉类或蔬菜而致病者，多因食物容器或砧板污染所引起。男女老幼均可患病，但以青壮年为多，病后免疫力不强，可重复感染。潜伏期1小时~4天不等，多数为10小时左右。起病急骤，常有腹痛、腹泻、呕吐、失水、畏寒及发热。腹泻每日3～20余次不等，大便性状多样，多数为黄水样或黄糊便。由于吐泻，患者常有失水现象，重度失水者可伴声哑和肌痉挛，个别病人血压下降、面色苍白或发绀以致意识不清。
对于本病预防措施是不生食海鲜，不在海滩或农贸集市上购买烧烤海产品；注意海鲜是否干净、新鲜，是否彻底加热，蒸熟煮透。如有异味或发现半生不熟，切忌食用；吃海鲜时要佐以食醋、姜末和生蒜。剩菜、剩饭食前必须充分加热。
食源性寄生虫病
很多肉类、水产品、水生植物、蔬菜等可能携带有寄生虫及虫卵，人摄食了被寄生虫及虫卵污染的食物后，可引起人感染相应的寄生虫病，即食源性寄生虫病。由畜肉引起的常见寄生虫病有猪肉绦虫病、旋毛虫病、肝片形吸虫病、弓形虫病、牛肉绦虫病等；由水产品引起的常见寄生虫病有华支睾吸虫病、并殖吸虫病、异尖线虫病、姜片虫病等。食源性寄生虫病暴发流行时与食物中毒有着相同的特点，如发病与食物相关，病人在近期内食用过相同的食物；发病集中，短时间（相对食物中毒潜伏期较长）可能有多人发病；病人有相似的临床表现，病程一般较食物中毒长，另外可有人与人的传播。
随着人类饮食来源和方式的多样化，由食源性寄生虫病造成的食品安全问题日益突出。世界卫生组织/热带病研究署（WHO/TDR）要求防治的7类热带病中，除麻风病、结核病外，其余5类都是寄生虫病，寄生虫病在发展中国家是严重危害人民健康的公共卫生问题。在我国，食源性寄生虫病已经成为新的“富贵病”，其感染与人们生食或半生食的饮食习惯和不注意卫生的生活习惯密切相关。
1.猪囊尾蚴病
囊尾蚴是绦虫的幼虫，寄生在宿主的横纹肌及结缔组织中，呈包囊状，故俗称“囊虫”。在动物体内寄生的囊尾蚴有多种，通过肉食品传播给人类的有猪囊尾蚴和牛囊尾蚴，以猪囊尾蚴为常见。绦虫在动物分类中属扁形动物门。
猪囊尾蚴病的病原体是寄生在人体内的猪肉绦虫的幼虫，即猪囊尾蚴，又称猪囊虫。所谓“米猪肉”就是带有猪囊虫的猪肉。猪囊虫肉眼可见，白色、绿豆大小、半透明的水泡状包囊，包囊一端为乳白色不透明的头节，头节中有吸盘和钩。由于囊虫散在猪肉中似米粒，所以叫“米猪肉”。