在自然界中微生物及其毒素、寄生虫和虫卵等几乎无处不在，而食品很容易受到它们的污染，引起人类食源性疾病。
真菌及其毒素
真菌广泛分布于生活环境中种类极多，长久以来人们就利用真菌酿造食品，工业农业、饮食、卫生等部门也利用真菌进行生产加工或治疗疾病，造福于人类，但是也有很多种真菌对动、植物和人类危害极大，不仅寄生可以致病而且食入可致中毒。由于食入霉变食品引起的中毒叫做真菌性食物中毒（fungous food poisoning），近年来这方面的报道渐多，有些是急性中毒，死亡率极高；有些是慢性中毒，可发生癌变。目前已引起全世界的广泛重视。
目前发现能引起人和动物中毒的霉菌代谢产物，至少有150种以上，常见的产毒性真菌有曲霉菌属、青霉菌属、镰刀菌属、麦角菌和穗状葡萄球菌等，其中最常见的、研究最多的是黄曲霉毒素，其他如展青霉素、猪曲霉素、岛青霉素及杂色曲霉素等也引起人们的注意。真菌毒素一般能耐高温，无抗原性，主要侵害实质器官。它们对机体除了引起不同部位发生急性中毒作用外，某些毒素还具有致畸、致病、致突变的三致作用。真菌毒素其他作用还包括：减少细胞分裂，抑制蛋白质合成，抑制DNA和组蛋白形成复合物，影响核酸合成，抑制DNA的复制，降低免疫等等。这些毒素根据其作用部位，一般分为肝脏毒、肾脏毒、神经毒和其他毒等四种类型。
1.肝癌凶手：黄曲霉素
1960年英国的一家养鸡场，在短短的几个月中突然死掉了10万只火鸡。这些火鸡都患有同一种疾病：先是食欲不振，不吃东西，后是羽翼下垂，头向后仰，昏睡而死。解剖时发现，其肝脏均坏死出血，经多方研究分析，证明在死亡的火鸡中有80%发生在伦敦周围80～100英里（1英里=1.6093千米）内，与伦敦一工厂供应的商品饲料有关。饲料中含有由巴西进口的花生粉，据调查巴西花生受过含黄曲霉素腐叶土的污染，从而含有黄曲霉毒素。同年，美国一艘从爱达荷州运输孵育鳟鱼的船，在加利福尼亚海岸被扣，许多鳟鱼患肝癌死亡，研究表明它们也与黄曲霉毒素有关。1960年我国广西省科学工作者用霉花生、玉米喂大鼠，诱发大鼠肝癌也获成功。
玉米、稻谷、花生、果仁等粮食和坚果很容易被黄曲霉菌核曲霉侵染，从而受到这些霉菌产生的黄曲霉毒素的污染。黄曲霉毒素有B1、B2、G1、G2、M1等20多种，其中以黄曲霉毒素B1的毒性最大，产量最高，在食品卫生监测中，主要以黄曲霉毒素B1为污染指标。1992年我国部分省市对粮油食品的黄曲霉毒素B1调查结果，以花生的污染率最高。黄曲霉毒素可造成动物的急性中毒是出血，胃肠失调，包括急性肝坏疽、肝硬化和肝癌在内的肝损伤，甚至死亡。黄曲霉毒素是目前发现的最强的化学致癌物质。据统计它比二甲基亚硝胺诱发肝癌能力大75倍，可见黄曲霉毒素直接威胁着人类的健康。1974年印度境内200个村庄曾爆发黄曲霉毒素中毒性肝炎，397人发病，106人死亡。非洲的乌干达是肝癌的高发区，有专家对这里出产的大米、麦类、高梁、花生进行了鉴定分析，证实其中含有黄曲霉毒素。还有专家在肯尼亚某地区对40万人所食用的食物中的黄曲霉毒素进行测定，表明黄曲霉毒素的摄入量与肝癌的发病率成正比。
黄曲霉毒素除污染粮食等食品外，也有污染干果类及奶品的。我国医学科学院的研究人员在新疆哈萨克族食管癌高发区对饮食的分析鉴定证明：食管癌与喝变质酸奶和霉变的酸奶疙瘩有关。黄曲霉毒素与亚硝胺还有协同致癌作用。当食物发霉后，二级胺、亚硝酸盐、硝酸盐的含量就明显地增加。
如果发现有黄曲霉毒素引起的中毒现象，应立即停止摄入有黄曲霉毒素污染的食物，同时进行补液、利尿、保肝等支持疗法，重症病人按中毒性肝炎治疗。
在日常生活中，我们应当做到不吃发霉的食品，对污染的粮食用水反复搓洗，冲去悬浮物，作加碱、高压处理，破坏毒素。
2.水果里的展青霉素
许多青霉能产生展青霉素，它们主要生长在水果上。这种毒素会引起动物的胃肠道功能紊乱和各种不同器官的水肿和出血，对人体的危害也很大，可导致神经、呼吸和泌尿等系统的损害，使人神经麻痹、肺水肿、肾衰竭，并有致癌作用。扩展青霉和展青霉的生长和产毒素的温度范围很宽，为0℃～40℃，最佳温度为20℃～25℃，最适产毒的pH范围是3～6.5。
据实验取样结果表明，距离腐烂部分1厘米处看似正常的苹果中，仍可检验出展青霉素等毒素。因此为了健康，吃水果要选择表皮色泽光亮、肉质鲜嫩、有香味、新鲜的水果。如略有小斑或少量虫蛀，应用刀挖去腐烂虫蛀处及其周围超过1厘米处的好果部分；如霉变腐烂或虫蛀面积达到或超过水果的1/3，应果断弃之，以防后患。水果每次要少买，尽量吃新鲜的。如需储藏，要视水果的水分、肉质不同，放在冰箱内或用纸箱存放于阴凉通风处。发现腐烂、霉变（水果表皮有黑、绿、灰、白、黄等各色霉菌生长）或有异味的水果要及时去除，以免污染其他好果。食用前要用安全、无毒的水果消毒剂洗净，清水反复冲洗或洗后削皮食用，避免表皮微生物及残留农药的污染。
3.镰刀菌属
镰刀菌能产生植物刺激素（赤霉素），可使农作物增产；有些种可产生纤维酶、脂肪酶、果胶酶等；还有些种可产生毒素，污染粮食、蔬菜和饲料，人畜误食会中毒；镰刀菌也能侵染多种经济作物，引起水稻、小麦、玉米、蚕豆、蔬菜等的赤霉病。谷物中存留镰刀菌的有毒代谢产物赤霉病麦毒素，可引起人畜中毒。我国的麦类赤霉病每3～4年有一次大流行，一般因为麦收以后吃了受病害的新麦，也有因误食库存的赤霉病麦或霉玉米引起中毒的。赤霉病麦中毒的潜伏期一般为10~30分钟，主要症状有恶心、呕吐、腹痛、腹泻、头昏、头痛、嗜睡、流涎、乏力，少数病人发烧、畏寒等，症状一般在1天左右，慢的1周左右自行消失。2008年8月28日，黑龙江省克东县干丰镇兴国村一名村民用自产小麦加工面粉90千克，晚餐用该面粉做疙瘩汤全家6口人食用，20分钟后6人先后出现中毒症状。3～4小时后，症状相继缓解。次日早餐，用面粉做成面条，全家食用，又都出现中毒症状。食用者6人全部发病，较重者2人，潜伏期为20～40分钟，均出现恶心、呕吐、腹痛、腹泻、头晕、全身乏力和体温升高等症状。经克东县卫生防疫站的调查，原麦中赤霉麦含量高达80%左右，用剩余的面粉做汤喂狗和猪，30分钟后均出现呕吐等急性中毒症状。临床资料及流行病学调查确定中毒原因为赤霉病麦。
预防赤霉病粮中毒的关键在于防止麦类、玉米等谷物受到霉菌的侵染和产毒。主要措施有：①加强田间和贮藏期的防菌措施，及时脱粒、晾晒、降低谷物水分含量至安全水分；储存的粮食要勤翻晒，注意通风。②制定粮食中赤霉病麦素的限量标准，加强粮食卫生管理。③去除或减少粮食中病粒或者毒素。④不吃受到霉菌污染的面食。
4.霉变甘蔗
甘蔗清甜可口，富含蔗糖和多种维生素，很受人们特别是儿童们的喜爱，但是近年来，因食用霉变甘蔗而中毒的事件有所增加。
霉变甘蔗中毒是指食用了保存不当而霉变的甘蔗引起的急性食物中毒。常发于我国北方地区的初春季节。这是因为甘蔗在不良条件下经过冬季的长期储存，到第二年春季陆续出售的过程中，霉菌大量生长繁殖并产生毒素，人们食用此种甘蔗即可导致中毒。特别是收割时尚未完全成熟的甘蔗，含糖量低，渗透压也低，有利于霉菌和其他微生物的生长繁殖。引起甘蔗霉变的主要是节菱孢属中的霉菌，它们污染甘蔗后可迅速繁殖，在2～3周内产生一种叫3硝基丙酸的强烈毒素，可损伤人的中枢神经系统，造成脑水肿和肺、肝、肾等脏器充血，从而发生恶心、呕吐、头昏、抽搐、大小便失禁、牙关紧闭等症状，严重时会产生昏迷，可因呼吸衰竭而死亡。
对于食用霉变甘蔗引起的中毒，目前尚无特殊治疗，在发生中毒后尽快洗胃、灌肠以排除毒物，并对症治疗。预防措施包括：①甘蔗必须成熟后收割，因不成熟的甘蔗容易霉变；②甘蔗应随割随卖，不要存放；③甘蔗在储存过程中应防止霉变，存放时间不要过长，并定期对甘蔗进行感官检查，已霉变的甘蔗禁止出售；④加强预防甘蔗霉变中毒的教育工作，教育群众不买不吃霉变甘蔗。
细菌性污染
据国内外统计，在各种食物中毒中，以细菌性食物中毒最多。虽然全年皆可发生，但在夏秋两个季节发生较多，因为此时气温较高，微生物易于生长繁殖。细菌性食物中毒的患者一般都表现为明显的胃肠炎症状，其中腹痛、腹泻最为常见。
细菌性食物中毒可分为感染型食物中毒和毒素型食物中毒。凡人们食用含有大量病原菌的食物引起消化道感染而造成的中毒称为感染型食物中毒；凡人们食用由于细菌大量繁殖而产生毒素的食物所造成的中毒成为毒素型食物中毒。造成食物中毒的细菌很多，以美国为例，1977—1982年发生的细菌性食物中毒情况。
除了所列的细菌以外，还有一些引起食物中毒的细菌也不能忽视，如变形杆菌、韦氏梭菌、假单胞菌、链球菌等。而且随着细菌种类和食品种类的增加，细菌性食物中毒事件也不断增加。
1.沙门氏菌
沙门氏菌是细菌性食物中毒中最常见的致病菌。世界上最大的一起沙门菌食物中毒是1953年瑞典由吃猪肉所引起的鼠伤寒杆菌食物中毒，中毒7717人，死亡90人。我国则是1959年南宁市因吃鸡肉而发生的猪霍乱杆菌食物中毒为最大，中毒1061人；其次是1972年青海省同仁县因吃牛肉引起的圣保罗沙门菌中毒，中毒1041人。据世界卫生组织的报告，1985年以来，在世界范围内，由沙门氏菌引起的已确诊的人类患病人数显著增加，在一些欧洲国家已增加5倍以上。在我国内陆地区，由沙门氏菌引起的食物中毒屡居首位。据资料统计，在我国细菌性食物中毒中，70%～80%是由沙门氏菌引起，而在引起沙门氏菌中毒的食品中，90%以上是肉类等动物性产品。动物性产品中含有多种丰富的营养成分，非常适宜于沙门氏菌的生长繁殖，人们一旦摄入了含有大量沙门氏菌（105～106个/克）的动物性产品，就会引起细菌性感染，进而在毒素的作用下发生食物中毒。
由沙门氏菌引起的疾病主要分为两大类：一类是伤寒和副伤寒，另一类是急性肠胃炎。其中鼠伤寒沙门氏菌、猪霍乱沙门氏菌、肠炎沙门氏菌等是污染动物性产品，进而引起人类沙门氏菌食物中毒的主要致病菌。沙门氏菌污染主要来源于患病的人和动物及其带菌者，主要由其粪便、尿、乳汁以及流产胎儿、胎衣和羊水排出的病菌污染水源、土壤和饲料等，其中饲料和水源的污染是导致沙门氏菌传染的主要原因。各种饲料中均可发现沙门氏菌，尤其是动物性饲料（如鱼粉）中常见。
畜禽感染沙门氏菌可引起相应的传染病，如猪霍乱、鸡白痢等。一般情况下畜禽肠道带菌率比较高，当动物因患病、衰弱、营养不良、疲劳以致抵抗力降低时，肠道中的沙门氏菌即可经肠系膜淋巴结和组织进入血液引起全身感染，甚至死亡。例如，猪霍乱沙门氏菌可引起仔猪副伤寒，急性病例出现败血症变化，死亡率相当高。慢性病例产生坏死性肠炎，影响猪的生长发育。鸡白痢沙门氏菌，主要侵害雏鸡，引起败血症，可造成大批死亡。在成年母鸡则主要引起孵巢炎，可在卵黄内带菌而传给幼雏。
沙门氏菌通常是通过摄取受到动物粪便污染的食物进入人的体内。而一般容易受污染的食品主要是动物性食品，如牛肉、禽肉、牛奶、鸡蛋及其制品，食品也可能被已感染沙门氏菌的食品加工人员污染。受到沙门氏菌污染的食物在外形与味觉上与正常食物没什么两样，不过只要充分加热即可杀灭污染食品所含有的沙门氏菌。大多数感染沙门氏菌的人会在受到感染后的12～72小时出现腹泻、呕吐、发热和腹痛等临床症状，一般在4~7天内可以恢复。但如果病菌感染了淋巴腺并侵入血液的话，不及时采用抗菌素治疗就有可能引起死亡。沙门氏菌随同食物进入消化道后，摄入一定量以上才出现临床症状；如果摄入较少，即成为无症状带菌者。但对于儿童、老人和体弱者，较少量的细菌也能出现临床症状。尽管感染沙门氏菌的腹泻病人一般可以完全恢复，但胃肠功能要完全恢复正常可能要数月之久。少数感染沙门氏菌的病人可能会继发关节痛、眼炎和尿痛等症状。这种病症称为Reiter综合征。继发症状可以持续数月或数年，并可能导致慢性关节炎，很难治愈。