如何知道自己是上帝的选民，加尔文和路德发生了分歧。路德认为，只要在情感上与上帝神秘的合一，就可以认定自己是选民。加尔文怀疑这种认识的真实性。在他看来，坚定的信仰需要客观的效果来证实。他认为，这种客观性来自两个方面，一是教徒的职业贡献，二是教徒的高尚品德。在第一个方面，既然人是上帝的最高创造物，是上帝造物的代管人，那么衡量选民的一个重要标志就是看其职业贡献是否能荣耀上帝。在加尔文看来，劳动不是上帝对人的惩罚，而是上帝对人的恩宠，是上帝为人指出的唯一可靠的拯救之路。“上帝的荣耀是抽象的，人们不知道他是什么样的，但人们为增加上帝的荣耀所进行的劳动都是具体的，同时劳动所创造的财富也是可见的，可度量的。财富的不断增加，便意味着上帝荣耀的不断增加，这样，一个人创造财富的多寡便成为衡量他是否已经得到上帝恩宠的标记。在事业经营上不断成功，获得财富，便表示他已经得到上帝的恩遇，并同时增加了上帝的荣耀。”路德的“虔诚的自由人”在这里转变为加尔文的“严谨的职业人”。
在第二方面，人为了荣耀上帝，必须从自然状态过渡到蒙恩状态，也就是说，要想成为选民，必须摆脱各种非理性的感官冲动的诱惑，过一种有系统的讲究方法的理性生活，并在生活中努力严于律己和深刻反省，做到一切为了增加上帝的荣耀。为此，加尔文反对浪费时间和奢华，主张过一种俭朴的生活。天主教外在强制的禁欲主义在这里转变为内在规范的禁欲主义。
加尔文认为人类的活动、人类的职业之所以是神圣的，在于响应上帝的呼召，上帝召唤即“天职”。“天职”这个词最早见于路德对《次经·德训篇》中“信任天主，坚守天职”的翻译，这个词汇的古希腊含义是“劳苦”。路德通过这个词汇将世俗的职业与上帝的意志结合在一起。加尔文深化了路德的思想，他认为，人的生命历程，就是响应上帝召唤的过程，一个人在天职中尽职，就是对神的召唤的回答。因为神的召唤是选民的标志，为了证明自己是选民，每个信徒都应该有信心、有恒心，通过天职，通过争取和利用上帝给予的每一次获利的机会，以事业的成功来荣耀上帝并证明自己是上帝的选民。
只要我们顺从自己所得的呼召，无论什么工作在上帝心目中都是有价值和重要的，也没有所谓卑贱的工作。
加尔文一方面论证了世俗工作的神圣性，一方面承认经济生活变化的现实。他鼓励发财致富，他说：“一个人所以发家致富，不在于他的品德、智慧或勤劳，而完全靠上帝赐恩……财富本身绝不像某些蠢人所想的应予斥责。《圣经》里，天使把拉撒路带到亚伯拉罕怀里，亚伯拉罕就是一个有牛羊、有钱财、有子女，有一切的大富翁。”关于高利贷，加尔文指出：“以高利得到贷款的人，通过自己的劳动和管理，其所得至少不应少于那个出借款项的人之所得。”因此，只要不是针对穷人和受灾祸威胁的人，可以合法地收取贷放金钱所得的高利。既然赚钱的机会来自上帝的赐予，因此赚钱是神圣的，商业是神圣的。这里，加尔文把赚钱与上帝联系在一起，完成了一个基本的思想转变。
著名的德国社会学家马克斯·韦伯正是在加尔文这里发现了“资本主义精神”的起源，这种精神既是一种一切为了荣耀上帝的天职，又是一种理性而有系统地追求利润的态度。实际上，加尔文的观点符合《圣经》的基本传统。在《创世纪》中，上帝把人置于所有创造物之上，并使世界的万物为人所用。因此，人类应该用他们对上帝的创造物的使用结果来荣耀和遵从上帝。虽然上帝预定了“选民”与“弃民”，但人们无法确知上帝的意志，那么，每个人都是可能性意义上的选民，人们站在同一起点上。而每一个人的职业，是上帝呼召人们的特殊形式。只要“神看着是好的”，再卑微的职业也是神圣的。在这个意义上，职业没有等级之别，从事各种职业的人们在上帝面前总是平等的。人们在职业中的劳动目的是服侍上帝，这是一件精神上严肃的事情，因此，不能无所用心，需要兢兢业业，坚持不懈。所以，人们在天职中的成功与失败，是人们成为选民并获得拯救的标志。加尔文的预定论学说，其实际根据是在商业竞争的世界中，一个人的成功或失败并不取决于自己的才智和品性，而取决于不受他个人支配的市场状况，取决于货币——经济中的神——的摆布。
三、科学革命与思想方式变革
从客观效果来看，文艺复兴时期的思想家们和近代早期的天主教教会做了同一件事情，即把神圣的东西世俗化了。他们的差异仅仅在于，前者是以揭示教会的腐败为手段，而后者则以滥用权力如买卖赎罪卷为手段。宗教改革的思想家们则正好相反，他们把世俗的东西神圣化了。把人们的世俗生活和赚钱神圣化，一方面在神学上证明了这些事务的合理性，但另一方面又为世俗生活的发展设定了特定的障碍。在经济思想方面，天主教认为赚钱有罪，新教则认为赚钱不仅无罪，而且有功，因此能荣耀上帝。简言之，经济生活的目的是为了上帝，而不是为了人自身。新教的禁欲主义充分体现了这一点。这样，经济及经济思想的发展仍被规定了终极界限。然而，正在兴起的资本主义商品经济的本性，就是扬弃一切界限。近代经济的发展，不仅要求否定教会的陈规戒律，而且还要求否定神对世俗经济的种种规定。
真正撼动神学思维方式的，是伟大的科学革命。而宗教改革为科学革命提供了重要的前提条件。宗教改革后的宗派林立造成了相对宽容和自由辩论的环境，而对世俗生活的重视，刺激了人们对自然界的关注，科学家和哲学家可以通过研究上帝的作品——自然和人类，去歌颂上帝的威力和智慧。根据宗教改革的理论结果，世界仅仅是上帝的创造物，它本身不具有神性，上帝已将它交给人类去管理，这就为人类探索自然从而利用自然提供了神圣的“道德上的核准”。加尔文在《基督教原理》中指出：
让每个人都有办法获得快乐，这样上帝就高兴，这就不仅在我们头脑中植入了我们已在宣讲的这宗教的种子，也使他创造整个宇宙结构的完美性深入人心；……为了显示他的高超智慧，上天和地面都向我们提供了无数的证据，这不仅仅又有颇为发达的天文学、医学和其他自然科学加以说明的证据，而且还有那些一个文盲农夫也会去注意的证据，他只要一睁眼就必然看到这些证据。
因此，只要发现这些证据，就是向上帝表示尊重。而且根据路德和加尔文的学说，人们需要通过自己的职业贡献荣耀上帝，而职业贡献需要一种理性地控制自己和世界的态度，这种态度要求人们将上帝的创造物仅仅当做荣耀上帝的工具。这种“工具性态度”是近代科学发生的主要根据之一。在15世纪至16世纪，它导致人们用数的和谐或空间几何学去解释宇宙。
1543年，波兰科学家哥白尼（1473—1543）在犹疑了30年之后，临终前发表了著名的《天体运行论》，这是自然科学从神学中解放出来的“独立宣言”。在中世纪，根据天主教的基本教义，“托勒密体系”是唯一正确的天文学。这个体系认为，地球是宇宙的中心，而处于多个不同天层的太阳、月亮、行星都围绕这个中心旋转，旋转的动力来自每一天层的神灵，上帝则在宇宙边界之外统治着整个宇宙。但哥白尼却声称：
太阳的王位雄踞在所有位置的中心。在这个最为壮美的殿堂里，我们还能把这个光芒四射的天体放在更好的位置使它可以立刻普照万物吗？他有权被称为神灯、心灵、宇宙的立法者；赫尔墨斯称他为看得见的上帝，索福克勒斯笔下的艾勒克塔称他为全视者。所以太阳坐在神圣的宝座上，号令他的孩子，那些绕他而转动的行星。
哥白尼的理论用新的眼光观察世界，地球从宇宙的中心地降为一颗行星，这就否定了教会的“地球是上帝特为安排在宇宙中心”的论点，从而动摇了基督教宇宙观的基础，并在更深的层次上导致了对上帝的怀疑。
虽然遭到教会的反对，哥白尼的理论仍然像野火一样传播开来。1584年，意大利的科学家布鲁诺（1548—1600）发表了一部令整个欧洲震惊的著作《论无限性、宇宙和世界》。在这本书中，他发展了哥白尼的理论，提出了宇宙无限的观点。他认为宇宙既无中心，也无边界；宇宙的中心，不是太阳，因为有无限个太阳散布在宇宙之中；在宇宙中人类可以居住的地点不只是地球，在其他星球上也还有人居住。布鲁诺的理论既违反了上帝只创造了一个宇宙的教义，又违反了上帝只创造了一个人类家园的教义。并且，布鲁诺的理论还引起了更为深刻的疑问：其他世界的人需要赎罪吗？在无限的宇宙内，是否有无限个耶稣基督呢？
布鲁诺宣称：不动的宇宙死寂无声，运动变化的宇宙充满生机：
没有什么终点、边界、界限或围墙能欺骗或剥夺我们认为存在无限多样的事物。地球和海洋是丰饶的；太阳的光芒是永恒的，供给烈烈火焰的燃料，以及供给稀薄大海的水蒸气也是永恒的。正是从无限性中不断生长出清新而丰富的物质。
如果是这样，上帝造物的完满性如何说明呢？在无限的宇宙中，人怎样找到上帝？上帝又如何找到人？上帝又如何应对运动和变化的绝对性？正因为如此，教会将布鲁诺看做最危险的“异端分子”。在经过长达7年的关押审讯之后 ，布鲁诺被宗教裁判所判处火刑。临刑前，教士建议布鲁诺悔过以免刑时，他骄傲地拒绝了，并且表示愿意作为烈士而就义。他告诉判决者：你们对我宣布判词，比我听到判词还要恐惧。1600年2月17日，布鲁诺被烧死在罗马的鲜花广场。他是伟大的科学殉道者。
从科学的角度看问题，哥白尼并不是一个严格意义上的天文学家，而是一个几何学家。他的天文学体系不是来源于观察，而是来源于推理。“美”和“和谐”的观点支配了他的研究，例如他以“圆是最美的形状”来论证行星运动的轨迹。他认为恒星是“不动的金钉”，恒星一定是球体，因为所有物体都渴望成为球体，就像水形成水滴。至于行星的运动，哥白尼认为应该有庄严感，因而只能是像队列操那样匀速进行。而布鲁诺在很大程度上是一位诗人，浩瀚的星空，对他来说就是令人心醉神迷的宇宙诗行。
真正以科学家的眼光看待天体的是丹麦的第谷（1546—1601）及其弟子开普勒（1571—1630）。第谷1576年在哥本哈根附近的一个小岛上建立了天文台，在那里他辛勤观察天空长达20年之久，对行星运动进行了一系列精确的观察。他的观测与他的观念常常发生矛盾。他的观测资料表明，行星确实在绕太阳运动，但他又不愿放弃太阳绕地球运行的传统观念，于是他提出了一个折中方案，即行星绕太阳运行，而太阳率众行星绕地球运行。第谷的事例表现出近代早期尊重事实，思想解放的步履何等艰难。
开普勒出生于德国一个贫困的新教徒家庭，早年由于公认为智力超群得到符腾堡大公的资助，就读于杜宾根大学。1600年进入第谷的天文台。1601年第谷去世后，他利用老师留下来的大量观测资料，进行了艰苦的研究工作。他着重观察了火星，因为无论是托勒密模型还是哥白尼模型，都不能解释这颗行星已被观察到的运动。在观察的基础上，他于1609年发表了《新天文学》，揭示了行星运动的第一定律和第二定律。在1619年发表的《宇宙和谐论》中，又揭示了行星运动的第三定律。人们将他称为“天空的立法者”。
开普勒的第一定律揭示了行星运动轨道的椭圆性质，从而抛弃了天文学中的“圆形审美偏见”；第二定律揭示了行星在其轨道的不同点上的速度变化；第三定律揭示了太阳系中不同行星的运动周期的差别。它预示了牛顿的万有引力定律。这三大定律为哥白尼体系奠定了坚实的实证基础。