用契合法判明现象的原因有一定的局限性。因为有的现象的产生不只是一个原因，有时也可能有多种共同的情况。因而用契合法所得出的结论是或然性的，只提供初步的可能情况。在使用契合法时，我们应注意以下三点：
第一，要注意各场合有无其他相同的先行情况未被发现。各种场合下，相同的先行情况可能不止一个。而未被发现的相同先行情况或许正是被研究现象产生的原因。
第二，尽量增加被研究现象出现的场合。如果被研究现象出现的场合愈多，结论的可靠性就愈大。
第三，必须掌握唯一相同的先行情况与被研究现象是否具有必然联系。
（2）差异法（求异法）。
差异法又叫求异法。其基本内容是：如果在被研究现象出现与不出现的两个场合中，其他先行情况都相同，只有一个先行情况不同，那么，这个唯一不同的先行情况就是被研究现象产生的原因。差异法的特点，是同中求异。它的逻辑形式是：
场合 先行情况 被研究对象
（1）A B C a
（2）一B C 一
所以，A是a的原因。
例如，某市检察院1991年受理群众举报该市石油公司经理部经理受贿一案。举报材料反映，该经理部专营计划外柴油，几年来销售数万吨，进货单位分布于江、浙、闽沿海的几十个渔港，经理印某每批准售出一吨柴油，向对方索取回扣5元……。经选点初查，印某并非每笔业务都有受贿行为。检察官为选准侦查方向，避免无效劳动，认真研究三年来柴油市场变化的规律，并运用差异法列表分析。他们把市场柴油销售状况分为“紧俏”、“一般”、“疲软”三种，发现印某在柴油销售行情呈一般与疲软状况时，均无受贿行为，而柴油市场紧俏时，印某均向对方索贿，从而排除了原侦查计划中的部分单位，突出了取证重点，使办案周期大大缩短，很快查清了印某受贿一万余元的犯罪事实。
在使用差异法时，我们应该注意以下两点：
第一，除唯一不同的先行情况外，其余的先行情况必须相同。
第二，唯一不同的先行情况，是被研究现象的整个原因，还是部分原因。如果两个场合中唯一不同的情况只是被研究现象的部分原因，那么应当继续探求其他原因。则，得出的结论是不可靠的。
（3）契合差异法（求同求异法）。
契合差异法又叫求同求异并用法。其基本内容是：有两组事例，一组是由被研究现象出现的若干场合组成，我们称之为正事例组；另一组是由被研究现象不出现的若干场合组成，我们称之为负事例组。如果在正事例组的各个场合里只有一个唯一相同的先行情况，而且这个相同先行情况在负事例组的各个场合里都不存在，那么这个情况就是被研究现象的原因。它的逻辑形式是：
所以，A是a的原因。
从公式中可以看出，契合差异法是两次求同，一次求异。第一次，先在正事例组中，根据存在的唯一共同先行情况A，用求同法断定A是a的原因。第二次，再在负事例组中，根据存在的唯一共同先行情况没有A，用求同法断定没有A是没有a的原因。第三次，再将正负事例组的结论加以比较对照，用差异法断定，A是a的原因。
例如，某国家机关在两个月内曾发生五起泄露重大机密案件。经国家安全机关立案侦查，发现有机会了解、掌握该项机密的仅十余人。通过进一步排队摸底，郑某成为重要嫌疑对象。该机关两个月内共研究、决策此项机密七次，郑某参加研究的五次均不同程度泄密；另两次研究时，郑某因去北京开会未参加，两次内容均未泄露。侦查人员运用契合差异并用法分析，认为郑某极可能是重大机密泄露的原因。后经其他证据证实，确系郑某泄密。
在使用契合差异法时，我们应该注意以下三点：
第一，尽可能增加正、负两事例组的场合，以提高结论的可靠程度。
第二，选择负事例组场合时，要尽可能与正事例组场合相似，否则难以对比。因为只有那些同正事例组场合关系密切，同时又是相类似的事例，才具有一定的可靠性。两类事例组场合越相似，结论的可靠性越高。
第三，前面分述的契合法和差异法的注意事项，在并用时也同样应予注意。
（4）共变法。
共变法的基本内容是：在被研究现象发生变化的若干场合中，只有一种先行情况相应地变化，则这个相应变化的先行情况就是被研究现象产生的原因。它的逻辑形式是：
场合 先行情况 被研究对象
（1）A1BCD a1
（2）A2BCD a2
（3）A3BCD a3
所以，A是a的原因。
从公式中可以看出，各场合中的先行情况都是相同的，只是A这一情况的量（或程度）不同。A的情况发生变化后，被研究对象a也就相应地发生变化，于是推测：A是a的原因。
例如，1984年江苏省镇江市某村办皮鞋厂的产品开始打入国际市场，产量逐步增长。而与此同时，该厂上底车间工人的体质在短时间内却大幅度下降。有的职工几个月内身体状况变得非常虚弱，有的女工甚至丧失了生育能力。检察机关会同劳动保护部门一道进入该厂调查。办案同志发现，这个车间产量成倍增长后，通风条件并没有任何改变。皮鞋上底所用的氯丁胶越来越多，散发出来的有毒物质“苯”在空气中的含量逐步增加。由于缺乏通风设备，车间工人长期在含有有毒气体的环境里工作，苯中毒极可能是职工身体素质下降的原因。后经职业病防治所对该车间工人进行普遍体检，确认有12名工人严重苯中毒。印证了办案人员用共变法推出的上述结论。检察院以玩忽职守罪对该厂厂长立案侦查。
共变法是以因果联系的确定性为客观根据的。在特定条件下，当原因的作用扩大或缩小时，表现于结果的效应也必然扩大或缩小，由此判定先行情况A与被研究现象a具有因果联系。共变法的结论仍然是或然性的，在使用时我们应该注意以下两点：
第一，几个场合中的先行情况除一个情况是变化的外，其它都应是相同的，不变的。否则就难以避免因果变化的偶然巧合。
第二，要注意区别唯一变化的情况与被研究现象之间是单向作用还是相互作用，是正比共变还是反比共变。
（5）剩余法。
剩余法的基本内容是：已知某复合的先行现象是被研究复合现象的原因，而且知道复合的先行现象中的A、B、C部分，分别是被复合现象a、b、c部分的原因，从而推出某复合先行现象的剩余部分D是被研究现象剩余部分d的原因。它的逻辑形式是：
已知ABCD是abcd的原因。
且知：A是a的原因；
B是b的原因；
C是c的原因；
所以，D是d的原因。
例如，某市文物商店一天夜晚被盗。公安机关在侦查时发现，店里除工作人员的脚印外，罪犯留下四双不同的脚印。很快即捕获了盗窃犯三人。经比对足迹，剩下的一双脚印应是尚未抓获的罪犯所留。最后第四名盗窃犯被抓获。
使用剩余法时，我们应注意以下两点：
第一，必须已明知被研究的复合现象与另一复合现象有因果联系，并清楚各部分的因果对应关系，否则结论不可靠。
第二，与剩余部分对应的因果关系，不一定是单一的，有可能是复因，还须作进一步研究。