哲学、神学、政治和社会的大结合完成于13世纪。这一结合涉及许多因素，首要的因素就是以毕达哥拉斯、亚里士多德、柏拉图和巴门尼德等人为主的希腊纯哲学。第二个因素是伴随着亚历山大征服战争大量涌入的东方信仰。当时，与新柏拉图主义中的希腊因素结合在一起的新事物，是刚刚传过来的观念与实践。结合新的情况，希腊人也发展了一些能够与东方观点结合的新观点。
1204年，信奉天主教的拉丁人征服了拜占庭帝国，并一直统治到了1261年。之后，教皇失去了君士坦丁堡，从此再也没能收复过。法兰西、英格兰等国崛起后，教皇虽然多次击败了神圣罗马帝国，但这并没有给教会带来好处。
在14世纪的大部分时期，教皇在政治上被法兰西国王玩弄于指掌之中。但与富商阶级崛起和俗众知识增多相比，政治上的失意就太微不足道了。因为有学问的俗众使意大利北部那些富有的城市具有了独立自主的精神，他们很容易对抗教皇的权威。而此时的教廷变得更世俗化了，教皇也逐渐丧失了原本是给予他的权力和威望。
14世纪初，教皇波尼法爵八世提出了一个前任所有教皇都未曾提出的要求：天主教徒只要在罗马举行一种仪式，就可以获得大赦。随着这项制度而来的是巨额的财富，当然，这些财富中的绝大部分都进了教廷的腰包。在巨大的利润推动下，原先100年才举行一次的大赦年仪式，先后缩短到每50年和25年就举行一次。一般而言，人们把第一次举行大赦年仪式的1300年视为教廷开始衰落的时间。
1305年，红衣主教选立戛斯坎尼人克雷芒五世做了教皇。克雷芒五世是在里昂接受的加冕礼，之后他并没有去意大利，而是于1309年定居在阿维尼翁，在此后大约七十年时间里，教皇们都住在阿维尼翁。
在教皇克雷芒六世统治时期，发生了一件罗马人民寻求脱离长期住在外地教皇统治的事件。克拉·底·李恩济是这次事件的主要领导人。最终的结果虽然克雷芒六世最终战胜了李恩济，但教皇们发现，只有重新返回罗马，教廷才能有效地保住在天主教会的首要地位。因此，乌尔班五世于1367年回到了罗马，但在临死之前，他还是被意大利复杂的政治局面逼回了阿维尼翁。
后来，果断的格列高利十一世再次重返罗马，并控制了罗马的局势。格列高利十一世死后，在罗马派的支持下，意大利人普里亚诺继任为教皇，称乌尔班六世。但乌尔班六世并没有得到部分红衣主教的承认，为此，反对者又在阿维尼翁选立了另一位教皇，他是亲法兰西的日内瓦人克雷芒七世。
于是，长达40年之久的教会大分裂就此出现了。
为了结束大分裂，1409年，在比萨召开了一次以荒唐、可笑的结局结束的全教会议。在会上，乌尔班六世和克雷芒七世这两位教皇同时被废黜了，罪名是异端和分裂。之后，红衣主教们又选立了教皇约翰二十三世。这个约翰二十三世是个臭名远扬的地痞恶棍，因此，情况看上去比之前更让人绝望了。
在1414年时，新的全教会议在康斯坦茨拉开了帷幕。富有成效的是，这次会议结束了分裂的局面。全教会议于1417年选出了教皇马丁五世，这次没有遭到任何一派的反对。
在这段漫长和混乱的时期，有人以生平事迹和学说证明了这是教廷权威的衰落期，这个人就是威克里夫。