直肠和乙状结肠是消化道的末端，也是息肉、溃疡、恶性肿瘤的好发部位。直肠腺瘤性息肉又是癌前期病变，家族性多发性息肉病也常易癌变，甚至有多处癌变，癌变率可高达15%～60%，溃疡性结肠炎也是比较常见的癌变诱因。消化道恶性肿瘤发生在直肠和乙状结肠连接处的最多，占全身恶性肿瘤的15%，占肠癌的75%，约一半发生在直肠。而发生在直肠和乙状结肠的恶性肿瘤患者，往往先有大便习惯的改变和便血，常易被误诊为痢疾和痔疮等，给患者带来严重的后果。因此，凡疑为直肠和乙状结肠病变的便秘患者都应进行乙状结肠镜检查，特别是疑有直肠和结肠恶性肿瘤或临床出现直肠乙状结肠刺激症状（如排便习惯的改变、便血、黏液便、粪条变细等）时，都应及时进行直肠和乙状结肠镜检查。
检查一般在指诊后进行，除了可直接观察肠黏膜是否有改变以及指诊发现的肿物的形态、大小、部位及颜色外，还可以直接观察肠黏膜是否存在病变，并可做活组织检查以明确病变的性质。乙状结肠镜可看到30厘米肠段的病变，特别是对直肠与乙状结肠交界处肿瘤的观察与活组织检查，是很有价值的检查方法。纤维结肠镜检查的观察范围更为纵深，在技术熟练情况下，约95%可插到回盲部，诊断率更高。但上述检查也不是对任何人或任何时候都适用，如遇有直肠或乙状结肠远端狭窄，内镜不能通过时，就不要强行插入；或当患者有腹膜刺激症状，不能耐受检查时，也不要强行检查；对于同时患有各种急性感染性疾病，近期发生的心肌梗死、急性腰背部损伤或下肢扭伤，以及行经期妇女等，则要延期检查；对于有出血倾向或凝血障碍的患者，应禁忌取肠活组织检查。