便秘与临床各科许多疾病都有关系。凡是能引起膈肌、腹肌、提肛肌与肠壁平滑肌虚弱，造成排便动力不足的疾病都能导致便秘。无论是什么类型的便秘，在诊断时都要设法找到引起便秘的原发疾病或原发病变，并加以及时治疗，才是治本之法。
临床上便秘常见的内科伴随疾病主要包括：①神经系统疾病：中枢性的，各种脑和脊髓部疾患，如脑炎、脑肿瘤、脑血管病、脊髓病变等，肿块压迫、多发性硬化、神经支配性异常。②内分泌异常、代谢性及营养性疾病：如甲状腺功能减退、甲状旁腺功能亢进、低血钾症、糖尿病、肥胖症、垂体功能低下、嗜铬细胞瘤、慢性铅中毒等。③结缔组织疾病：如硬皮病。④循环系统疾病：如充血性心力衰竭、缩窄性心包炎、门静脉高压、肝静脉阻塞综合征等。⑤老年、营养障碍性疾病。⑥精神或心理障碍：如精神病、抑郁症、神经性厌食。⑦医源性因素：药物引起的，如可待因、吗啡、抗抑郁药、抗胆碱能制剂、铁剂、钙通道阻滞药等。