经济低迷，股价暴跌，首相失言，阁僚丑闻，相继为森政权套上了一圈圈紧箍咒。2000年10月27日，森喜朗的心腹、官房长官中川秀直因与右翼团体关系密切和桃色新闻而被迫辞职，导致内阁支持率跌到20%以下，而不支持率却高达75%。在野党决定提出对内阁的不信任案，1999年自民党大选后沦为非主流派的加藤派也准备趁机起事，联合盟友山崎派，声明对在野党提出的不信任案将投赞成票。加藤纮一表示：“对于75%的国民都不支持的森内阁，我们不能表示支持。”加藤的“倒森宣言”，再一次引发了日本自民党内部的政治危机，轰动日本政坛。因为1993年自民党的下野，就是内部分裂“造反”而使得在野党提出的不信任案通过直接造成的。
《日本国宪法》第69条规定，“内阁在众议院通过不信任案或信任案遭到否决时，如十日内不解散众议院，必须辞职”。日本众议院有480个议席，除去众议院议长和缺席人数，出席会议议员半数以上投赞成票，即可通过不信任案。执政的“自公保”三党共有272席，在野党有190席，只要有50票与在野党合流，就能把森喜朗拉下马，而加藤派议员有45人，山崎派议员有19人，若两派“倒戈”投赞成票，不信任案必将通过。
为了巩固自民党，稳定政权，自民党领导层和主流派决定重拳出击，毅然“镇压反叛分子”，分化瓦解加藤派。“铁腕”干事长野中广务宣布：如若加藤和山崎在表决之前不改变立场，则劝两人退党；凡是赞成或缺席不信任案表决的议员，将被开除出党或在新的众议院大选中不予公认。在以两大政党为中心的竞争体制下，如果得不到所属政党的公认推荐，要想当选相当困难。加藤派内部动摇，计划失败。
2000年11月20日，民主、自由、共产和社民党在野四党向众议院提出对森内阁的“不信任案”。围绕不信任案，众议院大会“倒阁”还是“护阁”的辩论于当晚8时正式拉开帷幕。事关手中权柄的去留，于是朝野双方的唇枪舌剑从一开始就充满了“火药味儿”。保守党议员松浪健四郎因不满自己的发言受到在野党议员的干扰，竟把杯中水泼向台下在野党议席，激怒的在野党议员涌上前包围了讲台，骚乱致使会议中断休会，复会后松浪被罚退场，日后正式被罚25天禁止进入众议院。原定晚上11时左右的投票，拖延到了第二天凌晨4点才开始表决。直到20日上午还坚信“有百分之百取胜信心”的加藤纮一，在心腹小里贞利总务会长的劝说下，临阵变卦，率领部分追随者采取了“集体缺席”的方针，没有投赞成票。结果，不信任案以赞成190票、反对237票、缺席50票而被否决。日本政治史称的“加藤之乱”告一段落，加藤派分裂，人数骤减，由党内第二大派沦为第六。后来的事实证明，加藤的“临阵脱逃”断送了他的政治生命。同样，这次“倒阁运动”严重动摇了森喜朗内阁的基础，内阁支持率进一步走低。
随着中央省厅改革的临近，2000年12月5日，自民党、公明党和保守党完成了第二届森喜朗内阁的改造。改造内阁留任了外务大臣河野洋平和大藏大臣宫泽喜一，新起用前首相桥本龙太郎出任冲绳开发厅长官和行政改革担当大臣，本届内阁中同时出现了三位前自民党总裁，在百余年的日本宪政史上史无前例。两位前首相进入同一内阁担当大臣，除了明治时代1892年第二届伊藤博文内阁曾有黑田清隆、松方正义的先例之外，战后以来尚属首次。元老级人物的先后再次登台，实际上从另一个角度表明了日本自民党人才匮乏的窘境。如时任东京大学校长、著名政治学者佐佐木毅指出的那样，对自民党政权来说，其周围环境和可以动用的资源一天比一天严峻。
2001年1月6日，自桥本内阁着手推动的中央政府机构改革正式实行。关于本次行政改革，桥本确立的四项原则是：建立以政治为主导的体制；排除纵向分割体制的弊端；提高行政的透明度和责任性；压缩行政编制。因此，改革首先是精简裁员，加强协调。改革减掉10个部门，合并相关职能部门，由原来的1府22省厅缩减为1府12省厅，即使是没有被精简的部门，内部也进行了大幅调整，有所精简。其次是扩大首相权力。由原总理府、经济企划厅和冲绳开发厅合并而成的内阁府，是首相身边的辅助机构，它凌驾于其他各省厅之上，有权协调、统筹各省厅之间的合作事项。原来由财政省负责的政府预算工作，也交由首相主持的经济和财政委员会来执行。首相还有权直接任命、邀请民间人士担任内阁府的官职或首相顾问。第三是实行副大臣制。赋予副大臣高于事务次官的权力，就是力图实现“政治主导的行政”。第四是大量启用民间专业人士，摆脱行政、财政运作依赖官僚的局面。在新设的握有预算编制大权的经济财政咨询会议的十个位置中，日经联会长奥田硕、大阪大学教授本间正明等人占据了四席，反映了日本今后“政治主导，专家治国”的发展方向。同时，日本还出台了新的“大臣规范”，加大惩治腐败的力度。
新年并没有给森喜朗带来好运气，不断爆发的政界丑闻使得森政权已经处于风雨飘摇之中，快变成真正的“海市蜃楼内阁”了。2001年1月16日，上年11月案发的中小企业经营者福利事业团（KSD）涉嫌行贿案，扩大为日本21世纪爆发的第一起案情严重、影响深远的政治腐败事件。结果造成自民党参议院议员会长村上正邦和参议员小山孝雄被判刑，现任经济财政担当大臣额贺福志郎辞职。额贺成为森喜朗内阁上台十个月以来第三位被迫辞职的内阁成员。本案件对森喜朗政权的冲击堪比当年迫使竹下登内阁倒台的利库路特案。
丑闻接踵而至，1月25日，日本外务省“要人外国访问支援室长”松尾克俊挪用挥霍巨额机密费事件曝光。松尾本人被捕入狱，包括河野外相在内的16名外务省官员，被给予减薪处分。在野党明确表示，将在国会上再次提出对内阁的不信任案，彻底追究森政权以及自民党的责任。
2001年1月31日，森喜朗在新年首开的第151届通常国会上发表施政方针演说时，一开头就对KSD事件和外务省机密费事件表示“遗憾之至”、“极其遗憾”，并向国民“深表歉意”。民主党代表鸠山由纪夫对此指出：“21世纪初始便以谢罪面对国民，实属可悲。”鸠山进一步指出：“上述KSD问题，不只是政治家个人政治伦理问题，恰恰是自民党政治的结构性体质本身的问题，应该追究的是你们特权满身、贪污腐败的自民党。”“一连串的事件，如若不让国民知道真相，你们即使苟延残喘，则民主主义已死。”在这种状况下，原自治相兼国家公安委员会委员长、自民党加藤派的白川胜彦决定脱离自民党，在说明脱党理由时对自民党表示了极大的失望，他说：“自民党已经成为21世纪日本政治的障碍。”
就在森喜朗手下丑闻相继暴露之际，他本人也在众目睽睽之下被推上了媒体“滚烫的热锅”。2001年2月10日上午8时（日本时间），美国核潜艇“格林维尔号”在夏威夷海域撞沉日本宇和岛水产高中的实习船“爱媛号”，造成9人死亡。事件发生时，森喜朗正在神奈川县横滨郊外的户塚高尔夫球场打球，接到事故报告后他没有立即打道回府处理危机，而是又玩了一个半小时，等他回到官邸时，事件已经过去了五个多小时。此事一经媒体报道，舆论沸腾，纷纷谴责森喜朗不把国民安危放在心上。面对媒体对打球一事的质询，森喜朗竟说这是“个人私事”。于是，森喜朗在他日潇洒自如、悠哉悠哉打球的影像在电视上被反复播放，他打球的大照片也登上了报纸的版面，国民看了更是怒不可遏，反对声四起。紧接着2月15日《朝日新闻》揭发，森喜朗事发当天打球的户塚高尔夫球场的会员权，是一个公司大老板花4300万日元买下无偿赠送他的，森首相未办理任何手续，属于隐瞒资产，至少逃税1000万日元以上。2月16日，森喜朗又被捅出在千叶县滨野高尔夫球场的会员权也是“朋友”公司提供的。如此种种，国民舆论如火山般喷发，森首相无异于“热锅上的蚂蚁”，坐卧不安。
据《朝日新闻》2月19日的舆论调查显示，森内阁的支持率仅为9%，创下日本战后舆论调查史上的第二低点，仅次于1989年竹下登内阁的7%，71%的被调查者要求森喜朗尽早辞职。而据共同社的报道，森喜朗的民意支持率已经下跌到了6.5%，86%的被访者要求他马上或在2001年预算案通过后提出辞呈。还有的民意调查表明，森内阁的支持率仅为5.7%。另据2月25日《每日新闻》的民调显示，森喜朗内阁在20岁至30岁之间女性中的支持率竟然为零。因此，也可以说森内阁开创了二战结束以来日本首相的最低支持率记录。民主党鸠山由纪夫挖苦道：“森喜朗内阁支持率堪比5%的消费税率。”媒体则戏称其为“超低空飞行”内阁。
在在野党誓言倒阁夺权的情况下，执政党联盟也认识到，要想让公众再相信森喜朗政府已经非常困难了。公明党和保守党的负责人公开表示，希望森喜朗下台。自民党内最大的主流派桥本派也表示不再支持森喜朗担任首相，在财政预算案通过后将倒阁。因为随着同年7月底参议院选举的日益临近，自民党在参议院252个议席中仅有不及半数的112个，如若在森喜朗领导下选举，必定会坏了他们的“大事”。同样，共同执政的公明党和保守党也怕受到森喜朗的“株连”。四面楚歌的森喜朗，无奈之下，于3月10日晚表示将辞去总裁和首相职务。4月26日，执政387天的森喜朗正式宣布辞职。
森喜朗执政一年，可谓内外交困，党内经历了“加藤之乱”的打击，党外遭到了在野党的多次围攻，先后四次在国会上被提出不信任案和问责决议案。自身“失言”和领导能力的缺乏，无疑也是森内阁“短命”的重要原因。台上备受诟病的森喜朗，在退下来后，成为执掌自民党最大派阀清和政策研究会的大老板，连续扶植了本派的小泉纯一郎、安倍晋三和福田康夫出任首相，开创了一个“森喜朗时代”。或许首相不是森喜朗最适合的职位，“首相制造者”才是他的拿手技艺。2006年10月，森喜朗将会长职务让与町村信孝，翌年10月就任清和政策研究会最高顾问，2008年麻生执掌政权后，森喜朗仍然有着很大的影响力。