同时，受大平正芳的影响，为了广泛吸收有识之士的智慧，小渊首相根据国家行政组织法，延揽各界人士，组建了“经济战略会议”、“产业竞争力会议”、“21世纪日本构想恳谈会”、“教育改革国民会议”、“低出生率对策国民会议”等八个咨询组织，作为自己的智囊。这种“咨询政治”成为小渊政治的最大特色。
小渊惠三的第二个重大课题是如何进一步巩固政权。冷战结束特别是55年体制解体以来，日本政界进入新一轮分化组合时期，或曰多党联合时代的体制转型期，政权频繁更迭，政局动荡不安，出现了“十年九相”的局面。小渊政权诞生后，同样被舆论贴上了“短命政权”的标签。根据时事通讯社舆论调查显示，小渊内阁成立时的支持率仅为24.8%，继1989年6月宇野内阁支持率19.5%之后，倒数第二，而不支持率却达到45.6%，是历届内阁中最差的。
1993年以后的日本政局从“反自民党改革派联合政权”到“反小泽保守革新联合政权”，再到桥本、小渊时代“自民党一党执政”的短暂复活后，1998年11月，小渊内阁与小泽一郎的自由党宣布“自自联合”，建立了新政权，原自民党竹下派的两员干将时隔五年多后握手言欢，实现了“保守与保守的联合”，掀起了政界重组的又一次高潮。1999年1月14日，小渊第一次改组内阁，任命自由党干事长野田毅为自治大臣，这是自民党单独执政两年多后再次与其他政党组建联合政权。
小渊之所以再次组建联合政权，一是为了稳定政权，推动经济重建。面对“非常国会”的严峻处境，自民党提出的经济对策和金融法案，不得不征求在野党的意见或征得在野党的同意，否则政策、法案遇阻，经济形势恶化，必将加剧政治危机。特别是1998年10月，防卫厅长官额贺福志郎因下属渎职事件而被参议院弹劾下台，严重冲击了小渊内阁。二是对内巩固自民党总裁的地位，对外分化、削弱在野党。小渊政权建立后，自民党内部逐渐分化为以加藤纮一、山崎拓、森喜朗为首的主流派和以梶山静六、龟井静香为首的非主流派。在1999年9月小渊总裁任期即将届满时，加藤、山崎、森以及梶山都表示要接替小渊参加总裁竞选，小渊深感危机四伏。小渊认为，与自由党建立联合政权，可以迎合非主流派的主张，封堵加藤等人争夺总裁的去路，居间制约两股势力，营造“全党体制”的氛围。同时，还可以利用联合政权，套住多年来的“麻烦制造者”小泽一郎，防止其“兴风作浪”，还可以孤立第一大在野党民主党，搅乱在野党阵营。
“自自联合”政权也是号称“乱世枭雄”小泽一郎的政治需要。自1993年6月退出自民党、成立新生党以来，小泽幕后操纵组织了细川内阁和羽田内阁两届政权。在村山富市政权时代，又联合九党，扯起“新进党”的大旗，成为可与自民党相抗衡的第二大保守政党。“大杂烩”的新进党1997年底宣布解散，而新成立的自由党影响式微，每况愈下。为了推行“普通国家论”和修改宪法的政策主张，在下届大选中获得有利地位，以保存扩大势力，原本基本政策一致的两党走到一起，也就不值得大惊小怪了。
于是，执政党在众议院议席达到295席（半数250席），在参议院达到116席（半数127席），虽不及半数，但在公明党的阁外合作情况下，实现了稳定的优势。在此基础上，小渊一改低姿态的行事方式，在国会上提出了一系列法案，充分发挥联合执政的议席优势，稍加审议就强行通过，相继通过了“日美防卫合作新指针”相关三法案即《周边事态法》、《自卫队法案修正案》、《日美物品劳役相互提供协定修正案》，以及《情报公开法》、《通信监听法》、《国旗国歌法》、《国会法修正案》等重要且颇有争议的法案，打破了以往的诸多禁区，促进了日本的右倾化，日本走向“普通国家”的进程明显加快。可以说日本立法领域禁区的大幅缩小，是从小渊内阁开始的。小渊表示，“能够通过166项法案是‘自自联合’的巨大成果”，而小泽也称“在我30年的从政经验中，能够通过如此之多的重要法案尚属首次”。
进而，1999年10月，小渊拉入“中道政党”公明党，正式建立“自自公”三党联合政权。执政党众议院的议席超过三分之二，参议院议席超过半数。2000年1月28日第147届通常国会上，小渊首相在全体在野党缺席的情况下，发表施政方针演说，为日本宪政史上前所未有之首例。五天后的2月2日，同样是在在野党缺席的情况下，联合执政三党通过《公职选举法修正案》，削减了20名众议院比例代表名额，其实这不过是小泽一郎试探自民党的一招而已。小渊虽作为自民党第一大派阀领袖拥有很大权力，但其说到底依旧是个没有明确理念的“协调型”政治家。于是，针对小渊的这种政治手法，前首相中曾根在《文艺春秋》杂志上撰文，讽刺小渊是“真空总理”。
小渊内阁的第三个课题，便是如何落实“日美防卫合作新指针”，进一步推进日本与美国等国家的外交关系。被外界媒体评价为“冷比萨饼”的小渊，在任内却开展了热情的大国外交。小渊上台后在施政方针演说中多次强调“日美关系仍然是日本外交的基轴”。在建立联合政权稳固基础的条件下，1999年5月，日本国会通过了新指针的相关法案，实现了桥本任内没有完成的任务，日美同盟“再定义”的进程基本完结。日美同盟再定义的实质就是，日本由过去单纯借给美军基地改换为积极参与亚太地区安全中的对美合作，以共同构建联合干预亚太地区安全事务的体制。
日韩关系在小渊内阁时期取得了突破性进展。1998年10月，韩国总统金大中访日，双方签署了《日韩共同宣言：21世纪日韩新合作伙伴关系》。日本首次以书面形式对过去的历史进行了反省和道歉。小渊首相在宣言中表明：“回顾本世纪日韩两国关系，日本谦虚地承认过去殖民统治给韩国国民造成巨大损害和痛苦的历史事实，对此表示痛切反省，真诚道歉。”金大中则表示要面向未来，超越不幸的历史，今后韩国政府将不再提历史问题，并且同意向日本开放文化市场，还邀请日本天皇出席2002年日韩共同举办的世界杯足球赛开幕式。日韩“历史性的和解”在战后两国关系史上具有划时代的意义，为双方在政治、经济以及安全领域的协商与合作奠定了基础。1999年3月，小渊惠三访问韩国，进一步充实了双方合作伙伴关系的内涵，推动了各领域的合作。
1998年是《中日和平友好条约》缔结20周年。在4月胡锦涛副主席访日之后，11月25-30日，中国国家主席江泽民前往东京对日本进行国事访问。这是中国国家元首有史以来首次访问日本。江主席会见了天皇和皇后，与小渊首相举行了会谈，还会见了日本众参两院议长、主要政党领导人、七位前首相、日本老朋友及其家属，并分别出席了日中友好七团体和日本经济团体联合会举行的招待会，在早稻田大学发表了《以史为鉴、开创未来》的演讲。
中日双方共同发表了《关于建立致力于和平与发展的友好合作伙伴关系的联合宣言》，对两国关系做出了跨世纪定位，并以联合新闻公报的形式，对两国面向21世纪加强在各领域的友好交流与合作做出了长远展望和全面规划。关于如何对待历史问题和台湾问题的原则，宣言中指出：“双方认为，正视过去以及正确认识历史，是发展中日关系的重要基础。日方表示，遵守1972年的中日联合声明和1995年8月15日内阁总理大臣的谈话，痛感由于过去对中国的侵略给中国人民带来巨大灾难和损害的责任，对此表示深刻反省。中方希望日本汲取历史教训，坚持和平发展道路。在此基础上，两国发展长久友好关系。”日本首次把“对中国的侵略”的表述写入两国共同文件，并且在首脑会谈上小渊首相就侵华历史表示了“道歉”，意义非同一般。关于台湾问题，宣言表明：“日方继续遵守日本在中日联合声明中表明的关于台湾问题的立场，重申中国只有一个。日本将继续只同台湾维持民间和地区性往来。”《中日联合宣言》是继1972年《中日联合声明》和1978年《中日和平友好条约》之后发表的中日间的第三个基本文件，为新世纪的中日关系奠定了基础，标志着中日关系进入了一个新的发展阶段。
1999年7月8-10日，小渊首相对中国进行了正式访问，朱镕基总理和小渊首相举行首脑会谈。两位首脑重新确认了上一年秋天江泽民主席访日时联合声明所表明的共识，一致认为应在致力于和平与发展的友好合作伙伴关系下面向21世纪切实推进中日合作。
进入新世纪，在小渊内阁的努力下，日本经济确实有所恢复。失业率略有下降，2000年1-3月的国内生产总值同比增长1.9%，超过先前的预料。然而，接连发生的警察渎职事件以及小渊秘书购买日本电信电话公司未上市股票等问题困扰着小渊，内阁支持率不断下降。3月31日日本北海道的有珠火山突然喷发，组织应对突发灾害，为原本超负荷工作的小渊增加了新任务。令小渊更为头痛的是，联合政权内部的危机问题。随着2000年10月众议院议员任期届满，三党联合政权的民意支持下降，自由党处境尴尬，若得不到自民党合作推荐候选人的话，选举结果更为不利，于是自由党党首小泽要求自由党与自民党合并，否则表示将退出联合政权。4月1日下午6时，小渊与小泽一郎、神崎武法举行会谈，表明不能接受与自民党合并的条件。退而求其次，小泽想在26个选区中与自民党协调推出众议员候选人的要求也被拒绝。会谈最终宣告破裂，小渊只好宣布解除与自由党的联合执政关系，而反对小泽的部分议员决定留在联合政权内，结成“保守党”。七年前竹下派内的两员干将因争夺会长闹翻各立山头，如今在短暂的政治联姻后，再次宣告彻底“离婚”。联合政权的破裂，将使小渊在党内承受被追究政治责任的巨大压力。
当晚小渊回到家已经8点，11点左右脑梗塞病发，4月2日凌晨住进顺天堂医院。在昏迷一个半月后，5月14日，小渊惠三首相与世长辞，与其父亲一样都是因同一种病病逝于同一个医院。自民党四巨头之一的政治调查会长龟井静香听到小渊去世的信息后说，小渊是“斗死”的。也有人说，小渊是累死的。
26岁当选众议员的小渊惠三，在执政一年零八个月之后，62岁病逝于首相位上，是继大平正芳之后，战后第二个在首相任内病倒和去世的首相。2000年5月30日，按照惯例，本应该由第一大在野党民主党党首鸠山由纪夫对小渊惠三的去世发表追悼演说，可是由于此前鸠山曾强烈追究过小渊的股票问题，故而小渊家属拒绝鸠山来发表，于是破例改由在野的社民党议员、前首相村山富市发表追悼演说。同年6月的众议院大选中，小渊惠三的次女小渊优子继承父亲的地盘，高票头名当选众议员，成为小渊家族的第三代政治家。