（一）干支纪日
在原始社会时期，人们以生产为主，常会遇到计算日期的事，主要是结绳计时和刻木计时。
例如：两人商定十天后一同去打猎，双方各持一根绳子，分别打上十个结，每过一天打开一个结。待全部解开了，双方约定的打猎日期就到了。
刻木计时是在一根竹片刻上十个道，由双方将其从中间纵向割为两半，每人各执一半，每过一天削去一个道，待刻的道全削完了，双方相约的日期也就到了。
结绳计时和刻木计时既烦琐又容易出错，人们渐渐想出了用符号计时的方法，最早出现的计日符号就是天干，接下来就是天干和地支并用。
根据文献的记载和对甲骨文的研究，可知我们祖先最早是用天干纪日的。
三代以前择日都用干，如《礼记》说：“郊日用辛，社日用甲。”《诗经·小雅·吉日》说：“吉日维戊。”上面引文中的辛、甲、戊都是天干所指的日期。
用地支纪日出现得晚一些，应用次数也少一些。《礼记·檀弓》中有“子卯不乐”的话，意思是每逢子日和卯日不得奏乐。
第三种是用天干和地支组合成的60组复合名称纪日，60日一循环。这种纪日法出现得很早，是远古时期我们祖先纪日的主要方法。
出土的甲骨卜辞中有大量干支纪日，最早的一片是商朝武丁时期的，上面刻有“乙酉夕月有食”六个字，意思是在乙酉这天的黄昏时分发生了月食。经专家推算，这片甲骨距今已经三千多年了。
河南省安阳市附近出土的一片甲骨上面刻有完整的甲子表，是由天干地支组成的60组复合名称，是殷商时期用来纪日的。
春秋战国时期，应用干支复合名称纪日已经很普遍了。干支纪日法确知从春秋时期鲁隐公三年（公元前720年）二月己巳日起，到清末止，两千多年从未间断和错乱过。这是迄今所知的世界上最长的纪日，对于核查史实所发生的准确时间有重要价值。
现今，在一般日历中已经不用干支纪日了，但在确定“属伏”时仍然要用，规定夏至后第三个庚日开始属伏。
（二）干支用于纪月
干支纪月是指在农历中用干支记录一年之中的月序。一般只用地支纪月，每月固定用十二地支表示。把冬至所在之月称为“子月”（夏历十一月），下一个月称为“丑月”（夏历十二月），以此类推。古历中的《夏历》以“寅月”为正月，又称建寅之月或建寅正月等。
干支纪月时，不是农历某月初一至月底，而是取决于节气，见下表：
寅月 立春—惊蛰 中经雨水 农历为正月 阳历为2月 含丙寅月 戊寅月 庚寅月 壬寅月 甲寅月；
卯月 惊蛰—清明 中经春分 农历为二月 阳历为3月 含丁卯月 己卯月 辛卯月癸卯月 乙卯月；
辰月 清明—立夏 中经谷雨 农历为三月 阳历为4月 含戊辰月 庚辰月 壬辰月 甲辰月 丙辰月；
巳月 立夏—芒种 中经小满 农历为四月 阳历为5月 含己巳月 辛巳月 癸巳月乙巳月 丁巳月 ；
午月 芒种—小暑 中经夏至 农历为五月 阳历为6月 含庚午月 壬午月 甲午月丙午月 戊午月；
未月 小暑—立秋 中经大暑 农历为六月 阳历为7月 含辛未月 癸未月 乙未月丁未月 己未月 ；
申月 立秋—白露 中经处暑 农历为七月 阳历为8月 含壬申月 甲申月 丙申月戊申月 庚申月；
酉月白露—寒露中经秋分 农历为八月阳历为9月 含癸酉月乙酉月 丁酉月 己酉月辛酉月；
戌月 寒露—立冬中经霜降 农历为九月阳历为10月 含甲戌月丙戌月 戊戌月 庚戌月 壬戌月 ；
亥月 立冬—大雪中经小雪 农历为十月阳历为11月 含乙亥月丁亥月 己亥月 辛亥月 癸亥月；
子月 大雪—小寒 中经冬至 农历为十一月 阳历为12月 含丙子月 戊子月 庚子月壬子月 甲子月 ；
丑月 小寒—立春中经大寒 农历为十二月 阳历为1月 含丁丑月 己丑月 辛丑月 癸丑月 乙丑月。
自商代历法开始，将每年的第一个月的地支定为寅，称为“正月建寅”，以后各月按地支顺序类推。正月天干的计算方法为：若遇甲或己的年份，正月是丙寅；遇上乙或庚之年，正月为戊寅；遇上丙或辛之年，正月为庚寅；遇上丁或壬之年，正月为壬寅；遇上戊或癸之年，正月为甲寅。依照正月之干支，其余月份按干支推算即可。
例如：2006年为丙戌年，其正月为庚寅，二月为辛卯，三月为壬辰，余类推。
一年二十四个节气里，立春、惊蛰、清明、立夏、芒种、小暑、立秋、白露、寒露、立冬、大雪、小寒是十二节气，而雨水、春分、谷雨、小满、夏至、大暑、处暑、秋分、霜降、小雪、冬至、大寒是十二中气。
（三）干支用于纪年
古代最早的纪年法是按照王或公即位的年次纪年，例如公元前770年是周平王元年、秦襄公八年等。汉武帝时开始用年号纪元，例如建元元年、元光元年等，更换年号就重新纪元。这两种纪年法是古代学者所用的传统纪年法。战国时代，占星家还根据天象纪年，有所谓岁星纪年法、太岁纪年法。后来，才出现了干支纪年法。
考古发现，在商朝后期帝王帝乙时的一块甲骨上，刻有完整的六十甲子，可能是当时的日历，说明在商朝时已经开始使用干支纪日了。根据考证，春秋时期鲁隐公三年二月己巳日（公元前720年二月初十），曾发生一次日食。这是中国使用干支纪日的确切的证据。
中国古代很早就认识到木星约12年运行一周天。人们把周天分为12分，称为12次，木星每年行经一次，就用木星所在星次来纪年。因此，木星被称为岁星，这种纪年法被称为岁星纪年法。此法在春秋、战国之交很盛行。因为当时诸侯割据，各国都用本国年号纪年，岁星纪年可以避免混乱和便于人民交往。《左传》《国语》中所载“岁在星纪”“岁在析木”等大量记录，就是用的岁星纪年法。
十二次 星纪 玄枵 诹訾 降娄大梁 实沈 鹑首 鹑火 鹑尾 寿星大火 析木
十二辰 丑 子 亥 戌 酉 申未 午 巳 辰 卯 寅
上面所列的是《尔雅·释天》所载的通用写法。
事实上岁星并不是12年绕天一周，而是11.8622年，每年移动的范围比一个星次稍微多一点，积至86年便会多走一个星次，这种情况叫“超辰”。
为了弥补这一缺陷，我们的祖先又想出了太岁纪年法。
太岁纪年法是根据假想的太岁星的运行规律来纪年的方法。由于十二地支的顺序为当时人们所熟知，因此设想有个天体运行速度也是12年一周天，但运行方向是循十二辰的方向。这个假想的天体称为太岁，意思是比岁星还要高大。天文家还让这个假想的太岁自东向西运行，也就是与岁星相对而行，和太阳的运行方向相一致。太岁纪年法也是把周天划分为12个距离相等的时段，称之为十二星次。为了和前面所说十二星次有所区别，就用十二地支依序命名，称子年、丑年、寅年、卯年……
干支纪年通行于东汉后期。汉章帝元和二年（85年），朝廷下令在全国推行干支纪年。天干经六个循环，地支经五个循环正好是六十，就叫做六十干支。按照这样的顺序每年用一对干支表示，六十年一循环，叫做六十花甲子。如1894年是甲午年，2011年是辛卯年，2044年是甲子年。这种纪年方法就叫做干支纪年法，一直沿用到今天，还将继续用下去。
用干支纪年，必须先将天干地支组合起来，方法如下：
第一轮的组合是从天干的“甲”和地支的“子”开始的。依序组合成甲子、乙丑、丙寅、丁卯、戊辰、己巳、庚午、辛未、壬申、癸酉。组合后地支还剩下戌、亥二字。天干的第二轮组合就从甲戌开始，依序组合，至癸未止。第二轮组合后，地支剩下了申、酉、戌、亥四字。天干第三轮组合就从甲申开始，至癸巳止。第三轮组合后，地支剩下午、末、申、酉、戌、亥六字。天干第四轮组合就从甲午开始，至癸卯止。第四轮组合一，地支剩下了辰、巳、午、未、申、酉、戌、亥八字。天干第五轮组合就从甲辰开始，至癸丑止。第五轮组合后，地支剩下了“子丑”之后的十个字。天干的第六轮组合就从“子丑”之后的寅开始，组成甲寅，至癸亥止。天干经过了六轮的组合，地支经过了五轮的组合，共组合成60组不同的名称：
1. 甲子 2.乙丑3.丙寅 4.丁卯 5.戊辰 6.己巳 7.庚午 8.辛未 9.壬申 10.癸酉11.甲戌 12.乙亥 13.丙子 14.丁丑 15.戊寅 16.己卯 17.庚辰 18.辛巳 19.壬午 20.癸未21.甲申 22.乙酉 23.丙戌 24.丁亥 25.戊子26.己丑 27.庚寅 28.辛卯 29.壬辰 30.癸巳31.甲午 32.乙未 33.丙申 34.丁酉 35.戊戌36.己亥 37.庚子 38.辛丑 39.壬寅 40.癸卯41.甲辰 42.乙巳 43.丙午 44.丁未 45.戊申46.己酉 47.庚戌 48.辛亥 49.壬子 50.癸丑51.甲寅 52.乙卯 53.丙辰 54.丁巳 55.戊午56.己未 57.庚申 58.辛酉 59.壬戌 60.癸亥
有了上面的组合，就可以用来纪年了。
（四）干支用于中医的五运六气
五运六气简称运气，不是我们常说的运气，而是和中医有关的术语。
运指木、火、土、金、水五个阶段的相互推移；气指风、火、热、湿、燥、寒六种气候的转变。古代中医名家据甲、乙、丙、丁、戊、己、庚、辛、壬、癸十天干定运，据子、丑、寅、卯、辰、已、午、未、申、酉、戌、亥十二地支定气，结合五行生克理论，推断每年气候变化与疾病的关系，总结出天干地支与五运六气的关系：
一（天干配五行）
甲乙为木
丙丁为火
戊己为土
庚辛为金
壬癸为水
二（地支配五行）
亥子为水
寅卯为木
巳午为火
申酉为金
辰戌丑未为土
三（天干化五运）（中运）
甲己为土运
乙庚为金运
丙辛为水运
丁壬为木运
戊癸为火运
其中单数（甲、丙、戊、庚、壬）为中运太过之年
双数（乙、丁、己、辛、癸）为中运不及之年
四（地支化六气）（司天之气）
子午－少阴君火司天 阳明燥金在泉
丑未－太阴湿土司天 太阳寒水在泉
寅申－少阳相火司天 厥阴风木在泉
卯酉－阳明燥金司天 少阴君火在泉
辰戌－太阳寒水司天 太阴湿土在泉
巳亥－厥阴风木司天 少阳相火在泉
干支纪年在黄帝内经中就有了运和气（中运与司天之气）的意义。每年干支的不同组合，就有不同的中运与司天之气的组合，不同的气候容易引发不同的病症。
运气学说是中国古代研究气候变化与人体健康和疾病关系的学说，在中医学中占有比较重要的地位。运气学说的基本内容是在中医整体观念的指导下，以阴阳五行学说为基础，运用天干地支等符号作为演绎工具，来推论气候变化规律及其对人体健康和疾病的影响的。
人与自然界是一个动态变化着的整体，中医学认为一年四季的气候变化经历着春温、夏热、秋凉、冬寒的规律，它对人体的脏腑、经络、气血、阴阳均有一定的影响。
运气对人体疾病发生的影响主要包括六气的病因作用、疾病的季节倾向、不同地区气候及天气变化对疾病的影响等。
从发病的规律看，由于五运变化，六气变化，运气相合的变化，各有不同的气候，所以对人体发病的影响也不尽相同。
每年气候变化的一般规律是春风、夏热、长夏湿、秋燥、冬寒。这种变化与发病的关系是春季肝病较多，夏季心病较多，长夏脾病较多，秋季肺病较多，冬季肾病较多。
从五运来说，木为初运，相当于每年的春季。由于木在天为风，在脏为肝，故每年春季气候变化以风气变化较大，在人体以肝气变化为主，肝病较多为其特点。
火为二运，相当于每年的夏季，由于火在天为热，在脏为心，故每年夏季在气候变化以火热变化较大，在人体以心气变化为主，心病较多为其特点。
土为三运，相当于每年夏秋之季，由于土在天为湿，在脏为脾，故每年夏秋之间，在气候变化上雨水较多，湿气较重，在人体以脾气变化为主，脾病较多为其特点。
金为四运，相当于每年的秋季，由于金在天为燥，在脏为肺，故每年秋季气候变化以燥气变化较大，在人体以肺气变化为主，肺病较多为其特点。
水为五运，相当于每年的冬季，由于水在天为寒，在脏为肾，故每年冬季气候比较寒冷，在人体以肾气变化为主，肾病、关节疾病较多为其特点。
运气所形成的正常气候是人类赖以生存的必备条件，人体各组织器官的生命活动一时一刻也不能脱离自然条件。人们只有顺应自然的变化，及时地作出适应性的调节，才能保持健康。
（五）干支用于针灸的子午流注
中医主张天人合一，认为人是大自然的组成部分，人的生活习惯应该符合自然规律。
子午流注是针灸于辩证循经外，按时取穴的一种操作方法。它的含义是说人身气血周流出入皆有定时，血气应时而至为盛，血气过时而去为衰，逢时而开，过时则阖。泄则乘其盛，补者随其去，按照这个原则取穴，可取得更好的疗效，称子午流注法。根据脏腑在12个时辰中的兴衰取穴，十分有序。
子时（23点-1点），胆经最旺。胆汁需要新陈代谢，人在子时入眠，胆方能完成代谢。凡在子时前入睡者，晨醒后头脑清醒，气色红润。反之，日久子时不入睡者面色青白，易生肝炎、胆囊炎、结石之类的病，这个时辰养肝最好。
丑时（1点-3点），肝经最旺。肝藏血，人的思维和行动要靠肝血的支持，废旧的血液需要淘汰，新鲜血液需要产生，这种代谢通常在肝经最旺的丑时完成。如果丑时不入睡，肝还在输出能量支持人的思维和行动，就无法完成新陈代谢。黄帝内经说卧则血归于肝，因此丑时未入睡者面色青灰，易生肝病，这个时辰保肝最好。
寅时（3点-5点），肺经最旺。肝在丑时把血液推陈出新之后，将新鲜血液提供给肺，通过肺送往全身。因此人在清晨面色红润，精神充沛。寅时，有肺病的人反映强烈，剧咳、哮喘或发烧，这个时辰养肺最好。
卯时（5点-7点），大肠经最旺。肺将充足的新鲜血液布满全身，紧接着促进大肠经进入兴奋状态，完成吸收食物中的水分和营养、排出糟粕的过程。因此，大便不正常者在此时需要辨证调理。
辰时（7点-9点），胃经最旺，人在7点吃早饭最容易消化。胃火过盛时嘴唇发干，重则唇裂或生疮，要在7点清胃火；胃寒者要在7点养胃健脾。
已时（9点-11点），脾经最旺。脾是消化、吸收、排泄的总调度，又是人体血液的统领。脾开窍于口，如果脾的功能好，消化吸收就好，血的质量就好，嘴唇会是红润的。反之，会唇白、唇暗或唇紫。脾虚者9点要健脾，湿盛者9点要利湿。
午时（11点-13点），心经最旺。心推动血液运行，养神、养气、养筋。人在午时要睡片刻，对养心大有好处，可使下午乃至晚上精力充沛。心率过缓者11点要补心阳，心率过速者要滋心阴。
未时（13点-15点），小肠经最旺。小肠把水送进膀胱，糟粕送进大肠，精华输送进脾。小肠经在未时对人一天的营养进行调整。饭后两肋胀痛者在此时要降肝火，疏肝理气。
申时（15点-17点），膀胱经最旺。膀胱贮藏水液和津液，水液排出体外，津液循环在体内。若膀胱有热可致膀胱咳，即咳时遗尿。申时人的体温较热，阴虚的人尤为突出，在申时滋肾阴可治此症。
酉时（17点-19点），肾经最旺。经过申时的人体泻火排毒，肾在酉时进入贮藏精华的时辰，肾阳虚的人酉时补肾阳最有效。