除佛、道两教外，历史上，自元朝以来，伊斯兰教、天主教、基督教陆续传入太原，由此多种宗教并存发展，太原文化愈加多元。
伊斯兰教又称回教，元明时大规模传入我国。太原穆斯林除元末明初随军队而来外，大多是明永乐年间移民。太原今存著名的清真古寺，位于解放路南段东侧，始建年代不详，据寺内现存建筑判断，一般认为明初所建，清代重修，并有元代建筑遗风。其占地面积2800平方米，是太原2万穆斯林的主要宗教活动场所。
西方的天主教从万历年间传入山西，由晋南绛州，向晋中一带逐步扩展。传入太原的时间为明崇祯六年（1633），随之建起教堂。太原市今有天主教信教群众8万人，有批准开放的天主教活动场所86处，堂区23个，天主教神职人员60多人。位于解放路的太原天主教堂重修于清光绪二十八年（1902），1905年竣工。该堂为太原地区最大天主堂，又称太原总堂，现为天主教爱国会所在地。另有位于阳曲县城东南35华里的板寺山圣母堂，与上海佘山圣母堂，一南一北，是国内最有名望和影响的圣母堂。
清嘉庆十二年（1807），基督教（即新教，为16世纪欧洲宗教改革后，从天主教分化出来的一些新宗教之总称）开始在华传教。同治八年（1869），伦敦会牧师韦廉臣和理一规游历北中国，曾涉足山西，开基督教在晋传教之先河。光绪三年（1877），山西大旱，基督教会来晋赈灾，随之，其传教活动在此广泛展开。位于桥头街的太原基督堂由英国传教士李提摩太（山西大学堂创始人之一）创建，专为传教布道时使用。现为省、市基督教两会所在地。