太平军不仅将寺庙神社中的一切偶像毁灭无遗，有时还对部分寺庙神社建筑物本身实施整体拆毁，甚至放火焚烧。故张德坚在《贼情汇纂》中说，太平军“见庙宇即烧，神像即毁”张德坚：《贼情汇纂》卷一二。。当然，不是所有寺庙都被焚烧殆尽，因为有些寺庙被改为礼拜堂，有些则被改建为军营或武器库。如，法华寺就被太平军改为火药库，后火药爆炸导致法华寺彻底摧毁。参见《法华寺志》。太平军除将神像斥为“死妖”外，同时还将崇拜“死妖”以及其他信仰的人一概称作“生妖”。洪秀全后期曾笼统地将19类人划为“生妖”，其中异教从业人员就占了11种，其分别是邪教、堪舆、卜、筮、祝、命、相、聘、佛、尼、女巫。对于这些所谓的“生妖”，太平军往往将他们（她们）逐出其宗教活动场所，禁止再从事相关职业，若稍有违犯就严加惩处。如，嘉兴太平军曾颁布通告曰：“出令沙汰僧道优婆尼，勒令还俗，秃子蓄发，不准衣架装黄冠，不许著羽士服。”《江浙豫皖太平天国史料选编》，第166页。在苏南地区，太平军“禁人间僧道追荐，不许奉佛敬神，见则以香烛置之厕中”。《太平天国史料丛编选集》（第二册），中华书局，1963年，第162页另有一则记载说，在浙江会稽，一名老妪因为念阿弥陀佛而被割去了双耳。中国历史学会：《太平天国资料丛刊》（第六册），神州国光社，1952年，第795页。由上可见太平天国运动对江南佛教的打击之残酷。可以说，自此之后，江南佛教寺院大都元气尽失，一片沉寂。以上有关太平天国毁灭寺庙内容的部分内容参阅夏春涛：《太平天国毁灭偶像政策的由来及其影响》，《广西师范大学学报》2002年第4期。
太平天国运动失败以后，佛教丛林面临的是一片断壁残垣，所以自晚清至民国，修复佛教寺庙一直是寺院佛教的一个重要任务。宗教信仰中有一个简单的规律，就是每在严酷压制与摧毁之后，必有反弹。事实上，自晚清至民国期间，江南佛教丛林中还是有部分寺院迅速恢复起来，如被毁于太平天国战火的镇江金山寺、常州天宁寺、扬州高旻寺、临安禅源寺、宁波天童寺等就在一些高僧与居士的努力下恢复起来。同时，虚云老和尚也在云南各地恢复了不少的佛教寺院。[美]维慈：《中国佛教的复兴》，上海古籍出版社，第74—76页。但是，总体来看，晚清以来的寺院佛教的整体衰势已经无法真正挽回。
（四）“庙产兴学”风潮的一波三折
晚清之时，中国知识分子对于民族国家前途的反思已经从“船坚炮利”、“师夷长技以制夷”的技术层面而进入到了学术思想之层面。因此，废除科举、开办新学、开启民智已经成为当时救国的第一要义，而兴办学堂的主张也被知识分子与社会上层广泛认同。“庙产兴学”风潮，直接原因就导源于晚清社会改兴新式学堂而面临国库空虚、教学经费缺乏，因此一些人将目光投向佛寺、道观长期积累的巨额财富，企图以“庙产”来充当兴办学堂之资。清季“庙产兴学”的最早动议者是康有为与张之洞（虽然“庙产兴学”之说在清季之前的黄宗羲就曾论及，但并未实施）。康有为在1895年“公车上书”事件中的《上皇帝书》里就提出四点“教民之法”，其中除了“普及教育”、“改革科举”、“开设报馆，出版报纸”之外，康就提出“提倡孔教，建议将乡村淫祠一律改为孔子庙”。1898年康有为在其《请饬各省改书院淫祠为学堂折》中又进一步提出：“查中国民俗，惑于鬼神，淫祠遍于天下。以臣广东论之，乡必有数庙，庙必有公产，以公产为公费，上法之代，旁采泰西，责令民人子弟，年至六岁者，皆必入小学读书”。康有为：《请饬各省改书院淫祠为学堂折》，《中国近代史史料丛刊·戊戌变法》（二），神州国光出版社，1953年，第221页。如果说康有为的主张还是大致的建议，其“淫祠”还没有重点指定为佛教寺院的话，那么张之洞则明确提出了利用佛寺与道观的“庙产”来兴学的具体方案。1898年6月，张之洞在其著名的《劝学篇》中提出：
……或曰：府县书院经费甚薄，屋宇其狭，小县尤陋，甚者无之，岂足以养师生，购书器。曰：一县可以善堂之地赛会演戏之款改为之。一族可以祠堂之费改为之。然数亦有限，奈何！曰：可以佛道寺观改为之。今天下寺观何止数万，都会百余区，大县数十，小县十余，皆有田产，其物皆由布施而来，若改作学堂，则屋宇田产悉具，此亦权宜而简易之策也。方今西教日炽，二氏日微，其势不能久存，佛教已际末法中半之运，道家亦有其鬼不神之忧。若得儒风振起，中华义安，则二氏亦蒙其保护矣。大率每一县之寺观什取之七以改学堂，留什之三以处僧道，其改学堂之田产，学堂用其七，僧道仍食其三。计其田产所值，奏明朝廷旌奖僧道，不愿奖者，移奖其亲族以官职，如此则万学可一朝而起也。以此为基，然后劝绅富捐赀以增广之。昔北魏太武太平真君七年（446）、唐高祖武德九年（626），武宗会昌五年（845）皆尝废天下僧寺矣，然前代意在税其丁，废其法或抑释上以老，私也。今为本县育才，又有旌奖，公也。若各省缙绅先生，以兴起其乡学堂为急者，当体察本县寺观情形，联明上请于朝诏旨，宜无不允也。张之洞：《劝学篇·设学第三》，《张文襄公全集》，台北：文海出版社，1971年，第819页。
上文内容主要有三：1.建议将佛道寺观改建为学堂，并具体建议划拨庙产之中十分之七为学堂之用，十分之三为僧用；2.认为“庙产兴学”之举是育才为公，并借口通过振兴儒风进而挽救佛道衰微之势；3.建议各地根据本地寺观的情况，直接上书朝廷准许“庙产兴学”。张之洞的“庙产兴学”主张在当时产生了巨大的影响，光绪帝随后于1898年7月10日颁布谕旨曰：“至于民间祠庙，其有不在祀典者，即着地方晓谕民间，一律改为学堂，以节靡费而隆教育。”陈宝琛编：《清德宗景皇帝实录》（第6册、卷420），中华书局，1987年，第505页。光绪二十七年八月初二（1901年9月14日）清政府下诏办学，谕令“将各省所有书院，于省城均改设大学堂，各府及直隶州均改设中学堂，各州县均改设小学堂，并多设蒙养学堂”。中国第一历史档案馆，1996：176。光绪三十二年（1906）四月，清廷正式准奏《劝学篇》的建议，“奏定《劝学》所章程，责成各村学堂董事查明本地不在祀典庙宇乡社，可租赁为学堂之用”。转自释东初：《中国近代佛教史》上册，台北：东初出版社，1992年，第75页。此后，各地庙产兴学风潮骤起，一些地方恶绅也浑水摸鱼，大肆强占寺观的庙产，甚至驱逐僧人。而至辛亥革命爆发，“长江中下游先后光复，新募军人多驻扎寺观，乡里豪强勒令寺僧当兵或出资”。释东初：《民国肇兴与佛教新生》，张曼涛编：《中国佛教学术丛刊·民国佛教篇》，台北：大乘文化出版社，1978年，第25页。
民国肇始，孙中山在《临时约法》中明确了“信仰自由”的宗教政策，并对寺庙财产有意保护，但北洋政府很快就重蹈清末利用庙产的思路。1913年与1915年，北洋政府先后颁布了《寺院管理暂行规定》与《管理寺庙条例》，明确规定寺庙不得私自处分与抵押寺庙财产，但若办理地方公益事业则地方官可以呈请划拨庙产。此后，这两个条令因遭到佛教界的强烈反对而作了修改，但并未被正式取消。国民政府期间，“庙产兴学”再次受到教育界人士的追捧；同时，由于北洋政府与民国政府期间对于寺庙管理政策的摇摆不定，“庙产兴学”风潮自张之洞的《劝学篇》开始，一直反复延展到民国中后期。1928年，大学院在南京召开全国教育会议，会上来自各地的代表纷纷提出庙产兴学的具体方案，并最终由当时中央大学教育系邰爽秋教授等人共同拟订了五条具体方案。这五条方案分别是：（一）由大学院组织庙产兴学委员会，秉承大学院长，负责办理庙产之调查、统计、审查、移拨等事项。（二）各省市县次第成立各级庙产兴学委员会，分别秉承各该高级委员会办理庙产兴学的事项。各级委员会应受该地上级委员会之监督及该地同级或相当教育局的指导。（三）国家明令规定全国庙产应即拨充全国教育基金，只许支用利息，不得侵占本金。（四）此项基金之用途，以补助义务教育及民众教育经费为限。民众教育完成后，即以办理民众教育部分之基金，为办理文化事业之用。（五）对于老幼僧尼，应由各省市县筹办平民工厂或职业学校，分别容纳。或于寺庙中酌留房屋田产，以为少数年老僧尼住居之用，借示优待。参见中华民国大学院编：《全国教育会议报告》丙编，商务印书馆，1928年，第6页。由于1928年全国教育会议的提案遭佛教界的强烈反对未被实施，1930年邰爽秋又发起成立了“庙产兴学促进委员会”，并在其章程中规定以“联合全国民众力谋划拨庙产、创办教育为宗旨”。1935年江苏、山东、安徽、浙江、湖北、湖南、河南等7省教育厅联名呈请教育部、行政院保障庙产兴学，并得到官方的同意。事实上，教育界的庙产兴学呼声，几乎暗中受到国民政府的纵容与支持。1929年国民政府将《管理寺庙条例》修改为《监督寺庙条例》，1936年国民政府颁布了《寺庙登记条例》，这些条例基本上都是换汤不换药，寺庙财产始终没有得到明确的保护。平心而论，“庙产兴学”风潮对兴办教育确实具有一定的积极意义，但对已经衰微的寺院佛教来说无疑是雪上加霜。经过“庙产兴学”的风潮，各地寺院大都遭到严重侵害。其中，两湖地区的寺院在张之洞的辖区，“庙产兴学”之风自然很盛。在安徽，“庙产兴学”对寺院的侵害也非常严重。民国七年（1918）蒙城县公署为筹措教育经费，召集全县的士绅，开教育行政会议，援用《管理寺庙条例》划拨寺院财产为教育经费的来源。其规定如下：1.有庙无僧之庙产全部没收；2.有僧而不通晓经典者，全部征用（仅将一小部分给与令之还俗）；3.有僧且深通经典，适宜酌量征用其大部分。后来还进一步规定，凡一僧兼为他庙住持者，则视为无住持之庙，如此则全县各村共有253所寺庙被征用。参见[日]牧田谛亮：《近世中国佛教史研究》，转引自释东初：《民国肇兴与佛教新生》，张曼涛编：《中国佛教学术丛刊·民国佛教篇》，台北：大乘文化出版社，1978年，第31页。此外，有关民国前各地“庙产兴学”的情状，台湾学者黄运喜先生通过考察山东泰县、四川金堂县与上海县的地方志得出以下一些具体的数字。如，根据民国十八年（1929）修《山东泰县志》考察统计：全县共设学校348所，经统计得知，校址设于佛寺者67所，设在一般民俗庙宇（关帝庙、娘娘庙、玄武庙、火神庙、许多庙宇由僧侣住持）有203所，设在家庙祠堂有20所，设在清真寺者有10所，不详所属（三圣、五圣、七圣、九圣、三教堂等，疑与北方秘密宗教信仰有关）者有26所，以上合计328所，占所有学校的94.25％，真正由地方士绅出资兴办者可谓寥寥无几。据葛廷瑛、孟昭章编：《泰安县志》之《教育志》资料统计，民国十八年（1929）刊本。根据民国十年（1921）修的《金堂县续志》考察统计，全县各级学校共116所，其中设于佛寺31所，设于民俗庙宇者49所，设于道观者1所，家庙祠堂者10所，书院者12所，会馆者9所，其他4所，以庙产兴学之比例为78.44％。据王暨英、曾茂林编：《金堂县续志》卷四的《教育志》统计，民国十年（1921）刊本。根据民国七年（1918）修的《上海县续志》考察统计：上海公私立官学及初高等小学共191所，其中官学34所中，设在寺庙者有10所；初等小学115所，设在寺庙内有22所；二等小学32所，设在寺庙者有7所；高等学堂10所，设在寺庙者1所，此外设于寺庙内之教育机关有“劝学所”、“教育会”各1所，设在寺庙之学校比例为21.98％。据吴馨、姚文楠编：《上海县续志》卷九之《教育志》资料统计，民国七年（1918）刊本。黄运喜先生认为，上述三县之中，上海“庙产兴学”寺院被占数量较山东泰县少很多，这可能与上海人多寺庙少（人寺比例低）、经济发展快速、资本家集中且办学意愿高有关。参见黄运喜：《清末民初庙产兴学运动对近代佛教的影响》，《国际佛学研究》（创刊号），1991年12月，第293—303页。而据另一学者研究，20世纪30年代左右当时上海市郊区受“庙产兴学”风潮的影响则很大，大量寺庙移作他用，其中仅松江县就有48座寺庙用作校舍。张化：《上海宗教通览》，第7页。
综观“庙产兴学”风潮，虽有当时国库空虚、民生凋敝、教育经费严重缺乏的时代背景，但其深层原因则与中国佛教遭遇到的现代性“祛魅”以及寺院佛教丛林制度自身的腐败、僧尼的不学无术密切相关。晚清以来，西学东渐、西风东移，新学与科学思想逐渐被社会知识阶层所接受，并向社会广泛传播，传统寺院佛教的“神圣性”与“合法性”遭遇到现代科学知识的挑战，而僧界的腐败又加重了这种危机。诚如释东初法师所说：“马祖创丛林，百丈立清规，其目的是在安定僧众修道。那知僧寺有了寺产，不仅不能修道，反为寺产所累。远者不必说，近百年来困扰佛教者，就是寺产问题。前人之所以置产，以供众修道；今人有了寺产，竟忘其修道，而忙于寺产。所以寺产反为障道的因缘，寺产越多，其累也越大，困扰佛门，竟无休日。今日不独宗门寥落，消息断绝，即一般僧寺多以贩卖如来家业，争取货利，以财富为荣，名利为向，向上一着，早无人问津。宗门教门都成魔窟，僧尼成为狮子身上虫，佛法焉能不衰？无怪清廷要提拨寺产，民国以来要庙产兴学，所以庙产一直困扰佛教的僧徒。”释东初：《民国肇兴与佛教新生》，张曼涛编：《中国佛教学术丛刊·民国佛教篇》，第23页。