奇瑞公司的与研发相关的组织结构所示，采用一种改进型的矩阵结构。横向由各职能部门构成，包括产品工程研究院以及生产、市场、财务等各个职能部门。其中对于研发任务最关键的部门是产品工程研究院。为了整合企业自身的技术力量，提高研发能力，公司投资数亿元组建了产品工程研究院，如今已经拥有员工数百人。产品工程研究院下设三大部门：基础研究部、产品研发部和适应性开发部。基础研究部负责与研发以及其他技术相关的基础研究，产品研发部则着重于产品在结构、工艺方面的设计，适应性开发部负责对开发出来的产品进行市场测试，收集市场信息及反馈，以便对产品做进一步的改进。纵向由各个项目组成，核心是项目经理。项目团队成员来自上述各个职能部门，实行双重管理，既受原职能部门的管理，又受项目经理的指挥。但不同职能部门受两头控制的相对程度不一样，例如，来自生产、市场和财务等部门的成员只以一种松散的关系加入项目开发团队，他们主要受命于原职能部门的领导。而来自产品工程研究院的成员则把工作重点置于开发团队，主要听从项目经理的命令。此外，由于公司同时存在多个研发项目，每个项目都与外界存在研发战略联盟，为了更好地协调开发工作和配置资源，公司设置了项目管理办公室统筹全面开发工作。
研发项目团队的主力是几类研发人员：结构知识丰富、了解流行趋势的造型人才；总成师；结构设计人才，包括熟悉悬架、车桥、制动、发动机等部分设计的技术人员；试制人才。除此之外，从并行开发的原则出发，项目团队还吸收了生产部门的技术人员和市场部门的人员。生产技术人员可以帮助提高产品的工艺合理性，并尽早启动工艺流程的设计，而市场人员则能够实时地提供市场需求的动态和顾客的反馈，帮助研发项目尽可能地提高市场导向的目标。由于企业原来的技术基础较为薄弱，公司在组建该项目开发团队时，除了坚持自我培养外，还面向国内外招聘人才，在短期内大大提高了企业的人力资源素质，如今公司的研发人员中既有留美博士，还有来自国内其他汽车厂商的技术骨干。
企业对研发团队充分授权，采取目标管理的模式进行管理，也就是将研发任务进行分解，落实到每个员工的头上，每隔一段时间对工作进行绩效考核，根据目标实现的程度进行奖励。研发团队都实行合同制，每5年签订一次合同，公司不设后勤系统，保证企业及项目的决策和实施系统充分有效。薪酬结构中固定工资只占总额的30%，其余则与任务绩效挂钩。这种薪酬安排极大地激励了成员的积极性，团队只用了8个月就完成了该项目的开发设计任务。公司提高员工开发素质的一个措施是加强员工的培训，每年都使出一大笔经费用于员工培训：首先进行员工培训双向需求调查，然后由人力资源部为每一名员工制定出第二年的培训详细计划。
该研发项目的文化与总公司的企业文化是一致的，可以归结为几点：一是以人为本。把人当作项目最有价值的财富，创建有利于吸引人才、培养人才、留住人才的人才管理机制，尊重知识，以事业留人，重视人才的职业发展；二是客户导向。坚持用户第一，品质至上的信念，认为只有顾客满意才能给员工提供理想薪资；坚持走开发性能价格比最具优势的经济型轿车以满足最广大顾客的需要；三是鼓励团队合作精神，努力创造出使设计部门和制造部门之间、战略决策者与各职能部门之间密切互动的文化。四是坚持诚信、激情和竞争，永远创业，追求卓越，挑战极限，勇于创新，宽容失败；五是注重实干精神。要求工作要“日清日高”、“用大公司的力量和小公司的灵活来处理每一件事情”。