2009 年我国经济学界对产业结构和产业政策的研究主要围绕全球金融危机爆发和全球环境与资源问题不断突出的基本背景展开。对我国经济中长期存在的产业升级、产业集聚、产业结构调整以及对生产率评价等问题，也依次进行了进一步的深入分析。
1、产业升级的涵义。王保林指出，人们常说的产业升级其实包含两层含义：产业升级和产业结构升级。产业升级是是指资源在统一产业内部的再配置过程，包括流程升级、产品升级和功能升级；而产业结构升级则是指资源从低端产业向高端产业转移的过程，是资源在各产业之间再配置的过程。目前产业升级是沿海地区劳动力密集型产业发展的当务之急。因为成本上升给沿海地区的劳动密集型产业带来了巨大压力。但是沿海地区不应该放弃劳动密集型产业。沿海地区劳动密集型企业的资源和优势集中在原有产业领域，放弃原有劳动密集型产业，进入新的产业领域，不仅成本高，原有的优势也将随之消失。这些企业的产业升级应该选择工业流程升级，而不是盲目进行产品升级和功能升级。另外，产业升级的主体是企业而不是政府；同时产业升级是一个动态的过程，不是一劳永逸的事，劳动密集型产业的企业必须在每一次升级之后迅速积蓄力量，为下一步升级做好准备。609中国社会科学院工业经济研究所依据我国劳动力丰富、工业化远未完成这一基本事实认为，由于全球的资源配置在劳动力不能完全流通的约束下，工业生产能力必然仍大量流入中国这样的劳动力丰富、成本较低的国家，产业梯次转移和国际分工深化的进程不会终止。因此，我国产业从第一产业到第三产业的线性产业升级路径不应该是我国产业结构调整的唯一选择。产业内升级比产业间升级对于扩大就业、保持经济活力更具现实意义。610刘明宇等指出，在全球化的背景下，商品、资本、技术等要素的国际流动速率加快，经济融合程度加深。在全球资源价格上升、人民币升值、贸易保护主义抬头和技术进步快速的今天，中国现行产业体系在全球所处的劣势和弊端日益显现。中国必须改变在全球分工格局中的地位，将与发达国家的垂直分工改变成为水平分工——既由外生比较优势决定的产业间分工，转变为规模经济主导下的产业内分工。这个过程包括两个环节：第一，通过知识和经验的积累，实现禀赋的升级，这是改变国际分工格局的关键；第二，与发达国家的专业化分工、集聚分工造成生产率差异的内生比较优势应该随着分工的逐步发展而不断演进，形成竞争优势。产业升级的最终目标应该是建立一个体系开放、结构合理、布局优化、具有内生创新动力和不断动态优化的现代产业体系，实现在禀赋升级、价值链升级和空间结构优化三个维度实现协同。
2、产业升级的路径选择。刘明宇等提出产业升级的具体路径是：一是保持产业体系的开放性，促进产业升级。二是通过区域经济的一体化，促进产业空间布局的优化。三是通过自主创新与自主品牌建设，实现价值链的升级和治理。
3、要慎言产业升级。尽管众多学者都在呼吁我国产业要向价值链微笑曲线两端升级，但是同时理论界也存在着与此不同的观点。刘林青等研究发现，目前大多数对于中国出口产业竞争力的讨论和担忧是不必要的。因为在全球价值链成为主导产业组织的今天，中国大量吸收FDI，无论是从量还是质的方面，都会造成采用传统方法计出的产业国际竞争力的高估。从量的方面看，中国出口的快速增长主要是外商投资企业带动的，本土企业的出口表现其实并没有中国出口的总体表现那么好。从“质”的方面看，高技术产品国际竞争力的提升完全是由投资到中国的外商投资企业贡献的，而本土企业则未升反降。中国本土企业并没有在技术阶梯上快速爬升，反而在高技术领域呈现出比较劣势。不仅如此，无论是外商投资企业还是本土企业都在倾向于出口低端产品，但本土企业的单位价值比外商投资企业更低。我们应认识到本土制造业企业国际竞争力依旧不强的现实。但更重要的是，目前中国制造业在国际分工环节中的所处地位，使中国赢得了在全球价值链中制造环节的“在位优势”，而且这种“在位优势”似乎也获得了自增强的动力机制，使我国在全球价值链中的影响力不断提升，也进而将改变全球价值链由少数发达国家主宰的现状，最终完善国际经济秩序及其利益制衡机制。我们应珍惜这种付出巨大代价在全球价值链制造获得的“在位优势”，不要轻言升级。