与2008年相比，2009年“三农”问题的研究表现出一些新特点：
从研究角度来看，从微观视角研究“三农”问题在2009年得到进一步凸显。因此，2009年对“三农”问题的讨论涉及到的问题很多，显得更为分散。
从研究方法来看，2009年对“三农”问题的研究延续了实证研究为主，理论研究为辅的特点。与2008年相比，2009年的研究方法更加集中，大部分研究都采用了计量分析与问卷调查，或者计量分析与实地调研相结合的方法。
从研究内容来看，随着当前经济形势变化加速，2009年对“三农”问题的关注点也随之发生较快变化，主要表现在：一是随着中央对“三农”问题的持续重视，惠农政策的不断出台，解决“三农”问题方向性、指导性思路基本确定，关于“三农”问题宏观层面的研究逐渐减少，而对其微观领域的问题关注越来越多；二是农村土地制度持续受到关注，但研究重点转向深层次的农村土地产权问题；三是国际金融危机的冲击使得农民消费和农民工返乡问题受到关注；四是受国际粮价波动影响，粮食安全问题再次成为研究重点；五是随着市场化改革的持续推进，政府定位不断明确，农业公共投资开始引起学术界重视。