2009 年学术期刊统计样本的选取继续沿用教育部的中国社会科学研究评价中心提供的2010——2011年CSSCI来源期刊经济学类排名前20名杂志，然后依据二级学科平衡的需要，选择了作为2009年中国经济研究热点分析的13本统计样本期刊。由于其他类别的杂志也刊有经济学的文章，为了保证覆盖面，我们又选择了其他4大类期刊排名第一的各1本杂志作为统计样本期刊，最终形成了17本统计样本期刊。它们分别是经济学类13本：经济研究、中国工业经济、世界经济、金融研究、经济科学、中国农村经济、数量经济技术经济研究、财经研究、财贸经济、南开经济研究、经济学家、经济学动态、经济社会体制比较；综合性社科期刊类1本：中国社会科学；管理学类1本：管理世界；马克思主义类1本：教学与研究；高校综合性社科学报类1本：中国人民大学学报。与2008年相比，数量经济技术经济研究杂志新进入前20名被增选为统计样本期刊，但因改革和经济理论与经济管理两本杂志排名掉出前20名而退出统计样本期刊，这样经济学类样本期刊就比2008年的减少了1本。数量经济技术经济研究排名进入前20位，表明中国经济学在研究上越来越重视运用数量方法，同时中国经济从数量扩张向质量提升的历史转型，也凸显了技术经济的重要地位。改革杂志的退出，从一个侧面说明：中国改革的任务虽然还远没有完成，但改革经济学或转轨经济学让位于发展经济学已成为大势所趋。
对2009年在以上17本样本期刊上发表的全部学术论文（不包括书评和会议报道等）共2241篇按专题进行分类统计，最终得出了2009年中国经济研究的前10大热点问题。它们分别是：1、经济增长与发展；2、资本市场；3、三农；4、产业结构与产业政策；5、货币政策；6、收入分配与收入差距；7、对外贸易与贸易政策；8、公共经济；9、世界金融危机；10、金融体制。此外，排在第11-20位的热点问题是：11、区域经济发展；12、自主创新；13、就业；14、商业银行；15、外商直接投资；16、财政体制；17、消费；18、企业成长；19、国外经济理论与流派；20、财政政策。