在甲午中日战争中清政府不敌新兴的强邻日本，节节败退，由此在加重民族危机的同时也强烈地唤醒了相当一部分爱国志士的改良社会之心。
心忧天下的谭嗣同也“益发愤提倡新学”，他早已意识到从祖宗那里流传下来的老一套的封建文化，已经远远跟不上日新月异、疾风骤雨的时代形势了。他首先在自己的家乡浏阳创设了一所学会，开启了湖南知识界之新风尚。后来他又专程去上海拜会维新思想的渊薮——“强学会”的创立者康有为先生，并从中结识了像梁启超等一批维新志士。当时，康有为恰巧不在上海，而谭嗣同从时任强学会记纂（书记）、康的得意弟子梁启超那里听到了不少关于康的“讲学之宗旨，经世之条理”，也即多为新鲜而使人振奋的维新派思想，非常受用，以此便自称康有为的“私淑弟子”。从此，他在努力研习康有为思想的同时，自身的学识也得以日益精进。
当腐朽不堪的满清政府与日本政府签订的丧权辱国的《马关条约》的消息传开后，“人人怀国耻，士气稍振起”，也就是全国上下人人感于国耻，欲有一番发奋图强。而谭嗣同则激昂慷慨，到处大声疾呼变革的精神，很多海内的有志之士“睹其丰采，闻其言论”，从此也都知晓了他不是一般的平庸之辈。不久谭嗣同像，谭嗣同又不得不遵从父命到江苏做了“候补知府”的官，需要在当时的金陵（南京）待一年。在这一年中，他“闭户养心读书，冥探孔佛之精奥，会通群哲之心法，衍绎南海（指康有为）之宗旨”，博览群籍，积极思考，最终写成了作为他维新思想的理论探索和总结的《仁学》一书。
此《仁学》一书，可谓杂糅万端，而会于一炉（虽然还不免有些繁乱、生硬），既涉及中国传统的儒、释、道、墨等各家思想，又引入了西方资产阶级的自然科学、社会政治经济学说等，体现出了谭嗣同开阔的人文视野和深入思考，并最终形成了他独特的哲学思想体系。在此书中，他尤其有力地批判了封建君主专制制度，还表现出了对于太平天国起义运动的同情，并强烈地呼吁社会变革和思想进步。
当然，谭嗣同在写作《仁学》期间也不是只顾埋首书桌一味冥思苦索，他还经常到上海“与同志商量学术，讨论天下事”，以增进自己对于诸般事理的理解；尤其他所来往的人中没有一个是酸腐的旧俗吏，他只一心谋求改变腐败落后的现实。他还常常自语说“作吏一年，无异入山”，意思是自己得到了一次冷静和深入思考的机会。
当时的湖南巡抚是陈宝箴，他的儿子陈三立（有诗名，著名史学家陈寅恪的父亲）从旁辅佐他，这陈氏父子不拘旧格、识见非凡，“慨然以湖南开化为己任”，一时间湖南的气象使人心得以大振，有识之士“蹈厉奋发，提倡桑梓”，以至一时各地的人才会集湖南。其中，丁酉（1897年）六月，有黄遵宪（著名爱国诗人）拜任湖南按察使；八月，又有享有盛名、呼吁维新的徐仁铸来督湘学。陈氏父子还与湖南前任学政江标一同谋划邀集各地的突出人才齐集湖南，“并力经营，为诸省之倡”，要把湖南的榜样树立起来，以带动全国的进步革新。当时在被邀之列的就有梁启超和谭嗣同（梁为学堂教习），谭嗣同经陈宝箴再三敦促，下定决心弃官归乡，他把家属都安置在了自己浏阳的老家，独自一人来到长沙“与群志士办新政”。
谭嗣同到长沙后主张兴办了很多新政之事，这其中既包括像轮船、矿务、铁路这样的实业，还包括创建了培养各种军政、科技人才的时务学堂，其中以“南学会”最是人们热心关注的焦点。因为南学会创办的重要目的就是“合南部诸省志士，联为一气，相与讲爱国之理，求救亡之法”，可以说被人们寄予了厚望；而且，先以湖南一省为示范，务必使南学会这样的组织兼具文化和政治的双重职能，使得它能够发挥出像西方的议会一样的参政职能：“地方有事，公议而行”，就是讲求民主，反对封建专制；还“每七日大集众而讲学，演说万国大势及政学原理”，积极交流时新的思想和观感。
在南学会之中，谭嗣同可谓名副其实的“学长”，他专门负责组织演讲。每次来聆听演讲的都会有数百甚至上千人，而一旦轮到谭嗣同亲自登台，必“慷慨论天下事”，使得听众都无不为他的热诚和胸怀感动。所以梁启超在评价谭嗣同时才说，湖南之能够风气大开，谭嗣同之功最多。
这里值得一提的是，湖南之所以在中国近现代史上独树一帜、人才辈出并居领导潮流之功，总应该是和像陈宝箴父子、谭嗣同这样的先贤之大胆开创新局面、倡导新风尚的努力分不开的。影响所及，使得像杨度这样的生在湖南的革命家都抑制不住自己的自豪情怀来如是赞颂自己的家乡：“中国于今是希腊，湖南当作斯巴达；中国当是德意志，湖南当作普鲁士。如果中国国果亡，除非湖南人尽死……”（《湖南少年歌》）