元祐六年（1091），苏辙拜尚书右丞，进门下侍郎，相当于副宰相之职。前此，西夏来贺哲宗登极，相继求和，且商议地界。朝廷许约，但屡次推脱，两国地界未定。元祐四年，西夏人仍于疆事多方侵求，宋朝熙河将佐范育、种谊等，遂背约侵夏地以筑质孤、胜如二堡，夏人遂即荡平之。范育等又欲以兵纳夏将赵醇忠，及擅招其部千余人，而朝廷不接受。于是，西部边界骚然不宁。有鉴于此，苏辙请求罢去范育、种谊，别选老将出守熙河。宣仁后同意苏辙意见，但当权大臣不从。到元祐六年，熙河前线又上奏章：“夏人十万骑压通远军境，挑掘所争崖（chán），杀人三日而退。乞因其退，急移近里堡寨于界，乘利而往，不须复守诚信。”即是说，准备不守诚信，乘西夏退兵之际，将边界堡寨向西夏境内推进。
对此，朝廷召大臣议论。苏辙认为，要议此事，“当先定议欲用兵耶，不用耶？”宰相吕大防说：“如合用兵，亦不得不用。”苏辙说：“凡用兵，先论理之曲直。我若不直，兵决不当用。朝廷须与夏人议地界，欲用庆历旧例，以彼此现今住处当中为直，此理最简直。夏人不从，朝廷遂不固执。”接着又列举宋朝在边界问题上一再苛求西夏之事，并说：“今欲于定西域与陇诺堡一抹取直，所侵夏地凡百数十里。陇诺祖宗旧疆，岂所谓非所赐城寨耶？此则不直，致寇之大者也。”严厉批评宋朝在边界问题上不守诚信，导致夏人侵扰，边界不宁。宰臣刘挚说：“不用兵虽美，然事有须用兵者，亦不可不用也。”仍力主对西夏用兵。苏辙又奏曰：“夏兵十万压熙河境上，不于他处，专于所争处杀人，掘崖，此意可见。此非西人之罪，皆朝廷不直之故。熙河辄敢生事，不守诚信，臣欲诘责帅臣耳！”不但直言朝廷不守诚信，理不直，兵不可用，而且扬言：如果熙河守将不守诚信，擅自用兵生事，他要动用职权，追究责任，态度十分坚决。
后由于宋朝边兵屡次深入夏地，边疆动乱不已，宣仁后于是同意了苏辙的主张，遵守宋和西夏的原有约定，明确了双方的地界，边疆暂时安定。