一、证监会的职权过于集中
首先，证监会是一个事业单位，全国人大无法按常规通过人事任免、工作监督和执法检查等形式进行有效监督。其次，尽管《中国人民银行法》第 2 条规定中国人民银行在国务院领导下，制定和实施货币政策，对金融业实施监督管理，但随着金融体制改革的深入，央行已不再对证券业进行管制。最后，由于证监会管理着与证券信息有关的信息披露工作，致使难以通过舆论方式对其监督。在过去的几年中，由其审核批准公开募股上市的股份有限公司多家涉及申请募股材料内容不真实，诸如红光实业、大庆联谊等骗取公开募股上市许可，使一些中小投资者为之蒙受重大经济损失。而证监会在审查这些公司申请时，究竟是被这些公司的骗术所蒙蔽，还是其中藏有某些同流合污、违法操作行为呢？为此，可以通过国务院定期向全国人大常委会报告金融业情况，包括商业银行、证券业、保险业、信托业等情况来解决。比如国务院应向全国人大提交国务院证券监督管理机构的年度工作报告。
二、国务院证券监督管理机构不明确
《证券法》中所表述的国务院证券监督管理机构到底是指国务院拟另设的证券监督管理行政部门，还是指在现实中担当证券市场政府管制职能的事业性质的中国证监会，定义十分模糊。如果是指现实中的证监会，基于该机构的“事业单位”性质将直接导致《证券法》第 167条第 1 款之规定违宪。我国《宪法》第90条第2款规定：“各部、各委员会根据法律和国务院的行政法规、决定、命令，在本部门的权限内，发布命令、指示和规章。”宪法赋予国务院各部、各委员会的规章制定和发布权，目的在于保障其行政管理职能的实现。而国务院“三定”方案将证监会定位于国务院直属事业单位，若同时又规定其有权在职责范围内制定和发布规章，显然与宪法相违背。如果不是指现实中的证监会，那么现实中证监会的权力来源则不是基于法律的授权而是国务院的授权或委托。基于《行政诉讼法》第25条第4款的规定：“由法律法规授权的组织所作的具体行政行为，该组织是被告。由行政机关委托的组织所作的具体行政行为，委托的行政机关是被告。”在该种情况下，法律上的推理则是国务院将成为行政诉讼的被告。而我国《行政诉讼法》并未规定国务院可以作为被告。由此，将直接阻碍当事人通过行政诉讼实现法律救济。基于本项问题的提出与思考，建议将现实中的证监会定性为国务院行政机构。
三、管制主体管制边界不统一
长期以来，由于计划经济而造成的条块管理方式，使证券市场中的证券产品往往都归属不同的部门管制。如短期融资券、资产证券划归人民银行管制，企业的中长期债券的审批则由发改委管制，市政债券的审批归财政部审批等。根据公共选择理论，不同的政府机关存在着不同的利益取向，因此，他们参与证券市场产品管制必然存在着利益上的冲突与矛盾。一方面，在证券市场创新的过程中，某些证券产品的审批往往涉及到两个以上的管制主体，这样的管制方式不利于证券产品的创新。另一方面，一段时期内，证券市场能发行的产品有限，不同部门为谋求自己的利益，有着强大的寻租冲动，而这一过程浪费了大量的资源，不利于证券市场的健康发展。