蒋经国胸怀大志，严禁烟赌娼，打击土匪对他而言，只是小试牛刀。此时的他，正踌躇满志，准备大干一场。他说，烟赌娼匪的彻底肃清，社会风气逐渐改革，建设新赣南的初步基础已经从容奠定了，我们应该振奋精神创造我们新的事业。
1940年1月，蒋经国终于提出了自己建设新赣南的宏伟目标。他说：“赣南是我们的家乡。我们要建国，当从建设自己的家乡做起。建设新赣南的工作，就是抗战建国工作。我们在三年之内，要办331个工厂，要开垦2万亩荒地，要办314个农场，要建筑2995个农业示范区，要成立3000个合作社，要建筑6043个水利工程，要开辟321个果园，要建筑259个新的校舍。真正的做到，使赣南的同胞，能够在三年内人人有工做，人人有饭吃，人人有衣穿，人人有屋住，人人有书读。”
为了实现“人人有工做，人人有饭吃，人人有衣穿，人人有屋住，人人有书读”的目标，蒋经国制订了一个1941年至1943年的三年计划，称之为《建设新赣南第一次三年计划》。这个三年计划对每一年工作目标和实施要领都作了非常全面详细的规定，内容涉及农、林、工、商、矿、文教、卫生等九方面。
（一）农业
目标：采取科学方法，运用金融力量，以谋农村经济之发展，农民生活之改善，在消极方面，力求家给户足，在积极方面，力求输出增加。
实施要领：（1）垦殖荒地。（2）广设农场。（3）推广合作组织。（4）扩大冬耕运动。（5）推广植棉。（6）修治农田水利。（7）开辟果园。
（二）林业
目标：用竞赛的方式，强制方法，奖导民众，实行见山造林，遇路植树，务使多山之赣南，成为林区。
实施要领：（1）加强保护森林资源。（2）建造新赣南林。（3）扩展苗圃。（4）统制木材运销。
（三）工业
目标：应战时之需要，为合理之管制，以运用资本，力谋日用必需品小型工厂之创设，农村家庭手工业之改进，最低限度，应使赣南工业之产品，足供赣南人民之需要，并力避资本主义榨取关系。
实施要领：（1）设立手工业指导机关。（2）推广合作工业。（3）创设各种工厂。（4）训练技术员工。（5）奖励工业投资。（6）推广家庭小工业。
（四）商业
目标：以不谋利为目的，创设公营商业，推广合作制度，以消除中间商人之剥削，并加紧管制物品之运销，平衡物价之涨落，务使奸商消灭，买卖公平。
实施要领：（1）广设交易公店。（2）普设消费合作社。（3）统一度量衡。（4）举行小本借贷。（5）查禁垄断居奇。
（五）矿业
目标：首谋矿区现状之改善，矿源之探采，继则奖导民营，应用新式技术，从事大量开采，务使无穷之天然资源，能容纳无限量的劳力，提供无限量的财富。
实施要领：（1）改善矿工生活，成立矿工福利会。（2）调整矿区行政机构，组织矿区管理局。（3）探采矿源。（4）奖励民营，指导开采。（5）于第三年动员公私全部力量，大量从事矿藏开采。
（六）交通
目标：发挥民众之力量，适应抗战建国之要求，从事道路之开辟，车船之添备，通讯网之完成，务使穷乡僻壤，有大道可通，货物运输，得畅行无阻，邮电通讯，能迅速灵通。
实施要领：（1）修建道路桥梁。（2）整顿交通秩序。（3）完成电话通讯网。（4）完成邮递通讯网。（5）开辟区乡镇大道。（6）完成公路网。（7）创办驿运。（8）修治河道。
（七）教育
目标：致力于普及国民教育，培植地方自治基础，灌输战时知识，辅导民众训练，推行劳动生产，改善国民生计，最低限度，应使人人皆能识字，人人皆有强烈之民族意识，人人皆有生活之技能。
实施要领：（1）每县设一中学。（2）创设职业学校。（3）实施青年训练。（4）完成乡镇中心学校。（5）普设国民学校。（6）加紧训练师资，创办赣南师范学校一所。（7）扫除文盲。
（八）文化
目标：以三民主义为中心，普遍展开文化工作，求迅速深入民间，以破除封建思想，发扬民族精神，提高知识水准，促成社会进步。
实施要领：（1）每县至少发行一种日报。（2）筹设书店，第一年每县应有一书店，第二年每区应有一书店，第三年每乡镇应有一书店。（3）编辑大众读物，建筑民众公园。（4）提倡学术研究。
（九）卫生
目标：卫生事业之推行，不在消极之治疗，而在积极之预防，凡关于保健设施之扩展，卫生知识之灌输，皆为重要中心工作，使社会成为健康之社会，人民皆为健康之人民。
实施要领：（1）完成全区卫生网，扩展中心卫生院及各县卫生院，设置卫生所，大量训练卫生人员。（2）推行科学助产。（3）强制种痘和免疫注射。（4）改良环境卫生。
三年计划，在一般人看来几乎是天方夜谭。有的报纸说：“蒋经国是俄国留学生，带回来的尽是俄国东西，要把俄国人的鼻子装在中国人的脸上，是不适宜的。”许多国民党官员也嘲笑这一计划，认为蒋经国是在师承共产党，甚至有人向重庆提意见。但他们不知道，蒋经国的建设新赣南计划草案，早在1939年蒋介石就已经审阅过。蒋介石还给蒋经国的建设新赣南计划作了修改，尤其是对计划中带有共产党色彩的字句进行了修正，并建议经国：“做事应注重当地实际工作，不必施以对外宣传。”
对于外界的批评，蒋经国也非常清楚。但他是一个意志非常坚定的人，他认定的事就一定要付诸实施。他说：“自从三年计划公布之后，就有许多批评家、讽刺家作各种批评。是的，工作要进步是需要人家批评的，我们绝对愿意接受人家的批评，但是为了要明了我们的任务和目标，对于许多不切实际的批评或讽刺，我们是需要加以解释的。”他认为，中国人应站在中国人的立场上讲话，应当以中国的利益着想，应当以中国社会的实际情况，来做施政的根据，这是没有错的。但是站在本国的立场上，根据本国的国情，采纳人家建国的经验，运用科学的真理，不但不会错，而且是应当这样做的。因此，他说：“三年计划是我们大家决定下来的，我们认清了这个计划，不但符合中国国情，而且更适合于赣南的实际情况。”
为了推行三年计划，蒋经国以身作则，清正廉洁，平民打扮，没有官架子，经常深入民间，走街串巷，或巡视农村。三年计划实施期间，蒋经国走遍了赣南11个县。1942年5月，他用了近半个月的时间，步行600多里，对信丰、安远、寻乌、定南、龙南、全南六县的农业、交通、学校、矿区进行了视察。所到之处，深入民间，了解民间疾苦以及他们对新政的看法，并尽最大努力帮民众就地解决困难。此次视察，蒋经国认为收获非常“圆满”。他对部属说：“我们是人民的公仆，就得接近广大民众。要知道，人民是不受欺骗的，我们不去亲近他，他就离我们愈远；反之，我们处处能体谅人民，诚心来对待他，这才能发生亲密浓厚的情感，大家协力互助，建设新赣南才有稳固的基础。”他认为，三年建设计划的实现，是要靠人的力量才能完成，所以“人”是完成三年计划的中心，是实现三年计划一切工作的轴心。那么赣南所有的公务人员，就是这个“轴心”的“轴心”。因此，赣南的公务人员，要真正为赣南人民谋福利的，共同的来为国家、为民族、为公、为私、为本身、为子孙来做一番事业。否则，就不配做赣南的公务人员。难能可贵的是，蒋经国一生都保持着这种亲民的传统。
1943年底，建设新赣南的第一个三年计划已经结束。那么这个三年计划完成得怎样呢？蒋经国是这样评价的，他说：“三年计划结束了，但是新赣南的建设并没有完成。今天，我们赣南正处在半新不旧的时候，好像种麦子一样，种子播下去之后，现在正是出秧的时候，种子已经变化了，而新麦还没有结熟。在这个过渡时期，是没有办法可以得到需要的麦子的，等到新麦籽成长后，收获的麦子比种子多了许多倍，这就是我们成功的一天。”尽管蒋经国说他的三年计划没有完成，但赣南的变化却是有目共睹的。
三年来，在农业方面设立农场657所，开垦荒地79402亩；林业方面，植树9979273株；水利方面，建造蓄水库288座，建造水陂1884座，挖成池塘7268口；交通方面，修路44683公里，修筑桥梁5385座；商业方面，成立合作社1239所，社员23756人，资金总额8994312元。新赣南日用品供应处，已有资金8500000元；教育方面，修建中心学校223所，国民学校493所。全区共有中心学校277所，国民学校2042所，私立小学22所，其他学校12所，扫除文盲503088人；兵役方面，全区出征壮丁42765名，国民兵训练406548人；卫生方面，成立卫生院13所，成立乡镇卫生所87所，医治人数454969人，预防注射人数215103人，种痘人数783517人。赣南的总人口数增加了17万。
蒋经国建设新赣南的成就，中外瞩目。各路媒体风云而至，纷纷前来参观报道，以前的各种嘲笑、讽刺都烟消云散，赞美之词比比皆是。重庆《大公报》认为：“新赣南的除旧布新工作，是到处可以看出来的。”《纽约时报》记者艾特金森（BrooksAtkinson）在报道中说，蒋经国的改革计划使得赣南地区面貌一新，赣州是中国最现代化、最干净的城市。
在短短数年，蒋经国之所以能在赣南取得如此成就，这首先要归功于蒋经国那种“为民造福”的情怀和“吃苦、冒险、创造”的决心。蒋经国虽然生长于一个特殊家庭，但少年时代，尤其是在苏联期间，他始终与普通百姓生活在一起，对百姓的疾苦深为了解，并具有一种“为民做主”的情结。加上受苏联社会主义的教育，形成了要争做“人民公仆”，一心“为民造福”的情怀。在赣南时期，蒋经国尚未受到国民党官场规则的熏染，这种情怀表现的还很率直、真实。他常对部属说：“我们是人民的公仆，就当以牺牲自己的代价来为人民造福，要认为只有人民获得快乐享受，才是我们精神上的快乐享受。”
又如，在1943年5月，赣南久旱不雨，禾苗枯萎，眼见百姓收成不保时，蒋经国就感到非常焦虑。他在给蒋介石的文电中说：“天久不雨，荒象堪虞，儿日视陇田，见枯禾之多，心中烦闷，坐立不安。日来正积极策动全区抢救水利诸事项，今日喜逢甘雨，心中稍宽。天降大雨之时，儿适在下乡中途，虽衣履淋漓，而心中实感至乐。”
文电虽短，却能感受到蒋经国那种体恤百姓的情怀。同时，蒋经国还具有“吃苦、冒险、创造”的决心。他说：“赣南虽是湘浙赣闽粤的总后方，是一个完完全全适合于抗战建国的据点。然而，在这方面，我们还有许多工作没有充分做到。因此，在我就任赣南之初，就下了决心，要克服一切困难，而完成此项使命。”正因如此，他能够和百姓同甘共苦，敢于和腐恶势力作斗争，敢于打破常规提出建设新赣南计划。
当然，蒋经国之所以能够取得如此成就，与他的特殊身份也有重大关系。名义上，蒋经国是赣南行署专员兼地区保安司令，但他的职权却远远超越于此。事实上，他享有其他专员所不能享有的人事、财经、军事等特权。如在人事上，按照当时行政专署的编制不过20余人，而蒋经国的专员公署里后来发展到100多人。单是主任秘书、秘书就有七八人之多，如高理文、周百皆、徐君虎、黄中美、徐季元、刘汉清、彭健华等。所属各县县长人选，均由蒋经国保举任用，省府不予过问。这是其他专员所没有的。在财经方面，蒋经国更是享有各种特权。按规定，田粮应由省府统筹收支，但蒋经国将赣南各县所征田粮赋税截留，用以建设新赣南。财政部甚至还同意他对中央资源委员会所属的大余钨矿的钨砂征收“地方附加税”。又如1944年6月，东南战事紧张，江西中央银行的钞票不能运到，不得已停止兑换，东南各省人心动摇。蒋经国则直接致电蒋介石，要求财政部派飞机将钞票送达赣州。可见，蒋经国的特殊身份，为他提供了众多特权，而地方权贵往往也忌惮他的身份，不敢过于放肆。