在严禁烟赌娼的同时，蒋经国也表示不能容忍土豪劣绅把持地方事务致使政令不能推行、平民百姓不安生业的现状。他明确将“土豪劣绅、封建势力、盗匪、流氓、奸商、汉奸”界定为“我们的敌人”，妨碍抗战建国和新政推行的腐恶势力。他认为“要铲除封建余孽和土豪劣绅，因为要实行三民主义，建设三民主义的新中国，非铲除有碍于抗战建国的腐恶势力不可”。为此，一方面，他要求并采用拘案、监禁、罚款、罚做苦工、用“罪恶板”公示等办法，“毫不留情地打击”土豪劣绅；另一方面，他特别注意地方武力都是被“一般土豪劣绅所把持”和“落伍的军人”组织非法武装的事实，针锋相对地提出要整编自卫队为统一的国防性武力、办理清乡、收缴民枪、训练壮丁，力图彻底剿灭非法武装。这些主张的实行，对土豪劣绅恶势力是沉重的打击，其武断乡曲、恃势干政的局面，也就大有改观。
处决任锡章
官吏不廉，贪污贿赂成风是旧中国的社会毒瘤，赣南也不例外。尚未受到官场侵蚀的蒋经国，对贪官污吏和官场恶习可谓深恶痛绝。他将干部的私欲和腐化视为比土豪劣绅、烟赌匪祸更为可怕的大危险，认为乱派捐款、诈索百姓金钱以肥己的官吏寡廉鲜耻，其行为完全与土匪相同，是破坏新赣南建设的阻力和危害人民福利的蟊贼。他指出，一定要肃清贪官污吏，严惩贪赃枉法之人，以建立廉洁的地方政府，维护正义和公平。因此，他常告诫部属，务必廉洁自持，做人民公仆。如有贪污，必定严惩。
然而，就在蒋经国大力破旧除害之际，他的得意门生却卷入了贪污之列。因而，有了挥泪斩马谡，处决任锡章的佳话。
抗战期间，国人拒绝使用日货，将日货称为仇货，国统区各地都设有负责查禁日货的“仇货检查队”，防止奸商贩卖日货。蒋经国出任赣南专员后，任命自己的得意学生任锡章为赣州仇货检查队队长。任锡章，江西九江人，原属蒋经国在新兵督练处的秘书。三青团干训班出身，是蒋经国的得意门生。
起初，任锡章为了不辜负蒋经国的栽培，对日货搜查非常严格，执法如山，六亲不认。仇货检查队的权力大得很，他们戴着红袖章，可以随意进出各大商店与货栈仓库，拆包检查。查到了有疑问的货，立刻贴上临时封条，把全部账本拿回去审查，如果证实了是走私的仇货，轻则罚款，重则坐牢，还要戴上一顶“卖国奸商”的高帽子游街，万人唾骂。不但不法商人，就是正常的大中商店的老板、经理们，见了仇货检查队的人员都怕。他们通过各种渠道，运用各种方式，拉拢讨好仇货检查队队员。对于执掌查禁仇货大权的任锡章，他们更是想尽各种办法，又请吃又送礼。渐渐地，任锡章经不住诱惑，开始接受各种请吃，收受各种礼品，并且将“验样”扣留，就是把查到的可疑的货物，送去一点作为样品检验，样品就顺理成章地放在仇货检查队。因此，也就出现“塞狗洞”案件。
广益昌是一家从南昌迁到赣州来的大绸布百货商店。广益昌早在1938年买进一批上海盈丰、章华毛纺厂的高档毛料，刚刚运到赣州，就被另一缉私队在拆包检查时，硬剪去四码作“检样”。这批被剪掉四码的毛料，被仇货检查队发现了。仇货检查队认为广益昌老板玩花样搞名堂，企图偷税漏税，又说这批毛料来路有问题，于是贴上封条听候查处，以“私自盗卖查封仇货”的罪名，要法办广益昌。商店徐经理找到任锡章疏通，任示意可以私了，但要罚款4000光洋，因为数字太大，经理不敢答应。恰巧有人发现被剪去的四码毛料正放在委托社公开寄卖。于是广益昌立即派人买了回来，并补接上去，一码也不缺。因此，广益昌“私自盗卖仇货”的事就不存在了，但任锡章不肯罢休，广益昌被罚了银洋800元。店里不要收条，队里也不上报，任锡章和队员私下分掉了。可是怎么下账呢？账房周霖祥遵照徐经理吩咐，上了广益昌交际费的账。因为这800块钱是银洋不是法币，全店人无不大伤脑筋。而账房周霖祥心里也不服气，便在这笔账目下注上了“塞狗洞”三个小字。碰巧税务人员来查账时，竟然发现了这三个字，就认为其中必有隐情，于是记下来向专署情报室送了一份材料。专署情报室接到关于任锡章及其仇检队员在广益昌敲诈勒索的材料后，即刻向蒋经国上报。当时，蒋经国正在大张旗鼓查处贪污，整顿政纪，树立新风。他万万没想到自己培养起来的学生却偏偏不争气，暗中在贪赃枉法。特别是“塞狗洞”三个字，犹如芒刺。他立即提笔批道：“交军法室查实严办！”
军法室很快查清了任锡章及其队员在检查仇货过程中吃请受贿，敲诈勒索等事实。蒋经国看罢查案结果，大受刺激。下令立即逮捕任锡章，予以严惩。但到底怎样严惩，蒋经国非常为难。据承办此案的蒋善初回忆，当时军法室的意见是判处任锡章15年有期徒刑。蒋经国接到案卷后，在办公室整整犹豫了四个小时，最后在案卷上批了“死刑”两个字，并让蒋善初“执行以后，好好安葬，对他的妻儿要妥善安排”。
从枪决任锡章这件事来看，蒋经国在治理赣南之初，对澄清吏治，是下了狠心的。处决任锡章使蒋经国赢得了“执法不阿”的美名，但同时也反映了蒋经国在政治上多少有些独裁专断、一意孤行的作风，常常用他个人的意志去代替法律。
处决任锡章后，公务人员的精神面貌有了较大改观。1940年12月，他还制定了第四行政区公务人员服务公约，令所有公务人员熟读牢记：一、信仰三民主义。二、服从长官命令。三、遵守政府法令。四、接近广大民众。五、尊重民众意见。六、实行自我教育。七、爱护公家物品。八、不怕死不偷懒。九、不嫖赌不贪污。十、不骄傲不招摇。十一、养成高尚人格。十二、锻炼强健身体。
活捉唐老虎
当时的赣南，绅权膨胀，政权衰微。广东军事势力、地方保安团队各立门户，各地土豪劣绅，筑堡自固，抗捐抗粮，毫无限制。“在崇义的文英墟，区署打死了一个土匪，那一个繁荣的市镇，就被土匪烧去了一大半。在定南，县长曾经被土匪劫去。在前年，安远的县长被当地强暴的老百姓捆着游街。在上犹，县长亦曾经被绑着游街。”
蒋经国认为要建设新赣南，必须打击土豪劣绅，安定地方。他警告土豪劣绅说：“我与土豪劣绅，不是你死，就是我亡，决无第二条路，你们想做人，就得听从政令，改过自新。”并正式通令：“凡阻碍政府法令的便是土劣汉奸，对于土劣汉奸应严密查办。”
“唐老虎”是安远县新田乡大财主唐立靖的绰号。唐在兄弟之间排行末尾，大家习惯叫他老满牯。百姓因恨他贪人之物，吞人之财，犹如马牯之肚，胃口很大，便有意地用谐音叫他“老马牯”。老马牯放钱放谷债，有个老行规：“钱出门加一”、“谷出门对加”。借了他的债，本加利，利滚利，本利相滚，越滚越大，一生一世也难以还清。他也知道别人还不清他的债，但他也不担心。因为凡借债的不光要写借契，言明本利若干和还期，还要用田地、房子抵当。借债人如果还不起，就将田地、房屋贱卖给他。如此，唐老虎放债越来越大，吞人财产也越来越多。他为富又不仁，成了地方的一霸。
活该唐老虎倒霉。蒋经国新官上任，正到处寻找靶子，高调打击土豪劣绅。那些被唐老虎欺压的百姓，纷纷向他告状。于是，蒋经国知道“唐老虎”，并决心为民除害。1941年的6月间，蒋经国率领十几名便衣队员，从寻乌进入与安远交界的大山林，直奔九如围，将唐立靖抓获。并将他的800块光洋，30来支土铳洋枪全部收缴，唐老虎也被带回赣州，关在天竺山上的强民工厂的牢笼里。
第二天，报纸就刊登了“蒋专员活擒唐老虎”的消息。
唐老虎被捉后，唐家央求乡间绅士和地方官员通融。两个月之后，赣南专员公署发文，对唐老虎罚款2万元法币，并警告说：“倘不如期缴纳，罚款加倍处理。”唐家收到通知后，急得像热锅上的蚂蚁。不得已，唐家将地下埋藏的光洋挖出来，另卖了几亩田地，方才将钱备齐。唐家将钱交到公署后，会计还给了唐家一张收据，写着“兹收到安远县新田乡唐立靖乐捐建设新赣南法币贰万元整”，并盖有蒋经国的大印和四方官印。钱一交清，人也就放出来了。
蒋经国在打击土匪劣绅时，也并不是一味蛮干，而是剿抚并用。他公开说：“我们对于赣南匪情的处置，很早就提出‘不用一颗子弹来消灭土匪’的口号，我们希望用政法的力量，用教育的力量来消灭土匪。‘杀’仅是一个消极办法，积极的工作还是应当如何地去教育他们，我们应当这样想，老百姓当土匪，公务人员是应当负起这个责任来的。我们对于赣南的土匪，展开政治力量，利用清乡工作，来肃清他们。”
崇义县土匪头子周盛连就是被蒋经国招安的。崇义县位于赣南西部，山多田少，税捐多如牛毛，百姓生活困苦，不少人被逼上山为匪，啸聚山林。周盛连不似一般土匪，倒像绿林好汉，常将拦路抢来的钱赈济地方穷人。蒋经国了解情况后，决心亲自去拜访周盛连，收服这股土匪。周盛连见蒋经国诚心拜访，非常感动，并热情接待了他。周盛连最后对蒋经国说：“我不是生来就要当土匪的，是地方上的贪官逼得我走上梁山，落草为寇。我做了土匪，本来你应该办我杀我，轻则坐牢，重则杀头。但你为了地方，想治好赣南，不要有人为匪，让人民安居乐业，身为蒋委员长的公子、本地专员，有福不享，却翻山越岭，亲自来找我这个坏蛋说好话。我现在保证，只要你专员在赣南一天，我就一天不做土匪，大家都为地方求个好。我说话算数，说一不二，决不做小人，当面一套，背后一套。”
蒋经国就
这样不费一枪一弹招安了周盛连及其手下的34名小土匪头子。
由于他拥有特殊的权力和锐意进取的闯劲，在一年多的时间里，使赣南原先肆意对抗政府和践踏百姓的地方恶霸势力得到遏制，并有所收敛。到1939年底，蒋经国指挥的各路警力也逮捕了2246名盗匪，处死若干重犯。“并有46个匪首，541个土匪向保安司令部自首了。”国民党中央通讯社特派新闻记者曹聚仁在报道中称赞蒋经国，说：“许多顽强的恶势力，到了他的面前，竟乃冰山立消，说来近乎奇迹。”蒋经国的强势政治，的确成效显著，省政府的政令，基本能在赣南推行了，赣南由化外之地回归为化内之地。蒋经国在赣南的“除暴安良”，也得到了赣南百姓的衷心拥护。赣南的老百姓亲切地称他为“蒋青天”。