本书试图以“道”在各个层次的展现与落实为重要线索说明《淮南子》思想的主旨。主要通过两个方面进行，一是《淮南子》对先秦道家和秦汉黄老学思想的继承和发展，二是对儒学的批判与吸收方面。前者表明了《淮南子》的思想渊源和学派归属，后者揭示了《淮南子》思想的新动向，即融合儒学和对道家进行改造和发展，这两条线索的共同目的是贯通古今和诸子，为现实政治提供合理的治世方略。《淮南子》吸收已有的思想文化资源，重视社会之道是对先秦道家之道的补充，同时亦是吸收儒家思想的主要表现，由此反映出当时的儒道关系，表现出道家思想的宽容性。这两条线索有交叉性，对道家的发展可以说在很大程度上是部分地吸收了儒家的积极思想而实现的，包括肯定和重视学习以及对政治伦理思想的摄取。
本书揭示了《淮南子》具有从社会整体考虑的文化自觉意识，这种意识体现为贯穿全书的“通”的学术观念，而“道”具有“通”的特征。道有本体之道、自然之道和社会之道等几种内涵，且后两者是前者的衍伸。“道”不仅渗透于天地人三个层次，而且《淮南子》以“道”的根源性、整体性和开放性统合了诸子学之精粹，并试图将自然、社会等各方面的知识融贯为一体，开显出了综合的形态。《淮南子》对先秦道家思想的发展不仅表现在对老庄思想的继承、验证、发展和完善方面，而且在说明现实性问题上大量地运用了儒家观念，有力地推进了儒道的融合与发展，由此构成了此书的一条重要的思想脉络。
首先概述《淮南子》及其编撰者的相关背景，再从此书所反映出来的具有“通”的学术思想把握其主旨，然后依次从自然哲学、知与道、人性与人生、治道与道治、德与道等几个方面反映“大道”在各个领域的逐层落实与表现，突显出此书以道起始，以德为归“纪纲道德”的主题和思想逻辑。如何统一天道与人道、确立政治指导思想和统一社会意识是当时《淮南子》所应解决的理论和现实问题，由此展开了对本与末、道与事、立身与治国、道与仁义法、礼与俗、自然与教化、君与臣等方面的深入探讨。使礼治与法治思想在道家的视域下得到了极大的重视，充实了道治。对此书思想源流的梳理与学派归属之间关系的分析是相互的，从中进一步把握作者所处时代的思想背景。并勾勒出西汉由黄老学向儒术独尊转型期的学术思想发展状况及其遭遇冷落的内在原因。
其次，从《淮南子》所提出的重要概念、命题及对已有的概念命题的改造和发展中把握此书的新的思想动向，如对最高范畴的“道”从多方面展示它的内涵，用道与“一”、“水”、“太一”、“气”的关系进行说明；对人性的认识和庄子式的人生态度的分析，《淮南子》多处对“无为”进行了重新界定，无为不仅是政治原则，同时又是众人立身行事的重要准则，这是与黄老学将其视为君主而不为臣所掌握的一种统治术的不同之处；分析调和儒道法三家的治国主张，对仁义礼乐的解释以及与道德关系的揭示，将《淮南子》的内在理路与当时社会的思想状况相对比，从而更清晰地反映《淮南子》的思想根源和独特的矛盾思想内涵。此外，由概念的界定与其运用之间矛盾的分析以探寻其思想认识和社会根源及学派分歧。
再次，通过纵向和横向分析展示《淮南子》的学术背景。纵向分析就是一方面将《淮南子》与老庄、黄老学进行对比分析，看出它们思想的内在联系，另一方面又将《淮南子》与《吕氏春秋》和魏晋玄学的儒道思想进行比较，分析出它们在儒道融合方面的联系与区别。由此得出儒道融合是思想发展的必然结果，是现实社会的需要在思想上的反映。横向分析上主要是将《淮南子》与《春秋繁露》进行对比，以及对同一问题的不同解释和态度，窥见儒道在当时的较为大概的发展状况和二家分歧的主要表现。此外，还可以将《淮南子》的儒家思想与《春秋繁露》的儒家思想作比较，用以了解当时儒学的发展状况，这一切对认识汉代中期后学术思潮转变的内在原因具有一定的价值。
另外，从篇章的安排和总体的评价方面分析此书总的指导思想。《原道训》、《？真训》中以“道”的生成序列说明万物产生运行的规律性，这种规律性是由道决定的，是由无到有的动力，是从人自身推及社会的过程。老子由道推向德，而《淮南子》明确表示要“纪纲道德，经纬人事”，重视道在社会层面的运用。《淮南子》不同于黄老之处在于对庄子思想的大量吸收以及对法家思想有选择的利用，较黄老视野更宽广、思想上更具有综合性。《吕氏春秋？序意》与《淮南子？要略》相比，统合程度低，且《序意》主要是就《十二纪》进行的概括与评议，而不是对全书作出的概要，更显示出编撰者个人文化层次的不同及其参与创作程度的差异。《要略》不仅对全书各篇内容及关系分别进行了介绍，而且还对此书的写作目的、当时诸子各家的产生进行了评论，认为它们是救弊的结果。将学说与现实需要紧密结合起来，以表明此书是可以为现实服务的，而且反映了将道事结合，即重自然与社会人事，改变先秦道家重天道轻人事、重理论轻现实的思想倾向。道事并重是儒道融合的总的思想体现，《道应训》就是一个道事结合的典范。“非循一迹之路，守一隅之指”表现其在大量利用已有的思想资源上，不拘一家之言，而是广采博览吸收各家思想的精华，熔铸于一体。
在研究方法上，首先是本着历史与逻辑相一致的原则。坚持论从史出，从具体材料中深入分析《淮南子》哲学思想的内涵，揭示与诸子思想的内在逻辑联系，把握其思想的渊源、继承与发展的内在理路；其次，从思想史、社会史、学术史和科技史等多维视角分析，展示其丰富的思想内涵，从广阔的社会文化背景中把握其时代特征和文化特质；再次，注重运用考古新材料，如马王堆汉简、张家山汉简、上海博物馆藏战国楚竹书，以便进一步说明和把握涉及与《淮南子》有关的思想问题。
《淮南子》作为秦汉时期对诸子思想的最后一部综合和总结的著作，其思想价值是独特的，无论是研究道家或是其他诸子思想都能从中寻到或多或少的思想资料，尤其是作为道家在汉代发展的重要成果。从对道家思想的发展以及对诸子思想的运用上，《淮南子》所体现出思想的交融和开放的文化意识对中国传统文化观念的形成具有一定的奠基作用。它不仅是哲学史、思想史研究的对象，同样还是科技史等领域研究的重要资源。