憨山大师圆寂三百一十二年之后，1934年，一位年近百岁的禅者，芒鞋锡杖来到了曹溪。他驻足在南华禅寺前，他以禅杖指山门说道：
明明曹溪路，宝林门洞开；
十方禅和子，悠悠任去来。
达此逍遥境，清虚绝尘埃……
他，就是继憨山德清之后，再次前来重兴这一禅宗圣地的近代高僧、身秉禅宗五家法脉的虚云大师。虚云大师生于1840年，十九岁出家，曾经一步一叩首，从浙江普陀山跪拜数千里，朝礼五台山；他还曾经像唐玄奘一样，只身周游尼泊尔、印度、缅甸等佛教圣地。他在扬州高昱寺坐禅开悟之后，禅行深不可测：1902年初，他隐居终南山潜修，一次入定，半月方出；1907年讲经泰国曼谷，趺坐入定九日，轰动了泰国朝野，国王、王后亲自供养，虔诚皈依……为重振宗风，续佛慧命，他老人家一生历坐十五座道场，中兴了六大祖庭，修建大小寺庙庵堂八十余处，建树卓越，影响深远，是中国近代最为杰出的禅师。
最奇妙的是，与端坐在祖师殿的憨山大师一样，虚云和尚的字也是德清！时空变幻，古、今两个德清相逢了。虚云上香说偈曰：
今德清、古德清，今古相逢换了形。
法运兴衰听时节，入林入草不曾停。
原来，虚云是憨山大师的再来主人！大菩萨为了众生，“入林入草不曾停”！
虚云大师是应民国名将李汉魂将军之请，入主曹溪的。他重修殿堂，再建梵宫，四方禅僧闻风来归，数百纳子云集祖庭。
钟板响动禅堂静，心香和月诵经声。古老的南华寺，自明末憨山之后，经历了三百多年冷落岁月，而今忽然欣欣向荣，焕发了勃勃朝气，仿佛是受到祖庭振兴的感染，不可思议的事情相继发生。
那年冬季，虚云大师在南华启建道场，有众多达官贵人前来朝贺。晚上，忽然，一只斑斓猛虎来到山门前，踞地长啸！大众震惊，一片哗然！官员的护兵拔枪欲射，被虚云大师制止了。大师独自一人从容出寺，凶猛的老虎见到他，竟然温顺得像小猫一样，乖乖地伏在台阶下。虚云为它说三皈依（皈依佛，皈依法，皈依僧），并嘱咐它隐匿深山，不可惊扰百姓。老虎像是真的听懂了，频频点头而去。自此，它每年在南华寺的地界巡视几次，那些糟蹋庄稼的狗熊、野猪吓得隐入深山，没了踪影。
南华寺九龙泉畔有古柏三株，系宋代所植，不知已经枯死多少年了。其中一棵，整个上部早已干枯并折断了，只剩下了光秃秃的树桩子。然而，那年寒冬腊月，祖庭重兴的同时，枯树忽然生发新芽，并且三株相继成活，次第长出新枝，变得绿叶葱茏，生机盎然！
虚云大师1936年春天，九十六岁的虚云大师在南华主持三坛大戒期间，驻军林国赓团长送来一只浑身雪白的野狐，请求大师为主放生。大师为主说三皈、五戒（杀、盗、淫、妄、酒）之后，放归山林。自此之后，它就像一个僧人一样，真的禁绝了荤腥。每当山林野果无法果腹之时，它便回寺里来吃素食。修建寺院的民工戏以肉块搀果饵喂它，野狐察觉后，大吐特吐，对那个恶作剧的民工怒目相向，窜入山林，数日不归。一天，村里的人们将它追逐到了一株大树上，它便抱着树梢向着寺院方向哀号。侍者告诉虚云老人，老人随即赶到，野狐一见老和尚，宛若驯犬见主，从树上一跃而下，跳到老人怀里……
后来，野狐在公路上被汽车压成重伤，匍匐不起。当老和尚前来，它犹在挣扎着将伤情展示给老人。虚云老人知其无法治愈，怜悯它的痛苦，便开示说：“这个皮袋（身体），无足留恋，你须放下，速得解脱！”狐狸会意，点首再三，呃呢三声，飘然而逝。
曹溪河流，本在南华寺前面四百多米，由于年久失修，砂石冲积，河水改道向北，直冲寺门奔腾而来，威胁到了寺院的安全。1936年春夏之际，经过勘探，计划挑筑新河，填平旧河道。新河道全程长达三千多米，需用大量人工，经费巨万。而这笔巨大的费用，是百废待兴的南华寺无论如何也承担不起的。
虚云老人不慌不忙，只是说，你们只管勘定新河道就是了。于是，人们按规划打桩、划线。正拟动工之前，农历七月二十日夜，雷雨大作，整整一夜，寺前犹如万马奔腾，群龙翻滚，百兽怒吼……等到天亮，奇迹发生了：山洪冲开了新河道，一如所勘定的界线！而旧河道，完全被砂石淤塞平了……
在虚云大师一百二十年富有传奇色彩的一生中，像这样的事情比比皆是。他老人家以大彻大悟的禅者的大智慧，顺应自然，利用自然，创造了许多在我们看来十分神秘的奇迹。其实，真正神奇的，是他由禅修而显发出来的智慧。这种智慧大大超越了我们的想象，所以就显得玄妙了。