项目融资的运作程序大致可分为五个阶段：投资决策阶段、融资决策阶段、融资结构分析阶段、融资谈判阶段、融资执行阶段。
第一阶段：投资决策。对于投资者而言，投资决策是决定是否投资一个项目的首要环节，投资决策分析的结论是投资决策的主要依据。投资决策分析的主要内容包括：对宏观经济形势的发展趋势预测，项目的行业、技术和市场分析，项目的可行性研究等。
依据投资决策分析的结论，一旦作出投资决策，下一项重要工作就是确定项目的投资结构。这里所讲的投资结构有其特定含义，是指能够最大限度地实现投资目标的项目资产所有权结构。项目的投资结构与项目融资的关系是，一个优化的项目投资结构，是成功地安排项目融资结构的必要条件。投资者在确定项目投资结构时需要考虑的因素很多，其中主要包括项目的产权形式、产品分配形式、决策程序、债务责任、现金流量控制、税务结构和会计处理等方面的内容。
第二阶段：融资决策。这一阶段的主要内容是投资者将决定采用何种融资方式为项目的开发建设筹集资金。项目建设是否采用项目融资方式主要取决于项目的贷款数量和债务责任的分担情况。如果决定采用项目融资方式筹资，投资者就应选择和聘请融资顾问，通常聘请投资银行、财务公司或者商业银行中的项目融资部门来担任。融资顾问在明确了融资的具体目标和任务要求后，开始研究和设计项目的融资结构。
第三阶段：融资结构分析。融资结构分析阶段是项目融资中的关键阶段。此阶段的内容主要有两项：其一，完成对项目风险的分析与评价，确定项目的债务承受能力和风险，设计出切实可行的融资结构和资金结构。其二，对项目的投资结构进行修正和完善。
第四阶段：融资谈判。在项目融资方案初步确定以后，项目融资进入了谈判阶段。首先，融资顾问将有选择地向商业银行或其他一些金融机构发出参加项目融资的建议书，组织银团贷款，并起草项目融资的有关文件。这些工作完成后，便可以与银行谈判。在谈判中，融资顾问、法律顾问和税务顾问将起很重要的作用，他们一方面可以使投资者在谈判中处于有利地位，保护投资者利益，另一方面又可以在谈判陷入僵局时，及时、灵活地采取有效措施，使谈判朝着有利于投资者利益的方向进行下去。
融资谈判不会一蹴而就。在谈判中，要对有关的法律文件作出修改，有时会涉及融资结构或资金来源的调整问题，有时也会对项目的投资结构作出修改，以满足贷款银团的要求。
第五阶段：融资执行。在正式签署项目融资的法律文件之后，项目融资即进入执行阶段。由项目融资特点所决定，在这一阶段，贷款银团通常将委派融资顾问为经理人，经常性地监督项目的进展情况，并根据融资文件的规定，参与部分项目的决策程序，管理和控制项目的贷款投放和部分现金流量。
按照项目的进展过程，贷款银团参与的过程可分为三个阶段，即项目建设期、试生产期和正常运行期。在项目建设期，贷款银团的经理人的主要职责是密切关注、监督项目建设的进展情况，根据资金预算和施工建设进程表安排贷款。在项目的试生产期，贷款银团经理人的主要职责是监督项目的试生产（运行）情况，将项目的实际生产成本数据及有关技术指标与融资文件上规定的相应数据与指标对比，确认项目是否已达到了融资文件规定的有关标准。在项目的正常运行期，贷款银团的经理人将按融资文件的规定，管理全部或一部分项目的现金流量，以确保按期偿还债务。除此之外，贷款银团的经理人也会参与一部分项目的生产经营决策，并经常帮助投资者加强对项目风险的控制与管理。