尤其是在大学的前3年，他更是兴之所至，除了学习解剖学、显微镜实习、生理学等专业课程以外，还学习了许多与他后来所从事的专业不甚相关的课程，如化学、矿物学、植物学等。
此外，动物学家克劳斯讲授的动物学、生物学与达尔文主义等课程，也引起了他的极大兴趣。在大学二年级时，弗洛伊德不满足于医学专业的动物学课程，还选修了动物学专业的动物学课程。
另一方面，弗洛伊德对哲学的兴趣也在不断加深。哲学这门课程即使是按照学校的规定，也只应修习两年，而弗洛伊德直到三年级时，仍然每周一次准时出现在奥地利着名哲学家、公认的意动心理学创始人、哲学教授弗朗士·布伦坦诺所开设讲座的课堂上。
布伦坦诺所倡导的意动心理学主张，精神现象是看、听、说、思维等活动，而非感、知、觉等内容。意动心理学是一种经验心理学，重视经验的观察而轻实验。这种意动心理学思想日后对弗洛伊德的影响颇大，在其着名的着作《精神分析引论》中，弗洛伊德就曾指出过：
“你们常将机体的机能和失调建立在解剖学的基础上，用物理化学来加以说明，用生物学的观点作进一步的解释，而从来不稍稍注意于精神方面的生活，不知道精神生活是复杂的有机体最后发展的结晶。”
从这番话中可以清楚地看到布伦坦诺思想的形迹。在大学的整个求学过程中，弗洛伊德似乎都与布伦坦诺密切联系，他还曾应布伦坦诺的邀请，将约翰·斯图尔特·穆勒讨论柏拉图哲学和一些社会问题的作品译成了德文。
这种在各个学科之间游荡，并且注意力不时转移的情形几乎整整持续了3年。后来，弗洛伊德自己似乎对这种学习方式有所反省：
“在大学的开始几年，我终于明白了，由于能力的性质以及所特有的局限，使我难以在年轻时急于献身的许多科学领域均未获得成功。”
在这一期，还有一件荒唐的事情发生在他的身上。就是在大学三年级的时候，他为了一场无谓的争执与他人发生了决斗，幸亏没造成什么难以收拾的后果。这也是弗洛伊德一生当中唯一的一次决斗。
在大学的这些表现固然与弗洛伊德压根儿就无意做一个济世良医有关，但另外一个原因同样不可忽视，就是入学之初弗洛伊德对于他所在大学的校园生活抱着较大的反感。
在进入维也纳大学之初，一件事时时在困扰着弗洛伊德，让他对大学生活倍感失望，那就是：大学校园中时刻都弥漫着歧视、排斥犹太人的风气。这让身为犹太人的弗洛伊德不时地感到一种压力。
其实与18世纪比起来，19世纪欧洲人歧视犹太人的心理已经有所减弱，排斥犹太人的行为也有所收敛。尤其是在维也纳这样的国际性大都市，维也纳大学这样欧洲着名的高等学府情况更要好得多，但这并不意味着这种事情不再存在。作为一个极其敏感的人，弗洛伊德对这种事自然是十分在意的，所以他也不时地感到一种若有若无的提醒：因为他是犹太人，所以就必须自觉低人一等，收敛自己，自甘于主流之外。
这些，一方面让弗洛伊德反感大学生活，甚至殃及到他对医学课程的兴趣；另一方面，却也在他的心理中酝酿着一种特立独行、我行我素的素质。
不过，这种压抑不但没有让弗洛伊德气馁退缩，反而激发了他的斗志，进一步助长了他叛逆的气质，使他习惯于批评和反动派的立场，并以此为荣，而将站立在他对面的多数人讥讽为“密集的大多数”。
或许这也正是弗洛伊德孕育出勇气和能力的契机。从这个意义上来说，福祸实在是相倚相随的。
（四）
自从二年级增加了动物学和生物学后，弗洛伊德逐渐喜欢上了生物学，每周都到克劳斯教授的实验室做10多个小时的实验。
克劳斯教授是1874年从德国的格丁根大学来到维也纳大学的，对动物学，尤其是海洋学有着较深的造诣。在来维也纳大学的第二年，他就在迪利亚斯特建立了一所动物实验站，优秀的学生可以每年到那里学习两次。
1876年初，弗洛伊德作为第一批选派的优秀学生到迪利亚斯特进行实习和海滨考察，这更加引起了他对生物学的注意和兴趣。这年秋，弗洛伊德从迪利亚斯特实习回到学校后，由于必修生理学，他便进入布吕克教授的生理研究所。在弗洛伊德一生的科学生涯中，这是一个很重要的转折点。
恩斯特·布吕克是一位身材矮小的生理学教授，但却有着超人的智慧。1849年，他从科尔斯堡大学来到维也纳大学，维也纳大学给他开出了高得惊人的薪水，并给他一套宽敞的办公室。
但是，为了进行科学研究和实验，布吕克教授却主动搬到街角的一间旧兵器作坊里。那里有一大间两小间房子，而且破旧不堪，没有自来水和煤气，用水只能自己拿水桶到外面的水井中去打。有的房间还没有窗户，光线阴暗。但布吕克教授凭借自己的聪明才智和献身精神，在这座破旧的房子里建起了中欧最具影响力的生理研究所。
他在那间大点的房间中安放了显微镜，让学生们在那里进行观察和实验；小房间用来做学生的实验室。在院子里，他还搭建了一个棚子，用来养一些实验用的小动物。
就是在这样一个陈设简陋的实验室，后来培养出了许多世界一流的科学家。
自从遇到布吕克后，弗洛伊德追求科学真理的激情开始澎湃，人生航程的目标也更加明确。他后来回忆说：
“在布吕克教授的研究所，我才找到了归宿和充分的满足，同时也找到了我应该敬慕并可奉为楷模的人。”
在生理研究所，布吕克教授不仅教给弗洛伊德脚踏实地、矢志不移，在攀登科学高峰的道路上奋力拼搏的勇气和方法，而且还将自己的学术观点和思想传递给他。
在1874年《生理学讲义》一书中，布吕克教授将一切有机物的活动，包括人的活动，都归纳为“力的吸引和排斥”。这一观点是19世纪70年代科学界很流行的观点，不仅影响着弗洛伊德的生理学研究，而且对他后来创立精神分析学的动力心理学内容，也产生了很大的影响。
布吕克教授指定弗洛伊德研究神经细胞组织学中有关神经元素的内部结构、高等动物神经系统的组成，以及与低等动物神经细胞的差别等问题。弗洛伊德研究的第一个课题，是鳝鱼的生殖腺的结构，这是自亚里士多德以来一直都没有解决的问题。
为了研究这个课题，弗洛伊德解剖了400多条鳝鱼，终于将这一研究向前推进了一步。1877年，他写出了第一篇科研论文《鳝鱼生殖腺的形态和结构》，受到了布吕克教授的称赞，随后被推荐发表到科学院学报上。
第二年，弗洛伊德又开始研究蝲蛄的神经细胞。在研究过程中，他运用当时最先进的研究手段--显微镜观察活体组织，在神经生理学史上第一次发现并论证了神经纤维的理论。对此，布吕克教授认为，这一成果“已经远远超过一名新手的水平”。
弗洛伊德在追随布吕克教授后，掌握了观察问题的基本功。为了深入研究神经纤维的基本结构，他十分注重改进研究的手段和方法。他敢于打破陈规，大胆地改进传统的实验方法。
科学的观察和实验离不开理性的支配。随着深入的不断研究，弗洛伊德也越来越感到理性思维在观察实验中的重要性。但要将二者结合起来，不仅需要从感性的直观上升到理性的抽象，还需要想象、猜测、联想等形象思维。为此，他决心在科学的海洋里大展身手，展翅翱翔。
就在这时，因奥匈帝国与沙俄争夺巴尔干半岛，德奥两国为对抗俄国在巴尔干地区的扩张，于1879年缔结了秘密军事同盟条约。为此，全国大中小学都要实行军训，所有适龄青年都必须参军。弗洛伊德作为医科院校的学生，也不得不应征入伍。
在军营中，弗洛伊德也没有浪费时间，他抽空将穆勒的名着译成了德文。在这些着作当中，有的涉及劳工问题，有的论述妇女解放和社会主义问题，有的是论述古希腊唯心主义哲学家柏拉图的哲学思想。这也让弗洛伊德有机会深入地学习柏拉图的哲学思想。
1880年退役复员后，弗洛伊德本来打算沿着神经科学这一道路当上教授，接替老师布吕克教授的班。但在19世纪，这条路是只有富家人的子弟才走得通的。家境一般的弗洛伊德只好暂时放弃了这一想法。
1881年3月，25岁的弗洛伊德以优异的成绩和研究成果获得了维也纳大学医学博士学位。8年的大学生活，他不仅为自己未来的事业打下了坚实的知识基础，还结识了许多着名的学者、朋友和同事。当他走出维也纳大学毕业典礼的会堂时，即将面临着人生道路上的一项新的选择。