同时，兵部尚书张鹤鸣将辽东十余万大军交给了王化贞统御，名誉上熊廷弼的职权在王化贞之上，实际上由他直接指挥的军队只有四千。这实在是个讽刺，熊廷弼被委以重任，其三方布阵的构思也曾经被认同，而实际上根本无法实施。王化贞急功近利的冒险战略更为朝廷看重，经略成了傀儡指挥官。
王化贞在朝廷的支持下，率广宁的官军四万，合毛文龙的两万余人，先后五次出击，却都是无功而还。熊廷弼也被迫由山海关移镇广宁前线，但已被架空。他多次要求朝廷节制王化贞，但朝廷绝大多数官员根本听不进去，反而要求王化贞不要受熊廷弼节制，而王化贞也上书朝廷，愿请兵六万，一举荡平辽东。
天启二年（1622）正月，努尔哈赤的部队突然反攻，二十日西渡辽河，包围西平堡，守将罗一贯城破被杀。王化贞听信叛将孙得功的诱骗，贸然出击决战，结果导致一场惨败。孙得功原想生擒王化贞邀功，幸亏王化贞在部将的保护下，弃广宁仓皇而逃。至大凌河畔，王化贞遇到了熊廷弼，痛哭流涕，熊廷弼则微笑着说：“六万大军，一举荡平，何至如此？”
此时熊廷弼也无回天之力。他把自己的五千兵马交王化贞带领，殿后掩护，焚烧积储后全线撤入山海关。从而，使得将广宁白白地拱手让人了。广宁之战使后金得以巩固其在辽沈地区的统治，而明朝实际上是丧失了整个辽东。
失败的消息传到北京，京师大震。广宁城的失陷不仅是大明王朝的军事悲剧之一，而且还是辽东经略熊廷弼的个人历史悲剧。
王化贞全然不知军事，想利用敌人，而反为敌人所利用，依靠间谍制敌，而反被间谍所利用，渡河决战失利之后，敌人尚百里之外而仓皇放弃广宁而逃。因广宁失守，天启二年（1622年）二月，辽东巡抚王化贞下狱待审，经略熊廷弼也被革职，打回原籍听候处理。兵部尚书张鹤鸣不久也被罢免。
之后，朝廷马上召开六部九卿科道会议，研究对辽东经略熊廷弼和广宁巡抚王化贞的处理。当时比较主流的看法是王化贞功罪相等，熊廷弼有罪无功。熊廷弼本人则不以为然，甚至主动要求入狱受审。四月，刑部尚书王纪、左都御史邹元标、大理寺卿周应秋三部共同审理此案，审理期间，熊廷弼坚持己见，态度也非常傲慢。倒是王化贞十分痛苦，痛悔自己的过失。三堂审理之后，将二人定罪入狱。
熊廷弼这样的结局，多少有点代人受过。不过，连他自己也没想到的是，他还成为了阉党魏忠贤打击杨琏、左光斗等东林党人的工具。当时民间有一本名为《辽东传》的书在市面悄悄流传，多有称颂熊廷弼的言论。于是阉党向天启帝进言：“此廷弼所作，希脱罪耳。”天启帝大怒，下令将熊廷弼立斩，传首九边。传首九边就是将熊廷弼的头颅割下来，然后从京师开始，依次传到明朝的辽东﹑宣府﹑大同﹑延绥、宁夏﹑甘肃﹑蓟州、山西﹑固原九个边城。广宁巡抚王化贞则被朝廷关进了牢狱，直至崇祯五年（1632年）才被处死。
辽东经略熊廷弼的遇害是明朝末年党争的一个缩影，而熊廷弼则成为了明末党争的牺牲品。
东林与阉党之争
提起明末党争，人们自然会想到东林党。提起东林党，人们就会想到东林书院。
东林书院创建于北宋政和元年（1111年），为当时著名学者杨时长期讲学之所。杨时，字中立，南剑州将乐（今属福建省）人。他在学术思想上以程颐、程颢为师，是二程学说的积极传播者，号称“龟山先生”。南宋初年，他被东南学者推为“程氏正宗”。杨时晚年，优游林泉，以著书讲学为事。因为杨时非常喜爱庐山“东林”景色，所以把他讲学的地方取名为东林书院。又因杨时号“龟山”，故时人亦称东林书院为“龟山书院”。杨时在东林书院讲学达18年之久，他离开后，后继乏人，书院因年久失修而荒废。
万历二十二年（1594年），吏部郎中顾宪成获罪罢官，从北京回到家乡无锡，与其弟顾允成、高攀龙等人同倡捐资在原址重兴修复东林书院，并相继主持其间，聚众讲学。顾宪成与顾允成、高攀龙、安希范、薛敷教、钱一本等八人发起东林大会，制定《东林会约》。他们服膺程朱理学，讲学必求务实，标榜气节，号召人们关心时事，为国尽力。顾宪成还亲手撰写了“风声雨声读书声声声入耳，家事国事天下事事事关心”的对联，表达了把读书、讲学同关心国事紧紧地联系在一起，为学治世的积极态度。一时间，四方读书尚学之人云集，东林书院声名远播。
东林讲学之际，正值明末社会矛盾日趋激化之时。东林书院诸人目睹朝政日益腐坏，神宗贪婪麻木、不理朝政的状况，于是顾宪成等人在“讲习之余，往往讽议朝政，裁量人物”。要求振兴吏治，开放言路，革除朝野积弊，反对权贵贪赃枉法，主张重视农工商，要求减轻赋税，垦荒屯田，兴修水利，体恤百姓，加强在辽东的军事力量，积极防御后金的进攻。东林人士这些做法，既有鲜明的学术思想见解，又有积极的政治主张，在社会上引起了强烈的反响，吸引了许多关注时政的有识之士。被贬斥的正直官吏也纷至沓来，同时还赢得了朝中一些正直官员的钦佩。因此，东林书院复兴以后不久，不仅成了一个著名的讲学中心，而且也成了一个很有影响的政治舆论中心，为世人所瞩目。而顾宪成的许多学生也走入官场，这样就形成了一股较大的政治势力。
那些反对东林书院讲学活动的当朝权贵们，则将东林书院及与之有关系或支持同情讲学的朝野人士笼统称之为“东林党”，加以攻击诋毁。同时，一些与他们政治主张不同的在京官员也按地域形成了宣党、昆党、齐党、浙党、楚党等。其中尤以宣、昆、浙党为盛。那时所谓的“党”，不同于今天的政党，而是指政治见解大致相同、在政治活动中经常结合在一起的一批人。浙党首领沈一贯、方从哲先后出任过内阁首辅；宣党首领汤宾尹、昆党首领顾天峻、齐党首领亓诗教等均占据要津。他们为巩固本派系的地位，争论吵嚷，不以国事民生为重，一意交接皇室宦官国戚，结党营私，排斥打击异党分子，尤其是声势日益浩大的东林党。东林党人也不善罢甘休，与朝廷中的腐朽势力展开了殊死的斗争，最终发展演变形成明末激烈的党争。东林书院的主讲顾宪成则以其卓越的思想气度成为东林党的精神领袖。
在泰昌帝红丸案中，东林党人大获全胜，并以其耿直刚硬、无所畏惧的品行赢得了不少大臣的尊重。随着几乎与红丸案同时发生的移宫案的进展，东林党人以扶立天启帝即位有功，受到重用。东林党人纷纷登台，布列满朝，分据内阁、吏部、都察院及科（六科）、道（十三道）各部门。一些反对党被迫引退，东林几乎遍布朝廷，东林党队伍益加庞大，势力大盛。
与此同时阉党魏忠贤的羽翼也渐丰满。
魏忠贤原名魏进忠，出身于河北肃宁（今河北河间）的一个贫寒农家。魏忠贤原为一市井无赖，大字不识，却善于钻营，他净身进宫后，很快攀上了大太监王安的关系，并结识了当时还是皇太孙的天启帝朱由校。朱由校即位后，赐魏进忠世荫，不久又晋升他为司礼监秉笔太监，兼掌东厂，改名魏忠贤。
天启帝在位期间纵容客氏、魏忠贤，任他二人胡作非为。客氏是天启帝朱由校的乳母，原名客印月，是保定府定义县民侯二之妻，18岁被选入宫中作朱由校的奶妈，朱由校对她的感情胜过自己的生母王贵妃。泰昌元年（1620年）冬，朱由校即位不久就封客氏为“奉圣夫人”，给其许多特权，享受比生母、皇后还优厚的待遇。客氏见魏忠贤身材魁梧，与之开始了对食的关系。所谓“对食”，是宫中太监和宫女相好，结成名义上的夫妻关系。客氏原来与魏朝是对食关系，现在又改恋魏忠贤。
客氏与魏忠贤很快结成同盟，成为一党，后人称为“客魏”。客魏成为了后宫不可一世的力量。王安等太监在后宫逐渐被排挤，客魏的权力覆盖了整个后宫。但魏忠贤并不满足，决心成为权倾朝野，名副其实的大太监。
天启帝朱由校在明代帝王中是颇具特色的一个皇帝，他对政事毫无兴趣，而只喜欢木匠活。据文献记载，天启帝“性至巧，多艺能，尤喜营造”，“雕镂精绝，即巧工亦莫能及”。他心灵手巧，对制造木器有极浓厚的兴趣，凡刀锯斧凿、丹青揉漆之类的木匠活，他都要亲自操作，整天与斧子、锯子、刨子打交道，而对于朝廷政务，不管不顾，成了名副其实的“木匠皇帝”。
面对这样的主子，魏忠贤当然不会错过这个良机，他常趁天启帝引绳削墨，兴趣最浓时，拿上公文请天启帝批示，这时天启帝总是厌烦地说：“朕知道了，你去照章办理就是了。”明朝旧例，凡廷臣奏本，必由皇帝御笔亲批；若是例行文书，由司礼监代拟批问，也必须写上遵阁票字样，或奉旨更改，用朱笔批，号为批红。天启帝潜心于制作木器房屋，便把上述公务一概交给了魏忠贤。魏忠贤借机以圣旨为名，大施刑罚，排斥异己，滥行赐赏，扩充势力，与朝堂上的一些文臣相勾结，逐渐将势扩展到内阁、六部和都察院。
在魏忠贤的“努力”下，其羽翼丰满，党羽林立。文臣方面有崔呈秀等五人出谋划策，号称“五虎”，武将方面有许显纯等五人负责捕杀异党，称“五彪”，此外又有所谓“十狗”“十孩”“四十孙”等等，势焰熏天。
随着东林、客魏两个水火不容的敌对势力的形成，与东林一贯不合的浙、昆、宣等党为抑制东林，也纷纷投靠魏忠贤。魏忠贤本无知识，更乏谋略，只是歹毒阴狠，而三党人物都系科考出身，颇具才能，他们的加入让魏忠贤如虎添翼。他们沆瀣一气，排斥异己，尤其将东林党人视作眼中钉，必欲除之而后快。在这种情况下，东林与客魏的对立形势迅速发生变化。
天启4年（1624年），东林党人副都御史杨涟上疏痛斥魏忠贤的二十四大罪，正式向魏忠贤下了战书。这二十四大罪每一罪都切中魏忠贤要害，激愤之情，盈荡其间。此疏一出，朝野振奋，被广为传抄，一时洛阳纸贵。东林人士纷纷上疏声援，包括叶向高、魏大中、黄尊素、袁化中等70余人都敦请天启帝斥逐魏忠贤。这标志这阉党和东林党之间的斗争，开始进入白热化、公开化、激烈化。
魏忠贤看到奏疏很是害怕，急忙召集其党魏广微、王体乾等商议。之后，又去找客氏。客氏拉了魏忠贤去见天启帝，一见面，魏忠贤便大哭不止，痛诉东林党离间他们君臣感情，为使自己与皇上分离，竟散出谣言说他参与朝政，还诱使皇上不务朝政，并乞请自行解去东厂职务，说完更是痛哭流涕、悲泣不已。客氏从旁为他辩解，王体乾也极力为他辩护。昏愚的天启帝偏听偏信，宽慰魏忠贤，下旨痛责杨涟。魏忠贤就这样逃过一劫，逍遥法外。
魏忠贤遭受这番弹劾后，对东林党人的怨恨火上浇油，决心赶尽杀绝。从这年六月中旬开始，他开始了疯狂反扑。