工部郎中万燝继杨涟之后第一个上疏攻击客魏，魏忠贤正怒火中烧无所发泄，就拿万燝开刀祭旗。他矫旨将万燝在午门前廷杖，致万燝被抬回家中不久就因伤势过重死去。中书舍人吴怀贤在家中私读杨涟的奏疏，读到激愤处，情不自禁地击节称叹，被锦衣卫侦知，逮捕入狱，活活打死。
几场报复得心应手，魏忠贤胆子越来越大，决定将身在廷臣最高位的首辅叶向高拉下马。叶向高是东林党的最主要依靠。他为人光明正大，老成持重，外圆内方，处事不像杨涟等人过于激烈。魏忠贤以叶向高的外甥、御史林汝翥鞭笞手下为名，准备逮捕林御史。林汝翥事先得知，逃到遵化，魏忠贤遂派人围住首辅叶向高的宅院大肆搜捕。明朝二百多年来，从未出现宦官围攻首辅之事。叶向高自觉受辱太甚，上疏请辞。天启帝极力挽留，魏忠贤却矫旨应允。叶向高的离职，给东林党带来重大损失，使得原本在东林和阉党之间的力量平衡迅速被打破。
叶向高倒台后，魏忠贤开始指使手下制定东林名单，准备按名单逐一捕杀。其养子崔呈秀为其作了《东林同志录》，列陈宗器等词林部院卿寺等大臣，登名造册，以供阉党抓人有依据。阉党心腹王绍微又献《东林点将录》，以水浒一百单八将为蓝本，并将《水浒传》中的梁山好汉的诨号各自加到东林人物头上。如其“首领”为“天罡星”三十六人，托塔天王李三才、及时雨叶向高、浪子钱谦益、圣手书生文震孟、大刀杨涟、智多星缪昌期等；又有“地煞星”七十二人，包括神机军师顾大章、旱地忽律游大任等。这两部名录为魏忠贤株连东林人物提供了依据。
熊廷弼与六君子
天启四年（1624年）十月，阉党核心人物、御史崔呈秀在巡按淮扬时贪赃枉法，左都御史高攀龙发现其贪贿情状，上疏弹劾，吏部尚书赵南星议处崔呈秀充军戍边。崔呈秀跑到魏忠贤那里哭诉求情。魏忠贤遂下手报复，将东林中坚赵南星、高攀龙罢职。两人的下台，让东林党失去了对吏部、都察院的控制，形势更加严峻。
十一月，魏忠贤又以杨涟、左光斗与吏部左侍郎陈于廷勾结，在推选官员时“恣肆欺瞒，大不敬，无人臣礼”为由，将杨涟、左光斗削籍。但仅仅削籍，根本不能解除魏忠贤的心头之恨。他决定兴起大狱，极力株连，将政敌东林党派一网打尽。他物色到了一个不甚起眼的小人物，决定从他身上打开缺口，这个人就是汪文言，后面有详细的介绍。
我们回过头来再说熊廷弼案。熊廷弼案当时又称“辽案”、“封疆案”。熊廷弼经略辽东，因与辽东巡抚王化贞不和，造成明军在与后金军队作战中惨败，结果丢了广宁，使辽河以西大片土地被后金攻占。封疆失守，按照当时的律例要斩首。但是，问题比较复杂，因为熊廷弼和王化贞的问题，不是两个人的问题，而是牵扯到朝廷里面阉党和东林党的党争。
对熊廷弼前后处理的过程，历时三年半的时间，开始是停职调查，接着革职回家，后来又下狱听勘，然后就论斩，最后传首九边。这个过程，恰恰是阉党和东林党之间斗争彼此消长的一个过程。
熊廷弼被下狱问斩，因为辽东失守不是他的主要的责任，所以就想方设法找人暗地疏通关节，以求能保住性命，结果就找到了时为内阁中书的汪文言。汪文言是个奇士，字士克，南直隶徽州府歙县人。他本是一名布衣，没有参加科举，用银子捐纳了一个监生身份，做了县令。他为人侠义，刚直聪慧，活动能力很强，有纵横之才。他以监生身份入京后，结交了宫中的实力派人物王安、首辅叶向高等人。由于知道汪文言与王安关系非同一般，魏忠贤杀掉王安后就剥夺其当时监生的身份，并一度把他收监。汪文言打通关节出狱，凭借昔日名声广游于朝官之间。汪文言曾用计破朝中齐、楚、浙三党，深受叶向高的赏识，破格提拔他为内阁中书。就是这么个小人物，谁也想不到魏忠贤会让他承担诬陷东林诸贤的大任。
汪文言为搭救熊廷弼，四处打通关节，最后七拐八绕，竟与魏忠贤搭上桥，并许以四万两黄金以换得熊廷弼不死。魏忠贤听闻之下甚是高兴。但熊廷弼为官清廉，“不取一文钱，不通一馈问”，就是不贪一分钱，不拿一文钱的贿赂，因此根本拿不出这么多银子。
这事如果放在别的贪官身上，拿人钱财与人消灾，不见银子不出手，也就罢了。但魏忠贤心胸狭隘，感觉被耍弄，心里大为恼恨，便打定主意要将熊廷弼处死。并又由此想出一个毒招：反诬与他有仇的东林党人接受了熊廷弼的贿赂，将他们从重治罪，以泄自己的私愤。
于是魏忠贤指使心腹梁梦怀上疏复劾汪文言，天启五年（1625）三月初五，汪文言被逮下镇抚司狱。魏忠贤指使手下五虎之一的北镇抚司许显纯严刑拷打汪文言，逼汪文言诬指杨涟受过熊廷弼的贿赂。
此前，天启四年（1624年）四月，左光斗的老乡阮大铖想谋求吏科都给事中的职位。未想赵南星、杨涟、左光斗认为其性情浮躁，难当此任，改由本党人物魏大中担任，而让阮大铖担任工科都给事中。阮大铖恼羞成怒，唆使同事、浙党人物傅櫆弹劾汪文言结纳杨涟、左光斗，谋求官位。魏忠贤认为打击东林时机已到，即刻将汪文言下诏狱，准备让他诬攀东林党人。
东林人士叶向高、左光斗、魏大中上疏反驳，认为证据不足。东林人物、御史黄尊素与掌管诏狱的镇抚司指挥使刘侨相熟，嘱咐其不要牵连他人。刘侨和东林党人一向关系不错，因而在审讯汪文言时，只将汪文言革职了事，没有牵连杨涟等人。魏忠贤对刘侨很是失望。这年冬，首辅叶向高致仕，赵南星被逐，杨涟、左光斗等削职，为完全控制镇抚司，魏忠贤将刘侨撤职，改由心腹许显纯主持镇抚司。
这次汪文言再次下狱，于是许显纯完全秉承魏忠贤意图，严刑拷打，残酷备至，欲让汪文言以移宫罪牵连杨涟、左光斗，污蔑杨、左在处理李选侍移宫时“无人臣礼”。此前，魏忠贤为污蔑东林，指使手下大翻梃击、红丸、移宫三案，指斥东林挟私报复，逼迫宫廷，原先被东林否定的浙、宣党人物和事件都被翻了过来。此时，魏忠贤又想以移宫罪处置杨、左。大理寺丞徐大化认为单以移宫罪牵涉东林党，杀之难以服众，就劝说魏忠贤说：“但坐移宫罪，则无赃可指，若坐纳杨镐、熊廷弼贿，则封疆事重，杀之有名。”魏忠贤大喜，命许显纯以“封疆案”处置。魏忠贤将杨、左等人牵涉进封疆大案，诬陷他们收受封疆大吏的贿赂，为之开脱罪责，事关国家生死存亡，性质骤变，自然成为重案。
汪文言为人是条刚烈汉子，在狱中两个多月受尽常人想像不到的刑讯，至死不攀诬诸大臣。许显纯力逼他指称杨涟受熊廷弼之贿，汪文言仰天大呼：“哎！世上岂有贪赃的杨大洪（大洪是杨涟的别号）天下人谁信！”。许显纯又逼他诬指左光斗等人，汪文言愤然回答道：“你怎能用这种手段来陷害清廉之士！我死也不会承认的。”
汪文言不承认也不要紧，许显纯自己动手撰写汪文言的“供词”。汪文言从昏迷中醒了过来，睁开眼睛，紧盯着许显纯，说道：“就算你会要奸弄巧，我将来是要与你当面对质的！”许显纯为了杀人灭口，当天就将汪文言拷打致死。然后抓住已经被打死的汪文言手指往案卷上“按手印”。
天启五年（1625年）秋，按照许显纯所伪造的供词，副都御史杨涟、金都御史左光斗，给事中魏大中、御史袁化中、太仆少卿周朝瑞、陕西副使顾大章等6人被捕入北镇抚司狱，吏部尚书赵南星等15人被撤职。
朝中群臣和民间百姓都知道这6个人的冤枉。逮捕杨涟时，几万人拥上道路为他送行。老百姓还用烧香拜佛、念经祈祷的传统方式，祝愿杨涟能活着回来。逮捕左光斗时，桐城（左光斗的家乡）的父老子弟拦住锦衣卫的马匹，痛哭流涕，声震原野。被派去执行逮捕任务的锦衣卫亲兵也被感动得流下了眼泪。逮捕魏大中时，嘉善（魏大中是嘉善人）的几千名乡亲哭着为他送行。
阉党许显纯备极楚毒，严刑拷掠诸人。杨涟等人在狱中受到五毒（械、镣、棍、拶、夹棍）备具的残酷野蛮的刑讯。一开始，他们拒不承认强加给他们的罪名。其间，左光斗对同牢的人说：“阉党杀我辈有两法，乘我等不服罪，严刑致我们死地；其二，在狱中暗害我们，慢慢报称我们是病死。不如我们现在先行认罪，执送法司，或可免于立死。”诸人觉得有理，就暂时忍辱招供，承认了受贿的罪名。魏忠贤早有准备，见他们已经屈打成招，就指使许显纯“追比”。所谓“追比”，又称“杖比”，即犯人每次受杖刑，均定出下一次交出贿银的日期，到时候交不出，又会再以大杖伺候。一般是每五日一比，犯人只能被迫说出下一次交银日期。只要吐不出所承的受贿银两数目，就会五日一刑，无休止折磨下去。于是杨涟等人继续遭受酷刑，根本没有转到司法部门处理，再求申冤昭雪的希望。
天启五年（1625年）7月26日晚间，杨涟、左光斗、魏大中三人在诏狱中被牢头叶文仲等人杀害。叶文仲等人将铁钉从耳朵钉进他们的头颅，在他们挣扎的时候，又把塞满泥土的麻袋压在他们身上直至身亡，其惨状让人不忍卒睹。为了向魏忠贤报功，许显纯用刀子剔出他们的喉骨，放在小盒子里面，作为“验明正身”的证据。不久，袁化中等人也相继被残杀。自此东林义士几尽惨死，这便是历史上有名的“东林六君子狱。
魏忠贤一伙商议：人都死在诏狱里，不好向天下百姓交代，不如移送法司定罪，用皇帝的名义公告于天下，才能使百姓无话可说。于是，刑部尚书李养正迎合魏忠贤的意旨，将六人判成死刑。魏忠贤则用“诏书”的形式公布了这一判决。
次年，魏忠贤又兴大狱，要把已罢官归乡的七位东林党人周起元、周顺昌、高攀龙、缪昌期、周宗建、李应升、黄尊素害死。高攀龙闻讯后焚香沐浴，投池自尽，其他六人被捕至京。这六位东林党人，也在狱中被残害，史称“东林后六君子”。
魏忠贤又命人编纂《三朝要典》，颠倒梃击、红丸、移宫三案是非，定东林党人王之寀、孙慎行、杨涟为三案罪首。至此，东林党人被杀逐殆尽。魏忠贤总揽内外大权，自内阁、六部至四方总督、巡抚，莫不遍置死党。
天启五年（1625年）7月，阉党以熊廷弼封疆失守和贪赃枉法等罪名将熊廷弼在北京西市斩首，并传首九边。其后，阉党当廷杖死熊廷弼姻亲、御史吴裕中。对于被害诸臣家属，魏阉党人仍不放过，继续严刑求比。据史书记载，熊廷弼死后被抄家的时候，要他儿子兆珪交出贪污的赃银30万两，结果拿不出来，被逼自杀了。熊廷弼80多岁的老母，替他这个孙子辩护，当地江夏的知县王尔玉为了讨好阉党，将其杖责40。官员和百姓无不对王尔玉为之愤慨。
杨涟、左光斗等皆惨死于阉党之手，而天启帝丝毫不觉，甚至连高官杨涟被害多日，都不知道他已死。朝廷上正人君子殆尽，政治黑暗已极，大明江山岌岌可危，天启帝就是将这样一个烂摊子留给了继位的弟弟崇祯。弥留之时，还不忘叮嘱崇祯帝要重用魏忠贤。
1628年，崇祯帝继位后，除掉了客氏及魏忠贤，铲除了阉党这个大害。崇祯帝还下诏免除对熊廷弼追赃的处罚。大学士韩爌、工部主事徐尔一等都上疏为熊廷弼申冤，崇祯帝才诏许其子将熊廷弼的尸体归葬故里。但东林党与阉党的斗争仍未停止，直到明朝灭亡。