第二，对张汶详量刑更加残酷，除了“按谋反大逆律问拟，拟以凌迟处死”外，又增加了一条“摘心致祭”。
当郑敦谨、曾国藩拟好奏结，要孙依言、袁保庆签字画押的时候，这二位拿出了杀手锏，拒绝在奏结上“书诺”签字。不过，曾国藩是何等人物，他有应对的办法。他在这个奏结上奏给朝廷当中，干脆就不提两个人曾经参与了会审一事，把朝廷蒙在鼓里。直到朝廷批复下达，会审官孙依言、袁保庆仍抗旨拒不画押，但此时这个案子已经彻底将他们排斥在外了。
由于郑敦谨之前上的密折，以及慈禧通过其他渠道对案情的了解，慈禧明白此案只能是一个糊涂案，深究无益，反而会给朝廷带来麻烦，因此她也不得不最终接受这一事实。三月二十六日，谕旨下达，以“漏网发逆，复通海盗，挟嫌泄愤，刺杀总督大员”定谳，肯定了郑、曾的奏结。
具有讽刺意味的是郑、曾在另外的夹片中使用的措辞仍然是：“该犯供词，尚属可信。”这一模棱两可前后矛盾的措辞曾是张之万、魁玉在原拟中使用的，为此清廷斥责他们，“不足以成信谳。”而今郑、曾使用，倒不为过，真可谓是人言人殊。
同治十年（1871年）四月初四，曾国藩奉旨监刑，将张文祥凌迟处死，并摘心致祭。据说用的是“鱼鳞剐”，一片片细割。张文祥的儿子也一并被杀。轰动一时的张汶详刺马案，最终拉下了帷幕。
此案完结之后，孙依言倒是不依不饶，因他是个读书人，有笔在手，可以不争一时争千秋，他在给马新贻写的神道碑铭中，慷慨激昂，秉笔直书，“贼悍且狡，非酷刑不能得实，而叛逆遗孽，刺杀我大臣，非律所有，宜以经断，用重典，使天下有所畏惧。而狱已具且结，依言遂不书诺。呜呼！依言之所以奋其愚戆为公力争，亦岂独为公一人也哉？”孙依言的文章一出，震惊朝野，舆论大哗，外界才知别有隐情。同时，对郑敦谨的声名，也是个很大的打击。
郑敦谨极爱惜自己声名，当年立志以夔、皋、伊尹为榜样，锐意进取，欲要陶铸人心，转移世风。如今却做下这种违背良心和本性的事，心情很糟糕，他本来就有难言的委屈，从结案以后，就杜门不出。钦差在办案期间，关防是要严密的，一到结案，便不妨会客应酬。而魁玉邀游清凉山，曾国藩约在后湖泛舟，郑敦谨一概辞谢，只传谕首县办差雇船，定在二月初回京复命。其实郑敦谨心里很明白，他只能以苦笑对之。
郑敦谨也不等朝廷的回复，他就自行离开了江宁。临走之前，曾国藩给他送了一些程仪。按照今天的说法，就是给点辛苦费，可这个郑敦谨是一点不收。曾国藩和司道各员送他到江边，他板着面孔，头也不回地扬帆而去。
郑敦谨并未回京交旨，他决意要离开政坛上的倾轧虞诈，不再涉足官场。于是当他走到了江苏山东交界的地方，就打发两个郎中代他回京交旨。他托故有病给朝廷写了一道奏折，意思是说他因为有病在身，不能回京复命了。钦差大臣不回京交旨，按清制是要治罪的。曾国藩觉得有点对不住这个湖南同乡，从中斡旋，京里头的恭亲王也在暗中出力，方才掩饰出去。但是郑敦谨并不领情，后来借巡视地方为名，终以有病为托词，请求开缺，并终生不再为官。
郑敦谨的两个助手回京后也悄然而失。六月，颜士璋被调到兰州，虽是给了一个没有实缺的知府，与充军流放所差无几，不久回籍赋闲。伊勒通阿，八月十九日“给全俸以养余年”也回老家去了。所有这一切，都使人们感到背后有一股强大的势力，有一双无形的手在左右着这一切。
疑案幕后
颜士璋曾写了一本《南行日记》，记述了赴宁审案的全部过程。据他的曾孙颜牧皋说，日记中写道：“刺马案与湘军有关。刺马案背后有大人物主使。”这就使得后人怀疑，马新贻被刺一案，有可能是一起政治谋杀。
湘军实际上是伴随着太平天国运动成长起来的一个政治集团。
一八五一年一月十一日，洪秀全在广西桂平县金田村率众起义，建国号“太平天国”。三月，太平军转战到武宣东乡，洪秀全正式称“天王”。一八五三年三月十九日，太平军攻克南京，改名天京，定为都城。太平天国定都天京后，为了巩固和发展胜利成果，进行了北伐和西征。一八五六年上半年，太平军又在天京外围展开了激烈的破围战，先后击破了江北大营和江南大营，在军事上达到全盛。而清军的八旗和绿营兵则节节退败，被太平军打得溃不成军。
清廷深感绿营和八旗兵已不足用，便下令各省举办团练，以助“攻剿”。清朝统治者的初衷，是把团练当作一剂应急药物来服用的，寄希望于它在国家有事时可以招之即来，天下太平时又可以挥之即去；不用担心经济上的负担，不用顾虑军事上的失控。但面对组织严密、战斗力强大、建立了牢固根据地、进退自如的太平天国起义军，传统意义上的团练只靠“保甲相连”、“坚壁清野”的老办法，已经难以发挥作用。于是曾国藩“别树一帜，改弦更张”，创办了以“忠义之气为主”的湘勇（湘军），他将办团与办练分开，着重练勇。湘军的将领主要是湘乡人，大多是封建儒生，招募身强力壮的农民为士兵，形成了书生加山农的独特体制。士兵由营官招募，每营士兵只服从营官一人，上下层层隶属，整个湘军只服从曾国藩一人，形成严格的封建隶属关系。
湘军成为镇压太平天国的主要军事力量。满清政府虽然对地方汉族武装不信任，但不得不倚重于湘军。一八六四年，曾国藩指挥湘军攻克天京，历时十四年、势力遍布十八省、攻克城池六百余座，轰轰烈烈的太平天国运动宣告失败。
随着太平军的被剿灭，湘军如日中天，成了两江之地一个最大的地方实力派。当时全国各地的优秀人才都愿意投到曾国藩麾下，幕僚多达三四百人。据野史记载，许多新科进士不愿意履朝廷之任而愿意进入两江总督幕府。曾国藩的一个手令就可以使他们千里趋之。一段时间清朝省级官员接近一半是曾国藩举荐的湘军人物。
朝廷对曾国藩也是封荫有加：领兵部尚书衔，授两江总督，以钦差大臣督办江南军务。后再封为一等毅勇侯，加太子太傅，赏双眼花翎。有清以来，汉臣从来不掌兵权，曾国藩不但拥有兵权，而且掌握地方经政事务，这在清朝是绝无仅有的。
不久朝廷借口湘军功绩彪炳，将曾国藩调任官位最高的直隶总督以示褒奖。实际上是明升暗降，真正的目的却是一方面将他调离两江，不便控制湘军，另一方面直隶在京城附近，朝廷便于对他本人进行控制。朝廷的所有举动都表现出对湘军的不信任。
当初天京被曾国荃攻破，纵湘军抢掠数天。太平天国经营十年积聚金银财宝无数，均被湘军中饱私囊。为了灭迹，曾国荃又放了一把火，大火烧了几天几夜不息。事后湘军子弟抢购土地遍及湘鄂。朝野议论纷纷，恭亲王颇有微词。当时朝廷曾让曾国藩查报太平天国国库的下落，曾国藩却说，天王府已被大大焚毁，瓦砾全无，没见到金库。这让慈禧太后心中大为不快。加之又有传言曾国藩有野心要谋取帝位，这在清廷看来，曾国藩和湘军已成为其心腹大患，必欲除之而后快。
但要动曾国藩和湘军又谈何容易，曾国藩不造反朝廷拿他也没办法；湘军势力盘根错节，实力雄厚，想要铲除也并非易事。于是朝廷派马新贻任两江总督，迅速裁撤湘军，以牵制湘军势力。另外，太平天国巨大的金银宝库不明不白，慈禧太后也不想咽下这口气，于是她同时密令马新怡暗中调查湘军攻陷天京后太平天国财宝去向。
朝廷之所以看中了马新贻，是因为他虽然起自湘军，但并不是湘军的核心人员，而且他为官十几年，没有帮派势力。清廷把无军权、无派系的马新贻安插至湘军腹地，虽然是对他的一个器重，但是在马新贻看来，这却是一个非常冒险的差事。湘军将领皆是杀人如麻的家伙，一旦清查，激怒他们，轻则杀己，重则兵变，总之没有好结果。肩负秘密使命的马新贻汗流浃背地离开了紫禁城，他预料自己此去凶多吉少，因此上任前对其弟说，若他有变绝不可以追究到底，不然全家不保。
由此看来，刺马案背后的主谋就浮出水面了，正是湘军的势力在背后起作用，高拜右也在《刺马案与湘军》中说：“刺马案，终清之亡，迄莫详其真相，实则马之死，死于湘军之嚣张气势。”
马新怡的到任是朝廷故意往湘军集团中“掺沙子”，触动了湘军集团的利益，而湘军指使张汶祥刺杀了马新贻也可看作是还朝廷以颜色。这里有着很明显的政治利害关系，因此把“张汶祥刺马案”定性为一起政治谋杀案也是不无道理的。
张汶详已死，刺马案也告一段落，但历史上关于刺马案的种种传说，却随着时间的流逝，不断地延展开来。在民间，张汶祥刺马案就有三四种说法。但无论是正史还是民间传说，刺马案终以其背景之深不可测，牵扯面之广（宫廷、刑部、兵部、督省、湘军等环节），案情之错综复杂而成为晚清一大奇案。