历史是严峻的，历史又是公正的。“大雪压青松，青松劲而韧”。邓旭初同志以坚强的革命意志和不屈不挠的精神度过了“文革”这段蹉跎岁月。
1966年伊始，似乎与往年没有任何不同，邓旭初照样平静地在主持学校工作。初春的阳光照耀着大地，给万物带来生机和活力。经历了3年自然灾害的人们逐步摆脱困境，开始以轻松的心情投入工作和生活，期盼着在新的一年里生活更加美好，党中央也在放眼未来，讨论制定第三个五年计划。
谁也没有预测到平静的生活后会有一场浩大的政治大风暴的来临。
1966年5月16日，中共中央政治局扩大会议通过了《中国共产党中央委员会通知》即《五·一六通知》，标志着一场史无前例的以政治批判和政治动乱为基本要素的“无产阶级文化大革命”正式拉开了帷幕。
6月1日，中央人民广播电台播送了北大聂元梓等人写的污蔑攻击北大党委和北京市委的大字报。6月2日，上海交大校园里开始出现大字报，全校师生声讨“三家村”，支援北大的“革命活动”，掀起了一场灾难性的“文化大革命”运动。10月，交大“造反派”包围学校总办公厅，占领会议室，控制电话，党委日常工作处于瘫痪，一批党委领导接受批斗和摧残。
邓旭初也难逃被批斗。1966年春天，邓旭初受上海市委派，为了备战，前往安徽皖南地区考察校址，准备筹建上海理工学院。他实地考察了皖南各县，走访了一些人，总算在屯溪附近的歙县雄村找到一处，认为在那里建立上海理工学院比较合适。正在此时，接到学校通知，让他尽快返校，筹备建校一事暂告结束。
此时，交大校园已闹得不可开交，当邓旭初回到学校，正逢到红卫兵的极“左”
一派“反到底兵团”冲击党委档案室，党委书记张华“很不理解”，就带着一大批中层以上干部去张春桥家“造反”，这可是埋下了天大的祸根。当时，张春桥就等于中共中央文革小组，因此，这一造反，就等于反对中央文革，照那个时候的说法，则是“炮打中央文革”。如此，首犯张华，自然罪责难逃，被“反到底兵团”批斗得死去活来。邓旭初算是胁从，再加上刚回学校，没来得及执行“横扫一切牛鬼神”的“资产阶级反动路线”，故稍予“宽大”。
1.接受审查
1967年，运动加剧。上海交大造反派分为“红师筹”和“反到底兵团”两派，“红师筹”比较温和。对于是否要坚决批斗邓旭初，红卫兵内部发生了分歧。由于邓旭初在文革初期没有执行所谓的“资产阶级反动路线、镇压群众路线的嫌疑”，他们首先认为邓旭初是革命干部，应当考虑把他作为老干部三结合人选。“反到底兵团”则认为邓旭初是“叛徒”，是“右派”，是“走资派”，是要坚决打倒的对象，不应当结合到领导班子里。两派纷纷贴出大字报表明各自的观点。不料，此时上海刮起所谓“一月革命风暴”，先是《文汇报》、再是《解放日报》夺权，受到了毛主席的肯定。如此，交大的“反到底兵团”自然也如法炮制，紧接着则是所谓“清理阶级队伍”，翻开档案一看，邓旭初历史上曾经被俘，这就是有“叛徒”的嫌疑。再加上张春桥传下话来，交大隐藏有一个“地下黑司令部”，如此，作为当时上海交大党委副书记、副校长的邓旭初，自然成了这个黑司令部的副司令，立即被揪出，接受审查。所谓“审查”，也即批斗，也即既挨骂，又挨打。1967年5月，邓旭初宁死不屈，红卫兵们四出调查，在此期间，从1967年6月起，就被“下放”到奉县农村参加夏收，监督劳动。同年，邓旭初同志的妻子——沈锐，又因在上饶集中营被敌人关了五年，于是，也被红卫兵们指控为“叛徒”。在那些年月，凡是曾经被俘、被囚，又千方百计、受苦受难重又回到党的怀抱者，而且早已经过审查，有过结论，如今却又有了“叛徒”、“内奸”、“工贼”的嫌疑，这不正是以懦夫之心，来度革命志士之腹吗？此时家中，只剩下70多岁的老岳母和三个未成年的孩子：大毛、二毛和三毛。
2.家破人亡
沈锐同志是个苦命的人，1956年交大计划迁往西安，她准备随邓旭初同去西安，于是被调到交大马列主义研究室。为了提高马列主义理论水平，1957年，她被派到中央党校学习。就在学习期间，反右派的狂风巨浪铺天盖地袭来了。
沈锐党性特别强，遇到不平事和不良现象，不管对象是谁，都敢提出自己的看法。在工作中，党的组织生活中，她称得上嫉恶如仇。1957年反右斗争扩大化，沈锐这条“女汉子”，自是在劫难逃，被打成右派。原因是：第一，对领导人不尊重。因为她曾经对某个已40多岁的领导人找了一个十六七岁姑娘做老婆，提过尖锐意见，认为这是一种不道德。第二，对工农出身的干部不尊重。第三，崇洋媚外。因她曾经讲过某些资本主义国家的商品质量比我国的好。第四，反苏。因为她对苏联军队出兵东北，把工业设备运往苏联，很有意见。事实上，对苏方这种行为有意见的，不仅普通党员，就是高层领导人中，也有许多人大有意见。
戴了“右派分子”帽子，沈锐怎么咽得下去这口气！她生性刚强，在上饶集中营敌人魔掌中，尚且从不屈服，现在怎能忍受。然而她依然对党忠心耿耿，不论在什么岗位上做什么工作，不管这工作多脏、多累，她总是咬紧牙关，苦干、实干，从不叫苦叫累……
1962年摘帽子了，要她写出书面检讨。沈锐这么个倔犟的女性，知道自己没有错，怎么写得好这份报告、这份检讨呢？邓旭初了解自己的妻子，他深知沈锐对党忠诚，也深知她蒙受冤屈，自始至终，他对沈锐在政治上没有一句怨言，一味地安慰、鼓励、同情和体贴她。于是，他从大局出发，亲自动笔为她起草报告，还百般劝解，让她要求“摘帽”。“帽子”终于摘掉了，沈锐从“戴帽右派”变成了“摘帽右派”。
摘掉“右派”分子帽子后，沈锐主动要求到中学做外语教师，即被调入黎明中学任英语教师。1966年，“文化大革命”恶浪滚滚，在抄他们家的时候，造反派抄到了1962年邓旭初为沈锐同志代笔起草的申请摘去右派帽子的报告。这成了邓旭初的一大罪名：你为右派写假检讨，骗取摘帽，你本人不也正是右派吗！造反派立即把邓旭初抓去。沈锐自然也难逃厄运，被从黎明中学揪进交大“隔离审查”。
沈锐同志作为一个贤妻、良母、孝女，这样一个在敌人枪口下从不流泪，视死如归的坚强的共产主义战士，在隔离室内，思念老母亲、孩子和丈夫，寝不安席，食不下咽，终于支持不住，病倒在地。造反派怕负责任，只好把她放回家中去。在乡下劳动的邓旭初也被批准回家照顾一下。回来后，这个家已经支离破碎。沈锐胃病愈来愈剧，疼痛难忍，心如刀绞。送她到瑞金医院门诊，医生一看，原来是个“摘帽右派”，又是“叛徒”，给“叛徒”治疗，怎么能认真。一位医生说要用封闭疗法，用大针管从腰部插进去打封闭，谁知一针插进去，血即往腹腔流，输血也无济于事，一会儿，脉搏全无，心脏随即停止了跳动。邓旭初一家，痛不失声。邓旭初还算清醒，坚决要求法医解剖，确诊死因。法医解剖的结果，却是胃部癌症，并已经多处扩散。既是癌症，又搞什么封闭疗法；搞封闭疗法，又怎么会一针送命！——在此时此地，此种政治环境、政治气氛下，一个真正的共产党人有何话可说？
邓旭初回家，准备料理后事。想找一件像样的衣服让她穿上，翻到箱底，也只有一件五成新的的卡列宁装，草草料理完丧事。一家人呜咽忍声，相看泪眼，日坐愁城。
沈锐走了，她走得那么冤，那么惨。沈锐是邓旭初岳母的独女，邓旭初该对岳母怎么说呢？怎么说也说不清，相信怎么说也得不到她老人家的理解。这场史无前例的“文革”，成千上万革命革了大半辈子的共产党人都不能理解，更何况这样的老人家。邓旭初想来想去，只有一个办法，瞒着她，暂时瞒着她，能瞒多久就瞒多久吧！
瞒，不仅自己瞒，还得动员孩子们瞒，反反复复，复复反反，也许这种年月，催孩子们早熟，父女泪眼相对，包括最小的女儿三毛，也居然理解了父亲的良苦用心。邓旭初被关押后，老太太一直闹着要见沈锐，三个孩子就骗她说沈锐调动工作去了北京，劝她先到武汉老家住一阵，等沈锐工作安定了再接她去北京。老太太在武汉住了一年，仍天天闹着要见沈锐，三个孩子骗她说沈锐在北京工作忙，没时间回来。就这样一直到老太太去世，都不知道自己女儿的真实情况。
1968年1月，张春桥煽动称“交大山高林密老虎多，交大是否存在一个地下资产阶级司令部”。造反派举办所谓的“反革命修正主义分子、走资派展览会”，对一批干部成立专案组，进行隔离“审查”，一批干部受到精神上和肉体上的残酷折磨。
3.被隔离
失去妻子带来的痛苦和心酸还没有消失，1968年初，邓旭初又被造反派拖去，被完全隔离，关在交大卫生科2楼一间破旧的房间里。造反派天天轮番逼供，百般折磨，要邓旭初承认在“皖南事变”中向国民党自首过。造反派达不到目的誓不罢休。
在邓旭初被隔离期间，造反派也没有放过他的家庭，天天进邓旭初的家中逼问三个未成年的孩子，让她们交待邓旭初的罪行。邓旭初被戴上了三顶帽子，“叛徒”、“右派”、“走资派”。为什么是“走资派”呢？因为当时他是交大党委副书记、副校长，造反派认为，这本身就意味着他在走资产阶级的教育路线。说他是右派，因为邓旭初的妻子是“右派”，邓旭初帮她翻案，还坚信她是坚定的共产主义者，所以邓旭初也是右派。说他是“叛徒”，因为邓旭初在皖南事变中曾被俘坐牢，后来和干仲儒一起逃出敌手。组织上曾对这段历史多次审查，下过结论，现在这些都不算数，又专门成立专案组审查邓旭初。专案组由四个学生组成，一个徐州的、一个福建的、一个上海的，还有一个女的。
专案组对头戴三顶“帽子”的邓旭初的审查当然不会手下留情，完全是硬逼性的。邓旭初从17岁参加革命，皖南事变后又被关进国民党反动派的监狱，受尽了敌人的虐待和折磨。为寻找新四军饱经磨难，抗美援朝英勇作战，抗击美国侵略者，表现了英勇顽强的革命气概和坚强的革命信念。无论在战场还是在寻找党组织的困惑中，无论在工作中，还是在生活上，邓旭初从来没有退缩过，没有软弱过，没有妥协过。为了革命为了党，他已把自己的生死置之度外。今天，造反派想把他屈打成招，污蔑他是叛徒、右派、走资派，让他承认错误，他坚决不答应，宁死不屈。面对造反派的逼迫，邓旭初说：“我没有向敌人自首过，宁把牢底坐穿，我也不会说自首过。”
1969年的一天，造反派又开始审问邓旭初了，说他包庇右派沈锐，说着用沈锐的镜框猛击邓旭初的头，玻璃扎进他的头皮，血流在沈锐的照片上。
第二天开批判会，看着邓旭初头上贴着白纱布，造反派心虚，不敢让他出席亮相。
不久召开“宽严”大会，邓旭初被拉到台后。工宣队长把推卸责任读成推却责任，邓旭初不禁想笑，回到隔离室，专案组立即审问他：“刚才你笑什么？”原来宽严大会之所以让邓旭初参加是为了观察他的表情。
为了审查邓旭初的“罪行”，专案组对三个关键人员余森文、何新邦、赵培德进行毒打，逼供，让他们承认邓旭初曾自首过。余森文被打得皮开肉绽，赵培德头部被打破，血流不止，何新邦会打拳，他忍无可忍地出手要和造反派对打。三位同志咬紧牙关，始终没有按造反派的需要乱供。
同被隔离的还有副校长程孝刚。一年中秋，程孝刚教授问造反派：“可否给一块月饼？”造反派指着他大声训斥。看到程孝刚那份窘态，邓旭初心中有说不出的滋味。
在邓旭初被隔离期间，造反派把邓旭初的二女儿小旋下放到浙江天台山插队劳动。女儿走之前要求见爸爸一面，造反派就把她带到专案组办公室，一旁监视着他们，听他们说些什么？看到女儿小旋，邓旭初激动万分，女儿只有14岁啊！她失去了亲爱的母亲，父亲又被关起来，现在只身去那浙江农村，怎能让人放心。邓旭初伤心地看着女儿，强忍住不让泪水流出来，他鼓励年幼的女儿坚强起来。为了不连累女儿，他无法讲些什么，只说了句：“你走吧，你父亲不是叛徒，你放心。”
女儿走了，邓旭初心情沉重地回到隔离室。造反派却不干了，大骂：“走资派，你死性不改。”说着他们抓着邓旭初的头发，狠狠地拔着。
面对邓旭初的不屈，造反派也不罢休，天天让他交待。但邓旭初心想，自己是清白的，又有什么可交待的呢？总不能说些违心的。造反派看邓旭初不招供，就每天在隔离室放些纸让他写自己的罪行。
被关起来的日子不好过，隔离室死一般的寂静，面对那黑乎乎的墙壁，他寂寞、焦虑；看着阳光每天渐渐西移的影子，他度日如年；数着窗户上爬动的小虫，他在消磨着时光；想起那么有名气的交大被削弱成这个样子，还不停地闹，把领导赶下台去，他万般无奈。他回想起短短一年家中的遭遇，与自己并肩作战的亲密战友，自己的妻子以莫须有的罪名含冤而去；70多岁的老岳母和三个未成年的孩子，相依为命，是死是活不知道；三个孩子，大的十几岁，小的才上小学啊，失去了母亲，又得不到父亲的呵护，她们怎样生活呢？家里还有没有饭呢？孩子们会不会流落街头？造反派会不会放过她们？
邓旭初已与世隔绝，什么都不知道。每个月发工资那天，邓旭初就在隔离室窗户的小缝隙前偷看，看能否看到女儿的身影。他想这天女儿势必会来学校领工资，终于有一天，他看到了大女儿小妮从卫生科前走过。此时，他激动得全身颤抖起来，目送着女儿走过的身影，内心一阵心酸。以后的日子里，他天天盼着发工资那天，只有那天，他才有可能看到自己的女儿。
猛然，他似乎又清醒了过来，自问这样的日子，何年何月才能了结？
忍受着非人的痛苦和寂寞，尽管一度使邓旭初产生“无奈”的苦闷与烦躁，却始终没能迫使他变得日益消沉而丧失信心，他相信是非总会被澄清，看来，作为一个共产党员，既要经得起敌我斗争的考验，也要经得起这种极不正常的审查。如此转念一想，他又心胸坦然，“管他东南西北风，自己是清白的，总有一天会被平反昭雪。国家要发展，交大要前进，自己要工作”。
坐在隔离室，他用造反派让他写交代材料的纸和笔，画着，画着。画马跑，画马跳，画马啸，画马仰起头来叫，画各种姿态的马。画完后就把它放好。但后来，还是被造反派发现了。这下可不得了，造反派严厉批斗邓旭初：“你不好好交代，还在交代纸上画马，成何体统。”造反派把邓旭初画的马放大，贴在上海外滩，说邓旭初想冲出隔离室，说马啸是心中鸣不平，是拒不承认错误，拒不悔改的走资派。这样一来倒好了，邓旭初的一些朋友本来找不到他，在外滩看到邓旭初画的马，才知道原来邓旭初在交大被隔离起来了。
邓旭初在昏暗的隔离室就这样天天被关着，审查，不知窗外的“风雨声”，日复一日，年复一年。