我国古代文献，特别是魏晋以前的古籍中，有相当一部分作者名不符实，内容也为后人所殽乱。对古籍作伪情况的考辨，是文献学研究的一个重要方面。焦竑在《焦氏笔乘》中有多条考辨文字，如论证《尚书》古文为汉儒伪作，《庄子》外杂篇多有假托，《史记》多为后人殽乱等。此外，还专设《伪书》一节，对诸多古书或考郡县，或考典章，或考人物，或考历法，或考辞语，论定《本草》非神农书，《山海经》非禹、益书，《三坟》非伏羲、神农、黄帝书，《三略》、《六稻》非太公书，《尔雅》非周公书，《左传》非丘明书，《汲冢》非周书，《子华子》非程本书，《苍颉篇》非李斯作，《列仙传》非刘向作。并指出：“此类甚多，或摹古书而伪作，或以己意而妄增，至使好事之流，曲为辩释，以炫其博，是皆未之深考耳。”（《焦氏笔乘》卷六）
焦竑大胆破除迷信古人的偏见，成为明代为考据学推波助澜并卓有成效的重要学者。这不仅体现于考辨伪书，还表现在纠正前人谬误之上。焦竑以为，“篇籍遗文，世所常引，或不考其原而迷沿瞽袭，恬不知寤；亦或粗挟时名著述自见者，轻摇笔端，动多讹舛。”（《澹园集》卷十六《常谈考误序》）因而要注重对前人失误的考证。《焦氏笔乘》中有大量纠谬的内容。如卷二《徐广注误》一节中说：
《史记》：“汉文帝二年十一月晦，日有食之。十二月望，日又食。”下“日”当作“月”，刊本误耳。徐广以为：“‘望，日又食’，《汉书》及《五行传》皆无此文。一本作‘月食’，然月食《史》所不记。”此不通天文故也。盖日食必于朔，月食必于望。时以晦既日食，望又月食，不半月而天变两见，故于望日下诏书修省。而诏止云乃“十一月晦，日有食之”，则因感月食之变，而益谨日食之戒故也。
这是以天文知识判定前人之误。再如卷一《赤族》云：
赤族，言尽杀无遗类也。《汉书注》以为“流血丹其族者”，大谬。古人谓空尽无物曰赤，如“赤地千里”，《南史》称“其家赤贫”是也。
这是探究词义认定前人之误。另外《焦氏笔乘续集》卷五《牺罇》、《谷璧》、《黼扆》等节，则以古器物知识纠正了《三礼图》之谬。这些都显示了焦竑考据的功力和见识。
2.注疏注重博采众说
古代文献流传久远，随着时间的推移，前人著作的意义不经注释就难以明了，因而传注是文献研究必不可少的内容。焦竑在研究古代文献时，也做了大量的注释工作。其主要著作有《老子翼》、《庄子翼》、《新刻七二十朝四书人物考注释》等。
焦竑认为：“道非一圣人所能究，前者开之，后者推之，略者广之，微者阐之，而其理始著。”（《澹园续集》卷一《刻两苏经解序》）因而在注疏工作中注重博采众说，兼收并蓄，以利于进行全面的研究。例如，焦竑编撰《老子翼》，穷搜博采，“辑韩非以下解《老子》者六十四家，而附以竑之《笔乘》，共成六十五家。各采其精语，裒为一书。”而且“所采诸说，大抵取诸道藏，多非世所常行之本。竑之去取，亦特精审。”（《四库全书总目》卷一四六《子部？道家类》）此外，第七卷《附录》汇集了《史记？老子列传》、隋薛道衡《老子庙碑》等三十多种文献资料中有关老子的记述，提供了丰富的研究材料。又因为“古书传世，为人所窜易者多矣，《老子》尤甚”（《老子翼？考异序》），焦竑又专设《考异》一卷，罗列异文三百六十余处，以供学者参考。《老子翼》真可谓明朝以前研究《老子》的集大成著作。再如《庄子翼》，“前列所载书目，自郭象注以下凡二十二家。旁引他说互相发明者，自支遁以下凡十六家。又章句音义自郭象以下凡十一家。”（《四库全书总目》卷一四六《子部？道家类》）另有《庄子阙误》一卷，《附录》一卷，汇集了有关庄子的资料。这也体现了焦竑博采的精神。
三.注重文献目录研究
目录对于整理古籍文献至关重要，大凡文献学家都很重视文献目录的研究。焦竑当然并不例外，他在目录研究方面也取得了显著成绩。
1.编撰《国史经籍志》
《国史经籍志》共六卷，首列制书类，次分经、史、子、集各自为卷，末附《纠谬》一卷，是焦竑参与编修国史时独立完成的一部目录学著作。限于当时的历史条件，该书远承郑樵《通志？艺文略》，采用通记古今存佚之书的方法编撰而成，但仍名之曰《国史经籍志》，有名实相乖之弊。加之有些书目考订不精，受到《四库全书总目》编者的讥评。但是，平心而论，《国史经籍志》得远大于失，是研究明代文献发展史绝不可缺失的重要目录。
焦竑认为，书籍划分类例犹如用兵布局，“部分不明则兵乱，类例不立则书亡”。（《国史经籍志》卷三《史类？簿录序》）因而他十分注重类例的部分，其具体见解在《国史经籍志》中有集中的反映。《国史经籍志》基本沿用荀勖四部分类法，只是多设《制书》一类，以便收录御制书籍及中宫著作，反映了焦竑注重当朝，敢于变革传统类目的精神。四部之下分为49大类，大类之下又多设三级类目。其中经部的易、书、诗、春秋、礼、乐、孝经、杂史、起居注、食货、仪注、法令、传记、地理、谱牒、簿录类，子部的道家、释家、兵家、天文家（附历数）、五行家、医家、艺术家类，集部的别集之下，又共设342小类。这些细目除少数有过繁之嫌（如五行家下设28小类），大部设置较为合理，且不乏别出心裁之处。如经部春秋类单列“石经”小类，子部艺术类另设“啸”小类，均为焦氏新设类目。此外，在二级类目之后大都撰有后序，加开篇总序，共50篇序论，较系统地说明了文献流传的情况，阐述了焦竑对类例划分的观点，对于我们了解古今学术源流和概况，具有较高的参考价值。
特别是《纠谬》一卷，意在驳正《汉书》、《隋书》、《唐书》、《宋史》诸艺文志，以及《崇文总目》、郑樵《通志？艺文略》、晁公武《郡斋读书志》、马端临《文献通考？经籍考》诸家分门之误，内容丰富，甚有见地。如《尔雅》为训诂之书，而《汉书？艺文志》和《隋书？经籍志》分别入“孝经”和“论语”类，焦竑改入“小学”，诚为允当。再如《钱谱》，《唐志》列入“农家”，《崇文总目》入“小说家”，马氏《经籍考》入“故事”，而焦竑依书籍内容分类改入“食货”，说明其见解确有高出前人之处。
2.其他目录工作
除了《国史经籍志》专著外，焦竑还做了不少零星的目录整理工作。仅《焦氏笔乘》就有十余节有关书目的文字。如《<史通>所载书目》一节列出《史通》涉及书籍146种；《<世说>注所载书目》一节又在《史通》所见书目之外列出67种。又如《夏英公字书》节列出夏氏《集古篆韵》所引书目89种，《杨用修字书目》节列出杨氏闻见字书93种。《英公、用修有闻见字书目其未备者辄疏于此》又列出字书183种。这些书目所罗列的古籍，有不少并未著录于《国史经籍志》，因而具有独立存在的价值。
四.大力收集、整理古今文献
焦竑认为：“古今良史，多资故典会萃成书，未有无因而作者。”（《澹园集》卷五《修史条陈四事议》）因而，对文献史料的收集、整理工作十分重视，并取得了巨大的成就。
1.建议购求图书资料
焦竑受陈于陛荐举参与编修国史时，曾上奏《修史条陈四事议》，其中有“书籍之当议”一条，表达了关于收集图书资料的意见。焦竑认为，“金匮石室之中当备有载籍，以称昭代右文之治”，可是当时的状况却令人极不满意。正如他所说：“臣向从多士之后，读中秘之书，见散失甚多，存者无几。籍令班马名流，何以籍手？”于是建议朝廷仿照永乐初年购求遗书的作法，进行一次全国性的图书收集工作。至于收集工作如何进行，焦竑在奏议中提出了十分具体的建议：
责成省直提学官加意寻访。见今板行者，各印送二部。但有藏书故家愿以古书献者，官给以值；不愿者，亦钞写二部。一贮翰林院，一贮国子监，以待纂修诵读之用。即以所得多寡为提学官之殿最。书到置立簿籍，不时稽查，放失如前者，罪之不贷。此不但史学有资，而于圣世文明之化未必无补。
焦竑此议，当时虽然未能大获成效，但是可反映出他重视收集文献资料的卓越见识。
2.推动图书编辑刊行
焦竑不仅倡导收集文献资料，而且身体力行，尽力推动图书的编辑刊行。焦竑的文章结构严谨，句法缜密，文思流畅，在明代文坛富有盛名，当时文人绅士多以获得焦竑一传一文一序为荣。焦竑也借机大力推动各种书籍资料的编印。仅就《澹园集》、《澹园续集》所载序文而言，焦竑即为百余种书籍资料作过序，这肯定有助于文献的流行。
焦竑自己也做了大量编辑文献并加以刊行的工作，除了上文已提到的焦氏著作外，还有《中原文献》、《京学志》、《两汉萃宝评林》、《刻宋郑一拂先生祠录》等多种。由于焦竑学识广博，所辑文献内容丰富，且极有价值。如明代大学者杨慎逝世后，焦竑精心搜罗杨氏零散著述，汇编而成《升庵外集》百卷。该书内容涉及天文、地理、人物、器用、饮食、典籍、杂著、语言、文字、动物、植物等诸多方面，均为杨慎记述掌故、考证事实的研究成果，幸赖焦竑编辑刊印才使得这些珍贵资料免于散佚。
3.撰辑《献征录》
焦竑进行的大量文献资料汇辑工作中，最受推崇的著作是《献征录》。
《献征录》亦称《国朝献征录》，凡一百二十卷，收集明初至嘉靖二百年间三千余人的传记、行状、墓志铭、神道碑等基本史料，编成一部多达四百余万言的煌煌巨帙。焦竑主张，史载人物“当贵贱并列，不必以位为断”；“善恶并列，不必以人为断”（《澹园集》卷五《修史条陈四事议》）因而，《献征录》“举一代王侯将相、贤士大夫、山林瓢衲之迹，巨细毕收”（《献征录？顾起元序》），内容极为丰富。“此录出而一代之人材政事如指诸掌，览者资之为政鉴，作者资之为史材。”当时“学士大夫向往此书，借观至于简渝传写，为之纸贵。”（同前）清初史学家万斯同曾经对明代史学成果进行过评述。他在《石园文集》卷七《寄范笔山书》中指出：遍览有明一代诸家纪事之书，无一足满人意；惟有焦竑《献征录》一书，搜采最广，自大臣以至郡邑吏，莫不有传，欲撰修明史可备采择者，仅此一书。万氏的意见足可说明《献征录》具有十分重要的史学地位。
当代海外研究中国历史的学者，也对《献征录》倍加赞誉。如日本学者和田清认为，《献征录》可补正史之不足，并根据《献征录》的史料，证明《明史》所载明成祖起兵靖难，挟兀良哈三卫胡骑南征，是不可信的俗说。德国学者傅吾康也曾在研究明代史籍后，提出重印《献征录》是明史研究最急切的工作。（参见台湾学生书局1965年版《国朝献征录》卷首，黄彰健《国朝献征录影印本序》）台湾学生书局与上海书店分别于1965年、1987年影印出版了《献征录》，可谓明史研究的一件幸事。
4.编写《玉堂丛语》
焦竑汇辑文献资料的成果中，《玉堂丛语》也是一部值得特别提及的著作。
《玉堂丛语》八卷，体裁模仿《世说新语》，划分五十四类，分条胪载明初至万历年间的翰林人物及其他名人事迹。书中材料来源有三。其一，是作者亲身耳闻目睹的记录。其二，采自有关人物的传状、碑铭、年谱。其三，摘自文集、笔记和杂著，凡引资料均注明出处。所引书籍六十余种，其中十余种原书已经亡佚，这部分材料全靠此书才得以保存。明代顾起元在《玉堂丛语序》中，赞扬此书“义例精而权量审，闻见博而取舍严”，史料价值颇高。郭一鄂《玉堂丛语序》也说：“该书体裁仍之《世说》，区分准以《类林》，而中所取裁抽扬，宛然成馆阁诸君子一小史然。”
《玉堂丛语》主要记载翰林人物言行，而实际叙述却远远超出此限。书中有名有姓的人物即五百有余，上自封建帝王及中央六部等各衙门官员，下至知府、知县等大小官吏，均有涉及。其内容包括政治、经济、礼仪、文化、宗教、天文以至中外交通等诸多方面，甚为丰富。清朝编修《明史》时，也吸收了《玉堂丛语》的许多内容。不过，《明史》编修时按照封建统治者的思想和要求取材，把许多具体的、反映历史真实的材料删去了，而在《玉堂丛语》中却多有留存。因此，该书所记内容有不少可弥补《明史》之缺。如《明史》卷七《成祖本纪》与《玉堂丛语》卷四《调护》，均记有明成祖死于榆木川后秘不发丧，收集军中锡器镕为殓具，载以龙舆，“朝夕上膳如常仪”的情况。但在《玉堂丛语》记载中却多出了“锡工尽除，以灭其迹”的内容。这一情节可能在修《明史》时，为掩盖统治者的暴行而删除了，幸赖《玉堂丛语》的载录才使后人对当时实况有了较多的了解。再如，一度执掌朝政大权的首府张居正，曾归葬父亲。他在路途的所作所为《明史》一字不载，《玉堂丛语》卷八《汰侈》却对其奢侈排场的情况作了具体记载。这些都说明《玉堂丛语》是研究明史不可忽略的一部重要著作。
焦竑关于文献学方面的主张及成就还可举出数端，限于篇幅，不再论述。
综上所述，完全可以得出这样的结论：焦竑是明代一位成就卓著的文献学家，在中国文献学发展史上也占有重要地位。
（原载《历史文献研究》北京新五辑，北京师范大学出版社1994年9月出版）