李世民觉得很有道理，下令收兵。贞观元年十月，李世民按魏徵的建议，派员外散骑侍郎李公掩持旌节往岭南慰问冯盎，冯盎则让他的儿子冯智戴随着使臣返回朝廷表示效忠唐朝。李世民高兴地说：魏徵让我派遣一个使者，岭南就得以安定，胜过十万大军的作用，不能不加赏。于是赐给魏徵绢帛五百匹。
任何有才能的人都会遭到嫉妒。魏徵不是秦王府出身，也没有李靖那样的功劳，但官儿升得快，还深得李世民的器重，自然会有官员看不顺眼，就联名告发他偏袒自己的亲属。李世民派御史大夫温彦博调查处理此事。温彦博调查了很久，也没有发现魏徵有偏袒亲属的行为，就如实向李世民汇报。李世民好奇地问：为什么那么多人都告魏徵的状呢？温彦博回复说：魏徵虽然没有偏袒亲属，但他在这个位置上就应该疏远亲戚避嫌。而且，魏徵仗着陛下的恩宠，说话办事不讲究方法，容易得罪人，所以请陛下命他以后办事要谨慎一些，言行也要检点才好。李世民同意，让温彦博传了这个旨意。魏徵听了后却不买账，在一次上朝时突然说道：臣听说君主与臣下是一体的，应该彼此竭诚相待。如果在具体办事过程中上下都一团和气，你好我好大家好，不得罪人，那么国家的兴亡就难以预料了，臣不敢接受陛下要臣谨小慎微的诏令。
李世民没料到魏徵拿这事儿开炮，吃了一惊，随后说：行了，这事朕后悔了，收回成命就是。魏徵却不依不饶，拜了两拜说：臣很荣幸能为陛下做事，愿陛下让臣做良臣，不要让臣做忠臣。李世民问：忠臣和良臣有什么区别？魏徵正颜回答说：后稷、契、皋陶，君臣齐心合力，共享荣耀，这是良臣；龙逄、比干犯颜直谏，身死国亡，这是忠臣。李世民又问：君主如何做称为明，如何做称为暗？魏徵答道：能听取各方面的意见，就是明；偏听偏信，就是暗。从前尧帝体恤下情，详细询问民间疾苦，所以能够知道有苗的恶行；舜帝目明能远视四方，耳聪能远听四方，所以共工、鲧、兜不能掩匿罪过。秦二世偏信赵高，造成望夷宫的灾祸；梁武帝偏信朱异，招来台城的羞辱；隋炀帝偏信虞世基，导致彭城阁的变故。所以君主善于听取各方面意见，则亲贵大臣就无法阻塞言路，下情也就得以上达。李世民听后十分高兴，又赐给他绢帛五百匹。
从这些事中不难看出，李世民当上皇帝后想树立一个明君的形象，因此要找到一面镜子才行。恰好，魏徵才学出众，博通经史，又是前太子那边归附过来的人，用他给自己挑刺儿，而自己闻过则改，最能说明问题。
5
贞观三年春，李世民调整了高层班子，以房玄龄为尚书左仆射，杜如晦为尚书右仆射，以尚书右丞魏徵兼任秘书监，参预朝政。魏徵向皇帝进言，不仅在大事上看得清，而且对人的性情也有洞见。当时的治书侍御史（正四品下）权万纪是个很有心机的人。李世民命尚书左仆射房玄龄、侍中王珪对朝廷内外的官吏进行考核，等考核完了，权万纪上奏称有不公之处。李世民就命亲信大臣侯君集重新查验。这一诏令还没发出，魏徵就找李世民劝谏说不妥。李世民说，你平时总是劝朕凡事要查个水落石出，这次为什么要阻止呢？魏徵说，房、王素以忠诚正直为陛下所信任，所考核的官吏有好几百人，中间哪能没有一两个考核失当的，权万纪在考核的过程中一直在考堂办事，当时为什么没有任何驳正，而等到考核完了才出来告状，很明显是想激怒陛下惩处房、王等大臣，并非竭诚为国。现在，陛下派侯君集再去核查这件事，如果真有失当之处，陛下该如何处置房、王二人？如果没有，则更伤房、王二人之心。陛下既然信任房、王，他们又尽心办事，所有被核查的官吏都没有向陛下上诉，而权万纪却站出来弹劾，明显有私心，陛下不可不察。李世民听了，放下此事不再过问。后来，权万纪当了李世民的儿子李恪的长史，李恪犯事后李世民怪他没有教好儿子，削了他的封户；后来，李世民又派权万纪去当儿子李祐的长史，暴躁的李祐把权万纪射杀肢解了。
也许，有人会认为权万纪告房玄龄、王珪考核干部就应该重新核查，这就如同今天的单位里有人向老板告状一样。但聪明的老板决不会偏听偏信，而是会综合各方的意见再行考量。来说是非者，必是是非人。如果董事长总是不信任总经理或执行副总等高层管理人员，派人调查，那么必然导致上下离心，公司早晚会散摊子。很多企业不是败在产品的研发和市场的开拓上，而是坏在人心的猜忌上。用人不疑，疑人不用，确为常理。
在中国，一人得道鸡犬升天的事比比皆是。李世民当了皇帝后，以前秦王府的僚属，只要有点才能的都当了官。濮州刺史庞相寿仗着出身秦王府，贪污公款，被解除了职务。庞相寿哭哭啼啼，求主子网开一面。李世民怜惜他，欲让他官复原职。魏徵知道后马上劝谏说，陛下不能开这个口子！秦府旧属在朝廷内外当官的很多，我担心每个人都仗恃您的偏袒，而让那些真正行为端正的人恐惧。李世民欣然采纳他的意见，对庞相寿说：朕从前为秦王，乃是一个王府的主人，现在身居皇位，乃是天下人的君主，不能单单偏护秦王府的人。大臣的意见都这样，朕怎么能违背呢？庞相寿只得流着泪离去。
贞观四年（公元630年），李靖平定突厥之后，大唐面临如何安置突厥人的问题。这是一个非常棘手的问题：如果任由其在本部落发展，将来还会为患；如果迁到中原地区来，必给中原百姓带来负担。多数的朝臣认为，应当把突厥人全部迁到中原地区，让他们分散居住在各个州县，教他们耕种织布，将他们转化为农民，使塞北地区永远空旷无人，就不会发生战事了。
魏徵的看法则不一样，他认为，突厥世代为牧，历代都劫掠烧杀中原和北方的百姓，陛下因为他们投降归附，不忍心将他们全部杀掉，应当将他们放归故土，不能留在大唐境内。戎狄人面兽心，力量削弱则请求归服，强盛则重又叛乱，这是其本性。现在投降的将近十万家，几年之后，发展到几倍之多，必是心腹大患，后悔都来不及。西晋初年胡族与汉民在中原混居在一起，郭钦、江统都劝晋武帝将胡族驱逐出塞外，以杜绝由此产生祸乱，晋武帝不听。此后二十余年，伊水、洛水之间，遂为北方戎狄聚居之地，后来的五胡十六国把华夏大地搞得千疮百孔，此乃前代的明鉴！
中书令温彦博争辩说，君王对于天地万物，事无巨细，都要有所包容。现在突厥困窘，前来归附大唐，为什么抛弃而不予接受，只要设置州府合理安置他们就应该无妨。孔子说：对于教化对象不应区分亲疏贵贱。如果拯救他们于将亡之际，教他们生产生活、仁义礼教，几年之后全都变成大唐子民。选择他们的部落首领，使其入朝充任宿卫官兵，畏惧皇威留恋皇恩，有什么后患呢！李世民最后采纳温彦博的策略安置突厥投降的民众，东起幽州，西至灵州，划分突利可汗原来统属之地，设置顺、佑、化、长四州都督府；又划分颉利之地为六州，东面设定襄都督府，西边置云中都督府，以统治其民众。
李世民主政后几乎对魏徵言听计从，这次是一个例外。当时李世民是“天可汗”，想做天下人的君主，因此采纳了温彦博的建议，在当时是比较适当的处置方法，而且魏徵的确没拿出更好的策略来。下朝后，与魏徵走得比较近的大臣问他，玄成为什么要提大家都不赞成的意见？魏徵说：我为陛下提建议都是公心。现在看来这种处置办法是好的，那是因为我朝有陛下这样文武兼备的英主，还有李靖、李勣这样的名将，震得住胡人。倘若后世的君主不及当今主上，又没有二李统兵，变乱是一定会发生的。
魏徵这一见识，在后世果然应验。“安史之乱”看似是当时的李隆基怠政所致，然而追根溯源是李世民制定的这一政策埋下了隐患。“安史之乱”后唐王朝自盛而衰，一蹶不振，主因是藩镇制度的问题，而藩镇制度追根溯源是起于突厥汗国灭亡后的安置方略，给胡人首领后来反叛搭建了温床。
在外交方面，魏徵的想法更切实际。当时西域的高昌王麴文泰来朝，西域各国都想跟着麴文泰派遣使节到长安进献贡品，李世民被“天可汗”的头衔冲昏了头脑，准备大办此事。魏徵劝谏道：从前汉光武帝不允许西域诸王送王子入朝侍奉和设置都护府，认为不应当以蛮夷劳顿中原帝国。如今天下刚刚平定，先前麴文泰来朝时已耗费很多，如今假如有十国来进贡，则随从不少于一千人，边区民众耗费过大难以承担。如果允许他们商人间相互往来，与边区百姓互市贸易，对各国都有好处。如以宾客接待，对我大唐没有好处。当时，大唐派出的使者已经出发，李世民听了魏徵的话，急令人阻止，允许互市贸易。