在此关键时刻，为了加强统一指挥，完成围歼德国法西斯的伟大历史使命，艾森豪威尔正式接管了布莱德雷和蒙哥马利两个集团军群的最高指挥权。为了安抚蒙哥马利，英国任命他为陆军元帅。但是，艾森豪威尔马上遇到了极大的困难。首先，蒙哥马利在军事指挥等问题上一向喜欢自行其是，大局观念淡薄，而且常常不买艾森豪威尔的账。其次，艾森豪威尔的司令部所在地格朗维尔距前线甚远，指挥起来有鞭长莫及之感，而且司令部尚未建立起完善的通讯系统。而第三个问题是最令他头痛的，蒙哥马利和布莱德雷两个对立的计划之间的矛盾冲突已经白热化了。
蒙哥马利主张，盟军主力部队集中从北路挺进，先攻夺亚眠一布鲁塞尔一线，最终夺占鲁尔工业区。这实际上是他的“一路突击”方案的翻版，这意味着要完全放弃南路巴顿部队的进攻。而布莱德雷则仍主张“两路突击”，因此巴顿的第3集团军是主攻部队，英军则应从侧翼给予支持。
这不仅仅是个军事问题，其中夹杂着一些复杂的政治因素，牵涉到美英两国军队的荣誉和领导权问题，而且还暗含着另一个重要问题——物资供应，这在当时已经成为压倒一切的最迫切的问题。如果谁的方案占了上风，谁就会得到物资供应上的优先权，从而实际上获得军事领导权和无上的荣誉。因为，盟军的后勤保障系统此时已经陷入了空前的危机，不能保证盟军所需物资全部、及时到位。由于盟军以前所未有的速度推进，提前11天到达塞纳河一线，使战线突然大大拉长，而原计划充分加以利用的布列塔尼各海港又未能发挥作用，致使后勤系统完全陷于混乱。特别是巴黎提前获得解放，给盟军增加了一个沉重的负担。据统计，后勤部门每天要向巴黎提供1500吨物品，向盟军部队提供1．5万吨物资。由于法国的铁路系统已经盟军在欧洲大陆的战线逐渐延长，后勤供应得不到保障。巴顿的第3集团军一天需要45万加仑汽油，但每天只能空运1．2万加仑。图为C-47运输机向巴顿部队运送罐装汽油。瘫痪，根据巴顿的建议，盟军采取了“红球快车”行动——组织数千辆民用卡车往返于诺曼底和前线之间运输物资，并动用空军部队进行紧急空运。前线部队最急需的物资是汽油，每天的耗油量常常达到数百万加仑。此时，盟军已建成了横跨海峡的输油管线，把充足的汽油运送到了欧洲大陆，但要把这么多汽油运到前线则困难重重。“红球快车”不能完全解决这一问题。由于大批飞机被用来实施空降，也直接影响了空运汽油的行动。
为了兜售“一路突击”计划，蒙哥马利自8月17日以来就利用各种手段试图说服艾森豪威尔，其中包括指使他的下属到处游说，给艾森豪威尔施加压力。英方列举的主要理由是：“一路突击”能迅速夺取鲁尔工业区，一举断绝德国人的煤、铁供应；由于德军在北路的防线已受到重创，北路进军将不会遇到剧烈的抵抗，而且还能迅速摧毁德国的导弹基地，使英国免遭空袭之苦。蒙哥马利用一句话说明了他的计划的好处：“一路突击”将会给德国人造成更大混乱，加速战争的胜利。
布莱德雷主张“两路突击”的理由从表面上看似乎不如蒙哥马利那样充分，但却更能打动艾森豪威尔的心。布莱德雷认为，将主攻方向置于英国人一侧，而让美军充当配角，将会刺伤美国人民的感情。因为此时，美国不仅在战争物资的供应和重武器的配备方面都占据了绝对的优势，而且驻法美军的数量已经大大超过了英军。如果采取“一路突击”方案，大部分美军将会被置于无用武之地，这对于为战争做出了最大贡献的美国来说是极不公平的，必将引起美国军政界和公众舆论的愤怒。况且，“两路突击”将会增加战役的成功率，这是一个最没有风险的计划。
在这场争论中，巴顿继续处于一种微妙的境地。从内心深处，巴顿是“一路突击”论者，因为他一向讨厌布莱德雷那种四平八稳的作风，认为单一方向的推进对盟军更为有利，对德军的打击更沉重，前进的速度也更快。但他认为，突击的方向应该在南路，因为南路的敌军力量薄弱，路段平坦，便于装甲部队大规模快速突进德国腹地，围歼德军主力。而且他是美国最著名的坦克战专家，大刀阔斧地快速进攻是他的拿手好戏，这是举世公认的事实。
平心而论，艾森豪威尔是赞同布莱德雷的方案的，他曾公开表态支持“两路突击”计划。但最后，在蒙哥马利软硬兼施的游说和要挟之下，出于对大局的考虑，他终于又倒向了蒙哥马利的“一路突击”主张，但他做了一些调和。8月29日，他下令由蒙哥马利在北路承当主攻任务，同时允许美军向默兹一马恩河一线出击。这一命令看似公允，实际上对巴顿来说是极不公平的，它意味着蒙哥马利得到了后勤供给（特别是汽油）的优先权，而巴顿的第3集团军的供应却一下子被削减了一大半，他的汽油供应则毫无保障，单凭这点供给足不可能发动大规模攻势的。
巴顿简直怒不可遏，因为他的进攻计划将会由于严重缺油而成为一纸空文。
8月30日，第3集团军只得到了3．2万加仑汽油——要知道，当时一个军前进十几千米就需要2～3万加仑汽油。由于汽油严重不足，参谋长加菲不得不命令第12军在进军康麦斯的途中停止前进。巴顿听到这一消息后十分生气，他亲自给第12军军长埃迪打电话，命令他“继续向默兹河前进，直到油干滴尽，然后步行前进！”
此时巴顿认为，盟军最高司令部是有意不给他汽油，以防止他快速推进。巴顿的怀疑不无道理。在这一时期，盟军司令部已经把分配汽油指标作为控制下属活动的一种手段，以防止他们各行其是。艾森豪威尔正在以实际行动支持“一路突击”计划的实施，防止巴顿过早地通过“西墙”进入德国腹地。
等待上级的配给看来是毫无希望了，如何解决汽油问题呢？巴顿心中有数。此时他想起了一个人。
自从参加第二次世界大战以来，由于战斗激烈，部队调动频繁，巴顿的部下换了一茬又一茬，但是他的后勤处长始终是一个人——沃勒尔·马勒，一个坚毅而机敏的后勤军官。
沃勒尔·马勒，自从1941年在本宁堡担任了巴顿装甲军的后勤处长后，一直追随巴顿，转战非洲和欧洲。马勒被行家公认为是一位传奇式的后勤军官，“是整个欧洲战区最会捞取物资的后勤处长”。早在战役开始之初，马勒就预见到部队的用油量将会剧增，因此，在大量收集各种物资的同时，他想尽一切办法，尽量多地收集和储备汽油。由于马勒的努力，第3集团军往往能在物资分配中享受到“优惠”，有时竟比其他部队多分得将近一倍的物资。但由于部队马不停蹄地快速推进，汽油仍时时感到供不应求。特别是当布莱德雷允许巴顿向默兹一马恩河一线推进之后，汽油等物资的供应却急剧减少，使巴顿的处境变得极为艰难。对此，马勒感到愤怒不已。但他并没有像巴顿那样大声咆哮，而是绞尽脑汁，尽最大的努力搜刮汽油，不管是通过什么样的渠道和手段。在一战的纪念碑前，一辆第3集团军的装甲车因为没有汽油不得不停滞在那里。对此，巴顿采取了默许甚至纵容的态度。
汽油的来源之一是战场上的缴获。例如，在攻占桑斯时，缴获了德军10万多加仑汽油；在夏龙又获得10多万加仑；9月3日，在利格尼一昂一巴洛瓦，又缴获了10万加仑汽油。对待这些战利品，马勒采取了特殊处理方式，既不上报，也不记录，而是尽快地发到部队手中，以解燃眉之急。汽油的另一个来源是，马勒鼓励部队利用一切方式和途径攫取汽油。在他的鼓动下，一些官兵曾冒充第1集团军的人，去油库冒领了不少汽油，还有些士兵则干脆到其他部队去干偷油的勾当，以致一段时间以来第1集团军的油库经常发生“失窃案”。巴顿也经常鼓动下属这样做，只不过不像马勒那样露骨而已。为了引起别人的同情，关注第3集团军的“窘境”，他还常常乘坐着油箱里空空如也的吉普车来到布莱德雷的司令部，临走时总忘不了加满他的油箱。
9月初，巴顿部队进入了马恩河畔的一个小山谷。这里是著名的产酒区，到处洋溢着醉人的酒香。他们缴获了大批好酒，其中还有不少陈年佳酿。巴顿大发慈悲，允许官兵们在短暂的休整期间开怀畅饮。巴顿本人饮酒不多，但他知道美酒对人具有诱惑力，于是他灵机一动，立即吩咐部队给每一位为他运送汽油和物资的飞机驾驶员送上一份厚厚的礼品。这一措施产生了意想不到的效果，从此以后，空军部队的飞行员都争着为第3集团军运送物资，这当然正中巴顿下怀。
就这样，巴顿在极其艰难的情况下奋力挣扎着前进。他直率地告诉他的下属军官们，他要对付的敌人有两个——德军和自己的上司！对于战胜德军巴顿是满怀信心的，对于能否制服自己的上司，他却感到犹豫不定。但是有一点巴顿从未动摇过：“我们一分钟也不能耽搁，速度就是胜利！”在巴顿精神的鼓舞下，第3集团军全体将士意气风发，充满了战斗的豪情，每一个人都是怀着一种紧张兴奋的心情向前挺进的，因为他们的前面就是欧洲的母亲河——莱茵河，而且直觉告诉他们，在他们面前，已经没有什么攻不破的难关和障碍了。第3集团军是一个善于连续作战，打硬仗和恶仗，具有奉献精神的整体。而且跟随巴顿作战很少遭受过失败，对于第3集团军的广大官兵来说，战斗不总是令人恐惧的，它是一次次充满了紧张、刺激和辉煌的经历，总是处在胜利进军的兴奋之中。
但就在此时，有两个致命的问题阻碍了他们前进的道路。首先，尽管巴顿和马勒使出浑身解数，但仍不能彻底解决严重缺乏燃料的问题，部队的推进时断时续，至9月2日为止，部队已经停顿了整整两天。9月3日虽搞到了一些汽油，但最高司令部却命令他们停止进攻。第二，战术指挥上的混乱。9月2日，艾森豪威尔召集布莱德雷、霍奇斯和巴顿等美军高级将领开会。艾森豪威尔讲话的主要内容是解释他为什么支持蒙哥马利的计划，同时下达了作战任务：第1集团军的两个军仍跟随北部英军行动；在第5军的支援下，第3集团军向东挺进，但这一攻势必须建立在蒙哥马利的进攻获胜的基础上。很明显，艾森豪威尔的计划没有丝毫改变，巴顿的行动受到严格的束缚，他没有物资供应方面的优先权，仍不得不在极其艰难的条件下战斗。布莱德雷和巴顿一再据理力争，艾森豪威尔毫不退让，最后只是口头应允给予第3集团军新的汽油配给。
这样，在最高司令部的限制和缺乏燃料的困扰下，巴顿部队在9月的头5天中进展十分缓慢，从而失去了大踏步前进、一举击溃敌人的良机。而德军则由此获得了喘息的机会，迅速建立起有效的防御体系，这预示着盟军将面临更加艰苦激烈的战斗。巴顿传记作家H．埃塞姆这样评论道：“上帝赐予了艾森豪威尔最优秀的骑兵将领和美国有史以来造就的最优秀的军队，但在决定性的时刻，他却没有使用他们。”这不能不说是一个巨大的遗憾。