巴顿接任第3集团军司令后做的第一件工作是组建他的司令部。巴顿的司令部设在纳兹福德的一个男爵庄园，他的办公室和寓所就设在庄园中的波维尔厅。巴顿的用人标准首先是必须忠诚，才能则处在第二位。他所要求的下属工作人员不一定非得才华横溢，但必须忠心耿耿，是他个人的延伸，像一架精密的仪器那样可以任他随意操纵，一丝不苟地、高效率地贯彻他的意志。同样，巴顿对他的部下也十分信任，并给予慈父般的关爱。正是由于这一点，他十分怀念他的第7集团军的原班人马。1月末，巴顿匆匆赶赴伦敦，会见了即将赴北非出任第7集团军司令的亚历巴顿将军经常驱车到各部队看望士兵。山大·帕奇将军。巴顿此举的目的是想说服帕奇把他的参谋班子交还给他。帕奇将军对巴顿的心情十分理解，答应了他的要求。这样，巴顿在北非和西西里时期的参谋班子又在伦敦团聚了。
巴顿现在的新家庭成员包括：参谋长加菲、副参谋长哈金斯、情报处长科克、供应处长马勒、副官戈德曼和斯蒂勒，以及医务主任奥多姆和传令兵米克斯。不久，他又多了一个亲密的小伙伴——威利。威利是一位牺牲了的英国飞行员遗留下来的小狗，面貌威武凶猛，但内心温顺。巴顿认为这颇有点像他的性格，因而对它关爱有加，甚至经常与它一起进餐，高兴时还抱在一起在地板上扭打，给他孤寂的生活增添了不少乐趣。
巴顿对司令部属下的参谋部门予以特别的关注，认为参谋人员是指挥官的头脑和耳目。因此，他支持和鼓励参谋人员的工作，并给以充分信任。巴顿对他们中的每一个人及其职责都了如指掌，如果需要，他会在任何时间替代他们的角色。巴顿还主张，各个部门每天都要派人到前线，实地了解战况，返回后立即向部门长官汇报，由部门长官选择其中有价值的情报于次日上午向集团军参谋部汇报。当然，如果有重大情报，必须立即上报，甚至可以直接上报巴顿本人。
当时，每支部队都有自己的肩章标志和秘密代号。第3集团军肩章标志的底色为蓝色，用绿色字母“O”把白色字母“A”围起来，原意为Army of Occupation，即“占领军”。这一标志据说源于第一次世界大战，该部队是为在莱茵地区执行占领任务而创建的。不久，这支英雄的军队又将奔赴欧陆，去执行更伟大的占领任务了。第3集团军司令部的代号是“幸运”，这是巴顿的主张。这表明，在经历了几番风风雨雨后，巴顿内心深处的宿命观念开始迅速滋长，虽然建功立业的欲望仍那么强烈，但冥冥之中，他更加敬畏命运那神秘而巨大的威力了。
巴顿司令部所在地纳兹福德是一个平原小镇，虽说处在交通要道上，但由于位置较偏，又是农业区，因此人烟稀少。他办公和居住的波维尔厅是一座建于中世纪的木结构城堡建筑，整个建筑为浓密的青藤所覆盖，周围林木滴翠，芳草萋萋，富有浓郁的田园诗般的意境。巴顿在这里享受着舒适豪华的生活，与周围的名流显贵往来密切。然而，这个时期巴顿更喜欢在野外生活，认为这更富有战斗的气息。供巴顿野外生活和工作的住所是两辆拖车。生活车里面的设施虽然简单，但却完备实用，甚至还有洗澡用的设备，是巴顿平日里饮食起居的场所。办公车的原型是一辆冷藏车，内设有办公桌和电话，墙壁上挂满了地图，可以召开小型会议。
第3集团军是由多兵种组成的，除步兵外，还有装甲兵、炮兵（包括防空部队）、工兵、化学战部队、反坦克兵等等，以及强大的后勤保障系统。其主力主要由4个整编军组成：第8、12、15、20军，军长分别是特罗伊·米德尔顿、吉尔伯特·库克、韦德·海斯利普和沃尔顿·沃克将军。在过去的两年半中，该部队一直在国内的训练营地进行艰苦的实战训练，其司令官是克鲁格将军。克鲁格虽已年过花甲，却是一位著名的战术专家和军事改革家。在他的精心调教下，该部队的技战术水平和军事素养有了很大提高。从官兵们的外貌上就有所体现——个个晒得肤色黧黑，精神抖擞。该部队的主要缺陷是缺乏实战经验，作风不够硬朗。
部队到位之后，巴顿立即投入了紧张的作战训练工作。他重新制定了严格的纪律和着装要求以及相应的奖惩条例，并狠抓落实工作。每到一地，他都要进行细致的督促和检查，亲自做示范或提出改进意见。他要求每一位指挥官：1．要亲自抓训练，而且要亲自示范，这样才能激发士兵的备战热情和积极性。2．尽量靠前指挥，以便于掌握第一手材料，减少传递信息的时间。3．作战计划必须简要明了。4．情报工作要常抓不懈，因为情报“就像鸡蛋一样，越新鲜越好”。5．“时刻使部队保持高度的机动性”。
就在巴顿紧张地进行实战训练之际，发生了一个小小的插曲，使他差点参加了意大利战役。2月中旬，卢卡斯指挥第6军在意大利的安齐奥登陆，遭到了德军的顽强抵抗，被压制在滩头阵地上，陷入困境。在紧急关头，盟军几位主要领导人不约而同都想起了巴顿。英国首相丘吉尔和总参谋长布鲁克提出紧急动议：“让巴顿去安齐奥！”亚历山大则电告艾森豪威尔，要求派一个“像巴顿一样的利剑”去。于是，艾森豪威尔把巴顿召到伦敦。
由于是让巴顿接替卢卡斯指挥一个军，艾森豪威尔感到有些委屈巴顿，在向巴顿介绍情况时显得有些迟疑不决。但巴顿听完情况后却兴奋得大叫：“这哪里是委屈，我简直受宠若惊了。只要能去打那些狗狼养的，我愿意去指挥任何一支排以上的部队！”但是，由于克拉克的反对，最后亚历山大同意由特拉斯科特接任第6军军长。巴顿的安齐奥之行被临时取消了，这让巴顿着实恼火了一番，似乎一只到了嘴边的鸭子又飞掉了。
回到纳兹福德之后，巴顿不再想人非非了，全身心地投入了紧张的训练工作和其他战前准备工作。每到一地，巴顿少不了要发表演讲。他的讲话仍保持了他的一贯风格，粗话连篇，妙语连珠，充满了刺激和煽动。但在一些比较正规和重要的场合，他比过去有所收敛，话语不仅富有逻辑性和文采，有时还掺杂了点人情味。人们发现，巴顿对待自己的新部队和下属更为宽厚了。这说明，他已经认真接受了“打耳光”事件的教训。
为了深刻理解从而更好地把握横渡英吉利海峡在法国登陆作战的各个环节，这个时期，巴顿专门研究了英国传奇式的人物——惠林顿及其战例，通读了弗雷曼写的六卷本《诺曼征服史》一书。为了在欧洲大陆实施远距离大兵团作战，他还花了很多时间研究美国内战时期谢尔曼将军所进行的伟大远征。同时，他还与英国著名军事评论家利德尔一哈特就若干军事问题进行了多次探讨。例如：消除障碍快速运动；必要时切断与总部的联系，机动作战；长途奔袭；迂回进攻等等。巴顿从利德尔一哈特那里得到了不少忠告和有益的经验，而利德尔一哈特则对巴顿高超的军事素养深表钦佩。他认为，巴顿是一个天才的军人，对战争有敏锐的感觉和高度的理解力，巴顿对美军的整体素质和各方面的细节问题都了如指掌。
在这个期间，“霸王”计划日臻完善，战斗日益临近，一切都在顺利进行之中。但在这个时期，巴顿又两次陷入困境，差一点断送了参战的机会。
第一次要追溯到西西里战役时期。1943年6月，在战役即将开始之前，巴顿下部队去视察军事演习。这次视察使他十分兴奋，各个部队的表现都很出色。但他发现了一些问题，特别是对新参战的第45师不放心，担心他们经验不足。他认为需要对他们进行一次鼓舞人心的训话，一方面激发他们的爱国主义精神，另一方面向他们灌输不屈不挠的坚强意志。因此在训话中，巴顿在激励官兵们要为“自由”和“解放”而战，要在战场上赢得荣誉和自信的同时，鼓励他们“迅速而不停顿地、凶狠地”进攻，“杀死一切敢于抵抗我们的人”。他还告诫缺乏实战经验的战士，“战斗是残酷无情的……即使在德国人和意大利人表示要投降时，也要提高警惕。因为投降了的敌人也会乘我们麻痹大意而向我们开枪。”事实正是如此，45师后来参加的战斗打得都很艰苦，德国人在战场上如同嗜血的野兽一样残暴，他们不仅枪杀想交枪投降的意大利士兵，而且还出现了枪杀美军战俘的事情。于是，在战斗中出现了两起枪杀德军战俘的报复事件。在斯科格里蒂战役中，第45师的康普顿上尉用机枪打死了43名德军战俘，米斯特中士则枪毙了36名德军战俘。巴顿得知后，立即把这两个人送交了军事法庭。巴顿认为这件事已经处理完毕，很快就忘却了。谁知就在他正在英国训练第3集团军的时候，东窗事发，陆军部派监察官前来调查这一事件。虽然调查结果证明巴顿并没有鼓动部队屠杀战俘，但仍引起了艾森豪威尔的不满，他当面斥责了巴顿，命令他以后不要“信口开河”。
此事还未从人们的记忆中消失，又发生了“纳兹福德事件”，给巴顿造成了更大的麻烦。
4月25日，纳兹福德地区的妇女志愿服务人员准备为美军官兵开办一个“欢迎俱乐部”，她们多次热情地邀请巴顿在开幕式上发表讲话。盛情难却，巴顿最终同意与会，但提出不要发表有他形象的照片，并“严禁记录”。会议主持人答应了。巴顿的讲话简短热情，但他尽量避开敏感问题，以免引起不必要的麻烦。他强调了英美团结的重要性，并感谢英国妇女在沟通英美双方的理解上所起的作用，就此他说道：“既然注定要由美、英、俄统治这个世界，那么，我们越是相互理解，事情就会办得越好。”事情就是这样简单。但是第二天，英国报刊违背了承诺，发布了这一消息，而且还不负责任地在报道中删去了“俄国”。要知道，在1944年，与苏联的关系是牵扯到世界反法西斯统一战线的重大政治问题，因此是非常敏感的。很快，美国的各大报纸都刊登了这一消息，结果引起了一场风波，巴顿遭到了来自各方面的攻击。共和党指责他是“国务院的帮凶”，是“军人干政”；左翼人士则指责他“破坏世界反法西斯统一战线”。这件事使得马歇尔和艾森豪威尔都十分恼火。诺曼底登陆战即将打响，事情千头万绪，而巴顿却像个难以调教的孩子，不断惹是生非，屠杀战俘事件刚刚过去，又发生了“纳兹福德事件”。因此，马歇尔和艾森豪威尔都在考虑是否解除巴顿的兵权，把他送回美国。特别是马歇尔，因为此时他正在想方设法说服国会批准晋升包括巴顿在内的一批陆军军官的军衔，而这一事件可能影响到这些人的晋升问题，已经有人建议终止巴顿的晋升了。于是他打电报给艾森豪威尔，就此事进行了愤怒的质问。艾森豪威尔起初也很生气，想解除巴顿的军职。在4月29日发给马歇尔的一封电报中，他谈了自己的这一想法。
1944年4月25日，巴顿在英国纳兹福德地区妇女志愿服务者组织的“欢迎俱乐部”的开幕式上。对于巴顿来说，虽然对事情的结局感到惊愕不解，认为这些攻击是不公正的，但他已经能够坦然地面对命运对自己的摆布了。而且，巴顿心中有数：只要还有艰苦的战斗，国家就仍然需要他，因此会原谅他的一些小小的“失误”。在给奉命前来调查的休斯将军的信中，巴顿简单坦率地说明了事情的真相，然后指出：“我的抱负就是率兵杀敌，我不相信我所做的事情对此会有什么不良影响。”
果然不出巴顿所料，在经过一番波折之后，艾森豪威尔仍然决定留用巴顿。这主要是因为调查结果表明新闻报道与实情不符，另外，丘吉尔、史汀生等要人的介入也起了重要作用。他们认为此事无关大局，不能因一件小事而失去一员得力的战将，虽然巴顿生性鲁莽古怪，但他却是一个不可多得的天才，而且，美国此时还很难再找到一位能取代巴顿的优秀的指挥官。艾森豪威尔在给华盛顿的一封电报中指出：“解除巴顿的职务会使我们失去他的指挥经验以及他在进攻中表现出的激发士气的热情。”同时，他也给巴顿写去一封信，对巴顿的“轻率”言行进行了严厉的训斥，同时表示将继续留用他，但正告巴顿必须谨言慎行，做一个“好的指挥官”。
就这样，一场风波平息了。巴顿看完艾森豪威尔的信后大声叫道：“战争结束了！”
巴顿又全神贯注地投入了紧张的军事训练和修改作战计划的工作。他知道，时间已经所剩无几，他必须全力以赴，做最后的冲刺，决不能再受到其他因素的干扰。他经常驱车去各个部队视察，检查作训计划，组织针对性训练和小规模实战演习。每到一个部队总少不了发表一通纯粹巴顿风格的激动人心的演说。在登陆前的最后一次视察中，他对士兵们说：“在我的讲话中，我总是强调战斗和杀人，以及每个人各尽其责。那些胡说八道的记者们除了知道他妈的性交之外，对真枪实弹一窍不通。军队中的每一个人都起了重要的作用……即使炊事员也不例外，甚至那些烧水让我们洗干净屁股的家伙也是如此！让那些混蛋来调查吧，这就是巴顿的第3集团军，我们要把一切敌人赶进地狱去！这样，20年后，当我们的孙子问你在战斗中做了些什么的时候，你就不会羞愧了。”