国本之争起之后，朱翊钧就躲在宫里不看宫外面的事情，朝臣们也不看明朝以外世界的事情，甚至明朝本国的事情。差不多就在争国本期间，万历二十年前后，明朝同时暴发了三次大战役，统称万历三大征。
第一个战役是播州之乱。西南这个地方，是各种少数民族的聚居地，从明朝建国到灭亡一直就闹腾不停。朱元璋的时候闹，朱棣的时候闹，朱祐樘的母亲纪氏，也是那一带闹玩了俘虏回来的女人，几乎十六朝皇帝都在闹，闹到明朝灭亡还没消停。明朝这三百年来，就从来没有检讨过对少数民族的政策有什么问题。万历十七年，时任播州宣慰司指挥使的杨应龙骄横跋扈，作恶多端，公开作乱。朝廷这会儿国本争的热烈，也没太多的时间精力处理他。杨应龙一面跟朝廷认罪，说我出钱抵罪，出人赎罪，一面继续作乱，引苗兵攻入四川、贵州、湖广的数十个屯堡与城镇，搜戮居民，**掳掠。直至万历二十六年，朝廷才发现杨应龙已经酿成大祸，于是调集四川巡抚谭希思、贵州巡抚江东之、郭子章及前都御史李化龙兼兵部侍郎等文官统领，还有刘綎、麻贵、陈璘、董一元等武将，打了好几次。一直到了二十八年二月，在总督李化龙指挥下，兵分八路进发，每路约三万人。刘綎进兵綦江，连破楠木山、羊简台、三峒天险，又打败杨应龙之子杨朝栋所统苗军。其他几路明军也先后取得胜利。三月底，刘綎攻占娄山关，四月，杨应龙率诸苗决死战，结果战败。刘綎趁机进占杨应龙所依天险之地龙爪、海云，至海龙囤（今遵义西北），与诸路军会师合围了杨应龙。到本年六月，杨应龙大势已去，跟自己的两个小妾一起上吊了。儿子杨朝栋等被捕，明军入城，播州平定。播州之役是三大征中发起最早，也是最后解决的。
第二个战役是宁夏兵变。万历二十年二月十八日，蒙古族降人哱承恩袭父职升为总兵的。西蒙古的火落赤等部侵犯洮河，哱承恩率兵救援有功，渐生骄横之心。当时的巡抚党馨却裁核哱承恩冒饷，冒饷这种事情，只要是个带兵的，多少都有一点，蒙古人的性格，哪受得了这些文官的苛刻。哱拜就纠合义子哱云及土文秀等人，唆使军锋刘东旸叛乱，杀了党馨和他的副使石继芳，并胁迫总兵官张惟忠以党馨“扣饷激变”向朝廷奏报，索取敕印，逼得张惟忠也自缢身亡。事后，刘东旸自称总兵，以承哱恩、许朝为左右副总兵，土文秀、哱云为左右参将，而操纵这一切的幕后老板，是哱拜。哱拜叛军占据宁夏镇，并出兵攻下中卫、广武、玉泉营、灵州（今宁夏灵武）等城，又许诺让河套部的蒙古首领著力兔在花马池一带住牧，得其相助，势力越加强大，妄想划关而治，独霸一方。当时的陕、延、宁、甘总督魏学曾派出副总兵李晌前往平乱，明军很快就收复了叛军放弃的47座城池，推进到宁夏城下。两军经过多次交锋，河套鞑靼人受叛军重金贿赂也介入了战争，双方僵持不下。魏学曾督师了很久没搞下来，被迫自劾罢官。接任的总督是军火专家叶梦熊，“提督陕西讨逆军务总兵官”是李如松。明军新的统帅部一面由李如松率兵阻击蒙古骑兵并追击至贺兰山下，一面对宁夏城采用了准备已久的水攻。宁夏城前线指挥梅国桢采用反间计，叛军内部开始互相猜忌，自相残杀。最后，叶梦熊以武力解决了拥有大量家丁的哱氏一族，宁夏叛乱平定。
日本这个地方，从1467年庆长之乱开始，到了万历年间，已经经历了长达一百多年的战国之乱，最后丰臣秀吉征服了全日本。之后，他突发奇想要继续征服大明朝，而且准备把统治的中心搬到中国的宁波。抱着这个想法，丰臣秀吉于万历十九年开始准备。万历二十年，丰臣秀吉共调动了军队30万6250人，以宇喜多秀家为总指挥官，小西行长率领的陆军部队分为九个军团15万8700人渡海至朝鲜作战。战争一开始，日军就进展神速，几天之内就攻陷了朝鲜王京汉城，一个多月以后，平壤沦陷。朝鲜国王李昖放弃京城，逃到义州，不断派使臣向宗主国明朝求援。刚开始，明朝对日本军力估计不足，先头部队副总兵祖承训仅率三千人去收复朝鲜，首战失利。接着，明朝一面派人与日本和谈，一面准备军队，再次赴朝参战的军队也包括戚继光的老部下，曾经在抗倭战场上久经考验的吴惟忠。
经过多次谈判和多次交锋，最后在锦衣卫的协助下，明军奇袭汉城附近日军的的龙山仓库，烧毁十万石屯粮，迫使日军陷入困境，难以长期坚守，终于撤军釜山。双方又开始了长达三年时间的和谈。万历二十五（1597）年，双方谈判未果，争端再起。日军十几万人再次入侵朝鲜，明朝也再派八万军队再次入援。在明、朝两国的联军打击下，日军终于被全部赶出朝鲜。次年，丰臣秀吉病故，战争结束。
万历三大征历经数年，最后均以胜利告终，这让我们想起张居正。如果有张居正在，头两场战役实际是可以不用打。以张居正的考成法，地方官也不至于马虎到这种程度。而且以他处理俺答汗的政治敏锐，断不会让这两个地方的形势发展到需要发生战争。朝鲜战争也会更快的结束，中间不至于出现稀里糊涂的数次谈判。实际上这几场战争仍然是张居正的功劳，因为战争打的就是钱粮，三大征共费银一千二百多万两，其中仅朝鲜战争就花掉了七百万两白银，这些银子，都是张居正改革留下来的成果，几乎被耗光了所有。当然，如果有张居正在，也不会发生争国本这么麻烦的事情。
万历二十一年，朱翊钧三王并封之议提出来的时候，是王锡爵首辅。王锡爵比申时行更没有魄力，申时行马马虎虎的把皇帝和百官两头都能摁住，王锡爵是都摁不住。朱翊钧提出的等皇后生儿子的理由早几年说还可以，可这时候皇后都已经三十岁了，在古代早已过了生育的最佳年纪，这个理由显得很牵强了。王锡爵也想了一个办法，他引用汉明帝马皇后、唐明皇王皇后、宋真宗刘皇后的例子，劝皇上让皇后王喜姐抚养朱常洛，这样不用加封王恭妃，朱常洛也不会被朱常洵压了一头。但朱翊钧不愿意，坚持要三王并封，而不同意皇后抚养长子。这大臣们就不愿意了，光禄丞朱维京和刑科给事中王如坚上疏反对，结果都被流放，后因大臣们申救改为剥职为民。王维京同官涂杰、王学曾接着反对，同样剥职为民。不仅如此，朱翊钧还批评王锡爵不能诤谏。吏部员外郎顾宪成不仅上疏，还写们给王锡爵争辩，甚至冲到王锡爵家里去争，或者当朝拦住他，当面争。吓得王锡爵只能自劾失误，请求罢官回家。最终闹的三王并封封不下去了，只能叫停，但是朱翊钧坚持再等两三年，皇后没生儿子再行册立太子。过了半年，到了八月，趁着星象变化，王锡爵再次提出早定国本。朱翊钧还是那句话，皇后生了怎么办？王锡爵说，这话十年前说还可以，可现在长子已经十三岁了，还等什么？而且，总不能不让他读书吧。接着，他又上疏说了另一个理由，说皇上您要不早立太子，外廷都以为陛下固宠郑皇贵妃所致，恐怕郑家举族不得安宁。不知道是王锡爵磨人的功夫起了作用，还是朱翊钧觉得这事情也实在拖不下去了，终于下旨，明年让长子出阁讲学，就是开始读书。但是，仍然没有册立为太子。
万历二十四年，礼部上疏请行皇长子冠礼，冠礼就是成人的礼仪。这有一个讲究，就是冠礼的时候得穿什么样的服饰，如果是亲王礼服则不妥当，因为还没封亲王，如果用太子的礼服，那就得先册立太子。这事情提上去，朱翊钧没答理，到了第二年，上疏请皇长子冠礼的大臣们就更多了，逼着朱翊钧表态，此时的首辅是赵志皋。赵志皋上疏请行皇长子冠礼之后，次年行婚礼。万历二十六年，朱常洛又长了一岁了，十八了，三月份赵自皋率群臣到文华门集体上疏，表示没有旨意就不走了。朱翊钧还是照样不答应，要结婚先把朱常洛住的慈庆宫修好再说，派太监田义把群臣斥退。赵志皋病退之后，接任的内阁首辅是沈一贯，继续请立太子。朱翊钧还是不肯，让户部先准备2400万两银子的费用再说，哪需要这么多钱，明摆着为难嘛。没多久慈庆宫修好了，到十一月，过了年朱常洛就十九岁了，实在没理由再拖了，这才叫礼臣安排朱常洛结婚的事情。礼臣的敕书上去了，又被叫停了，理由是有小臣拿这个邀功，等朱常洛移居以后再说吧。又过了一年，到了万历二十九年，诸臣包括郑贵妃的哥哥郑国泰都上疏请立太子，冠礼、婚礼同时进行。廷议有的人说要不先冠礼、婚礼，然后再册立。沈一贯反对，不能让皇长子跟诸皇子一样的规格。
早几年的时候，山西按察使吕坤编辑了一本《闺范图说》，看书名就知道，此书的内容是用来教育妇女的图册，书中每个妇女典范都是皇后。郑国泰将此书增刊，并由郑贵妃写了序，开篇是汉明德皇后，最后一个却不是皇后的郑皇贵妃自己。这女人的想法也太简单了，有这么往自己脸上贴金的么？新书一出，就有人弹劾吕坤是不是交接后宫，这让朱翊钧很不高兴，却也只能打圆场，说这书原本是朕赐给郑贵妃的。朱翊钧当然也知道吕坤冤枉，但是后来吕坤罢官，几次推荐不得召用，不过是为了防止这种事情再发生。这事后不久，就出现一个叫《忧危竑议》材料，攻讦郑贵妃及郑家有夺嫡之谋，这东西不知道是谁写的，却流传很广，所以称之为妖书。妖书牵连了很多官员被罢免，可是这个案子并没有因此结束，多年以后又出现了续集《续忧危竑议》。郑贵妃本想以此树立自己的美名，不料却落了这样的下场，在舆论上尽处下风。
朱翊钧开始的时候还是很宠爱郑贵妃的，万历二十九年他病得厉害，迷迷糊糊醒来的时候，发现自己枕在王恭妃的手臂上。王恭妃脸上还有哭过的泪痕，再打听郑贵妃，却发现她趁自己病的时候私下秘密的不知道做了什么安排，因此开始觉得郑贵妃有些不靠谱了。朱翊钧跟他的儿子们吃饭的时候，都有赏赐，曾赏给朱常洛一个玉碗，让郑贵妃代为收藏。有一天突然索取这玉碗，时间太久了，没人记得放在哪里了。问朱常洵赏赐的东西的时候，倒是马上就有。朱翊钧火了，抓这些宫人来问，这当然是为难郑贵妃，问话的时候她是不能进去的。郑贵妃蓬头赤脚，带着宫人们在殿门请罪。【1】第二天，九月十八日，似乎也想明白了，传旨礼部，准备册立太子的仪制，终于同意册立太子。刚一同意，又马上反悔，下诏改期。改不了了，沈一贯坚决封反诏书，称“万死不敢奉诏”。
经过几个首辅率领群臣前仆后继的十六年国本之争，以及宫里宫外的努力，万历二十九年十月十五，朱常洛终于被册立为太子，同时他的四个弟弟也加封为福、瑞、桂、惠王。
国本之争的十几年，也是万历皇帝怠政的十几年，朱翊钧从一开始请病假以后，再也没有上朝，政务也极少处理。这并不仅皇帝一个人的怠政，也是大臣们的怠政。如果有考成法在，大臣们完成手头的政务且来不及，哪有时间去争这有的没的国本的事务。朱常洛册立为太子之后，国本再无可争，却并没有结束，接下来的还继续为太子之位有的没的猜忌不断。诸臣争无可争，把争议的矛头转了另一个方向，变成大臣们之间的争斗。朱翊钧从争斗的一方解脱出去，这之后的二十年继续怠惰，没有起到一个裁判的应有的作用，以阻止诸臣争斗。
【1】明·文秉《先拨志始》